[법인세 부당행위계산부인] 4편: 자본거래 11대 실무 — 불공정 합병 + 불균등 증자 8유형 (2026)

[법인세 부당행위계산부인] 4편: 자본거래 11대 실무 — 불공정 합병 + 불균등 증자 8유형 (2026)

참조한 정부기관 출처

「법인세법」 §52 조문, 「법인세법 시행령」 §88①8호·8호의2·§89⑥·§72②⑤·§106 조문, 「상속세 및 증여세법」 §38·§39·§39의2·§39의3·§40·§42의2 조문, 「상속세 및 증여세법 시행령」 §28③~⑦·§29② 조문, 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 §165의4·§9⑦ 조문, 국세청 「법인세 집행기준 52-88-8」 안내문, 기획재정부 「간추린 개정세법 — 자본거래 부당행위계산 명확화」, 국가법령정보센터 판례정보(대법원 2017두66244, 2021.9.30.), 헌법재판소 2001헌바13(2002.1.31.), 생활법령정보 「특수관계 법인 간 합병·증자」 안내문 등.

2026년 시행 「법인세법」 §52와 시행령 §88①8호·8호의2는 합병·증자·감자 등 자본거래로 특수관계 법인 주주에게 이익을 분여한 경우를 부당행위로 봅니다. 1~3편(개요·자산거래·금전거래)에 이어, 이번 4편은 실무 분쟁이 가장 잦은 불공정 합병 3대 요건과 불균등 증자 8대 유형을 표·산식·세무조정 패턴으로 압축 정리합니다. 모든 수치는 2026년 5월 기준이며, 익금산입액 계산은 「상증법」 관련 규정을 준용합니다(영 §89⑥).

1. 자본거래 부당행위 4유형과 이익계산의 기본 원리

1998.12.31. 시행령 §88①8호 신설로 불공정 합병·불균등 증자·불균등 감자가 명문화됐고, 2007.2.28. §88①8호의2 신설로 「현물출자·전환사채·조직변경」 등 기타 자본거래까지 포괄됐습니다(기획재정부 「간추린 개정세법」). 자본거래는 「법인세법」상 시가가 아닌 「상증법」 관련 규정을 준용해 분여이익을 계산하는 점이 자산·금전거래와 결정적으로 다릅니다.

자본거래 유형 근거 이익계산 준용 기준금액 요건(상증령)
불공정 합병 영 §88①8호 가목 상증법 §38, 상증령 §28③~⑦ Min(이익률 30% 이상, 이익규모 3억원 이상)
불균등 증자(8유형) 영 §88①8호 나목 상증법 §39, 상증령 §29② 실권주 미배정 유형만 30%·3억원 요건 적용
불균등 감자 영 §88①8호 다목 상증법 §39의2, 상증령 §29의2 Min(이익률 30% 이상, 이익규모 3억원 이상)
현물출자·전환사채·조직변경 등 영 §88①8호의2 상증법 §39의3·§40·§42의2 준용 유형별 1억~3억원 또는 30% 요건

준용 시 「상증법」의 “대주주”·“특수관계인”은 「법인세법」상 특수관계인으로, “이익”은 “특수관계인에게 분여한 이익”으로 치환합니다(영 §89⑥).

2. 불공정 합병 — 3대 적용요건과 분여이익 산식

특수관계 법인 간 합병에서 주식을 시가보다 높거나 낮게 평가해 불공정 비율로 합병하면, 주가가 과소평가된 법인의 법인 주주가 주가가 과대평가된 법인의 특수관계 주주에게 이익을 분여한 것으로 봅니다(영 §88①8호 가목).

요건 핵심 기준
❶ 특수관계 법인 간 합병 합병등기일 속하는 사업연도의 직전 사업연도 개시일~합병등기일 중 한 번이라도 특수관계 성립(영 §88② 단서)
❷ 법인 주주가 특수관계 다른 주주에게 이익 분여 주권상장법인 간 「자본시장법」 §165의4 합병은 적용 제외(2006.2.9. 신설)
❸ 기준금액 요건 충족 주식 교부 시 Min(이익률 30%, 이익규모 3억원) — 주식 외 재산 교부 시 이익규모 3억원만 적용

분여이익 산식 = (A − B) × C × D
A: 합병 후 신설·존속법인 1주당 평가가액, B: 합병비율을 반영한 주가과대평가법인의 합병 전 1주당 평가가액, C: 과대평가법인의 특수관계 주주가 합병으로 교부받은 주식수, D: 이익을 분여한 법인 주주의 합병 전 지분율.

예시 — 甲(1주당 4만원)이 乙(1주당 2만원)을 1:1로 흡수합병, 甲 주주 A법인(지분 50%)과 乙 주주 C법인은 특수관계. 합병 후 1주당 평가가액은 3만원, 이익률은 (30,000 − 20,000) / 30,000 = 33.3%로 30% 요건은 충족. 이익규모는 10,000원 × 5,000주 × 50% = 2,500만원 < 3억원이라 기준금액 요건 미충족 → 부인 미적용이 됩니다.

3. 합병 세무조정 — 분여자·수령자 처리 차이

구분 세무조정 소득처분
이익 분여 법인 주주 분여액 익금산입 귀속자에게 증여세 과세 시 「기타 사외유출」(영 §106①3호 자목)
이익 수령 법인 주주(피합병법인 주주) 분여받은 이익 익금산입 합병신주 취득가액에 가산(영 §72②5호)
이익 수령 법인 주주(합병법인 주주) 분여받은 이익 익금산입 보유주식 취득가액에 가산(영 §72⑤3호)

대법원 2017두66244(2021.9.30.)는 포합주식·자기주식에 합병신주가 공정비율보다 적게 배정된 사안에서 「합병 전 양 법인이 원고의 주주들에게 이익을 분여했다」고 보아 부인을 인정한 대표 판결입니다.

4. 불균등 증자 8유형 — 저가 4 + 고가 4

유상증자에서 신주를 균등 배정하지 않으면 신주가치 변동분이 특정 주주에게 쏠립니다. 이를 「상증법」 §39와 「법인세법」 시행령 §88①8호 나목은 8가지 유형으로 정리합니다(헌재 2001헌바13, 2002.1.31. — 실권주 배정은 실질적 증여).

유형 발행가 배정방식 이익 흐름
① 저가 실권주 재배정 실권 법인 주주 → 실권주 인수 특수관계 주주
② 저가 실권주 미배정 실권 법인 주주 → 청약·인수 잔존 주주(30%·3억원 요건 적용)
③ 저가 제3자 직접배정 기존 법인 주주(과소배정) → 제3자 인수자
④ 저가 기존주주 초과배정 과소배정 법인 주주 → 초과배정 특수관계 주주
⑤ 고가 실권주 재배정 실권주 인수 법인 주주 → 실권한 기존 주주
⑥ 고가 실권주 미배정 신주 인수 법인 주주 → 기존 주주(30%·3억원 요건 적용)
⑦ 고가 제3자 직접배정 신주 인수 법인(제3자) → 기존 주주
⑧ 고가 기존주주 초과배정 초과배정 법인 주주 → 과소배정 기존 주주

「자본시장법」 §9⑦에 따른 모집방법(공모)으로 실권주가 배정되는 경우는 8유형에서 제외됩니다.

5. 불균등 증자 세무조정 패턴

구분 이익 분여 법인(분여자) 이익 수령 법인(수증자)
저가 ① 실권주 재배정 실권한 법인 → 익금산입·기타사외유출 실권주 인수 법인 → 익금산입(신주 취득가액 가산·유보)
저가 ② 실권주 미배정 실권한 법인 → 익금산입(기준금액 30%·3억원 요건) 잔존 주주 → 익금산입·취득가액 가산
저가 ③·④ 과소배정 법인 → 익금산입 제3자·초과배정 법인 → 익금산입·취득가액 가산
고가 ⑤ 실권주 재배정 실권주 인수 법인 → 손금산입(유보) 후 익금산입 실권한 기존 주주 → 익금산입(보유주식 취득가액 가산)
고가 ⑥ 실권주 미배정 신주 인수 법인 → 손금산입(유보) 후 익금산입(기준금액 요건) 기존 주주 → 익금산입·취득가액 가산
고가 ⑦·⑧ 제3자·초과배정 법인 → 신주 취득가액 감액 기존 주주 → 익금산입·취득가액 가산

핵심은 ❶저가 발행은 실권·과소배정 측이 분여자, 고가 발행은 인수·초과배정 측이 분여자라는 점, ❷고가 발행에서는 인수 법인이 시가보다 비싸게 산 주식이므로 취득가액 감액(유보)이 함께 일어난다는 점입니다.

6. 「법인세법」 vs 「상증법」 — 기준금액·특수관계 적용표

유형 법인세법(특수관계/기준금액) 상증법(특수관계/기준금액)
저가 실권주 재배정·제3자 직접배정·초과배정 특수관계 ○ / 기준금액 × 특수관계 × / 기준금액 ×
저가 실권주 미배정 특수관계 ○ / 기준금액 ○ 특수관계 ○ / 기준금액 ○
고가 실권주 재배정·제3자 직접배정·초과배정 특수관계 ○ / 기준금액 × 특수관계 ○ / 기준금액 ×
고가 실권주 미배정 특수관계 ○ / 기준금액 ○ 특수관계 ○ / 기준금액 ○

저가 실권주 재배정은 「법인세법」은 특수관계만 요구하지만, 「상증법」은 특수관계 자체를 묻지 않는 점이 가장 큰 차이입니다(국세청 「법인세 집행기준 52-88-8」).

7. 2026 실무 체크리스트 5단계

  1. 특수관계 판정 시점 확인 — 합병은 직전 사업연도 개시일~합병등기일, 증자는 신주배정일 기준.
  2. 「자본시장법」 §165의4·§9⑦ 적용 여부 — 상장법인 합병·공모 실권주는 부인 배제.
  3. 1주당 평가가액(A·B) 산정 — 상장이면 합병등기일 이후 2개월 평균액과 단순평균액 중 작은 값, 비상장이면 단순평균액.
  4. 기준금액 요건 매핑 — 합병·감자·고저가 실권주 미배정만 30%·3억원 요건 적용.
  5. 세무조정 짝 처리 — 분여자(익금산입·기타사외유출) ↔ 수증자(익금산입·취득가액 가산) 동시 점검, 고가 인수자는 「유보」 후 「취득가액 감액」.

8. 2026 추가 사례 — 포합주식·자기주식 합병의 분기점

대법원 2017두66244는 합병 시 합병법인이 보유한 피합병법인 주식(포합주식)과 피합병법인의 자기주식에 대해 공정 합병비율보다 적게 합병신주를 배정한 사안에서, 「상증법」 보충적 평가로 재산정한 결과 합병비율이 1:0.35898로 산출돼 합병 전 양 법인이 원고의 주주들에게 이익을 분여했다고 봤습니다. 합병 실무에서 ❶포합주식·자기주식에 대해 합병신주를 0주 또는 과소 배정하는 통상적 처리도, ❷공정비율과 큰 격차가 있으면 부인 대상이 될 수 있다는 점을 분명히 한 판례입니다. 2026년 기준 국세청 「법인세 집행기준 52-88-8」 역시 이 법리를 그대로 인용하고 있습니다.

FAQ

Q1. 상장법인 간 합병도 부당행위계산부인 대상인가요?

「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 §165의4에 따라 합병하는 경우에는 시행령 §88①8호 가목 단서에 따라 부인 대상에서 제외됩니다. 「상증법」도 동일하게 증여세 과세 대상에서 제외해 형평을 맞춥니다.

Q2. 합병 분여이익을 받은 법인 주주는 어떻게 처리하나요?

분여받은 이익을 익금산입하되, 피합병법인의 주주였다면 합병신주 취득가액에 가산(영 §72②5호), 합병법인의 주주였다면 보유주식 취득가액에 가산(영 §72⑤3호)합니다. 이후 그 주식 처분 시 양도손익이 자동으로 조정됩니다.

Q3. 불균등 증자 8유형 중 기준금액 요건이 적용되는 것은 무엇인가요?

저가 발행 실권주 미배정(유형 ②)과 고가 발행 실권주 미배정(유형 ⑥) 두 가지에만 이익률 30% 또는 이익규모 3억원(둘 중 작은 금액) 기준이 적용됩니다. 나머지 6개 유형은 기준금액 요건 없이 특수관계 성립만으로 부인 대상이 됩니다.

Q4. 고가 발행으로 신주를 인수한 법인은 왜 「손금산입(유보)」을 하나요?

시가보다 비싸게 산 신주이므로 회계상 취득가액은 과대 계상되어 있습니다. 세무상으로는 「(인수가액 − 시가) × 인수주식수」만큼 신주 취득가액을 감액해야 하며, 이를 「손금산입(△유보)」로 반영합니다. 동시에 기존 주주에게 분여한 이익은 익금산입·기타사외유출로 처분합니다.

Q5. 합병 후 자회사 청산이 예정된 경우에도 부인 규정이 적용되나요?

합병등기일을 기준으로 부인 요건을 판단하므로, 사후 청산 계획 자체로는 영향이 없습니다. 다만 합병 자체가 채무면제·자금지원의 우회 형식으로 인정되면 영 §88①6호(자금 무상지원)나 §88①9호(기타 이익분여)로 별도 부인이 적용될 수 있다는 점에 유의해야 합니다.