[법인세 부당행위계산부인] 9편: 기타거래 5유형 — 불공정 비율 합병·출연금 대납·파생상품 권리 포기와 대법원 6판례 (2026)

참조 출처: 이 글은 법인세법 제52조 조문, 법인세법 시행령 제88조·제106조, 국세청 「알기 쉬운 법인세법 주제별 가이드 Ⅰ(부당행위계산부인)」, 국세법령정보시스템 예규(기획재정부 법인세제과-56, 법인세과-38), 기획재정부 세법 개정 안내 등 정부기관 자료를 근거로 2026년 기준으로 정리했습니다.

8편까지 자본거래 유형을 모두 살펴봤습니다. 이번 9편은 제Ⅴ장의 마지막 묶음인 기타거래 5유형입니다. 무수익자산 매입(시행령 제88조 제1항 제2호)은 5편에서 이미 다뤘으므로, 여기서는 나머지 다섯 가지 — 불공정 비율 합병·분할(제3호의2), 불량자산 차환·불량채권 양수(제4호), 출연금 대납(제5호), 파생상품 권리 포기(제7호의2), 그 밖의 이익 분여(제9호)를 정리합니다.

1. 기타거래 5유형 한눈에 보기

유형	근거(영 §88①)	핵심 세무조정	주요 판례
불공정 비율 합병·분할로 양도손익 감소	제3호의2	시가와 거래가액 차액 익금산입	기재부 법인세제과-56
불량자산 차환·불량채권 양수	제4호	차액 익금산입 + 자산 감액 손금산입(유보)	대법원 2012두4111
출연금 대납	제5호	대납액 손금불산입(귀속자 소득처분)	—
파생상품 권리 포기	제7호의2	분여이익 익금산입	대법원 2014두335
그 밖의 이익 분여(포괄)	제9호	각 유형의 예에 따름	대법원 2022두46053 외 3건

2. 불공정 비율 합병·분할에 따른 양도손익 감소 (제3호의2)

합병·분할 시 피합병법인·분할법인은 자산을 양도한 것으로 보아 양도가액 − 순자산 장부가액 = 양도손익에 법인세가 과세됩니다. 특수관계법인 간에 기업가치를 무시한 불공정 비율로 합병·분할해 이 양도손익을 줄이면 부당행위계산부인이 적용됩니다. 주의할 점은 4편의 불공정 합병(제8호 가목)이 주주 간 이익 분여를 겨냥한 것과 달리, 제3호의2는 법인 단계의 양도손익 왜곡을 겨냥한다는 것입니다.

다만 다음 세 경우에는 적용하지 않습니다.

적용 배제 사유	근거
자본시장법 제165조의4에 따른 합병·분할(상장법인 합병가액 산정 준수)	영 §88①3호의2 단서
적격합병·적격 인적분할(양도가액 = 순자산 장부가액 → 양도손익 0)	기획재정부 법인세제과-56(2016.1.21.)
완전모자회사 간 무증자 합병(합병대가 미교부)	법인세과-38(2013.1.16.)

상장법인이 포함된 합병은 자본시장법 시행령 제176조의5에 따라 최근 1개월 평균종가·1주일 평균종가·최근일 종가를 산술평균한 기준시가의 70~130%(계열사 간 90~110%) 범위에서 합병가액을 정하므로, 이 절차를 지킨 합병은 비율 자체를 문제 삼지 않는 구조입니다.

세무조정 예시: A법인이 특수관계법인 B법인을 비적격 흡수합병하면서 B법인의 순자산 시가 300억원(장부가액 100억원)을 200억원으로 낮게 평가해 합병대가 200억원을 지급했다면, 회계상 양도손익은 100억원이지만 세무상 양도손익은 200억원이므로 차액 100억원을 익금산입(기타사외유출)합니다. 합병 양도손익의 기본 구조는 합병세제 8편을 참고하세요.

3. 불량자산의 차환 또는 불량채권의 양수 (제4호)

회수 불가능한 부도어음을 출자자로부터 양수하거나, 법인전환 사업양수도에서 회수불능채권을 떠안는 경우가 전형입니다. 거래가액과 시가의 차액을 익금산입해 귀속자에게 소득처분하고, 과대평가된 자산가액을 조정하기 위해 같은 금액을 손금산입(유보)합니다.

구분	처리
예시 거래	시가 1억원 토지를 주고 회수불능 부도어음을 양수
익금산입	사외유출 1억원(주주 귀속 시 배당)
손금산입	어음 1억원(유보) — 자산 과대계상 조정

반면 대법원 2012두4111(2015.1.25.)은 합병에 의한 포괄승계로 피합병 카드사의 회수불능채권을 장부가액으로 승계한 사안에서, 제1호·제4호는 자산의 특정승계나 현물출자를 전제로 한 규정이므로 합병 포괄승계에는 적용될 수 없다며 과세를 취소했습니다(국패). 같은 채권 인수라도 개별 양수인지 합병 승계인지에 따라 결론이 갈립니다.

4. 출연금의 대납 (제5호)

대표이사 개인이 출연하기로 하고 설립인가를 받은 학교법인 등 비영리법인에 회사가 대신 출연하는 경우입니다. 대납 출연금 전액을 손금불산입하고 귀속자(대표이사)에게 상여 등으로 소득처분한 뒤, 법인의 기부금으로 손금산입 가능한 부분만 손금산입(기타)합니다. 예컨대 200억원을 대납했고 기부금 한도가 100억원이라면 손금불산입 200억원(상여) + 손금산입 100억원(기타)으로 조정합니다.

5. 파생상품에 근거한 권리의 포기 (제7호의2)

선도·선물·스왑·옵션 등 파생상품의 권리를 일부러 행사하지 않거나 행사기간을 조정하는 방법으로 이익을 분여하면 부당행위입니다. 환율·이자율 급등락에 따른 파생상품 거래가 일반화되자 2007년 2월 28일 시행령 개정으로 추가된 유형입니다. 콜옵션 행사로 시가 1만원 주식을 5천원에 20만주 취득할 수 있었던 A법인이 이를 포기하고 특수관계 B법인이 전부 행사하게 했다면, 행사가격과 시가의 차이 10억원을 익금산입(기타사외유출)합니다.

대법원 2014두335(2015.11.26.)는 내국법인이 국외 특수관계자에게 콜옵션 전부를 행사하게 한 사안에서, 이전가격세제 적용이 어렵고 실질이 이익의 무상 이전인 경우 국제거래라도 법인세법 부당행위계산부인을 적용할 수 있다고 판단했습니다(국승).

6. 그 밖에 법인의 이익 분여 (제9호) — 포괄 규정

모든 유형을 법령에 다 담을 수 없으므로, 제9호는 앞의 각 호에 준하는 행위·계산 및 그 외 이익을 분여한 경우를 포괄적으로 규정합니다. 이때 자산거래(제1호·제3호)나 금전거래(제6호·제7호)에 준하는 행위라면 기준금액 요건(시가와 차액이 3억원 이상이거나 시가의 5% 이상, 영 §88③)이 그대로 적용됩니다. 요건 전반은 1편을 참고하세요.

대법원 판례	사안	결론
2022두46053(2022.9.29.)	고금리 차입 상태에서 저율 정기예금 예치 후 지주회사 대출금에 무상담보 제공	이익 분여에 해당(국승)
2013두26606(2014.4.24.)	계열사 지급보증 구상채무의 지연손해금 지급(정리계획에서 구상채권 제외)	이익 분여에 해당(국승)
2001두9394(2003.6.13.)	고가 매수 예정 사실을 알면서 프로야구단 주식을 계열사에 액면가 양도	차액 상당 이익 분여(국승)
95누18697(1997.5.28.)	유상증자 시 특수관계 주주는 액면가만, 제3자는 주식발행초과금까지 납입	이익 분여에 해당(국승)

무상담보 판례는 3편의 금전 대여와 구별됩니다. 자금을 직접 빌려주지 않고 담보만 제공해도, 유동성 상실과 예금 상실 위험을 무상으로 감수했다면 제9호의 이익 분여로 과세된다는 점에서 포괄 규정의 실질적 사정거리를 보여줍니다.

7. 실무 점검 4단계

1. 1단계 — 거래 유형 식별: 특수관계인과의 거래가 합병·분할 비율, 채권 양수, 출연금, 파생상품, 담보·보증 등 기타거래 5유형에 해당하는지 확인합니다.
2. 2단계 — 적용 배제 검토: 자본시장법 준수 합병, 적격합병·인적분할, 완전모자회사 무증자 합병, 합병 포괄승계 등 배제 사유를 먼저 검토합니다.
3. 3단계 — 기준금액 판정: 제9호로 과세되는 자산·금전 준하는 거래는 차액 3억원 이상 또는 시가의 5% 이상인지 판정합니다.
4. 4단계 — 세무조정·소득처분: 차액을 익금산입하고 영 §106에 따라 귀속자별(주주 배당, 임직원 상여, 법인 기타사외유출)로 소득처분합니다.

8. 응용 사례

사례 1 — 완전자회사 흡수합병 시 무증자 합병

지배회사가 100% 종속회사를 흡수합병하면서 합병 전 취득한 주식에 합병신주를 교부하지 않았습니다. 법인세과-38에 따라 양도손익을 감소시킨 경우에 해당하지 않으므로 제3호의2가 적용되지 않습니다.

사례 2 — 외국법인 완전자회사 간 적격합병

외국법인이 각각 100% 출자한 내국법인 완전자회사끼리 적격합병 요건을 갖춰 양도손익이 없는 것으로 했다면, 기획재정부 법인세제과-56에 따라 합병비율이 불공정해도 제3호의2에 해당하지 않습니다.

사례 3 — 지배주주 비용 대납

A법인이 지배주주가 부담할 비용 1억원을 대신 부담하면 제9호가 적용되어 손금불산입 1억원(배당)으로 조정합니다. 출연금 대납(제5호)과 구조는 같지만 비영리법인 출연이 아닌 일반 비용이므로 포괄 규정으로 과세됩니다.

사례 4 — 옵션 행사기간 조정으로 이익 이전

A법인이 만기 직전 행사하면 이익이 확실한 통화옵션의 행사기간을 특수관계 B법인에 유리하게 연장·조정해 B법인이 그 이익을 얻게 했다면, 권리를 완전히 포기하지 않았더라도 제7호의2의 “행사기간을 조정하는 등의 방법”에 해당해 분여이익을 익금산입합니다. 권리 포기뿐 아니라 행사 조건의 변경도 과세 대상이라는 점을 놓치기 쉽습니다.

자주 묻는 질문 (FAQ)

Q1. 불공정 비율 합병이면 항상 부당행위계산부인이 적용되나요?

아니요. 자본시장법 제165조의4에 따른 합병·분할, 양도손익이 0인 적격합병·적격 인적분할(기획재정부 법인세제과-56), 완전모자회사 간 무증자 합병(법인세과-38)에는 적용되지 않습니다. 비적격 합병에서 특수관계법인 간 불공정 비율로 양도손익을 줄인 경우에만 차액을 익금산입합니다.

Q2. 합병으로 부실채권을 장부가액 승계해도 불량채권 양수로 과세되나요?

아니요. 대법원 2012두4111은 시행령 제88조 제1항 제4호가 자산의 특정승계나 현물출자를 전제로 한 규정이므로 합병에 의한 포괄승계에는 적용될 수 없다고 판단했습니다. 개별 매매로 회수불능채권을 양수한 경우와 달리 합병 승계는 과세 대상이 아닙니다.

Q3. 특수관계법인 대출에 담보만 제공하고 대가를 안 받으면 문제가 되나요?

네. 대법원 2022두46053은 고금리 차입금을 상환하지 않은 채 저율 정기예금에 예치하고 지주회사 대출금에 무상으로 질권을 설정한 행위를 시행령 제88조 제1항 제9호의 이익 분여로 보아 부당행위계산부인을 적용했습니다. 직접 금전을 빌려주지 않아도 과세될 수 있습니다.

Q4. 제9호 포괄 규정에도 3억원·5% 기준금액이 적용되나요?

자산거래(제1호·제3호)와 금전 등의 거래(제6호·제7호)에 준하는 행위·계산에 해당하는 경우에는 시가와 거래가액의 차액이 3억원 이상이거나 시가의 5% 이상이어야 합니다(시행령 제88조 제3항). 그 외의 이익 분여 유형에는 기준금액 요건이 적용되지 않습니다.

이번 9편으로 제Ⅴ장 부당행위계산의 유형을 모두 정리했습니다. 시가 산정 원칙과 경제적 합리성 판례 분석은 이어지는 편에서 다룹니다.