[창업·이전 지역] 10편: 본사 지방이전 양도차익 법인세 과세이연 5단계 핵심 — 5년 거치·5년 분할 (2026)

수도권 본사를 지방으로 옮기면 가장 먼저 부딪치는 세금이 본사 부동산 양도차익에 대한 법인세입니다. 정부는 이 부담을 한 번에 물리지 않고 뒤로 미뤄 주는 제도를 두고 있습니다. 바로 조세특례제한법 제61조의 ‘법인 본사 양도차익 과세이연’입니다. 핵심은 ‘감면(깎아주기)’이 아니라 ‘과세이연(나중에 내기)’이라는 점입니다. 이번 10편은 이 제도를 5단계 핵심으로 정리하고, 2026년 기준 일몰 시점까지 업데이트합니다.

1. 감면이 아니라 ‘과세이연’ — 5년 거치 후 5년 분할

제61조는 수도권과밀억제권역 안의 본점·주사무소를 권역 밖으로 이전하기 위해 본사 대지·건물을 양도할 때 생기는 양도차익 중 일정액을 양도한 사업연도에 익금불산입합니다. 다만 영원히 빼주는 것은 아닙니다. 익금불산입한 금액은 양도일이 속하는 사업연도 종료일 이후 5년이 되는 날이 속하는 사업연도부터 5개 사업연도에 걸쳐 균등 분할해 다시 익금에 산입합니다. 즉 5년 거치·5년 분할로 과세가 미뤄질 뿐 면제되는 것이 아닙니다. 또한 이 특례는 최저한세 적용 대상이어서, 최저한세 범위를 넘는 부분만 혜택이 인정됩니다.

2. 적용 대상과 3대 요건

대상은 수도권과밀억제권역에 본점·주사무소를 둔 내국법인으로, 해당 본사 대지·건물을 2025년 12월 31일까지 양도하는 경우입니다. 요건은 다음 3가지를 모두 충족해야 합니다.

요건	내용
① 이전 목적	본점·주사무소를 과밀억제권역 밖으로 이전하기 위한 양도일 것
② 이전 시한	선(先)이전 후(後)양도: 권역 밖으로 이전한 날부터 2년 내 본사 양도 선양도 후이전: 본사를 양도한 날부터 3년 내 권역 밖 이전(이전일=이전등기일·실제 이전일 중 늦은 날)
③ 동종업종	한국표준산업분류 세분류 기준 이전 전·후 업종이 같을 것(조특법 §61④)

‘본사’ 해당 여부는 실제 수행 업무·내부조직·근무인원으로 사실판단합니다. 연구소나 제품 판매 영업장, 공장으로 쓰던 부분(기숙사·식당·사내훈련시설 포함)은 본사 범위에서 제외된다는 점을 주의해야 합니다(법인 22601-144 등).

3. ‘과밀억제권역’ 어디까지인가

과밀억제권역은 「수도권정비계획법 시행령」 [별표 1]로 지정된 곳만 해당합니다. 권역 ‘안’에서 ‘밖’으로 이전해야 하므로, 출발지가 권역에 속하는지 먼저 확인해야 합니다.

구분	지역(요약)
전부 포함	서울특별시 전역
일부 제외	인천광역시(강화·옹진·서구 일부·경제자유구역·남동국가산단 제외)
경기 주요	의정부·구리·하남·고양·수원·성남·안양·부천·광명·과천·의왕·군포, 남양주·시흥 일부

4. 익금불산입 금액은 이렇게 계산

핵심 산식은 다음과 같습니다(조특령 §57④). 양도가액 전부가 아니라 ‘실제 지방 이전에 쓴 비율’만큼만 과세를 미뤄 줍니다.

항목	산식
익금불산입액	(양도차익 − 이월결손금) × 이전 소요금액 ÷ 본사 양도가액(비율 100% 한도)
양도차익	양도가액 − 장부가액
이전 소요금액	① 권역 밖 본사 대지·건물 취득가액(또는 임차보증금) ② 양도일부터 1년 내 권역 밖 사업용고정자산 취득가액 ③ 본사 이전비용
이월결손금	직전 사업연도 종료일 현재 「법인세법」 §13①1호 결손금

5. 사후관리 — 일시 익금산입 4대 사유

익금불산입액 전액을 익금에 산입하기 전에 다음 사유가 생기면, 남은 금액을 그 사유 발생 사업연도에 한꺼번에 익금산입하고 이자상당가산액(조특법 §33③ 준용)을 더해 냅니다.

사유	내용
① 이전 불이행	정해진 기한 내 권역 밖으로 본사를 이전하지 않은 경우
② 인력 잔류	이전 후 3년 경과 뒤에도 권역 내 사무소 본사업무 연평균 상시근무인원이 50% 이상인 경우
③ 처분대금 용도외	권역 내 본사 처분대금을 정해진 용도 외에 사용한 경우
④ 폐업·해산	해당 사업을 폐업하거나 법인이 해산한 경우

6. 본사 §61 vs 기회발전특구 이전(§121의34) 비교

같은 ‘지방 이전 양도차익’이라도 기회발전특구(ODZ)로 이전하면 조특법 §121조의34가 추가로 적용돼 혜택이 더 큽니다. 차이를 정리하면 다음과 같습니다.

구분	§61 본사 이전	§121조의34 ODZ 이전
이전 목적지	과밀억제권역 ‘밖’	기회발전특구
익금산입 방식	5년 거치 후 5년 균등 분할	충당금 설정 후 신규부동산 처분 시점까지 이연
동종업종 요건	필요	규정 없음
최저한세	적용	적용 없음
양도기한	2025.12.31.	2026.12.31.

7. 2026년 핵심 — 제도별 일몰 시점이 다르다

지방이전 세제는 ‘하나의 일몰’이 아니라 제도마다 일몰 기준·날짜가 다릅니다. 같은 ‘본사·공장 지방이전’이라도 ① 양도차익 과세이연(§61·§60)은 ‘양도’ 시점, ② 지방이전 세액감면(§63의2)은 ‘사업개시’ 시점, ③ 취득세 감면(지특법 §80)은 ‘취득’ 시점을 기준으로 합니다. 2026년 실무에서는 이 차이를 반드시 분리해 관리해야 합니다.

제도	혜택	기준	적용기한
§61 본사 / §60 공장	양도차익 과세이연	부동산 양도	2025.12.31.(현행 조문)
§63의2 지방이전	법인세 세액감면	사업개시	2028.12.31.(신축 2031.12.31.)
지특법 §80 공장이전	취득세 등 면제	부동산 취득	2027.12.31.

• 양도기한 주의: §61·§60 양도차익 과세이연의 양도 적용기한은 현행 조문상 2025.12.31.입니다. 2026년 시점에는 그 기한 내 양도를 마친 법인이 5년 거치·5년 분할 익금산입을 이행하는 단계이며, 연장 여부는 국가법령정보센터 현행 조문으로 확인해야 합니다.
• 세액감면은 별개: 본사·공장을 옮겨 ‘사업개시’하는 법인은 §63의2 세액감면(7년 100%+3년 50% 등)을 2028.12.31.까지 적용받을 수 있어, 과세이연과 함께 검토하면 유리합니다.
• 이자상당가산액: 사후관리 위반 시 미납 익금산입액에 가산되며, 합병·분할에 따른 폐업·해산은 가산 제외.

8. 실전 계산·함정 사례

사례	상황	결과
① 과세이연액	본사 양도가액 50억·장부가액 30억(양도차익 20억)·이월결손금 0·이전소요금액 40억	20억 × (40억÷50억) = 16억 익금불산입 → 5년 거치 후 5년간 매년 3.2억 이상 익금산입
② 안분	위 본사 연면적의 80%만 직접 사용(20% 임대)	양도차익을 80%로 안분해 계산(직접사용 면적 기준)
③ 인력 잔류 추징	이전 3년 경과 후에도 서울 사무소 본사인력이 55% 잔류	남은 익금불산입액 일시 익금산입 + 이자상당가산액
④ 폐업	분할 5년 차에 사업 폐업	잔여 이연액 전액 익금산입(폐업이 합병·분할 사유면 가산액 제외)

함정 ⑤ ‘본사’ 범위 오해. 연구소나 제품 판매 영업장을 본사로 보아 양도차익 전체를 과세이연 대상으로 신고하면 부인될 수 있습니다. 본사 기능 수행 건물·대지만 대상이며, 공장·기숙사·식당 부분은 제외됩니다. 함정 ⑥ ‘동종업종’ 누락. §61은 §121조의34와 달리 한국표준산업분류 세분류 기준 이전 전후 동종업종을 요구합니다. 이전을 계기로 주업종을 바꾸면 특례를 적용받지 못할 수 있으니, 양도·이전 전에 업종 일치 여부를 점검해야 합니다.

자주 묻는 질문(FAQ)

Q1. 본사 양도차익 과세특례는 세금을 면제해 주나요?

아닙니다. 조특법 §61은 면제가 아니라 과세이연입니다. 익금불산입한 양도차익은 양도 사업연도 종료일 이후 5년이 되는 날이 속하는 사업연도부터 5개 사업연도에 걸쳐 균등 분할해 다시 익금에 산입합니다. 또 최저한세가 적용됩니다.

Q2. 본사를 먼저 팔고 나중에 이전해도 되나요?

가능합니다. 선양도 후이전은 본사를 양도한 날부터 3년 이내에 권역 밖으로 이전하면 됩니다. 반대로 선이전 후양도는 이전한 날부터 2년 이내에 본사를 양도해야 합니다. 이전일은 이전등기일과 실제 이전일 중 늦은 날을 기준으로 봅니다.

Q3. 공장 이전도 같은 특례가 있나요?

네. 조특법 §60이 ‘공장의 대도시 밖 이전’ 양도차익에 대해 §61과 사실상 같은 구조(5년 거치·5년 분할, 최저한세 적용)를 둡니다. 대상이 본사냐 공장이냐만 다릅니다. 본사·공장이 한 소재지에 있고 공장만 옮기는 경우에도 §60과 §63의2 적용이 가능합니다(서면-2020-법인-1608).

Q4. 2026년에도 이 특례를 새로 적용받을 수 있나요?

§61·§60의 양도 적용기한은 현행 조문상 2025년 12월 31일까지입니다. 따라서 2026년에는 그 기한 내 양도분의 분할 익금산입을 관리하는 것이 일반적이며, 연장 여부는 국가법령정보센터 현행 조문으로 확인해야 합니다. 다만 ‘사업개시’ 기준의 지방이전 세액감면(§63의2)은 2028.12.31.까지 살아 있어 별도로 검토할 수 있습니다.

※ 본 글은 일반적 정보 제공용이며, 구체적 적용은 국가법령정보센터의 현행 조문과 찾기 쉬운 생활법령정보, 관할 세무서 상담을 확인하시기 바랍니다. 관련 글: 9편 위기지역 창업·사업전환(§99-9) · 7편 기회발전특구 국세(§121-33) · 8편 기회발전특구 지방세(§80-2).