[법인세 부당행위계산부인] 1편: 4대 적용요건과 12가지 유형 — 4가지 기준금액·소득처분 6단계 (2026)

2026년 기준 법인세법 §52 부당행위계산부인 제도의 핵심을 한 번에 정리합니다. 본 글에서는 ① 제도 개념·취지, ② 4대 적용요건, ③ 12가지 유형, ④ 4가지 기준금액(❶~❹), ⑤ 부인 효과(소득처분), ⑥ 국제조세조정에 관한 법률과의 적용 우선순위까지 조문·시행령·기본통칙·대법원 판례를 표 중심으로 살펴봅니다.

참조 출처 (정부기관 중심)

본 글은 다음 정부기관·법령 자료를 토대로 작성되었습니다. 「법인세법」 제52조 조문, 「법인세법 시행령」 제87조~제89조, 「국제조세조정에 관한 법률」 제4조, 「조세특례제한법」 제72조, 국세청 「알기 쉬운 법인세법 주제별 가이드 Ⅰ — 부당행위계산부인」, 법인세법 기본통칙 52-88…1, 대법원 80누466·91누13571·95누8751·2006두125 판례, 법제처 국가법령정보센터, 생활법령정보(찾기쉬운 생활법령정보) 등.

§1. 부당행위계산부인 제도 — 개념과 취지

부당행위계산부인이란, 내국법인이 특수관계인과의 거래를 통해 경제적 합리성 없이 소득에 대한 조세 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정될 때, 과세관청이 그 거래 자체의 사법상 효력은 인정하되 조세 측면에서만 해당 행위·계산을 부인하고 정상적 거래를 한 것으로 보아 소득금액을 재계산하는 제도입니다(법인세법 §52).

제도 취지는 과세 형평의 제고와 조세회피 방지입니다. 대법원은 “경제적 합리성의 유무는 거래행위의 대가관계만을 따로 떼어 판단해서는 안 되며, 비특수관계인 간의 거래가격·거래 당시 사정 등을 종합 고려해야 한다”라고 판시했습니다(대법원 95누8751, 1996.7.26.).

§2. 4대 적용요건 — 모두 충족해야 부인 가능

요건	핵심 내용	근거
① 적용대상 법인	영리 내국법인·비영리 내국법인(수익사업)·외국법인(국내원천소득)·청산법인·회생계획 이행 법인 포함. 단, 조특법 §72 당기순이익 과세 조합법인은 제외	법인세법 §52①, 조특법 §72, 기본통칙 52-88…1
② 특수관계인 거래	“행위 당시”(거래계약 체결시점) 기준으로 특수관계 존재 여부를 판단. 계약 시 특수관계였으면 이행시 소멸했어도 적용	법인세법 시행령 §87, 대법원 88누5273
③ 조세부담 감소	법인의 소득에 대한 조세를 부당하게 감소시킨 결과 발생	법인세법 §52①
④ 경제적 합리성 결여	건전한 사회통념·상관행에 비추어 비정상적 행위·계산. 거래 제반 사정을 종합 판단	대법원 95누8751, 2006두125

핵심 포인트: 4가지 요건 중 단 1개라도 결여되면 부인 불가. 특히 ④ 경제적 합리성은 거래 가격 차이만으로 단정할 수 없고, 경영판단·상거래 관행·정부정책 목적 등을 종합 판단합니다.

§3. 12가지 유형 — 법인세법 시행령 §88①

구분	유형(영§88①)	설명
자산 거래	제1호	자산 고가매입·현물출자 또는 과대상각
	제3호	자산 무상·저가양도·현물출자 (주식매수선택권 제외)
금전·용역 거래	제6호	금전·자산·용역을 무상·저리·저요율·저임대료로 대부·제공
	제7호	금전·자산·용역을 고리·고요율·고임차료로 차용·제공받음
자본 거래	제8호	불공정 합병·불균등 증자(신주 저·고가 발행 시 실권주 재배정·미배정·제3자배정·초과배정 등)·불균등 감자
	제8호의2	그 외 증·감자, 합병·분할, 전환사채 등 주식전환·인수·교환 자본거래로 이익 분여
기타 거래	제2호	무수익자산 매입·현물출자·비용 부담
	제3호의2	특수관계법인 간 불공정 합병·분할에 따른 양도손익 감소
	제4호	불량자산 차환·불량채권 양수
	제5호	출연금 대신 부담
	제7호의2	파생상품 권리 미행사·행사기간 조정으로 이익 분여
	제9호	위에 준하는 그 밖의 이익 분여 행위

§4. 기준금액 4가지 유형(❶~❹) — 2026년 시행

유형	기준금액 요건	적용 거래
❶	① (시가-거래가액)≥3억원 또는 ② (시가-거래가액)≥시가×5% (주권상장법인 주식은 미적용)	자산·금전 거래(제1·3·6·7호), 제9호 중 유사거래
❷	① 이익규모 3억원 이상 또는 ② 이익률 30% 이상	제8호 가목(합병 시 주식 외 재산 받으면 ①만), 신주 저·고가발행&실권주 미배정, 제8호 다목, 제8호의2 일부(현물출자 신주 고가 인수, 조직변경)
❸	① 이익규모 1억원 이상 또는 ② 이익률 30% 이상	전환사채 등 인수·취득 시, 특수관계인 양도 시
❹	이익규모 1억원 이상(이익률 요건 없음)	전환사채 등 전환가능기간 중 전환·양도 시

2026년 시행 당좌대출이자율 4.6%는 2016.3.7. 개정 이후 현재까지 유지되고 있어, 금전 대여·차용 시가 비교의 기준이 됩니다(국세청 안내).

§5. 부인 효과 — 소득금액 재계산과 소득처분

구분	귀속자	소득처분
사외유출	주주(주주인 임원·직원 제외)	배당
	임원·직원(주주인 임원·직원 포함)	상여
	법인·개인사업자	기타 사외유출
	그 외	기타소득
귀속자 불분명	—	대표자 상여
사외 미유출	—	사내유보

시가와의 차액 등은 익금산입 또는 손금불산입되어 법인세가 추징되고, 귀속자에는 위 소득처분에 따라 소득세 또는 원천징수 의무가 발생합니다(법인세법 시행령 §106①).

§6. 「국제조세조정에 관한 법률」과의 적용 우선순위

국외 특수관계인과의 국제거래는 「국제조세조정에 관한 법률」(국조법) §4②에 따라 이전가격 과세제도가 우선 적용되고, 「법인세법」 §52는 원칙적으로 적용되지 않습니다. 다만 국조법 시행령 §4에서 정한 ① 자산 무상이전·채무면제, ② 무수익자산 매입·현물출자·비용 부담, ③ 출연금 대신 부담, ④ 시행령 §88①제8호·제8호의2 해당 자본거래는 예외로 법인세법 부당행위계산부인이 우선 적용됩니다.

§7. 2026년 적용 사례 4선

구분	사례	판단
사례1 — 채권 포기	법인이 특수관계인에 대한 매출채권 5억원을 무상 포기	채권가액 상당 이익 분여로 보아 부인 (대법원 2018두56459)
사례2 — 고리 차용	특수관계인 차입금에 당좌대출이자율(4.6%) 초과 이율 적용. 시가-거래가액 차액이 3억원 또는 시가의 5% 이상	❶ 유형 기준금액 충족 시 부인 (대법원 2016두39573)
사례3 — 후순위차입금	후순위차입금에 선순위보다 높은 이자율 적용	지급조건 불리 — 경제적 합리성 인정, 부인 대상 아님 (대법원 2015두45298)
사례4 — 골프회원권	특수관계법인으로부터 목적사업과 무관한 골프회원권 매입	무수익자산 매입(제2호)으로 부인 (대법원 98두12055)

§8. 추가 적용 사례 6선 — 대법원 판례로 본 경제적 합리성 판단

유형	사례 요지	법원 판단	판례
상거래 관행	특수관계법인에게 자금을 간접 지원하여 간접적 편익 발생	특별한 사정이 없으면 부인할 수 없음 (국패)	대법원 2013두20127
경영판단	해외 현지법인 운영의무 이행을 위한 저리 자금 대여	경영판단으로 부인 대상 아님 (국패)	대법원 2020두31842
경영판단	대여금을 출자전환하여 기업을 존속시키려는 행위	경영합리성 인정 — 부인 대상 아님 (국패)	대법원 2009두12822
정부정책	지방공사에 공익적 목적으로 자금 무상 지원	조세회피 목적 없음 — 부인 대상 아님 (국패)	대법원 2017두63887
고가매입	특수관계인으로부터 비상장주식 매입 시 상증세법 평가액과 단순 비교	단순비교로 고가 매입 단정 불가 (국패)	대법원 2008두3197
저가양도	질권이 설정된 주식을 질권 해제 예정 상태에서 저가 양도	경제적 합리성 결여 — 부인 대상 (국승)	대법원 2006두5809

§9. 자산별 시가평가 적용 순서 — 시행령 §89

자산 구분	시가평가 적용 순서
상장주식	시가(거래소 최종시세가액)
비상장주식·출자지분	시가 → 상증법상 보충적 평가액
가상자산	시가 → 상증법상 보충적 평가액
그 외 자산	시가 → 감정가액 → 상증법상 보충적 평가액
금전 대여·차용	가중평균이자율 또는 당좌대출이자율 4.6%
자산 임대·용역 제공	시가 → 감정가액 → 상증법상 보충적 평가액 → 법인세법상 평가액

§10. 상장주식 시가 — 경영권 이전 여부별

거래시기	경영권 이전 수반	경영권 이전 미수반
한국거래소 거래	최종시세가액	최종시세가액
2021.2.17. 이후 장외·대량매매	거래가액 또는 최종시세가액 + 최대주주 할증평가액	최종시세가액

경영권 이전을 수반하는 거래에서는 최대주주 할증평가액이 시가에 가산되므로, 거래가액이 그보다 낮으면 부인 위험이 큽니다(생활법령정보).

자주 묻는 질문 (FAQ)

Q1. 청산중인 법인이나 회생계획 이행 중인 법인에도 부당행위계산부인이 적용되나요?

네, 적용됩니다. 법인세법 기본통칙 52-88…1에 따라 청산중인 법인과 회생계획인가결정을 받아 회생계획을 이행 중인 법인 모두 적용대상입니다. 다만 조세특례제한법 §72 당기순이익 과세를 적용받는 조합법인은 제외됩니다.

Q2. 거래계약 시점에는 특수관계였지만 이행시점에는 특수관계가 소멸했습니다. 부당행위계산부인이 적용될까요?

네, “행위 당시”는 거래 계약 체결시점을 의미하므로, 계약 시점의 특수관계가 인정되면 부당행위계산부인이 적용됩니다(대법원 88누5273).

Q3. 사법상 유효한 거래도 부인되나요?

부당행위계산부인은 사법상 적법·유효한 행위계산을 전제로 합니다. 즉, 거래의 사법상 효력은 그대로 두고, 조세 측면에서만 정상적 소득금액을 재계산하는 제도입니다(대법원 80누466).

Q4. 국외 특수관계인과의 거래는 항상 국제조세조정법이 적용되나요?

원칙적으로 국제거래는 국조법 §4②에 따라 이전가격 과세제도가 우선 적용되어 법인세법 §52는 적용되지 않습니다. 다만 자산 무상이전, 무수익자산 매입, 출연금 대신 부담, 시행령 §88①제8호·제8호의2 자본거래 등은 예외적으로 법인세법 부당행위계산부인이 우선 적용됩니다.

실무 체크리스트

• 특수관계인 거래 명세서 제출(법인세법 §52③) — 사업연도별 의무
• 거래 시점·계약일 명확화 — 특수관계 판정 기준
• 시가 입증자료 확보 — 감정가액·상증법상 보충적 평가액 순으로 검토
• 기준금액 ❶~❹ 유형별 한도 검토 — 3억/1억/5%/30%
• 소득처분 대비 — 사외유출 시 원천징수의무 발생

※ 본 글은 2026년 시행 「법인세법」·시행령·기본통칙 및 대법원 판례를 기준으로 작성된 정보 안내자료이며, 개별 사안의 결과를 보장하지 않습니다. 구체적 적용은 세무전문가의 자문을 권장합니다.