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보조금 정산 및 회계감사

보조금 정산보고서의 검증과 회계감사는 공공기관이나 정부로부터 받은 보조금이 적절하게 사용되었는지 확인하는 중요한 절차입니다.

보조금 정산보고서에 대한 회계검증

의미와 궁금증

보조금(사업비) 정산 검증 업무는 보조금이 정해진 목적에 맞게 적법하게 사용되었는지 확인하는 절차입니다. 국고보조금 건별 1억 원 이상, 지방보조금 건별 3억 원 이상일 때 실시하며, 정산보고서 「건별」에 대해 지출 내역과 회계 처리, 규정 준수 여부 등을 검토합니다.

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보조금 정산보고서 검증은 왜 해야하나요?

보조금을 받는 주체는 반드시 해당 자금을 지정된 목적과 규정에 맞게 사용해야 하며, 사용 내역에 대해 정산보고서를 제출해 투명성을 확보해야 합니다. 이를 통해 보조금이 계획대로 사용되었는지 정부나 지자체가 확인할 수 있습니다.

보조금법 및 지방보조금법에 따르면 (간접)보조사업자는 보조사업 건별 1억 이상, 지방보조사업 건별 3억 이상 인 경우 공인회계사에 의한 보조금 정산보고서 검증이 필요합니다.

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검증 업무는 어떤 것들을 검토하나요?

사업을 하면서 사용하신 지출 내역과 증빙 서류를 보고, 보조금 지급 규정 확인하여 이에 맞게 사용했는지를 검토하게 됩니다. 모든 지출에는 적절한 증빙 자료가 요구되며, 보조금 지급 대상자들이 이를 준비하고 제출해야 합니다. 예를 들어, 사용한 금액이 사업 목적에 부합하며 승인된 항목에 맞게 사용되었는지 여부를 확인합니다.

다시 말해, 공적 자금을 (간접)보조사업자가 제대로 사용한 건지 회계법인이 검증해 주는 것입니다.

지급하는 기관에 따라 보조금 지급 규정이 다를 수가 있습니다. 그에 따라서 준비해야 하는 서류도 달라질 수 있고, 지원이 안되는 항목이 있기도 합니다. 따라서 초기에 지원 사업에 지원하실 때부터 내용을 잘 확인하시는 것이 좋습니다.

보조금 정산보고서 검증 대상 기준

다음 요건들 中 1가지에 해당되면 해당 보조사업의 정산보고서 검증 대상입니다.
예시) 총사업비 5억인 경우 국고보조금 또는 지방보조금이 각각 2억원 자부담 1억원 인 경우 검증대상 아님

1

국고보조금 1억원 이상 정산보고서

보조금 관리에 관한 법률 제27조 제2항

2

지방보조금 3억원 이상 정산보고서

지방자치단체 보조금 관리에 관한 법률 제 17조 제2항

실적 보고 사유 발생일로부터 2개월 이내에 정산보고서 제출을 완료해야 하며, 검증기관은 기한 내에 검증 업무를 완료하는 것이 원칙입니다.

다만, 부득이한 사유가 있는 경우 추가로 최대 2개월까지 연장이 가능합니다.

보조금 정산보고서 제출 절차

정산보고서 검증업무의 전체적인 정산 절차를 설명드리면 다음과 같습니다.
업무 순서 中 일부는 보조사업 정산보고서 검증지침 제13조에 따른 검증절차를 참조하여 설명하였습니다.

협약 체결 및 사업비 집행 등 실무 업무 진행

협약 체결 및 사업비 집행 등 실무 업무 진행

중앙행정기관 ↔ 주관기관

보조사업자는 보조금 지원기관과 협약을 체결하고, 사업계획에 따라 보조금을 집행합니다.
이 과정에서 예산 사용이 목적에 부합하도록 관리하며, 관련 증빙자료를 체계적으로 준비합니다.

감사인 탐색 및 회계정산 약정체결

감사인 탐색 및 회계정산 약정체결

주관기관 ↔ 회계법인

보조사업자는 회계정산을 수행할 검증기관이나 감사인을 선정하고, 업무를 위탁하기 위한 약정을 체결합니다. 이는 회계정산의 독립성과 신뢰성을 확보하기 위해 중요한 단계입니다.

회계정산자료 제출양식 제공 or (온라인)검증기관 등록

회계정산자료 제출양식 제공 or (온라인)검증기관 등록

회계법인 → 주관기관

검증기관은 정산보고서 작성에 필요한 양식을 보조사업자에게 제공합니다. 보조사업자는 이를 기반으로 집행내역과 증빙자료를 준비하여 제출합니다.
또한, 해당 시 온라인 회계정산 시스템 검증기관 등록 및 모니터링을 실시하게 됩니다. (e나라도움, 보탬e, RCMS, Ezbaro 등)

정산보고서 검증 업무 수행

정산보고서 검증 업무 수행

전담회계법인 수행

보조사업 정산보고서 검증 절차는 보조사업의 자금 집행이 계획에 맞게 투명하고 적법하게 이루어졌는지 확인하기 위해 수행됩니다. 검증기관은 보조사업의 목적과 사업계획을 이해하고, 제출된 정산보고서와 증빙서류가 완전한지 확인합니다. 또한, 지출 및 계약 절차가 적법한지, 실제 집행 내역이 사업계획과 일치하는지를 면밀히 검토하며, 법령과 지침 준수 여부도 확인합니다.

이 과정에서 수익금, 발생이자, 잔액 및 반환금의 정확성을 점검하고, 필요 시 추가 증빙자료를 요청할 수 있습니다. 사업 특성에 따른 산정 기준과 자체 규정도 검토하여, 보조사업이 투명하게 진행되었는지를 종합적으로 확인하는 것이 핵심입니다.

사업비 사용실적에 대한 결과 통보

사업비 사용실적에 대한 결과 통보

회계법인 → 주관기관

검증기관은 보조사업자가 제출한 정산보고서를 바탕으로 검증을 완료한 후, 그 결과를 보조사업자에게 공식적으로 통보합니다. 검증 결과에는 자금 집행 내역의 적정성 여부와 발견된 문제점에 대한 세부 사항이 포함됩니다. 보조사업자는 통보받은 결과를 검토하고, 필요한 경우 추가 증빙자료를 제출하거나 수정 요청에 대응해야 합니다. 정산보고서가 최종적으로 승인되기 전에 사업비 사용 내역을 명확히 확인하고 조정할 기회를 제공합니다.

이의신청·처리 후 정산금액 및 내용 확정

이의신청·처리 후 정산금액 및 내용 확정

회계법인 ↔ 주관기관

보조사업자는 검증 결과에 대해 이의가 있을 경우 소명자료와 함께 이의신청을 제출할 수 있습니다. 검증기관은 제출된 이의신청과 추가 자료를 검토하여 결과를 재평가하고, 최종 정산금액 및 내용을 확정합니다. 이 과정에서 이의신청이 받아들여질 경우, 수정된 검증 결과가 보조사업자에게 다시 통보됩니다.

정산(검증보고서 포함)보고서 제출

정산(검증보고서 포함)보고서 제출

주관기관 → 전문기관 | 실적 보고 사유 발생일 + 2개월

검증기관(회계법인)은 최종 검증 결과를 종합하여 검증보고서를 작성하고, 이를 보조금 지원기관(중앙관서 등)에 제출합니다.

(해당 시) 집행잔액 반납 및 정밀정산 등 사후조치

(해당 시) 집행잔액 반납 및 정밀정산 등 사후조치

주관기관 ↔ 전담기관

정산결과가 확정되면, 정부 출연금에 해당하는 지분잔액(정부지분)을 반납해야 하며, 이에 대한 통보가 이루어집니다. 필요한 경우, 정부는 정산결과의 정확성을 확인하기 위해 표본조사나 현장실사를 진행할 수 있습니다. 이를 통해 정산의 신뢰성을 높이고, 부정확한 집행이나 부적절한 사용을 방지합니다.

보조사업자 회계감사 업무

의미와 궁금증

특정사업자는 감사대상 사업연도에 대한 재무제표 등을 작성할 책임이 있으며, 사업연도 종료 후 3개월 이내에 감사인에게 제출하여야 합니다.

특정사업자가 적용할 수 있는 회계처리기준은 (일반기업회계기준/중소기업회계기준/공기업 준정부기관 회계기준/공익법인회계기준/그 밖에 감사인의 감사에 통일성과 객관성이 확보될 수 있는 회계기준) 中 하나를 선택하여 적용하여야 합니다.

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회계감사 받으면 정산보고서 검증은 안받아도 되나요?

보조금 사업 「건별」로 진행하는 검증과, 보조사업자가 받은 보조금 「총액」을 기준으로 하는 회계감사는 병행해서 진행해야 합니다.

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회계감사는 정산보고서 검증과 어떤 차이가 있나요?

정산보고서 검증은 보조금 집행 내역에 초점이 맞춰져 있으며, 필요 시 중대한 문제점이 발견되면 수정 방안과 개선 방안을 제시해야 합니다. 반면, 회계감사는 이러한 세부 집행보다는 재무정보의 전반적인 적정성을 평가합니다.

보조금 회계감사 대상 기준

국고보조금에 대한 보조금 회계감사 대상 금액 기준은 10억원에서 추후 3억원으로 개정 예정입니다.

국고보조금과 지방보조금이 모두 10억을 넘는다면 둘 다 회계감사를 받아야 하지만, 다른 법률에 따른 감사보고서로 갈음할 수 있으므로
보조금법에 의한 회계감사를 받으면 지방보조금법에 의한 회계감사는 받지 않아도 된다고 해석할 수 있으며, 그 반대도 성립합니다.

1

보조금 총액이 10억원 이상 사업자

• 보조금 관리에 관한 법률 제27조의2

2

지방보조금 총액이 10억원 이상 사업자

• 지방자치단체 보조금 관리에 관한 법률 제 18조

직전 사업연도 기준 국고보조금 혹은 지방보조금이 요건에 해당되면 회계감사 대상입니다.

다만, 2년 이상 계속하여 보조금 등을 교부받은 특정사업자로서 직전 회계연도에 감사보고서를 제출한 경우에는 해당 회계연도의 감사보고서의 작성 및 제출을 생략할 수 있습니다.

보조금 회계감사 순서도와 절차

FAKT의 전문적인 업무 프로세스를 단계별로 확인하세요.

회계감사보고서 제출 대상 확인

회계감사보고서 제출 대상 확인

보조금 정산 담당자

회계감사보고서 제출 기준은 보조사업을 수행한 수행기관 기준으로 동일 회계연도에 국고보조금을 10억 이상 교부받은 기관일 경우 정보공시 등록 시 회계감사보고서 제출대상입니다.

수행기관별 교부액이 10억원 이상인 경우 감사보고서 제출대상 여부가 ‘Y’로 표기되며 회계감사보고서 제출대상입니다.

(e나라도움 기준) 정보공개 > 보조사업자 정보공시 > 정보공시 등록·보정 관리 > 정보공시 등록·보정 관리 메뉴에서 사업연도를 선택하여 검색한 후 정보공시 대상 목록에서 수행기관별 교부액(천원단위)과 감사보고서 제출대상 여부를 확인할 수 있습니다.

감사인 탐색 및 계약체결

감사인 탐색 및 계약체결

보조사업자 ↔ 회계법인 | 보조금 교부결정 통지로부터 3개월

특정사업자는 보조금 또는 간접보조금의 교부결정을 통지받은 날부터 3개월 이내에 감사인을 선임하여야 합니다.

감사인 선임보고서 제출

감사인 선임보고서 제출

보조사업자 → 중앙관서의 장 | 계약체결 1개월 이내

  1. 해당 감사인과의 감사계약서 사본
  2. 해당 보조사업자의 등기부등본 을 첨부하여 중앙관서의 장 또는 보조사업자에게 보고하여야 합니다.

(기한 내에 감사인을 선임하지 아니한 경우, 중앙관서의 장 또는 보조사업자가 지명하는 자를 감사인으로 선정할 것을 요구할 수 있습니다.)

다만, 다른 법률에 따라 회계감사를 받는 경우는 다른 법률을 따릅니다.

중간감사

중간감사

회계법인 ↔ 보조사업자 | 20X1년 9월 - 20X1년 11월

중간감사에서는 회계사가 회사의 재무제표, 회계처리 방법, 내부통제 등을 검토하여 회사의 영업환경을 이해합니다.
이를 통해 감사 품질을 높이며, 회사 담당자도 기존 회계처리를 점검할 기회를 얻습니다.

효율적인 기말감사를 위해 진행되는 절차로, 큰 부담을 가질 필요는 없습니다.

금융(현금)실사 등

금융(현금)실사 등

회계법인 ↔ 보조사업자 | 20X1년 12월 - 20X2년 1월

  • 금융실사 : 회사의 시재금 등에 대하여 장부상 가액과 일치하는지 확인합니다.
  • 유형자산 실사 : 회사제시 고정자산 관리대장을 받아, 회사의 유형자산에 대하여 실사 입회합니다.

감사인은 재무제표의 현금과 재고 금액을 확인하기 위해 12월 31일 전후로 실사에 입회합니다.
자산 실사 시에는 수량뿐만 아니라 진부화된 자산 여부도 함께 검토합니다.

기말감사 및 각종 조회서 발송

기말감사 및 각종 조회서 발송

회계법인 ↔ 보조사업자 및 거래처 | 20X2년 1월 - 20X2년 3월

  • 금융기관조회서 : 거래중인 금융기관 완전성을 확인하여 조회서를 발송합니다.
  • 채권채무조회서 : 결산이 완료되고 매출채권,매입채무 등 주요계정에 대하여 거래처에 채권채무조회서를 발송합니다.

보조사업자는 사업연도 종료 후 3개월 이내에 재무제표를 작성하여 감사인에게 제출하여야 합니다.
기말감사는 재무제표의 중요한 금액들을 확인하는 데 중점을 둡니다.
재무제표의 계정별로 요구되는 절차를 수행하여 금액의 정확성을 검증하는 것이 주요 업무입니다.

회계감사보고서 제출

회계감사보고서 제출

보조사업자 → 중앙관서의 장 | 20X2년 3월 - 20X2년 4월

보조사업자는 사업연도 종료 후 4개월 이내에 중앙관서의 장에게 회계감사보고서를 제출하여야 합니다.

다만, 보조사업자의 회계감사를 수행하는 감사인은 감사인으로 선임된 날로부터, 회계연도 종료일부터 4개월 이내에 제출하여야 하는 회계감사 완료시까지는 해당 보조사업에 대한 정산보고서 검증업무를 수행할 수 없습니다.

자주 묻는 질문

1. 법인: 일반적으로 영리법인(예: 주식회사)이나 비영리법인(예: 재단법인, 사단법인)이 될 수 있으며, 정부가 지정한 목적에 맞춰 보조금을 받아 활동하는 경우가 많습니다. 2. 비영리법인: 재단법인과 사단법인은 사회적 공익 목적을 수행하기 위해 설립된 비영리법인이며, 정부로부터 지원을 받을 가능성이 큽니다. 특히, 문화, 예술, 교육, 복지 관련 사업의 경우 비영리법인으로서 보조금을 지원받는 사례가 많습니다. 3. 민간단체 및 비영리 단체: 공공의 이익을 위해 활동하는 비영리 단체들도 보조금을 받을 수 있습니다. 예를 들어 환경 보호, 인권 증진 등의 활동을 하는 비영리 시민단체들도 정부 보조금의 대상이 될 수 있습니다. 4. 지자체 및 공공기관 관련 단체: 지자체가 주관하는 사업이나 공공기관이 운영하는 협력사업의 일환으로, 보조금을 받아 특정 공공 사업을 수행하는 경우도 있습니다.

간접보조사업자는 보조사업자가 받은 보조금 중 일부를 재배분받아 특정 업무를 수행하는 주체입니다. 보조사업자가 사업 수행을 위해 필요에 따라 다른 기관이나 단체와 협력하거나 아웃소싱을 통해 보조금 일부를 지원하는 경우, 그 자금을 지원받아 직접 실행하는 법인이나 단체가 간접보조사업자가 됩니다. 예를 들어, 보조사업자가 연구개발 업무 일부를 외부 연구기관에 의뢰하거나, 지역 단위의 협력기관을 통해 사업을 진행할 때 그 기관들이 간접보조사업자로 분류됩니다. 보조사업자와 간접보조사업자 모두 보조금 검증과 회계감사가 필요할 수 있습니다. 보조금은 국가나 지방자치단체가 제공하는 공적 자금이기 때문에, 보조사업자는 물론이고 그와 협력하는 간접보조사업자에게도 철저한 검증이 필요합니다. 간접보조사업자의 경우에도 보조사업자가 위임한 자금이 적법하게 사용되었는지를 확인하기 위해 검증이 필요할 수 있으며, 필요에 따라 보조사업자가 간접보조사업자의 자금 사용 내역을 포함한 보고서를 제출하도록 요구될 수 있습니다. 이를 통해 보조금의 사용이 목적에 맞게 이루어졌는지 종합적으로 점검할 수 있습니다.

회계감사는 보조사업 정산보고서 검증과 성격과 목적이 다르기 때문에 회계감사로 검증업무를 갈음할 수 없습니다. 검증업무는 보조금이 규정에 맞게 적법하게 집행되었는지 확인하는 데 중점을 두며, 회계감사는 기업의 재무 상태와 성과를 종합적으로 평가하는 데 목적이 있습니다. 따라서, 보조금 검증업무는 별도로 수행되어야 합니다

불가능합니다. 「보조사업 정산보고서 검증 지침」 제6조에 따르면, 보조사업 정산보고서를 검증하는 기관은 검증 업무를 수행하는 동안 해당 보조사업자의 회계감사를 겸할 수 없습니다. 즉, 보조사업자의 회계감사를 수행하는 감사인은 감사인으로 선임된 날부터 회계연도 종료 후 4개월 이내에 완료해야 하는 회계감사가 끝날 때까지 해당 보조사업의 검증 업무를 수행할 수 없습니다. 회계감사 대상이 되는 보조사업자의 경우 1) 보조금 교부통지를 받은 날로부터 3개월 이내 감사인을 선임해야 하고 이 때부터 감사인의 업무가 시작되기 때문에 2) 감사업무가 종료되는 차년도 4월 말까지의 기간동안은 검증업무를 수행할 수 없고 따라서 3)보조사업자는 별도의 검증 기관을 선임해야 합니다.​

국고보조금과 지방보조금이 모두 10억을 넘는다면 둘 다 회계감사를 받아야 하지만, 다른 법률에 따른 감사보고서로 갈음할 수 있으므로 보조금법에 의한 회계감사를 받으면 지방보조금법에 의한 회계감사는 받지 않아도 된다고 해석할 수 있으며, 그 반대도 성립합니다.

검증(감사) 수수료는 원칙적으로 보조사업자가 자체 재원으로 부담해야 하지만, 부대경비 또는 운영비 예산에서 집행이 가능합니다. 이 비용은 당해 연도 예산이나 익년도 예산을 활용할 수 있지만, 수행기관이 선정되지 않거나 익년도 사업에 참여하지 못하는 경우에는 익년도 예산 집행이 어려울 수 있다는 점을 고려해야 합니다. 또한, 정부 예산 및 기금운용계획 집행지침에 따르면, 검증비용을 국고보조금에서 지출하는 것을 승인할 수 있는 근거가 명시되어 있습니다. 지방보조금의 경우 명확한 규정은 없지만, 주무관청과 협의하여 보조금 내 수용비 항목으로 집행하는 방안이 가능합니다. 검증 및 회계감사 비용의 보조금 사용 여부는 최종적으로 보조금 지원 기관의 결정에 따르며, 교부 신청 및 교부 결정 과정에서 해당 비용의 사용 가능 여부를 반드시 확인해야 합니다.

보조금 관리에 관한 법률 시행령 제12조 제1항에 따르면, 회계연도가 종료되면 보조사업자는 보조금에 대한 정산보고서를 포함한 실적보고서를 관할 지자체에 제출해야 합니다. 실적보고서는 보조금이 실제로 사용된 내역과 성과를 정리한 자료로, 이를 통해 지자체는 보조금이 계획에 따라 올바르게 집행되었는지를 확인하게 됩니다. 실적보고서의 제출 기한은 회계연도 종료 후 2개월 이내로, 보조사업자는 이에 맞춰 자료를 준비하고 보고해야 합니다.

본래 민간위탁금은 지방보조금법상 관리기준에 포함되지 않기 때문에 검증 또는 회계감사 대상이 아닙니다(민간위탁은 주무관청에서 지도점검, 특정감사 등을 통해 사후관리). 하지만 민간위탁사업의 경우 각 시/군 조례에서 의무적으로 회계감사를 받아야 하는 규정이 있을 수 있습니다. 지방자치단체 민간위탁의 경우, 민간위탁 사업비 가운데 국고보조금이 1억 원 이상이면 회계검증을 요구하기도 합니다.

사업을 하면서 사용하신 지출 내역과 증빙 서류를 보고, 보조금 지급 규정 확인하여 이에 맞게 사용했는지를 검토하게 됩니다. 모든 지출에는 적절한 증빙 자료가 요구되며, 보조금 지급 대상자들이 이를 준비하고 제출해야 합니다. 예를 들어, 사용한 금액이 사업 목적에 부합하며 승인된 항목에 맞게 사용되었는지 여부를 확인합니다. 다시 말해, 공적 자금을 (간접)보조사업자가 제대로 사용한 건지 회계법인이 검증해 주는 것입니다. 지급하는 기관에 따라 보조금 지급 규정이 다를 수가 있습니다. 그에 따라서 준비해야 하는 서류도 달라질 수 있고, 지원이 안되는 항목이 있기도 합니다. 따라서 초기에 지원 사업에 지원하실 때부터 내용을 잘 확인하시는 것이 좋습니다.

보조금법 또는 지방보조금법에 근거한 보조금 정산 검증의 사유는 다음과 같습니다. 1. 보조사업 또는 간접보조사업을 완료하였을 때 2. 폐지의 승인을 받았을 때 3. 회계연도가 끝났을 때 실적 보고 사유 발생일로부터 2개월 이내에 정산보고서(실적보고서) 제출을 완료해야 하며, 검증기관은 해당 기한 내에 검증업무를 완료하는 것이 원칙입니다. (지방자치단체의 장이 보조사업자 또는 간접보조사업자인 경우에는 기한이 3개월로 연장) 다만, 부득이한 사유가 있는 경우 추가로 최대 2개월까지 연장이 가능합니다. 지연제출 시 보조금 관리에 관한 법률 시행령 제12조 ③항 1,2,3,호 에 따르면 불이익은 다음과 같습니다. 3개월 지연제출 시 - 10% 이내 보조금 삭감 가능 6개월 지연제출 시 - 20% 이내 보조금 삭감 가능 12개월 지연제출 시 - 50% 이내 보조금 삭감 가능

보조금 관련 용어 설명