법인세 합병세제 16편(완결) — 추징 시 승계 결손금 익금산입 산식과 세무조정·감면세액 정산 (2026)

참조 출처: 이 글은 법인세법 제44조·제44조의3·제13조 조문, 법인세법 시행령 제80조의4·제85조, 국세청 「알기 쉬운 법인세법 주제별 가이드」, 국세법령정보시스템 예규(기획재정부 법인세제과-323, 서면-2022-법인-2191·2189, 서면-2018-법인-0193), 기획재정부 2009년 개정세법 안내 등 정부기관 자료를 근거로 2026년 기준으로 정리했습니다.

15편에서 사후관리 추징 시 자산조정계정 잔액 익금산입과 합병매수차손익 60개월 정산을 봤습니다. 시리즈를 완결하는 이번 16편은 남은 두 가지, 즉 승계받은 결손금 중 공제액의 익금산입과 승계 세무조정사항·감면세액의 정산입니다. 특히 결손금은 “공제한 금액 전액”이라는 시행령 문구와 달리 비적격합병 시 양도손익에서 공제 가능했던 금액을 차감해 주는 기획재정부 해석이 있어 실무에서 세액 차이가 크게 벌어지는 지점입니다.

1. 추징 정산 4항목 중 이번 편의 위치

적격합병 후 사후관리 추징 요건(사업 폐지·지분 처분·고용 미달, 14편)에 해당하면 사유 발생 사업연도에 4가지를 한꺼번에 정산합니다.

정산 항목	근거	다룬 편
① 자산조정계정 잔액 전액 익금산입	영 §80의4④	15편
② 합병매수차익·차손 월수/60 정산	영 §80의4⑤	15편
③ 승계 결손금 중 공제액 익금산입	영 §80의4④	이번 편
④ 승계 세무조정사항 추인 + 감면·세액공제 추가 납부	영 §80의4⑥	이번 편

2. 승계받은 결손금 과세 — 원칙은 공제액 전액 익금산입

적격합병 시 피합병법인의 이월결손금은 합병법인에 승계되어 승계사업 소득 범위에서 공제됩니다(11편). 그러나 사후관리기간 중 추징 요건에 해당하면 승계받은 결손금 중 이미 공제한 금액 전액을 익금에 산입합니다(시행령 제80조의4 제4항). 비적격합병이라면 애초에 이월결손금을 승계할 수 없으므로, 과세형평 차원에서 당초부터 비적격이었던 것으로 되돌리는 것입니다. 아직 공제하지 않은 미공제 잔액은 익금산입 대상이 아니라 그냥 소멸합니다.

3. 핵심 — 비적격 시 양도손익에서 공제 가능했던 결손금은 차감

다만 공제액 전액을 기계적으로 익금산입하면 새로운 불형평이 생깁니다. 비적격합병이었다면 피합병법인의 양도손익에 대해 과세가 이루어지면서 그만큼 이월결손금을 공제받았을 것이기 때문입니다. 기획재정부는 2009년 개정세법 안내에서 사후관리의 취지를 “당초부터 비적격이었던 것과 동일하게 과세되도록 함”이라고 명시했고, 이를 근거로 다음과 같이 해석했습니다(기획재정부 법인세제과-323, 2016.4.5.).

피합병법인의 소득금액이 일반소득 200 + 합병 양도손익 100 = 300이고 이월결손금이 500인 사례로 두 경우를 비교해 봅니다.

구분	비적격합병 시	적격합병 시
피합병법인 소득금액	300 (일반 200 + 양도손익 100)	200 (양도손익 0)
이월결손금 500의 처리	300 공제, 잔여 200 소멸	200 공제, 잔여 300 합병법인에 승계
과세표준	0	0

적격합병으로 승계된 결손금 300에는 비적격이었다면 양도손익 100에서 공제됐을 몫이 포함돼 있습니다. 따라서 합병법인이 승계 결손금 300 중 150을 공제한 뒤 추징 요건에 해당했다면, 익금산입액은 공제액 150이 아니라 양도손익 상당액 100을 차감한 50입니다.

구분	금액	추징 시 처리
승계받은 이월결손금	300	—
합병법인이 공제한 금액	150	양도손익 상당액 차감 대상
(−) 비적격 시 양도손익에서 공제 가능액	100	소득에서 공제 유지
익금산입 대상 이월결손금	50	사유 발생 연도 익금산입
미공제 잔액	150	익금산입 없이 소멸

이때 당초 비적격합병 시 피합병법인의 자산양도차익을 합병 당시 이월결손금과 공제해 사유 발생 연도 소득에 합산 신고하고, 공제 후 이월결손금은 소멸한다는 점이 서면-2022-법인-2191(2022.12.30.)에서도 재확인됐습니다. 추징은 벌칙이 아니라 원상복구라는 설계 원리가 결손금에서도 그대로 관철되는 셈입니다.

4. 완전모자회사 간 합병은 추징 자체가 없다

완전자회사가 완전모회사를 합병(역합병)하거나 완전모회사가 완전자회사를 합병하면서 법인세법 제44조 제3항에 따라 양도손익이 없는 것으로 한 경우에는 사후관리 규정 자체가 적용되지 않습니다. 따라서 합병등기일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도 개시일부터 2년 이내에 승계사업을 폐지하더라도, 승계받아 공제한 이월결손금을 익금에 산입하지 않습니다(서면-2018-법인-0193, 2018.2.11.). 지배구조상 실질 변화가 없는 100% 모자회사 합병에는 요건·사후관리를 모두 면제하는 구조입니다.

5. 승계 세무조정사항 — 익금불산입은 익금에, 손금불산입은 손금에

13편에서 본 승계 범위를 다시 확인하면 다음과 같습니다.

구분	세무조정사항의 승계(영 §85 1호)
적격합병	피합병법인의 세무조정사항 모두 승계
비적격합병	퇴직급여충당금·대손충당금 관련사항만 승계

승계받은 세무조정사항은 비적격합병이었다면 피합병법인의 양도손익을 구성해 과세됐을 부분입니다. 반대 조정 없이 두면 그만큼 과세소득이 영구히 누락되므로, 추징 요건에 해당하면 승계한 세무조정사항 중 익금불산입액은 익금에 산입하고 손금불산입액은 손금에 산입해 추인합니다(시행령 제80조의4 제6항, 서면-2022-법인-2189, 2022.9.16.). 예컨대 승계받은 △유보(익금불산입) 30이 있다면 사유 발생 연도에 익금산입 30(유보)으로 정리하는 식입니다.

6. 승계 감면·세액공제 — 추가 납부하고 이후 적용 배제

적격합병으로 승계받아 이미 공제한 감면·세액공제액 상당액은 사유가 발생한 사업연도의 법인세에 더하여 납부하고, 해당 사유 발생 연도부터는 남은 감면·세액공제를 더 이상 적용하지 않습니다(영 §80의4⑥). 13편의 승계 요건(승계사업부문 구분경리, 이월공제 잔여기간 내 적용)이 “받는 단계”의 규율이라면, 이번 편은 “돌려주는 단계”의 규율입니다.

7. 추징 연도 결손금·감면 정산 실무 4단계

1. 1단계 — 공제액 집계: 합병 이후 각 사업연도에 승계 결손금에서 공제한 금액과 승계 감면·세액공제 적용액을 연도별로 집계합니다.
2. 2단계 — 양도손익 상당액 계산: 당초 비적격합병이었다면 피합병법인의 양도손익에서 공제 가능했을 이월결손금 상당액을 계산합니다.
3. 3단계 — 차감 후 익금산입: 공제액에서 양도손익 상당액을 차감한 금액을 사유 발생 연도에 익금산입하고, 미공제 잔액은 소멸 처리합니다.
4. 4단계 — 세무조정·감면 정산: 승계 세무조정사항의 익금불산입은 익금산입, 손금불산입은 손금산입으로 추인하고, 공제한 감면·세액공제액을 법인세에 가산해 납부합니다.

8. 응용 사례로 확인하기

사례 1 — 공제액이 양도손익 상당액에 미달하는 경우

승계 결손금 300, 비적격 시 양도손익에서 공제 가능했던 금액 100, 그런데 합병법인이 추징 시점까지 공제한 금액이 80에 불과하다면 어떻게 될까요. 공제액 80이 양도손익 상당액 100보다 작으므로 차감 결과가 음수가 되어 익금산입액은 0이 됩니다. 비적격이었어도 어차피 100까지는 공제받을 수 있었기 때문에, 그 범위 내의 공제는 되돌릴 이유가 없는 것입니다. 물론 아직 공제하지 않은 잔액 220은 추징과 함께 소멸하므로 이후 연도에는 쓸 수 없습니다.

사례 2 — 결손금·세무조정·감면이 동시에 걸린 종합 사례

적격합병 후 2년 차에 승계사업을 폐지한 합병법인이 ① 승계 결손금 200 중 120 공제(양도손익 상당액 50), ② 승계 △유보 30, ③ 승계 연구·인력개발비 세액공제 적용액 40을 보유한 경우, 사유 발생 연도에 결손금 70(=120−50) 익금산입, 익금불산입 30 익금산입(유보 추인), 세액공제 40을 법인세에 가산 납부하고 잔여 세액공제는 그 연도부터 적용 배제합니다. 여기에 15편의 자산조정계정·합병매수차손익 정산이 더해져 당초 비적격합병과 동일한 총효과로 복원됩니다.

사례 3 — 완전자회사의 완전모회사 흡수합병 후 사업 폐지

완전자회사가 완전모회사를 합병하고 제44조 제3항에 따라 양도손익이 없는 것으로 한 뒤, 1년 만에 승계사업을 폐지했습니다. 일반 적격합병이라면 승계 결손금 공제액 익금산입 대상이지만, 완전모자회사 간 합병은 사후관리 규정이 적용되지 않으므로 공제한 이월결손금을 익금에 산입하지 않습니다. 모회사가 자회사를 합병한 경우에도 동일합니다.

자주 묻는 질문 (FAQ)

Q1. 추징 시 승계 결손금은 공제한 금액 전액이 익금산입되나요?

원칙 조문(시행령 제80조의4 제4항)은 공제액 전액 익금산입이지만, 기획재정부 법인세제과-323(2016.4.5.) 해석에 따라 당초 비적격합병 시 피합병법인의 양도손익에서 공제 가능했던 이월결손금 상당액을 차감한 금액만 익금산입합니다. 예컨대 공제액 150, 양도손익 상당액 100이면 익금산입은 50입니다.

Q2. 아직 공제하지 않은 승계 결손금 잔액은 추징 후 계속 쓸 수 있나요?

아니요. 추징 요건에 해당하면 익금산입 대상은 이미 공제한 금액이지만, 미공제 잔액도 함께 소멸해 이후 사업연도에 공제할 수 없습니다. 비적격합병이라면 애초에 승계 자체가 불가능했기 때문입니다.

Q3. 완전자회사가 완전모회사를 합병한 뒤 2년 내 사업을 폐지하면 승계 결손금 공제액이 추징되나요?

아니요. 법인세법 제44조 제3항에 따라 양도손익이 없는 것으로 한 완전모자회사 간 합병에는 사후관리 규정이 적용되지 않으므로, 승계받아 공제한 이월결손금을 익금에 산입하지 않습니다(서면-2018-법인-0193). 모회사가 자회사를 합병한 경우에도 같습니다.

Q4. 승계받은 세무조정사항은 추징 시 어떻게 처리하나요?

시행령 제80조의4 제6항에 따라 승계한 세무조정사항 중 익금불산입액은 익금에 산입하고 손금불산입액은 손금에 산입해 추인합니다(서면-2022-법인-2189). 승계 세무조정사항은 비적격합병 시 양도손익을 구성해 과세됐을 부분이므로 반대 조정으로 원상복구하는 것입니다.

이번 16편으로 제Ⅴ장 사후관리와 함께 법인세 합병세제 시리즈를 완결합니다. 합병 유형별 과세는 12편까지의 각론과 15·16편 추징 정산을 함께 참고하세요.