법인세 합병세제 15편 — 사후관리 추징 시 과세: 자산조정계정 전액 익금산입·합병매수차손익 60개월 산식 (2026)

참조 출처: 이 글은 법인세법 제44조·제44조의2·제44조의3 조문, 법인세법 시행령 제80조의3·제80조의4, 국세청 「알기 쉬운 법인세법 주제별 가이드」, 국세법령정보시스템, 기획재정부 개정세법 안내(2009년 과세체계 개편) 등 정부기관 자료를 근거로 2026년 기준으로 정리했습니다.

14편에서 적격합병 사후관리 추징 요건 3가지(사업 계속성 2년·지분 연속성 2년·고용 유지 3년)를 봤습니다. 이번 15편은 그 다음 질문, 즉 요건에 걸리면 실제로 무엇이 어떻게 과세되는가입니다. 결론부터 말하면 자산조정계정 잔액을 전액 익금산입하고, 합병매수차익·차손을 60개월 산식으로 다시 살려내 처음부터 비적격합병이었던 것과 동일한 결과가 되도록 조정합니다(법인세법 제44조의3 제3항).

1. 추징 시 과세 구조 한눈에 보기

사후관리기간 중 추징 요건에 해당하면(부득이한 사유 제외) 그 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액 계산 시 다음 4가지를 한꺼번에 반영합니다.

과세 항목	처리	근거
① 자산조정계정 잔액	총합계액(0보다 큰 경우만) 전액 익금산입 후 계정 소멸	시행령 §80의4④
② 합병매수차익·차손	전액 인식 후 월수/60 산식으로 익금·손금 산입	법 §44의3④, 영 §80의4⑤
③ 승계 결손금 중 공제액	익금산입(16편에서 상세)	영 §80의4④
④ 승계 감면·세액공제액	법인세에 더해 납부, 이후 적용 배제(16편에서 상세)	법 §44의3③

비적격합병이라면 합병 당시 피합병법인에 양도손익, 합병법인에 합병매수차손익이 과세됐을 것입니다(8편·9편 참조). 적격합병 추징은 과세 주체(합병법인)와 시기(사유 발생 연도)만 다를 뿐 합병으로 과세되는 총효과는 동일하게 설계돼 있습니다.

2. 자산조정계정 잔액 전액 익금산입

10편에서 본 것처럼 적격합병 시 순자산 시가와 장부가액의 차액은 자산조정계정(△유보)으로 관리되며, 감가상각·처분 시점에 조금씩 과세됩니다. 추징 요건에 해당하면 이 잔액의 총합계액 전액을 한 번에 익금산입하고 계정은 소멸합니다.

구분	세무조정
적격합병 등기일(계상)	손금산입 자산조정계정 50(△유보), 익금산입 주식발행초과금 50(기타)
추징 사유 발생 연도	익금산입 자산조정계정 50(유보) — 유보 추인으로 과세이연 종료

주의할 점은 총합계액이 0보다 큰 경우로 한정한다는 것입니다. 순자산 시가가 장부가액보다 작아 총합계액이 음수라면 없는 것으로 보므로 손금산입 혜택도 없습니다.

3. 합병매수차익 — 손금 전액 산입 후 60개월 익금 환입

자산조정계정을 익금산입한 경우에는 양도가액과 순자산 시가의 차액인 합병매수차손익도 함께 정산합니다. 양도가액이 순자산 시가에 미달하는 합병매수차익은 다음 산식으로 처리합니다(시행령 제80조의4 제5항 제1호).

시기	세무조정
사유 발생 사업연도	손금산입 = 합병매수차익 전액 익금산입 = 합병매수차익 × 합병등기일~해당 연도 종료일 월수 ÷ 60월
다음 연도~등기일 후 5년	익금산입 = 합병매수차익 × 해당 사업연도 월수 ÷ 60월

월수는 역(曆)에 따라 계산하고 1월 미만의 일수는 1월로 봅니다. 결국 비적격합병이었다면 9편의 5년(60개월) 균등 익금산입과 같은 스케줄로 복원되는 것입니다.

타임라인 사례

2022.1.1. 합병등기(12월 말 결산법인), 합병매수차익 60, 2023.2.1. 추징 요건에 해당한 경우입니다.

사업연도	익금산입	손금산입
2023년(사유 발생)	자산조정계정 100(유보), 합병매수차익 24(유보) = 60×24월/60월	합병매수차익 60(△유보)
2024~2026년(각 연도)	합병매수차익 12(유보) = 60×12월/60월	—

4. 합병매수차손 — 익금 전액 산입, 분할 손금은 영업권 요건 충족 시만

양도가액이 순자산 시가를 초과하는 합병매수차손은 방향이 반대입니다. 사유 발생 연도에 합병매수차손 전액을 익금산입하되, 5년 분할 손금산입은 세무상 영업권 요건(시행령 제80조의3 제2항)을 충족한 경우에만 허용됩니다.

시기	영업권 요건 충족	미충족
사유 발생 사업연도	익금산입 전액 + 손금산입 월수/60	익금산입 전액만
다음 연도~등기일 후 5년	손금산입 월수/60	손금산입 없음

영업권 요건이란 피합병법인의 상호·거래관계 등 영업상 비밀에 사업상 가치가 있어 대가를 지급한 경우를 말하며, 요건을 못 갖추면 지급한 웃돈 전액이 그대로 과세로 남습니다.

5. 비적격 vs 적격 vs 추징 — 총 과세소득 비교

순자산 장부가액 100, 시가 140, 양도가액 200(합병매수차손 60)인 사례로 세 경우의 총 과세소득을 비교하면 추징 제도의 설계 의도가 명확해집니다.

구분	비적격합병	적격합병 유지	추징 요건 해당
영업권 요건 충족	40 (양도손익 100 − 차손 60)	0	40 (자산조정계정 40 + 차손 60 − 60)
영업권 요건 미충족	100 (양도손익 100 + 차손 부인)	0	100 (자산조정계정 40 + 차손 60)

추징은 벌칙이 아니라 당초부터 비적격이었던 것과 동일하게 과세되도록 되돌리는 장치라는 점을 기획재정부도 2009년 개정세법 안내에서 명시하고 있습니다. 다만 과세 시점이 사유 발생 연도로 미뤄져 있을 뿐입니다.

6. 추징 발생 시 세무조정 순서 3단계

실무에서 추징 요건에 해당했다면 사유 발생 연도 법인세 신고 때 다음 순서로 세무조정하면 됩니다.

1. 1단계 — 자산조정계정 정리: 잔액 총합계액(0 초과분)을 전액 익금산입(유보 추인)하고 계정을 소멸시킵니다.
2. 2단계 — 합병매수차손익 인식: 합병매수차익은 전액 손금산입, 합병매수차손은 전액 익금산입으로 먼저 계상합니다.
3. 3단계 — 60개월 안분: 합병등기일부터 해당 연도 종료일까지의 월수/60만큼 당해 연도에 익금(차익)·손금(차손, 영업권 요건 충족 시)산입하고, 이후 등기일 후 5년까지 매년 월수/60씩 반영합니다.

여기에 승계 결손금 중 공제액 익금산입과 감면·세액공제액 추가 납부가 더해지는데, 특히 결손금은 비적격합병 시 양도손익에서 공제 가능했던 금액을 차감하는 예규(기획재정부 법인세제과-323, 2016.4.5.)가 있어 다음 16편에서 상세히 다룹니다.

7. 응용 사례로 확인하기

사례 1 — 합병매수차익형: 계상부터 추징까지 전체 흐름

피합병법인의 순자산 장부가액 100, 시가 200인 자산·부채를 적격합병으로 승계하면서 양도가액(합병신주)으로 140을 지급했다고 합시다. 시가와 양도가액의 차액 60이 합병매수차익, 시가와 장부가액의 차액 100이 자산조정계정입니다. 기업회계는 순자산을 시가 200으로 계상하면서 염가매수차익 60을 수익으로 인식하므로, 적격합병 등기일에는 자산조정계정 100을 손금산입(△유보)하고 주식발행초과금 관련 40을 익금산입(기타)해 순액 60을 손금에 산입, 염가매수차익 과세를 이연합니다.

이후 2년 차에 승계사업을 폐지해 추징 요건에 해당하면, 사유 발생 연도에 자산조정계정 100을 익금산입(유보 추인)하고 합병매수차익 60은 손금산입 후 경과 월수분부터 익금 환입을 시작합니다. 피합병법인의 양도손익 100이 결국 자산조정계정 100으로, 합병매수차익 60이 60개월 스케줄로 각각 과세되어 비적격합병의 총 과세소득(양도손익 40 + 차익 60 = 100)과 일치하게 됩니다.

사례 2 — 자산조정계정만 있고 합병매수차손익이 없는 경우

양도가액을 순자산 시가와 정확히 같게 지급했다면 합병매수차손익은 없고 자산조정계정만 남습니다. 이 경우 추징이 발생해도 2·3단계는 생략되고 1단계(잔액 전액 익금산입)만 수행하면 됩니다. 반대로 승계자산 대부분을 이미 처분·상각해 자산조정계정이 거의 추인된 상태라면 남은 잔액만 익금산입되므로, 추징 시점이 늦을수록 자산조정계정으로 인한 일시 과세 부담은 줄어드는 구조입니다.

사례 3 — 사업연도 중간 등기와 월수 계산

2022년 4월 10일 합병등기(12월 말 결산법인), 합병매수차익 60, 2023년 9월에 추징 요건에 해당한 사례입니다. 사유 발생 연도인 2023년의 익금산입액은 등기일부터 2023년 12월 31일까지의 월수로 계산하는데, 4월 10일~12월 31일은 8개월 21일이므로 1월 미만 일수를 1월로 보아 21개월이 됩니다. 따라서 2023년에는 60 × 21/60 = 21을 익금산입하고, 2024년부터는 매년 60 × 12/60 = 12씩, 등기일 후 5년이 되는 2027년에는 잔여 월수만큼 익금산입해 총 60을 채웁니다.

연도	월수	익금산입액
2023(사유 발생)	21개월(2022.4.10.~2023.12.31.)	21 (손금산입 60 별도)
2024~2026	각 12개월	각 12
2027(등기일+5년)	잔여 3개월	3

자주 묻는 질문 (FAQ)

Q1. 자산조정계정 잔액 총합계액이 음수(0보다 작은 경우)면 손금산입할 수 있나요?

아니요. 시행령 제80조의4 제4항은 총합계액이 0보다 큰 경우로 한정해 익금산입하도록 하고, 0보다 작은 경우에는 없는 것으로 봅니다. 따라서 음수 잔액을 손금산입하는 것은 허용되지 않습니다.

Q2. 추징 시 합병매수차손은 항상 5년 분할 손금산입이 가능한가요?

아니요. 사유 발생 연도에 전액 익금산입하는 것은 공통이지만, 월수/60 분할 손금산입은 시행령 제80조의3 제2항의 세무상 영업권 요건을 충족한 경우에만 가능합니다. 미충족 시 합병매수차손 60이 그대로 과세로 남아 비적격합병과 동일해집니다.

Q3. 합병매수차손익의 월수는 어떻게 계산하나요?

역에 따라 계산하되 1월 미만의 일수는 1월로 봅니다. 다만 합병등기일이 속하는 월의 일수가 1월 미만이면 등기일부터 5년이 되는 날이 속하는 월은 없는 것으로 계산합니다.

Q4. 추징되면 처음부터 비적격합병을 한 것보다 불리해지나요?

아니요. 추징 과세는 당초 비적격합병 시 과세됐을 소득과 동일한 총액이 되도록 설계돼 있습니다. 예컨대 영업권 요건을 충족한 사례에서 비적격 시 총 40, 추징 시에도 자산조정계정 40을 중심으로 총 40이 과세됩니다. 다만 과세 시점 이연에 따른 이자 효과 차이는 있습니다.

다음 16편에서는 제Ⅴ장의 나머지, 즉 승계받은 결손금 중 공제액의 익금산입(양도손익 상당액 차감 예규 포함)과 승계 세무조정사항·감면세액 추징을 다루며 합병 사후관리를 마무리합니다.