[법인세 부당행위계산부인] 10편: 시가 산정 — 자산별 적용 순서 6가지와 판정시기·입증책임 (2026)

참조 출처: 이 글은 법인세법 제52조 조문, 법인세법 시행령 제89조, 상속세 및 증여세법 제60조·제63조, 국세청 「알기 쉬운 법인세법 주제별 가이드 Ⅰ(부당행위계산부인)」, 국세법령정보시스템 예규·판례(기획재정부 법인세제과-48 외), 기획재정부 세법 개정 보도자료 등 정부기관 자료를 근거로 2026년 기준으로 정리했습니다.

9편까지 부당행위계산부인의 거래 유형을 모두 살펴봤습니다. 그런데 어느 유형이든 과세의 출발점은 결국 하나, “시가가 얼마인가”입니다. 이번 10편은 법인세법 시행령 제89조의 시가 산정 체계 — 자산별 적용 순서, 상장·비상장주식 시가, 감정가액과 소급감정, 그리고 판정시기와 입증책임까지 정리합니다.

1. 자산별 시가 적용 순서 6가지

시가란 건전한 사회 통념과 상거래 관행, 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격입니다. 해당 법인이 불특정다수인과 계속 거래한 가격이나 제3자 간에 일반적으로 거래된 가격이 있으면 그 가격이 곧 시가이고, 시가가 불분명하면 자산 종류에 따라 다음 순서로 내려갑니다.

구분	시가평가 순서(영 §89 ①~⑥)
① 상장주식	시가(거래가액·최종시세가액)
② 그 외 주식·출자지분	시가 → 상증법상 보충적 평가액 (감정가액 배제)
③ 가상자산	시가 → 상증법상 보충적 평가액 (감정가액 배제)
④ 기타 자산	시가 → 감정가액 → 상증법상 보충적 평가액
⑤ 금전의 대여·차용	가중평균차입이자율 또는 당좌대출이자율(4.6%)
⑥ 자산 임대·용역 제공	시가 → 감정가액 → 보충적 평가액 → 법인세법상 평가액

⑤ 금전 대여의 인정이자 산식과 ⑥ 임대·용역의 법인세법상 평가액 산식은 3편에서 이미 다뤘으므로, 이번 글은 ①~④의 자산 시가에 집중합니다.

2. 상장주식의 시가 — 거래 방법에 따라 3가지

거래 방법	시가
한국거래소에서 거래	거래가액 (경영권 이전 여부 무관)
장외거래·대량매매 + 경영권 이전 수반	거래일 최종시세가액 + 최대주주 할증평가액(20%)
장외거래·대량매매 + 경영권 이전 미수반	거래일 최종시세가액

경영권 이전 수반이란 상증법 제63조 제3항의 최대주주가 변경되거나, 최대주주 간 거래로 보유비율이 1% 이상 변동되는 경우를 말합니다. 다만 중소기업기본법상 중소기업이 발행한 주식, 3년 연속 결손법인 주식, 회생계획·기업개선계획·사업재편계획 이행을 위한 거래 등은 할증평가에서 제외됩니다. 이 체계는 2021년 2월 17일 시행령 개정으로 명문화된 것으로, 개정 전에는 장외 경영권 이전 거래를 유권해석(기획재정부 법인세제과-48)으로 보충적 평가액+할증으로 처리했습니다.

3. 비상장주식·가상자산의 시가

비상장주식도 매매사실이 있으면 그 거래가액이 시가가 될 수 있습니다. 다만 대법원은 해당 거래가 일반적이고 정상적인 방법으로 이루어져 객관적 교환가치를 적정하게 반영해야 시가로 인정합니다(대법원 2010두26988). 실제로 특수관계인에게 주당 125,000원에 양도한 같은 날, 주식거래를 본업으로 하는 비특수관계 증권사에 75,000주를 주당 100,000원에 양도한 사안에서 대법원은 100,000원을 시가로 인정했습니다(대법원 2012두24863).

주식·출자지분과 가상자산은 시가가 불분명해도 감정가액을 적용할 수 없고 곧바로 상증법상 보충적 평가액으로 갑니다. 가상자산은 2022년 1월 1일 이후 거래분부터 감정가액 배제 대상에 추가됐고, 보충적 평가는 평가일 전·후 1개월 일평균가격의 평균액입니다(기획재정부 2020년 세법개정 후속 시행령).

4. 감정가액 — 단일 감정 인정, 소급감정 다툼

감정가액은 감정평가법인 또는 감정평가사가 감정한 가액이며, 2 이상이면 평균액을 씁니다. 상증법과 달리 법인세법은 단일 감정가액도 인정하고 평가기간 제한도 없습니다.

구분	법인세법(영 §89②)	상증법(법 §60⑤)
감정기관 수	1곳도 인정	원칙 2곳 이상(기준시가 10억원 이하 부동산은 1곳)
평가기간	규정 없음	평가기준일 전후 6개월(증여는 전 6개월·후 3개월)
감정기관 제재	규정 없음	재감정가액의 80% 미달 시 시가불인정 기관 지정 가능

주의할 점 두 가지입니다. 첫째, 상법 제298조에 따라 법원이 선임한 검사인은 감정기관이 아니므로 현물출자 자산에 대한 법원검사인의 감정가액은 시가가 아닙니다(법인세법 기본통칙 52-89…1). 둘째, 소급감정은 국세청과 법원의 입장이 갈립니다. 국세청은 거래 당시 감정한 가액만 인정하는 입장이지만, 대법원은 거래일 기준으로 소급하여 감정한 가액도 신뢰성이 있으면 시가로 볼 수 있다고 일관되게 판시합니다(대법원 90누4761, 2000두6244).

5. 상증법상 보충적 평가액

시가도 감정가액도 없으면 상증법 제38조·제39조, 제61조~제66조를 준용해 평가합니다. 토지는 개별공시지가, 건물은 국세청장 고시가액, 비상장주식은 순손익가치와 순자산가치를 3:2로 가중평균(부동산과다보유법인은 2:3)한 가액이 기본입니다. 비상장주식 보충적 평가의 상세 산식과 쟁점은 비상장주식 평가 시리즈에서 별도로 다뤘으니 참고하세요. 한편 상장주식을 보충적 평가로 갈 때는 평가기준일 이전·이후 각 2개월간 종가 평균액을 쓰되, 법인세법 준용 시에는 “직전 6개월” 기준을 적용하는 차이가 있습니다.

6. 시가의 판정시기 — 판단은 계약 시, 익금산입은 양도 시

매매계약일과 양도(취득)시기가 다르면 어느 시점의 시가로 보는지가 자주 다투어집니다. 대법원은 두 시점을 나눠 봅니다(대법원 2007두14978).

구분	기준시점	근거
부당행위 해당 여부 판단	행위 당시 = 대금을 확정 짓는 계약체결 시	영 §88②, 대법원 88누5273
익금산입액(소득처분액) 산정	취득·양도 시	대법원 2007두14978

기획재정부는 ‘행위 당시’를 주요 거래조건을 확정하고 당사자 간 구속력 있는 합의가 있는 시점으로 해석합니다(법인세제과-48). 유권해석상 상장주식 매매는 매매계약일 최종시세가액, 임대차는 계약일 기준으로 판단해 계약기간 내 계속 적용, 콜옵션·풋옵션에 따른 양도는 옵션계약일 기준입니다.

7. 입증책임은 과세관청에 — 판례 5선

과세관청이 납세자와 다른 가액을 시가로 주장하면 그 입증책임은 과세관청에 있습니다(대법원 95누5301). 제3자 간 거래가격이라도 객관적 교환가치를 적정하게 반영하지 못하면 시가가 아닙니다(대법원 2003두12493).

판례	사안	결론
대법원 2017두51167	계열사 IT용역에 공표 고시단가 적용, 비계열사엔 할인단가	거래 상황이 달라 할인단가는 시가 아님(국패)
대법원 2012두12006	특수관계사 간 완성차 운송용역료를 부품운송의 시가로 원용	유사 용역 아님, 과세 위법(국패)
대법원 2014두45291	원청 지정단가보다 20% 올려 특수관계 하청에 지급	지정단가가 시가, 과세 적법(국승)
대법원 2008두16445	유상증자가 10,000원, 특수관계인에 11,000원 양도	매매사례가액 불인정, 보충적 평가 31,960원 적용(국승)
대법원 2005두3059	가격 등락 큰 비상장주식의 제3자 거래 2건을 시가로 주장	교환가치 반영 부족, 보충적 평가로 산정(국패)

8. 적용 사례 — 판정시기와 익금산입액이 달라지는 경우

A법인이 2026년 3월 2일 대표이사에게 비상장주식을 주당 50,000원에 양도하는 계약을 체결하고, 잔금은 6월 30일에 받았다고 합시다. 계약일의 보충적 평가액이 60,000원, 잔금일(양도시기)의 평가액이 70,000원이라면 판단과 조정은 이렇게 나뉩니다.

단계	기준시점	적용 가액	결과
부당행위 해당 여부	계약체결일(3.2.)	시가 60,000원 vs 거래가 50,000원	차액 10,000원 ≥ 시가의 5% → 부인 대상
익금산입액 산정	양도시기(6.30.)	시가 70,000원	주당 20,000원 익금산입(상여)

판단 시점에서는 5% 기준을 겨우 넘었지만, 익금산입액은 양도시기 시가로 계산되어 조정 금액이 두 배로 커졌습니다. 계약과 이행 사이 간격이 긴 거래일수록 두 시점을 분리해 검토해야 하는 이유입니다.

9. 실무 체크 4단계

1. 자산 유형 분류: 거래 대상이 상장주식·비상장주식·가상자산·기타 자산·금전·용역 중 어디인지 확인하고 영 제89조의 적용 순서를 정합니다.
2. 매매사례가액 검토: 불특정다수·제3자 간 정상 거래가격이 있는지, 거래 상황이 유사한지, 가격 변동이 없는지 검증합니다.
3. 감정·보충적 평가 진행: 기타 자산은 감정가액(단일 인정), 주식·가상자산은 곧바로 상증법 보충적 평가로 갑니다. 필요 시 소급감정 판례를 활용합니다.
4. 판정시기 고정: 계약체결일 기준으로 시가와 거래가액 차이가 3억원 이상 또는 시가의 5% 이상인지 확인하고, 익금산입액은 양도·취득 시점 시가로 계산합니다.

FAQ

Q1. 상장주식을 거래소에서 시가보다 싸게 넘겨도 부당행위인가요?

한국거래소에서 거래한 경우 경영권 이전 여부와 무관하게 그 거래가액 자체가 시가입니다. 따라서 거래소 내 거래는 원칙적으로 시가 거래로 인정되고, 장외거래·대량매매일 때만 최종시세가액(경영권 이전 수반 시 20% 할증)과 비교합니다.

Q2. 비상장주식을 감정평가 받으면 그 가액을 시가로 쓸 수 있나요?

없습니다. 주식·출자지분과 가상자산은 감정가액 적용이 배제되므로, 시가가 불분명하면 상증법상 보충적 평가액(순손익가치 3 : 순자산가치 2 가중평균 등)으로 평가해야 합니다.

Q3. 과세관청이 소급감정으로 시가를 산정해 과세할 수 있나요?

대법원은 거래일 기준으로 소급 감정한 가액도 신뢰성이 있으면 시가로 인정합니다(90누4761). 반대로 납세자도 소급감정을 방어 자료로 쓸 수 있습니다. 다만 국세청 유권해석은 거래 당시 감정만 인정하는 입장이어서 사전 감정이 가장 안전합니다.

Q4. 계약일과 잔금일 사이에 시가가 급등하면 어떻게 되나요?

부당행위 해당 여부는 대금을 확정한 계약체결 시점의 시가로 판단하므로, 계약 후 급등은 원칙적으로 문제되지 않습니다. 다만 부당행위에 해당한다고 판정되면 익금산입할 금액은 양도·취득 시점의 시가로 산정합니다(대법원 2007두14978).

마무리

시가는 부당행위계산부인의 적용 요건 판단과 세무조정 금액 산정 모두를 지배하는 기준입니다. 자산별 적용 순서를 지키고, 매매사례가액의 ‘유사성’과 ‘객관적 교환가치’를 입증 자료로 남겨두는 것이 분쟁 예방의 핵심입니다. 다음 편에서는 시리즈 마지막 주제로 경제적 합리성에 관한 판례 분석을 다룰 예정입니다.