중소기업 합병 취득세 감면 60% — 적격합병·분할 7가지 핵심 (2026)
두 회사가 하나로 합쳐지는 합병이나 회사를 쪼개는 분할로 토지·건물 등 사업용 재산의 소유권이 넘어가면 원칙적으로 취득세가 발생합니다. 「지방세특례제한법」은 원활한 기업 구조조정을 돕기 위해 일정 요건을 갖춘 적격합병·적격분할에 취득세를 경감합니다. 이 글은 지방세특례제한법 제57조의2(기업합병·분할 등에 대한 감면)를 2026년 기준으로 표 중심 정리합니다. 같은 사업조정 단계인 중소기업 통합(50%)·법인전환(50%)과 달리, 합병은 60%를 경감하고 사후관리도 3년으로 다릅니다.
※ 출처: 「지방세특례제한법」 제57조의2(기업합병·분할 등에 대한 감면)·제177조의2(감면 최소납부세제)·제178조, 「법인세법」 제44조(적격합병 요건)·제44조의3(사후관리)·제46조(적격분할)·제46조의3, 「농어촌특별세법」, 행정안전부 「지방세특례 적용 및 사후관리 실무가이드」, 위택스(WETAX) 지방세 감면 안내, 찾기 쉬운 생활법령정보, 대한민국 정책브리핑 등 정부기관·법령 기준.
한눈에 보는 합병·분할 취득세 감면 6가지 핵심
| 항목 | 내용 |
|---|---|
| 근거 | 지특법 §57의2①(합병)·③(분할) |
| 합병 감면율 | 적격합병 중 중소기업 간 합병·기술혁신형사업법인 합병 취득세 60% 경감 |
| 분할 감면율 | 적격분할로 취득하는 사업용 재산 취득세 50% 경감 |
| 사후관리 | 합병·분할 등기일부터 3년 내 적격요건 미충족 시 추징 |
| 농어촌특별세 | 경감(면제)분에 농특세 과세 |
| 적용기한(일몰) | 2027.12.31. |
1. 합병 취득세 60% 경감 — 대상과 감면율
「법인세법」 제44조 제2항·제3항의 적격합병 중 「중소기업기본법」상 중소기업 간 합병 또는 기술혁신형사업법인과의 합병으로 양수하는 사업용 재산을 2027.12.31.까지 취득하면, 「지방세법」 제15조 제1항에 따라 산출한 취득세의 60%를 경감합니다. 통합(§57의2③5호)·법인전환(§57의2④)의 50%보다 높은 점이 특징입니다. 다만 경감받은 취득세분에는 농어촌특별세가 과세됩니다.
한편 농업협동조합·수산업협동조합·신용협동조합 등 법에서 정한 조합 간 합병으로 양수하는 사업용 재산은 취득세를 면제하고, 합병으로 양수받아 3년 이내에 등기하는 재산에는 등록면허세 50%를 경감합니다(§57의2②).
2. 적격합병 4대 요건 (법인세법 §44②)
취득세 60% 경감은 국세인 「법인세법」의 적격합병 요건을 충족해야 적용됩니다. 즉 지방세 감면이 국세 적격합병 판정에 연동되는 구조입니다.
| 요건 | 내용 |
|---|---|
| 사업목적 | 합병등기일 현재 1년 이상 사업을 계속한 내국법인 간 합병 |
| 지분의 연속성 | 합병대가의 80% 이상이 합병법인 주식이고, 피합병법인 지배주주에게 배정·보유 |
| 사업의 계속성 | 합병법인이 승계받은 사업을 합병등기일이 속한 사업연도 종료일까지 계속 |
| 고용승계 | 피합병법인 근로자 80% 이상을 승계·유지 |
3. 분할 취득세 50% 경감 (§57의2③)
「법인세법」 제46조 제2항의 요건을 갖춘 적격분할로 인하여 취득하는 사업용 재산은 취득세를 50% 경감합니다(공공기관 전환 등 일부는 면제). 적격분할 요건은 ①분리 가능한 독립된 사업부문의 분할 ②자산·부채의 포괄 승계 ③분할대가의 주식 교부와 지배주주 보유 ④사업의 계속성으로, 합병과 같은 골격을 갖습니다. 분할도 적격분할 사후관리(§46의3)와 연동돼 3년 이내 추징될 수 있습니다.
4. 사후관리 추징 — 3년·적격요건 연동
이 감면의 가장 큰 특징은 추징 기간이 3년이라는 점입니다. 통합·법인전환 감면이 취득일부터 5년인 것과 달리, 합병·분할 감면은 합병등기일·분할등기일부터 3년 이내에 「법인세법」 제44조의3 제3항(합병)·제46조의3 제3항(분할)의 사유가 생기면 경감받은 취득세를 추징합니다. 즉 국세의 적격합병이 사후에 깨지면 지방세 감면도 함께 무너지는 구조입니다.
| 추징 사유(등기일부터 3년 내) | 비고 |
|---|---|
| 승계받은 사업의 폐지 | 고정자산을 처분·미사용하여 사업을 그만두는 경우 |
| 지배주주의 주식 처분 | 피합병·분할법인 지배주주가 받은 주식을 일정 비율 이상 처분 |
| 고용 유지 미달 | 승계 근로자 수가 기준에 미달 |
5. 농어촌특별세·등록면허세·일몰 (2026)
경감받은 취득세분에는 농어촌특별세(감면세액의 20%)가 과세되고, 면제 수준 감면이라도 2019.1.1. 이후 취득분은 최소납부세제가 적용될 수 있습니다. 적용기한(일몰)은 2027.12.31.로, 2024.12.31. 개정으로 연장됐습니다. 2026년부터는 지방세 감면 체계가 수도권·비수도권·인구감소지역 3단계로 차등화돼, 비수도권·인구감소지역의 감면을 상대적으로 우대하는 방향으로 정비되고 있습니다(대한민국 정책브리핑·법률신문 확인).
6. 통합·법인전환과의 비교
| 구분 | 합병 §57의2① | 통합 §57의2③5호 | 법인전환 §57의2④ |
|---|---|---|---|
| 감면율 | 취득세 60% | 취득세 50% | 취득세 50% |
| 대상 거래 | 적격합병(중소기업 간·기술혁신형) | 중소기업 간 통합 | 현물출자·사업양수도 법인전환 |
| 핵심 요건 | 법인세법 적격합병 4요건 | 주식가액 ≥ 순자산가액 | 자본금 ≥ 순자산가액 |
| 사후관리 | 3년(적격요건 연동) | 5년 | 5년 |
중소기업 통합 취득세 감면(50%)의 자세한 내용은 중소기업 통합 취득세 감면 6가지 핵심을, 법인전환 감면은 법인전환 취득세 감면 6가지 핵심을 함께 참고하세요.
실전 판례·심판례
| 사례 | 판단 |
|---|---|
| 적격합병으로 양수한 부동산을 합병법인이 사용 | 포괄승계여서 ‘매각·증여’가 아니므로 추징 대상 아님(조심 2017지438) |
| 적격분할로 취득 후 승계사업 계속 | 분할등기일부터 3년 내 사유 없으면 감면 유지(조심 2016지855) |
| 현물출자로 취득한 자산을 3년 내 흡수합병 | 처분에 해당해 추징될 수 있음(대법원 2022두65924) |
| 합병으로 잔존 감면기간 승계 | 피합병법인이 받던 감면을 합병법인이 잔여기간 동안 승계 |
추가 계산 사례
사례 ① 중소기업 간 적격합병(60%) — 제조업 중소기업 A가 같은 업종 중소기업 B를 적격합병하며 B의 공장 토지·건물(시가 10억 원)을 양수합니다. 취득세 본세가 약 2,000만 원이면 60% 경감으로 약 1,200만 원이 줄어듭니다. 단, 경감분에 농어촌특별세(감면세액의 20%)가 과세됩니다.
사례 ② 적격분할(50%) — 사업부문을 분할해 신설법인 C가 사업용 재산(시가 8억 원)을 포괄 승계합니다. 취득세 본세가 약 1,600만 원이면 50% 경감으로 약 800만 원이 줄어듭니다.
사례 ③ 3년 내 사업 폐지(추징) — 적격합병으로 1,200만 원을 경감받은 뒤 2년 만에 승계사업을 폐지했다면, 합병등기일부터 3년 이내 추징 사유에 해당해 경감받은 취득세가 추징됩니다.
사례 ④ 비적격합병 — 합병대가 중 주식 비율이 80%에 미달하면 적격합병 요건을 충족하지 못해 처음부터 60% 경감을 적용받을 수 없습니다. 이때는 일반 세율로 취득세를 전액 부담해야 합니다.
사례 ⑤ 조합 간 합병(면제+등록면허세 50%) — 지역 농업협동조합 A와 B가 합병하며 A가 B의 사업용 부동산(시가 12억 원)을 양수합니다. 이 경우 취득세는 면제되고, 합병으로 양수받아 3년 이내 등기하는 재산에 대한 등록면허세는 50%가 경감됩니다. 다만 면제분에는 농어촌특별세와 최소납부세제(2019.1.1. 이후 취득분)가 적용될 수 있습니다.
사례 ⑥ 적격분할 후 지배주주 주식 처분(추징) — 적격분할로 800만 원을 경감받은 신설법인의 지배주주가 분할등기일부터 2년 6개월 만에 받은 주식 대부분을 처분했다면, 3년 이내 사후관리 위반에 해당해 경감받은 취득세 800만 원이 추징됩니다. 반대로 3년이 지난 뒤의 처분은 추징 사유가 아닙니다.
합병·분할 취득세 감면 신청·관리 5단계
- 적격 여부 확인 — 법인세법 적격합병(§44②)·적격분할(§46②) 요건 충족 여부를 먼저 점검합니다.
- 대상 재산 확정 — 합병·분할로 양수하는 사업용 재산(토지·건물 등)을 특정합니다.
- 감면율 적용 — 합병은 60%, 분할은 50%를 적용해 경감 취득세와 농어촌특별세를 계산합니다.
- 감면 신청 — 취득일부터 60일 이내 위택스 또는 관할 지자체에 감면신청서와 합병·분할 증빙을 제출합니다.
- 3년 사후관리 — 등기일부터 3년간 사업 폐지·주식 처분·고용 미달을 피하고 부득이한 사유 예외를 점검합니다.
자주 묻는 질문(FAQ)
Q1. 합병 취득세 감면율은 얼마인가요?
법인세법 적격합병 중 중소기업 간 합병 또는 기술혁신형사업법인과의 합병으로 양수하는 사업용 재산은 취득세의 60%를 경감합니다(2027.12.31.까지). 통합·법인전환의 50%보다 높으며, 경감분에는 농어촌특별세가 과세됩니다.
Q2. 분할은 감면율이 다른가요?
네. 법인세법 제46조 제2항의 적격분할로 취득하는 사업용 재산은 취득세 50%를 경감합니다(공공기관 전환 등 일부는 면제). 합병(60%)과 감면율이 다릅니다.
Q3. 사후관리 기간은 몇 년인가요?
합병등기일·분할등기일부터 3년입니다. 이 기간에 승계사업 폐지, 지배주주 주식 처분, 고용 유지 미달 등 법인세법 제44조의3·제46조의3의 사유가 생기면 경감받은 취득세가 추징됩니다. 통합·법인전환의 5년과 다릅니다.
Q4. 적격합병 요건을 못 갖추면 어떻게 되나요?
합병대가의 80% 이상 주식 교부, 1년 이상 사업 계속, 사업·고용의 계속성 등 적격요건을 갖추지 못하면 처음부터 60% 경감을 적용받을 수 없습니다. 지방세 감면이 국세 적격합병 판정에 연동되기 때문입니다.
본 콘텐츠는 일반적 정보 제공 목적이며, 구체적 적용은 합병·분할 구조, 적격요건 충족 여부, 업종·재산 종류에 따라 달라질 수 있으므로 위택스 또는 관할 지방자치단체, 세무전문가의 확인을 받으시기 바랍니다.