![[창업·이전 지역] 12편: 수도권 밖 본사이전 법인세 세액감면 5·7·10년 완전정리 — 조특법 63조의2 (2026)](https://fakt.co.kr/wp-content/uploads/2026/06/Growing-amico.png "[창업·이전 지역] 12편: 수도권 밖 본사이전 법인세 세액감면 5·7·10년 완전정리 — 조특법 63조의2 (2026) 1")
[창업·이전 지역] 12편: 수도권 밖 본사이전 법인세 세액감면 5·7·10년 완전정리 — 조특법 63조의2 (2026)
📑 이 글이 참조한 정부기관 출처
「조세특례제한법」 제63조의2·제63조·제60조의2·제60조 조문, 「조세특례제한법 시행령」 제60조의2, 「수도권정비계획법 시행령」 [별표 1] 과밀억제권역 안내, 「법인세법 시행령」 제40조(임원 범위), 국가법령정보센터·국세청 법인세 공제·감면 안내·찾기 쉬운 생활법령정보(지방이전기업 지원제도)·대한민국 정책브리핑 등 정부기관 안내문을 근거로 정리했습니다.
공장을 옮기는 기업에 제63조 세액감면(11편)이 있다면, 본사를 수도권 밖으로 옮기는 법인에는 조세특례제한법 제63조의2 ‘수도권 밖으로 본사를 이전하는 법인에 대한 세액감면’이 있습니다. 이번 12편은 본사이전 세액감면을 다룹니다. 공장 감면과 뼈대는 같지만, 개인은 안 되고 법인만 받을 수 있고, 투자 10억원·근무인원 20명 요건이 붙으며, 무엇보다 감면받는 소득을 ‘이전인원비율 × 매출액비율’이라는 별도 산식으로 계산한다는 점이 다릅니다. 2026년 기준 적용기한은 2028년 말까지 열려 있습니다.
1. 공장이전(§63)과 본사이전(§63의2)은 어떻게 다른가
두 제도 모두 ‘수도권과밀억제권역 → 수도권 밖’ 이전을 전제로, 이전 후 소득의 법인세를 일정 기간 깎아 준다는 점은 같습니다. 그러나 제63조의2는 법인 전용이고(개인사업자 적용 불가), 본사 이전이라는 특성상 ‘투자금액·근무인원’ 요건과 ‘감면대상소득 산식’이 추가됩니다. 이전 후 합병·분할·현물출자·사업양수로 승계한 사업장의 소득은 감면에서 제외됩니다.
2. 감면 대상과 3대 요건
대상은 다음 요건을 모두 갖춰 본사를 이전해 사업을 개시하는 법인입니다. 본사(본점·주사무소)의 이전한 날은 이전등기일(등기 이후 실제 이전한 경우는 실제 이전일)이며, 이전 후 최초로 소득이 발생한 과세연도부터 감면이 시작됩니다(서면-2023-법인-2758).
| 요건 | 내용 |
|---|---|
| ① 종전 본사기간 | 수도권과밀억제권역에 3년 이상 계속 본사를 두고 사업한 실적이 있을 것(이전등기일 속한 과세연도 개시일 소급 10년 내 이 감면을 받은 법인은 제외) |
| ② 본사 이전 | 본사를 수도권 밖으로 이전할 것. ‘성장관리권역’으로 이전한 경우는 적용 제외(기재부 조세특례제도과-136) |
| ③ 투자·인원 | 이전본사에 대한 투자금액 10억원 이상이고, 이전본사의 근무인원이 20명 이상일 것 |
여기에 더해 동종업종 요건이 있습니다. 한국표준산업분류 세분류 기준으로, 이전등기일부터 소급해 2년 이상 영위하던 업종과 이전 후 업종이 같아야 합니다(2025.1.1. 이후 이전분부터 ‘각각 같아야’에서 ‘소급 2년’ 기준으로 합리화). 또한 건설업·부동산임대업·주거용 건물 개발공급업·부동산중개업·소비성서비스업·부동산매매업·무점포판매업·해운중개업은 감면배제 업종입니다(다만 혁신도시 이전공공기관이 경영하는 사업은 제외).
3. 핵심 — 감면대상소득 산식(이전인원비율 × 매출액비율)
본사이전 감면이 공장 감면과 가장 크게 다른 부분이 여기입니다. 본사는 회사 전체 소득 중 ‘이전한 본사가 기여한 몫’만 감면하기 때문에, 다음과 같이 두 비율을 곱해 감면대상소득을 산출합니다.
| 구성 | 내용 |
|---|---|
| 감면대상소득 | (① 해당 과세연도 과세표준 − ② 토지·건물·부동산 권리 양도차익 등) × ③ 이전인원비율 × ④ 매출액비율 |
| ② 양도차익 등 | 고정자산처분익·유가증권처분익·수입이자·수입배당금·자산수증익 합계에서 고정자산처분손·유가증권처분손·지급이자를 뺀 금액(음수면 0) |
| ③ 이전인원비율 | 이전본사 근무인원 ÷ 법인 전체 근무인원. 근무인원은 매월 말 인원의 연평균(일용직·연구전담요원 제외) |
| ④ 매출액비율 | (전체 매출액 − 위탁가공무역 매출액) ÷ 전체 매출액 |
즉 영업과 무관한 부동산·유가증권 처분손익, 이자, 배당 등은 감면대상에서 빼고, 거기에 ‘본사가 차지하는 인력 비중’과 ‘위탁가공을 제외한 실질 매출 비중’을 곱해 감면 폭을 정합니다. 본사 임직원이 수도권 관계회사를 겸직한다는 사실만으로 본사 인원에서 빼는 것은 부당하다고 본 사례가 있습니다(조심2009전1864).
4. 지역별 감면기간·감면율 매트릭스
감면기간은 공장 감면(§63)과 동일한 구조로, 어디로 옮기느냐에 따라 100% 전액감면 기간이 5·7·10년으로 달라지고, 이후 2~3년은 50% 감면입니다.
| 이전 지역 | 100% 감면 | 이후 50% 감면 |
|---|---|---|
| 수도권 인접지역 등(시행령 §60④ 지역) | 5년 | 2년 |
| 광역시 등(§60⑤) — 위기·성장촉진·인구감소지역 | 7년 | 3년 |
| 광역시 등(§60⑤) — 그 외 | 5년 | 2년 |
| 그 밖 지역 — 성장촉진지역 등 | 10년 | 2년 |
| 그 밖 지역 — 일반 | 7년 | 3년 |
감면은 이전 후 최초로 소득이 발생한 과세연도 개시일부터 기산하며, 이전일부터 5년이 되는 날까지 소득이 없으면 그 5년째 과세연도부터 자동으로 시작됩니다.
5. 사후관리 — 추징 4대 사유와 이자상당가산액
감면을 받은 뒤 다음 사유가 생기면 이미 받은 세액을 법인세로 납부해야 하며, 이자상당가산액(납부할 세액 × 일수 × 22/100,000, §63③ 준용)을 더해 냅니다. 특히 ④는 해당 과세연도부터 감면 자체가 중단됩니다.
| 사유 | 내용 | 추징 범위 |
|---|---|---|
| ① 폐업·해산 | 사업개시일부터 3년 내 폐업·법인해산(합병·분할·분할합병 제외) | 폐업·해산일 소급 3년 내 감면세액 |
| ② 이전 미개시 | 본사를 수도권 밖으로 이전해 사업을 개시하지 않은 경우(요건 미충족) | 요건 미충족일 소급 5년 내 감면세액 |
| ③ 수도권 본사 재설치 | 수도권에 본사를 설치하거나, 이전 3년 후 본사업무 인원 중 수도권 사무소 인원 비중이 50% 이상이 된 경우 | 설치일 소급 5년 내 감면세액 |
| ④ 임원 50% 미달 | 감면기간 중 이전본사 근무 임원이 ‘수도권 사무소 임원 + 이전본사 임원’ 합계의 50%에 미달 | 미달일 소급 5년 내 감면세액 + 이후 감면 중단 |
6. §63의2 본사 vs §63 공장 vs §60·§61 과세이연 — 한눈 비교
| 구분 | §63의2 본사이전 | §63 공장이전 | §60·§61 과세이연 |
|---|---|---|---|
| 혜택 성격 | 세액감면 | 세액감면 | 과세이연(미룸) |
| 대상자 | 법인만 | 개인 + 법인 | 법인 |
| 대상 소득 | 본사 기여분(산식 적용) | 이전 공장 영업소득 | 부동산 양도차익 |
| 추가 요건 | 투자 10억·근무 20명 | 전부 이전 | — |
| 혜택 구조 | 5·7·10년 100% + 2~3년 50% | 5·7·10년 100% + 2~3년 50% | 5년 거치 후 5년 분할 |
7. 2026년 핵심 — 적용기한 2028년 말까지 연장
2025년 세법개정으로 제63조의2 본사이전 세액감면의 사업개시 기한이 종전 2025년 말에서 2028년 12월 31일로 연장됐습니다. 본사를 신축하는 경우로서 부지를 기한까지 보유하고 신고 시 이전계획서를 제출하면 2031년 12월 31일까지 적용됩니다(국가법령정보센터 현행 조문 확인).
| 제도 | 대상 | 기준 | 적용기한(현행) |
|---|---|---|---|
| §63의2 본사이전 | 법인 | 사업개시 | 2028.12.31.(신축 2031.12.31.) |
| §63 공장이전 | 개인·법인 | 사업개시 | 2028.12.31.(신축 2031.12.31.) |
| §60·§61 과세이연 | 법인 | 부동산 양도 | 2025.12.31.(현행 조문 확인) |
- 법인 전용: 개인사업자는 본사이전 감면을 받을 수 없고, ‘투자 10억·근무 20명’ 규모요건을 채워야 합니다.
- 산식이 관건: 회사 전체 소득이 아니라 ‘이전인원비율 × 매출액비율’로 감면 폭이 정해지므로, 본사인원 비중을 높게 유지하는 것이 유리합니다.
- 임원 50% 룰: 감면기간 내내 이전본사 임원 비중을 50% 이상으로 유지하지 못하면 감면이 중단되고 추징됩니다.
8. 실전 계산·함정 사례
| 사례 | 상황 | 결과 |
|---|---|---|
| ① 산식 적용 | 과세표준 30억, 양도차익 등 5억, 이전인원비율 60%, 매출액비율 90% | 감면대상소득 = (30억−5억)×0.6×0.9 = 13.5억에 대한 법인세를 100% 감면 |
| ② 성장촉진지역 | 그 밖 지역의 성장촉진지역으로 본사 이전 | 10년 100% + 2년 50% 적용 |
| ③ 임원 50% 미달 | 감면 4년 차에 이전본사 임원 비중이 45%로 하락 | 미달일 소급 5년 감면세액 + 이자 추징, 이후 감면 중단 |
| ④ 규모요건 미달 | 투자 8억·근무 18명으로 이전 | 처음부터 감면 불가(10억·20명 미충족) |
함정 ⑤ ‘성장관리권역’ 이전. 제63조의2는 ‘과밀억제권역 → 수도권 밖’ 이전에만 적용되므로, 과밀억제권역에서 같은 수도권 내 성장관리권역으로 옮기면 감면 대상이 아닙니다(기재부 조세특례제도과-136). 함정 ⑥ 비영업손익 누락. 감면대상소득 산식에서 부동산·유가증권 처분손익, 이자·배당은 차감 대상이므로, 이를 포함해 신고하면 감면액이 과다 계산돼 추징 위험이 생깁니다.
자주 묻는 질문(FAQ)
Q1. 개인사업자도 본사이전 세액감면을 받을 수 있나요?
받을 수 없습니다. 제63조의2 본사이전 세액감면은 법인만 대상입니다. 개인사업자가 공장을 옮기는 경우라면 제63조 공장이전 세액감면(11편)을 검토할 수 있습니다.
Q2. 감면받는 소득은 어떻게 계산하나요?
회사 전체 소득이 아니라 (해당 과세연도 과세표준 − 양도차익 등) × 이전인원비율 × 매출액비율로 산출한 감면대상소득에 대해서만 법인세를 감면합니다. 부동산·유가증권 처분손익과 이자·배당은 차감하고, 본사 인력 비중과 위탁가공을 제외한 매출 비중을 곱합니다.
Q3. 투자금액과 근무인원 요건은 얼마인가요?
이전본사에 대한 누적 투자액 10억원 이상이고, 해당 과세연도 이전본사의 근무인원이 20명 이상이어야 합니다. 둘 중 하나라도 미달하면 처음부터 감면을 받을 수 없습니다.
Q4. 2026년에도 새로 적용받을 수 있나요?
네. 2025년 세법개정으로 사업개시 기한이 2028년 12월 31일(신축 부지보유·이전계획서 제출 시 2031년 12월 31일)까지 연장됐습니다. 따라서 2026년에 본사를 옮겨 사업을 개시해도 요건을 갖추면 감면을 받을 수 있으며, 구체적 기한은 국가법령정보센터 현행 조문으로 확인하시기 바랍니다.
※ 본 글은 일반적 정보 제공용이며, 구체적 적용은 국가법령정보센터 현행 조문, 국세청 안내, 찾기 쉬운 생활법령정보와 관할 세무서 상담으로 확인하시기 바랍니다. 관련 글: 11편 수도권 밖 공장이전 세액감면(§63) · 10편 본사 지방이전 과세이연(§61) · 9편 위기지역 창업·사업전환(§99-9).