[법인세 부당행위계산부인] 11편(완결): 경제적 합리성 — 상거래 관행·경영판단·정부정책 대법원 판례 18선 (2026)

참조 출처: 이 글은 법인세법 제52조 조문, 법인세법 시행령 제88조, 국세청 「알기 쉬운 법인세법 주제별 가이드 Ⅰ(부당행위계산부인)」, 국세법령정보시스템 대법원 판례(2016두40375·2017두63887 외 18건), 기획재정부 세법 해설자료 등 정부기관 자료를 근거로 2026년 기준으로 정리했습니다.

부당행위계산부인 시리즈의 마지막 11편입니다. 1편의 적용 요건부터 10편의 시가 산정까지 왔다면, 마지막 관문은 “시가와 다른 거래라도 경제적 합리성이 있으면 부인할 수 없다”는 법리입니다. 이번 글은 국세청 가이드가 상거래 관행·경영판단·정부정책 3가지로 분류한 대법원 판례 18건을 한눈에 정리합니다.

1. 경제적 합리성이란 — 판단의 대원칙

부당행위계산이란 정상적인 경제인의 합리적 거래형식에 의하지 않고 우회행위·다단계행위 그 밖의 이상한 거래형식으로 조세부담을 경감·배제시키는 행위를 말합니다(대법원 2002두11479). 대법원이 반복 확인하는 판단 기준은 3가지입니다.

대원칙	내용
사회통념·상관행 기준	제반 사정을 구체적으로 고려해 건전한 사회통념이나 상거래 관행에 비추어 합리성을 결한 비정상적 거래인지로 판단
비전형 거래 ≠ 비합리	비특수관계인 간에는 통상 행해지지 않는 거래형태라는 이유만으로 곧바로 경제적 합리성을 부정해서는 안 됨
특별한 사정 예외	시가에서 벗어난 거래라도 특수관계의 영향이 아닌 다른 특별한 사정에 의한 것이면 조세부담이 줄어도 부인 불가

즉 시가 괴리(10편)가 확인돼도 과세가 자동으로 확정되는 것이 아니라, 경제적 합리성이라는 두 번째 관문을 통과해야 합니다. 국세청 가이드는 이 판단을 상거래 관행·경영판단·정부정책 3가지 유형으로 나눕니다.

2. 상거래 관행에 따른 경제적 합리성 — 9건

먼저 거래조건 자체가 업계 관행상 설명되는지를 본 판례들입니다. 합리성이 인정된 5건부터 보겠습니다.

판례	사안	인정 이유
대법원 2016두40375	대주주 후순위 차입금에 연 12~20% 고이율 지급	후순위는 상환기간·담보에서 불리하고 미회수 위험 부담 — 고이율이 합리적
대법원 2013두20127	비특수관계 시행사에서 아파트·호텔 매입, 대금이 계열 건설사 채무변제에 사용	수익 관련 자산의 정상 매입이면 특수관계인이 간접 편익을 얻어도 부인 불가
대법원 2010두19294	당좌대출이자율(9~11%)보다 낮은 연 8% 교환사채 인수	교환청구권 가치만큼 이자율이 낮은 것이 일반적, 동급(A) 회사채 수익률 7.73%와 유사
대법원 2008두21003	일괄 양도 시 특수관계인 토지보다 자기 토지 대금을 낮게 배분	건물 철거비·도로연접비율·주변환경 열세가 가격에 반영된 것
대법원 99두10131	합작법인에 영업권을 무상 양도	출자지분 51%에 상당하는 주식발행초과금 납입에 갈음한 것 — 무상 아님

반대로 합리성이 부인된 4건입니다.

판례	사안	부인 이유
대법원 2021두56992	용선계약 상대 계열사에 선급금(일평균 86억원) 지급 후 무이자	실질이 운영자금 무상대여 — 인정이자 익금산입 적법
대법원 2018두56459	기술사용계약상 고정기술료·런닝로열티를 1년 뒤부터 미회수	장부 미계상·청구·회수 노력 전무 — 채권 포기로서 이익분여
대법원 2016두39573	특수관계 공제회에서 연 13.06%로 고율 차입	조기상환 제한이 없는데도 금리 하락기에 당좌대출이자율보다 높은 이자 계속 지급
대법원 2006두19037	고금리 차입금을 두고 저리 정기예금 예치 후 계열사 대출담보 제공	이자 역마진·유동성 상실·담보권 실행 위험 감수 — 실질적 자금 대여

갈림길은 거래조건의 차이를 시장 논리로 설명할 수 있는가입니다. 후순위 차입 고이율·교환사채 저리는 금융시장 관행으로 설명되지만, 무이자 선급금과 담보 제공은 회사에 손해만 남기고 상대에게 이익을 주는 구조였습니다.

3. 경영판단에 따른 경제적 합리성 — 8건

회사의 손실 최소화·사업 유지 목적이 인정된 4건입니다.

판례	사안	인정 이유
대법원 2020두31842	SPC를 통해 해외현지법인에 이자율 0% 대여	출자자의 현지법인 운영의무 이행 목적, 출자와 비교 시 조세부담 차이 없음
대법원 2009두12822	1주당 평가액 0원인 계열 건설사 실권주를 액면가 5,000원에 출자전환 인수	채권 보유보다 재무구조 개선으로 계속기업 존속시키는 것이 손해를 줄이는 판단
대법원 96누9966	평가액이 발행가의 2배인 자회사 신주 인수 포기 → 특수관계인이 추가 인수	차입금이 자기자본의 2배인 상황에서 과중한 부채를 피한 합리적 경영방침
대법원 89누8095	유일한 수요처인 계열사의 외상매출금 지연 회수	거래처 경영상태에 맞춘 회수 완급 조절은 매출물량 확대를 위한 관리

경영판단 주장이 배척된 4건은 다음과 같습니다.

판례	사안	부인 이유
대법원 2014두1772	상장주식을 최종시세가액의 약 3.45배로 장외 매도	경영권 양도를 수반해도 가격 결정 측면에서 합리성 결여
대법원 2005두10767	계열사 연수원 완공 전 임차보증금 선지급	사용·수익권 고려 없이 통상 연수비용을 별도 지급 — 실질은 신축 자금지원
대법원 2006두125	자본총액을 초과하는 계열사 채무 11회 연대보증 후 531억원 대위변제	대가 없는 거액 보증은 당시 업계 관행·상황적 불가피성으로도 정당화 불가
대법원 92누114	특수관계인 차입금 변제 시 원금 우선 충당 약정	미수이자 우선 충당 시 남을 원금에 대한 이자 상당액만큼 이익분여

인정된 사례는 모두 회사 자신의 손실 회피·수익 확보라는 반대급부가 구체적으로 입증됐습니다. 같은 출자전환이라도 2009두12822는 “채권 회수 가능성이 거의 없고 파산 시 원고도 타격”이라는 사정이 있었기에 인정된 것이지, 고가 인수가 언제나 허용되는 것은 아닙니다.

4. 정부정책에 따른 경제적 합리성 — 2건

정부·지자체 관여 거래라고 자동으로 면책되지는 않습니다. 대비되는 두 판결이 기준을 보여줍니다.

구분	대법원 2017두63887 (인정)	대법원 2018두42283 (부인)
사안	폐광지역 카지노법인이 시(市)에 150억원 지정기탁 → 시가 재정난의 지방공사 지원	지방공기업이 현물출자 받았던 부동산을 시에 5,625억원에 반환 양도
쟁점	제3자(시)를 통한 특수관계 공사 우회 자금지원인지	중심상업지역 변경이 예정된 토지를 일반상업지역 감정가로 양도
경과	1·2심 과세 적법 → 대법원 파기	과세 적법 확정
결론	시장·시의회 확약까지 받은 공익목적 기부 — 조세회피 목적 없어 법정기부금 손금 인정	협약체결일 기준 시가는 8,682억원 — 정책상 부득이한 반환이라도 저가양도

같은 “정책 협조”라도 거래가격 자체가 적정했는지가 갈랐습니다. 기부금 사건은 금액이 공익 절차(기부금품법)로 정해졌지만, 부동산 반환 사건은 용도변경 발표 후에 변경 전 기준으로 감정한 가액을 썼습니다.

5. 판례 18건을 관통하는 판단 요소

합리성 인정 방향	합리성 부인 방향
회사 자신의 손실 회피·수익 확보 목적이 구체적	회사에는 손해, 특수관계인에게만 이익인 구조
가격·이율 차이가 위험(후순위·교환권 등)으로 설명됨	시가 대비 괴리(3.45배 등)를 설명할 근거 없음
비특수관계인과의 거래에서도 같은 조건이 성립 가능	회수 노력·장부 계상 등 채권자로서의 기본 행동 부재
제3자·정부기관이 주도한 절차적 정당성	업계 관행·상황적 불가피성만 내세움

6. 실무 대응 4단계

1. 거래 목적 문서화: 이사회 의사록·품의서에 회사 자신의 손실 회피·수익 확보 근거(재무구조, 회수 가능성, 대체안 비교)를 거래 전에 기록합니다.
2. 조건 차이의 근거 확보: 이율·가격이 시가와 다르면 후순위 여부, 담보 조건, 신용등급별 시장수익률 등 비교 자료를 첨부합니다.
3. 채권자 기본 행동 유지: 특수관계인 채권은 장부 계상·청구·회수 독촉 기록을 남깁니다. 미회수 방치는 채권 포기로 재구성됩니다(2018두56459).
4. 정책 협조 거래의 가격 검증: 정부·지자체 요청 거래라도 기준시점의 시가로 평가했는지 별도 확인하고, 절차적 근거(확약서·조례 등)를 보관합니다.

7. 응용 사례 — 계열사 지원을 설계할 때

제조법인 A가 재무위기의 판매 계열사 B를 지원한다고 합시다. 판례 기준을 적용하면 선택지별 위험이 이렇게 나뉩니다.

지원 방식	판례 기준 평가	위험도
적정이자 대여(가중평균차입이자율)	시가 거래 — 부인 대상 아님(3편 인정이자 기준)	낮음
출자전환·유상증자 참여	회수 불능·연쇄 타격 입증 시 인정 가능(2009두12822)	중간
무이자 선급금·외상 방치	실질 무상대여로 부인(2021두56992), 단 유일 거래처의 회수 완급은 예외(89누8095)	높음
예금담보 제공·연대보증	역마진·위험 감수 구조로 부인(2006두19037·2006두125)	높음

FAQ

Q1. 시가와 다른 거래면 무조건 부당행위계산부인 대상인가요?

아닙니다. 시가에서 벗어난 거래라도 특수관계의 영향이 아닌 특별한 사정에 의한 경제적 합리성이 있으면 조세부담이 감소해도 부인할 수 없습니다. 다만 그 합리성은 사회통념·상거래 관행에 비추어 구체적 사정으로 입증해야 합니다.

Q2. 특수관계인이 간접적으로 이익을 얻으면 항상 문제되나요?

비특수관계인과의 정상 거래로 특수관계인이 간접 편익을 누린 것만으로는 부인할 수 없습니다(대법원 2013두20127). 수익 관련 자산의 매입 등 거래 자체가 행위 당시 기준으로 정상적이면 됩니다.

Q3. 부실 계열사 주식을 액면가로 인수해도 인정될 수 있나요?

채권 회수 가능성이 거의 없고 계열사 파산 시 자신도 타격을 입는 상황에서 재무구조 개선으로 손해를 줄이려는 출자전환이라면 인정된 사례가 있습니다(대법원 2009두12822). 손실 회피 목적을 구체적으로 입증하는 것이 관건입니다.

Q4. 지자체 요청으로 한 거래도 부인될 수 있나요?

있습니다. 공익목적 기부는 조세회피 목적이 없어 인정됐지만(대법원 2017두63887), 지자체에 대한 부동산 반환은 용도변경을 반영하지 않은 저가양도로 부인됐습니다(대법원 2018두42283). 정책 협조라도 거래가격의 적정성은 별도로 검증됩니다.

마무리 — 시리즈를 마치며

11편에 걸쳐 부당행위계산부인의 적용 요건과 거래 유형 12가지, 유형별 세무조정, 시가 산정, 그리고 경제적 합리성까지 살펴봤습니다. 결론은 하나로 모입니다. 특수관계인 거래는 “회사 자신에게 어떤 이익이 있었는가”를 거래 전에 문서로 남기는 것이 최선의 방어라는 점입니다. 과세관청과 다투게 되더라도 판단 기준은 결국 건전한 사회통념과 상거래 관행이기 때문입니다.