법인세 합병세제 9편 — 비적격합병 합병법인 과세, 합병매수차익·차손 5년 균등 산입 (2026)
합병에서 세금 문제는 소멸하는 피합병법인에서 끝나지 않습니다. 자산을 넘겨받는 합병법인도 순자산 시가와 양도가액의 차이, 즉 합병매수차익·합병매수차손에 대해 과세됩니다. 특히 웃돈을 주고 합병한 경우의 합병매수차손은 ‘사업상 가치’가 인정될 때만 손금이 되기 때문에 실무 다툼이 가장 많은 영역입니다. 이번 9편에서는 2026년 현재 적용되는 법인세법 제44조의2를 기준으로 비적격합병 시 합병법인 과세를 산식·5년 균등 산입·판례 3건·사례로 정리합니다.
1. 비적격합병 시 합병법인 과세의 뼈대 — 시가 취득
비적격합병에서 합병법인은 피합병법인의 자산을 합병등기일 현재의 시가로 양도받은 것으로 봅니다(법인세법 §44의2①). 이때 넘겨받는 것과 넘겨받지 못하는 것을 구분하는 것이 출발점입니다.
| 항목 | 비적격합병 시 처리 | 근거 |
|---|---|---|
| 승계자산 취득가액 | 합병등기일 현재 시가(법 §52② 시가) | 법 §44의2① |
| 세무조정사항(유보) | 퇴직급여충당금·대손충당금 관련만 승계, 나머지는 전부 미승계 | 영 §85 2호 |
| 이월결손금 | 승계 불가 | 법 §44의3 반대해석 |
| 공제·감면세액 | 승계 불가 | 법 §44의3 반대해석 |
| 순자산 시가 − 양도가액 차이 | 합병매수차익(익금) 또는 합병매수차손(손금)으로 5년 분할 산입 | 법 §44의2②③ |
합병 과세체계 전체 그림과 적격요건은 합병세제 1편·4편에서, 피합병법인 쪽 양도손익 계산은 8편에서 다뤘습니다. 이번 편은 합병법인 관점의 각론입니다. 퇴직급여충당금·대손충당금 유보 승계의 구조는 대손충당금 4편을 참고하세요.
2. 합병매수차익 — 싸게 합병하면 5년간 나눠 익금
피합병법인에 지급한 양도가액이 합병등기일 현재 순자산 시가(자산총액−부채총액)보다 적으면 그 차액이 합병매수차익입니다. 회계에서 염가매수차익(negative goodwill)에 해당하는 금액인데, 세법은 이를 합병등기일이 속하는 사업연도에 한꺼번에 과세하지 않고 세무조정계산서에 계상한 뒤 합병등기일부터 5년간 균등하게 익금산입합니다(법 §44의2②).
| 구분 | 내용 |
|---|---|
| 산식 | 익금산입액 = 합병매수차익 × 해당 사업연도 월수 ÷ 60월 |
| 월수 계산 | 역(曆)에 따라 계산, 1월 미만은 1월 |
| 첫 달 처리 | 합병등기일이 속한 월을 1월로 계산하면, 5년이 되는 날이 속한 월은 제외(중복 방지) |
3. 합병매수차손 — ‘사업상 가치’가 인정돼야만 손금
반대로 양도가액이 순자산 시가를 초과하면 합병매수차손이 발생합니다. 그런데 이 차손은 무조건 손금이 아닙니다. 피합병법인의 상호·거래관계, 그 밖의 영업상 비밀 등에 사업상 가치가 있다고 보아 대가를 지급한 경우(세법상 영업권)에 한해 5년간 균등 손금산입하고, 그렇지 않으면 손금산입 자체가 불가능합니다(법 §44의2③). 어떤 경우 사업상 가치가 인정되는지는 대법원 판례와 예규가 기준을 제시합니다.
| 판단 기준 | 요지 | 근거 |
|---|---|---|
| 종합 판단 | 합병 경위·동기, 합병 무렵 사업 현황, 합병 이후 세무 신고 내용 등을 종합해 객관적으로 판단. 기업회계상 영업권이 산출됐다는 사실만으로는 추단 불가 | 대법원 2017두57509(2018.5.15.) |
| 별도 평가 불요 | 합병대가 산정 시 별도의 적극적인 초과수익력 계산과정이 반드시 필요한 것은 아님. 전체 합병대가 − 순자산가액으로 영업권 가액을 정하는 것도 가능 | 대법원 2017두54791(2018.5.11.) |
| 자본시장법 합병가액 | 자본시장법 시행령 §176의5에 따라 적정하게 산정된 합병대가를 지급했다면 수익가치 평가가 반영된 것이므로 사업상 가치 인정 → 손금산입 가능. 합병대가에는 대납 법인세와 합병비율 결정시점~합병등기일 사이 교부주식 시가 상승분도 포함 | 사전-2018-법령해석법인-0789(2018.12.26.) |
즉 상장법인이 비상장법인을 흡수합병하면서 자본시장법에 따라 산정한 합병비율로 신주를 교부해 합병매수차손이 생겼다면, 별도의 영업권 감정평가가 없어도 손금산입 대상이 될 수 있다는 것입니다. 반면 이월결손금이 많은 부실 계열사를 시가보다 비싸게 흡수하면서 그 프리미엄의 실체를 설명하지 못하면 손금은 부인됩니다.
4. 국세청 가이드 사례 — 합병매수차익 500의 5년 스케줄
국세청 가이드의 사례를 그대로 따라가 보겠습니다. A법인(피합병법인)이 2023년 7월 1일 B법인(합병법인)에 비적격 흡수합병됐고, A법인의 자산 시가 1,700·부채 700(순자산 시가 1,000), B법인이 교부한 합병신주 시가는 500입니다.
- 합병매수차익 = 순자산 시가 1,000 − 양도가액 500 = 500
- B법인 회계처리: 자산 1,700 취득, 부채 700·자본금 100·주식발행초과금 400 계상 후 염가매수차익 500을 수익 인식
- 세무조정: 회계상 수익 500을 일단 손금산입(△유보)한 뒤, 60월에 걸쳐 월할 익금산입(유보)
| 사업연도 | 2023년(7~12월) | 2024~2027년 | 2028년(1~6월) |
|---|---|---|---|
| 손금산입 | 500(△유보) — 염가매수차익 상쇄 | − | − |
| 익금산입 | 50(유보) = 500×6월/60월 | 매년 100(유보) | 50(유보) |
합병등기일이 7월이므로 첫해에는 6개월분 50만 익금산입되고, 잔여 50은 5년째인 2028년에 산입되어 60개월 합계가 정확히 500이 됩니다.
5. 승계 사업을 5년 안에 팔면? — 잔여기간 균등 산입 유지
실무에서 자주 나오는 질문입니다. 비적격합병 후 합병법인이 피합병법인으로부터 승계받은 사업부문을 포괄 양도하면 남은 합병매수차손을 한꺼번에 손금산입할 수 있을까요? 국세청 해석은 ‘아니오’입니다. 승계받은 사업을 양도·폐지하는 경우 잔액을 일시 손금산입하는 규정이 없으므로, 사업부문 포괄 양도와 무관하게 잔여기간에 걸쳐 계속 균등 손금산입하며, 합병매수차익도 동일하게 적용됩니다(서면-2015-법령해석법인-2272, 2016.12.30.). 감가상각 종료나 자산 처분처럼 ‘일시 정산’ 트리거가 있는 적격합병의 자산조정계정과 구별되는 지점입니다.
비적격합병 시 합병법인의 세무처리는 다음 5단계로 점검하면 빠짐이 없습니다.
- 순자산 시가 산정 — 합병등기일 현재 피합병법인의 자산총액−부채총액을 법인세법 §52②의 시가로 평가합니다.
- 양도가액과 비교 — 합병교부주식 시가·교부금·대납 법인세를 합한 양도가액과 순자산 시가를 비교해 차익·차손을 확정합니다.
- 합병매수차손의 사업상 가치 검토 — 차손이라면 상호·거래관계·영업상 비밀 등 사업상 가치 대가인지 판례 기준으로 소명자료를 준비합니다.
- 세무조정계산서 계상 후 60월 균등 산입 — 회계상 염가매수차익(또는 영업권)과의 차이를 유보로 관리하며 월할 익금·손금산입합니다.
- 유보·결손금 승계 여부 확인 — 퇴직급여충당금·대손충당금 유보만 승계하고, 이월결손금·공제감면세액은 승계하지 않았는지 홈택스 신고서식에서 확인합니다.
6. 실전 판단 사례 2가지
사례 ① 상장법인의 자본시장법 합병 — 차손 300억 손금 인정 — 상장법인 A가 비상장법인 B를 흡수합병하면서 자본시장법 시행령 §176의5에 따라 A는 종가 산술평균, B는 자산가치·수익가치 가중평균으로 합병비율을 산정해 신주를 교부했습니다. B의 순자산 시가는 700억 원인데 교부주식 시가 합계가 1,000억 원이어서 합병매수차손 300억 원이 발생했습니다. 이 경우 수익가치 평가 결과가 순자산 시가를 초과한 것 자체가 사업상 가치의 평가이므로, 별도 영업권 감정 없이도 300억 원을 5년간 매년 60억 원씩 손금산입할 수 있습니다(사전-2018-법령해석법인-0789). 합병비율 결정 후 합병등기일까지 A 주가가 올라 교부주식 가액이 커졌다면 그 상승분도 차손에 포함됩니다.
사례 ② 프리미엄의 실체를 소명하지 못한 경우 — 손금 부인 — 합병법인 C가 적자 누적으로 거래처가 이탈한 계열사 D를 순자산 시가보다 200억 원 비싸게 흡수합병하고, 회계상 영업권 200억 원을 근거로 손금산입을 주장했습니다. 그러나 합병 경위·D의 사업 현황·합병 후 신고 내용을 종합할 때 상호나 거래관계에 초과수익력이 있다고 볼 사정이 없다면, 기업회계상 영업권 계상만으로는 사업상 가치가 추단되지 않아 200억 원 전액이 손금 부인됩니다(대법원 2017두57509). 세무조사 단계에서 합병 의사결정 자료·수익가치 검토 보고서를 제시할 수 있는지가 승패를 가릅니다.
7. 적격합병이면? — 다음 편 예고
같은 상황이라도 적격합병 요건을 충족하면 순자산 시가와 양도가액을 모두 순자산 장부가액으로 보아 합병매수차손익이 0이 되고, 시가와 장부가액의 차이는 자산조정계정으로 관리하며 감가상각·처분 시점까지 과세가 이연됩니다(법 §44의3①). 예컨대 순자산 장부가액 100·양도가액 150·순자산 시가 200이면 비적격에서는 양도손익 50과 합병매수차익 50이 각각 과세되지만, 적격에서는 둘 다 0입니다. 자산조정계정의 계산과 세무조정은 분량이 커서 다음 10편에서 사례와 함께 다룹니다.
자주 묻는 질문 (FAQ)
Q1. 합병매수차익은 합병한 해에 전액 익금산입되나요?
아닙니다. 세무조정계산서에 계상한 뒤 합병등기일부터 5년(60월)간 균등하게 나누어 익금산입합니다. 해당 사업연도 익금산입액은 합병매수차익 × 해당 사업연도 월수 ÷ 60월로 계산하며, 1월 미만의 월수는 1월로 봅니다(법인세법 §44의2②).
Q2. 합병매수차손은 항상 5년간 손금산입할 수 있나요?
아닙니다. 피합병법인의 상호·거래관계, 그 밖의 영업상 비밀 등에 사업상 가치가 있다고 보아 대가를 지급한 경우에만 5년간 균등 손금산입할 수 있고, 이에 해당하지 않으면 손금산입이 불가능합니다(법인세법 §44의2③). 기업회계기준에 따라 영업권이 산출됐다는 사실만으로는 사업상 가치를 인정받을 수 없습니다(대법원 2017두57509).
Q3. 승계받은 사업부문을 5년 내에 포괄 양도하면 남은 합병매수차손을 일시에 손금산입하나요?
아닙니다. 승계 사업의 양도·폐지 시 잔액을 일시 손금산입하는 규정이 없으므로, 포괄 양도와 무관하게 잔여기간에 걸쳐 균등하게 손금산입하며 합병매수차익도 동일합니다(서면-2015-법령해석법인-2272).
Q4. 비적격합병 시 피합병법인의 이월결손금과 유보는 합병법인에 승계되나요?
이월결손금과 공제·감면세액은 승계되지 않습니다. 세무조정사항(유보)도 퇴직급여충당금·대손충당금 관련 사항만 승계되고 그 밖의 유보는 모두 승계되지 않습니다(법인세법 시행령 §85 2호).
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