[법인세 부당행위계산부인] 2편: 자산거래 고가매입·저가양도 6대 실무 — 시가 입증·세무조정·대법원 6판례 (2026)

Q: 기준금액 요건 3억원과 시가 5%는 어떻게 적용하나요?

둘 중 어느 하나만 충족해도 부당행위계산부인 대상입니다(법인세법 시행령 §88③). 다만 2021.2.17. 이후 거래되는 상장주식은 거래소 거래 여부와 무관하게 기준금액 요건 자체를 적용하지 않습니다.

Q: 비상장주식 시가는 무조건 상증법 보충적 평가액인가요?

아닙니다. 대법원 2008두3197·2015두53114는 비상장주식이라도 일반적·정상적 매매사례가액이 있으면 그 가액이 시가이고, 보충적 평가는 매매사례가액·감정가액이 모두 없을 때만 적용된다고 판시했습니다.

Q: 정부정책에 따른 거래도 부당행위로 보나요?

경제적 합리성이 인정되면 배제됩니다. 대법원 2017두63887은 폐광지역 공기업이 지자체 요청으로 우회 자금지원한 행위를 조세회피 의도 없음으로 보아 부당행위가 아니라고 판시했습니다.

Q: 고가매입 후 자산을 양도하면 익금산입이 이중 부담되나요?

이중 부담이 아닙니다. 매입 시 손금산입(유보)된 시가초과액은 양도 시 익금산입(유보 추인)으로 환원되어 결과적으로 시가 기준 처분이익만 과세됩니다.

Q: 주식매수선택권 행사로 양도된 주식도 저가양도 부인 대상인가요?

발행주식총수의 10% 범위 내에서 부여·지급된 주식매수선택권 행사 양도는 영 §88①3호 단서로 부인 대상에서 제외됩니다.

5월, 수, 2026
Knowledge , Tax

참조한 정부기관 출처

법인세법 §52 조문, 법인세법 시행령 §88①1호·3호·§88③·§89, 상속세 및 증여세법 §60·§63, 국세청 「법인세 집행기준 52-88-1」, 기획재정부 간추린 개정세법 안내문, 국가법령정보센터 판례정보(대법원 2014두15450·2008두3197·2015두53114·2017두66312·2016두49167·2006두5809·2018두42283), 생활법령정보(법인세) 안내문.

2026년 시행 「법인세법」 §52와 시행령 §88①1호(고가매입)·3호(저가양도)는 특수관계인과의 자산거래에서 거래가액이 시가와 어긋나면 그 차액을 익금산입·소득처분합니다. 1편에서 4대 적용요건과 12가지 유형을 개괄했다면, 이번 2편은 가장 빈도 높은 고가매입·저가양도 6대 실무 쟁점(기준금액·시가 입증·세무조정·대표 판례)을 표·산식·대법원 판결로 정리합니다.

Table of Contents

1. 자산거래 부당행위 2가지 핵심 유형

법인세법 시행령 §88①은 고가매입(1호)과 무상·저가양도(3호)를 별도로 규정합니다. 두 유형 모두 기준금액 요건(영 §88③)을 충족해야 부인 대상이 됩니다.

구분	근거	거래가액 ↔ 시가	기준금액 요건(둘 중 하나)
고가매입·고가 현물출자	영 §88①1호	거래가액 > 시가	차액 ≥ 3억원 또는 차액 ≥ 시가 × 5%
무상·저가양도·저가 현물출자	영 §88①3호	거래가액 < 시가	차액 ≥ 3억원 또는 차액 ≥ 시가 × 5%
상장주식(2021.2.17.~)	영 §88④	거래소·장외 불문	기준금액 요건 적용 배제 — 단 한 푼 차이도 부인

※ 주식매수선택권 행사로 발행주식총수의 10% 범위에서 양도하는 주식은 부인 대상에서 제외(영 §88①3호 단서).

2. 시가 입증 — 3단계 우선순위

시가 산정은 부당행위 다툼의 80% 이상이 걸리는 핵심 쟁점입니다. 「법인세법」 §52②와 시행령 §89는 다음 순서로 시가를 적용합니다.

순위	적용 시가	요건·주의
1순위	매매사례가액 — 거래 전후 3개월 내 유사 거래	일반적·정상적 거래로 형성된 객관적 교환가치일 것(대법원 2014두15450)
2순위	감정평가법인 감정가액 2 이상의 평균	10억원 이하 자산은 1개 감정도 인정. 비상장주식·가상자산은 감정가액 제외
3순위	상증법 §60·§63 보충적 평가액(비상장주식 등)	매매사례가액·감정가액이 없을 때만 적용(대법원 2008두3197)

3. 세무조정 — 대금 지급 시점별 3패턴

고가매입의 경우 시가초과액을 ❶익금산입(귀속자 처분) + ❷손금산입(유보)으로 양변 처리해 자산가액을 시가로 환원합니다.

대금 지급	익금산입(사외유출 처분)	손금산입(유보)	후속 처리
전부 지급	시가초과액 전액 → 귀속자 처분(주주=배당, 임직원=상여)	자산 시가초과액 → 유보	감가상각·양도 시 시가초과액 비례로 손금불산입 또는 익금산입
일부 지급	지급분 중 시가초과액만 사외유출, 미지급분은 유보(익금)	자산 시가초과액 전액 → 유보	미지급금 결제 시 사외유출 + 익금산입(귀속자 처분)
전부 미지급	전액 유보(익금) — 사외유출 없음	자산 시가초과액 → 유보	실제 지급 시점에 일부지급 패턴으로 재처리

예시 — 대표자에게 시가 1억원 건물을 2억원에 매입(전부 지급, 20년 정액법)

매입 시: 익금산입 고가매입 1억원(상여) + 손금산입 건물 1억원(유보)
감가상각: 회사 1천만원 vs 세법 5백만원 → 손금불산입 5백만원(유보)
양도 시(2억원): 익금산입 건물 9,500만원(유보 추인)

4. 대법원 6대 판례로 본 적용·배제 경계

판례	유형	결론·핵심 논거
대법원 2014두15450 (2015.5.14.)	우회출자로 부실 계열사 주식 액면 매입	부인 배제 — 재무구조 개선 효과·조세회피 의도 없음 종합 판단
대법원 2008두3197 (2008.7.24.)	비상장주식 고가매입	부인 배제 — 상증법 보충적 평가액과 단순 비교만으론 부족, 경영권 프리미엄·가입자 기반 등 고려
대법원 2015두53114 (2016.1.14.)	비상장주식 11,000원 매입(제3자 매매사례 9,700원)	부인 적용 — 제3자간 매매사례가액이 시가, 경영권 방어 급박성도 없음
대법원 2017두66312 (2018.1.31.)	아파트 저가양도(동일 호실 13건 매매사례)	부인 적용 — 매매사례가액 있는 부동산 저가양도는 경제적 합리성 부정
대법원 2016두49167 (2016.11.10.)	중고 차량운반구 저가양도(시가 789백만 vs 양도 262백만)	부인 적용 — 건설기계 시가표준액 잔가율표가 시가의 객관적·합리적 근거
대법원 2018두42283 (2018.9.13.)	지방자치단체에 부동산 저가양도(일반상업지역 평가)	부인 적용 — 협약체결일 기준 이미 중심상업지역으로 변경 예정, 시가 부적정 평가

5. 2026 실무 체크리스트 5단계

특수관계 검증 — 법인세법 시행령 §2⑧의 13가지 관계(지배주주·임원·계열사 등) 우선 매핑.
거래일·기준일 확정 — 협약체결일 기준으로 시가 산정(대법원 2018두42283).
시가 3단계 입증 — 매매사례가액 우선 → 감정가액 → 보충적 평가. 비상장주식은 거래가액 있으면 보충적 평가 배제.
기준금액 요건 점검 — 차액 ≥ 3억원 또는 ≥ 시가 5%. 상장주식은 요건 불문 적용(영 §88④).
세무조정 양변 처리 — 익금산입(귀속자 처분) + 손금산입(유보)으로 자산가액을 시가로 환원, 후속 감가·양도 시 유보 추인.

6. 2026 추가 사례 — 정부정책과 경제적 합리성

대법원 2017두63887(2018.3.15.)은 폐광지역 공기업이 지자체에 지정기탁금으로 우회 자금지원한 사안에서 공익적 목적·정부정책 강제성을 이유로 부당행위 적용을 배제했습니다. 거꾸로 위 2018두42283 판결은 같은 지자체 거래라도 시가 부적정 평가는 부인 대상이라고 판시했습니다. 두 판결의 차이는 ❶조세회피 의도, ❷제3자 우회의 실질, ❸시가 평가의 적정성에서 갈리며, 2026년에도 동일한 3축 판단이 유지되고 있습니다(국세청 「법인세 집행기준 52-88-1」 안내).

FAQ

Q1. 기준금액 요건 3억원과 시가 5%는 어떻게 적용하나요?