회사나 사업부를 팔 때 가격보다 먼저 정할 것이 거래구조입니다. 주식을 넘기는지 사업을 넘기는지에 따라 누가 어떤 세금을 내는지, 우발채무가 누구에게 가는지, 주주총회가 필요한지가 달라지고, 계약서의 가격은 정산 방식에 따라 종결일에 다른 금액이 됩니다.
대상회사 전체나 사업부를 매각·인수하려는 비상장 중소기업 대표와 재무 담당자기준2026.9.10. 시행 상법, 2026.1.1. 시행 소득세법·법인세법·지방세법, 2026.5.12. 시행 독점규제 및 공정거래에 관한 법률게시일2026-09-18근거10건 · 목록 보기
같은 회사를 팔아도 구조에 따라 세금·우발채무·절차가 다릅니다
주식을 넘기면 회사가 진 빚과 우발채무가 그대로 매수자에게 갑니다. 사업만 넘기면 우발채무는 남지만 주주총회 특별결의와 부가가치세 문제가 생깁니다. 계약서에 적은 가격도 거래종결일에 그대로 지급되는 것이 아니라 정산 방식에 따라 달라집니다.상법 §374가이드북 23쪽
거래구조가 바꾸는 것
M&A 거래구조 선택이 우리 회사의 무엇을 바꾸는가
거래구조는 계약서 제목을 정하는 일이 아닙니다. 누가 세금을 얼마나 내는지, 과거의 우발채무를 누가 떠안는지, 주주총회를 열어야 하는지, 대금이 언제 확정되는지가 구조에서 결정됩니다. 그래서 가격 협상보다 구조 선택을 먼저 합니다.
매도자
세금의 종류와 대금이 들어오는 자리가 달라집니다
주식을 파는 개인 주주는 양도소득세와 증권거래세를 냅니다. 회사가 사업이나 자산을 팔면 양도차익이 법인세 과세소득에 들어가고, 대금은 주주가 아니라 회사에 남습니다.소득세법 §94①3호
대금을 주주 개인이 받아야 하는지, 회사에 남겨 다른 사업에 써야 하는지에 따라 고를 수 있는 구조가 좁혀집니다.
매수자
우발채무를 얼마나 떠안을지가 달라집니다
주식을 사면 회사의 과거가 통째로 따라옵니다. 세무조사 추징, 소송, 보증채무처럼 실사에서 찾지 못한 부담도 매수자 몫입니다. 사업이나 자산만 사면 계약에 적은 자산·부채만 넘어옵니다.가이드북 23쪽
다만 사업을 양수하면 영업양도인의 상호를 계속 쓰는 경우 양도인의 채무를 변제할 책임이 생길 수 있습니다.상법 §42
우리 회사에 해당하나요?
해당
회사 전체 또는 사업부 하나를 팔거나 사려는 비상장 중소기업. 주주가 대표와 가족 몇 명으로 단순한 경우도 포함됩니다
해당
투자자로부터 지분 인수 제안을 받았고 락드박스·언아웃 같은 조건이 계약서 초안에 들어 있는 회사
확인 필요
직전 사업연도 자산총액이나 매출액이 300억원 이상인 회사가 자산·매출 3,000억원 이상인 회사와 결합하는 경우 — 기업결합신고 대상인지 별도 확인공정거래법 시행령 §18
해당 없음
상장회사 간 합병처럼 자본시장법상 합병비율 산정과 공시가 얽히는 거래. 이 글은 비상장 중소기업의 주식·사업 매매를 다룹니다
지분·영업·자산양수도
세 가지 거래구조는 무엇을 넘기느냐로 갈립니다
지분양수도는 주주가 주식을 넘기는 거래이고, 영업양수도는 회사가 사업부 전체를 넘기는 거래이며, 자산양수도는 회사가 개별 자산의 소유권만 넘기는 거래입니다. 넘기는 대상이 다르므로 계약 당사자, 필요한 결의, 세금, 우발채무의 행방이 모두 다릅니다.
구분
지분양수도
영업양수도
자산양수도
넘기는 것
기존 주주의 구주 또는 유상증자 신주
사업부의 자산·부채·계약·인력을 동일성을 유지한 채 일체로
특정 자산의 소유권만 개별 이전
계약 당사자
주주 ↔ 매수자
회사 ↔ 매수자
회사 ↔ 매수자
대금 귀속
주주 개인(또는 주주 법인)
회사
회사
회사 내부 결의
이사회(정관에 양도 제한이 있으면 그 절차)
영업 전부 또는 중요한 일부면 주주총회 특별결의, 반대주주 주식매수청구권
이사회. 다만 사실상 영업 전부에 해당하면 영업양도로 봄
우발채무
회사에 그대로 남아 매수자에게 이전
계약에 적은 부채만 승계. 상호를 계속 쓰면 양도인 채무에 변제책임
원칙적으로 승계 없음
거래처 계약·인허가
회사가 그대로이므로 원칙적으로 유지. 지배권 변경 조항은 확인
계약 상대방 동의·인허가 재취득이 필요한 경우 많음
자산별로 이전 절차
근로관계
변동 없음
원칙적으로 포괄 승계
승계 없음. 필요하면 개별 채용
양도인의 경업금지
계약으로 정함
약정이 없어도 10년간 동일·인접 시군에서 동종영업 금지
계약으로 정함
주주총회 특별결의는 출석 주주 의결권의 3분의 2 이상과 발행주식총수의 3분의 1 이상이 찬성해야 합니다. 총주주가 동의하거나 상대방이 발행주식의 90% 이상을 보유하면 이사회 승인으로 갈음할 수 있습니다.상법 §374의3
반대주주는 총회 전에 서면으로 반대 의사를 알린 뒤 결의일부터 20일 이내에 주식매수를 청구할 수 있고, 회사는 청구기간이 끝난 날부터 2개월 이내에 그 주식을 사 줘야 합니다. 주주가 대표 혼자라면 문제가 없지만 소수주주가 있는 회사는 매수 자금까지 계산에 넣어야 합니다.상법 §374의2
구조별로 어느 쪽 부담이 큰가
부담 ↓ · 구조 →
지분양수도
영업양수도
자산양수도
매수자의 우발채무 부담
높음회사 과거 전체
낮음계약 범위로 한정
없음
회사 내부 절차
낮음이사회
높음특별결의·매수청구
보통이사회, 규모에 따라 총회
계약·인허가 이전 작업
낮음
높음상대방 동의
높음자산별 이전
부가가치세 검토
없음주식은 과세 대상 아님
보통포괄양도 요건 충족 시 제외
높음자산별 과세
없음
낮음
보통
높음
매우 높음
일반적인 경향을 단계로 표시한 것이며 금액이 아닙니다. 계약 조건(에스크로·손해배상 한도)에 따라 지분양수도의 우발채무 부담도 낮출 수 있습니다.가이드북 23~24쪽상법 §374
'영업양도'라는 말은 법마다 뜻이 다릅니다
상법의 영업양도는 주주총회 특별결의가 필요한지를 가르는 기준이고, 부가가치세법의 사업양도는 재화의 공급으로 보지 않는 요건이며, 국세기본법의 사업양수는 양수인의 제2차 납세의무를 정하는 개념입니다. 세 판단은 요건이 달라 하나를 충족했다고 나머지가 따라오지 않습니다.부가세법 §10⑨국세기본법 §41
사업양수인의 제2차 납세의무는 범위가 좁아졌습니다
양도인이 못 낸 국세를 양수인이 양수한 재산의 가액 한도에서 대신 내는 제도는 지금도 있습니다. 다만 양도인의 특수관계인이거나 조세회피 목적으로 양수한 자로 한정됩니다. 그렇더라도 실사에서 체납 여부를 확인하는 일은 생략하지 않습니다.국세기본법 시행령 §22
지분 일부만 넘기는 구조
대주주가 80%만 팔고 20%를 남기는 구조는 매수자의 자금 부담을 줄이고, 매도자는 이후 더 높은 값에 잔여지분을 팔 기회를 갖습니다. 이때 주주간계약에서 잔여지분의 매도청구·매수청구 조건과 가격 산정 방식을 미리 정해 둡니다.가이드북 25쪽
양수하는 회사도 결의가 필요할 수 있습니다
양수하는 쪽 회사의 영업에 중대한 영향을 미치는 영업양수라면 양수회사도 주주총회 특별결의를 거쳐야 합니다. 매도자만 챙기고 매수자 쪽 절차를 빠뜨리면 거래종결이 늦어집니다.상법 §374①3호
구조별 세금
누가 어떤 세금을 내는지는 구조가 정합니다
지분양수도에서는 파는 주주가 양도소득세(개인)나 법인세(법인)와 증권거래세를 내고, 사는 쪽은 비상장법인의 과점주주가 되면 간주취득세를 냅니다. 영업·자산양수도에서는 파는 회사가 법인세를, 사는 쪽이 취득세와 부가가치세를 검토합니다.
개인 주주가 비상장 중소기업 주식을 팔면 대주주 여부에 따라 세율이 갈립니다. 비상장법인은 본인과 특수관계인 지분을 합쳐 4% 이상이거나 시가총액 50억원 이상이면 대주주입니다. 대표가 지분 대부분을 가진 중소기업이라면 사실상 대주주 세율을 적용받는다고 보면 됩니다.소득세법 시행령 §157③
중소기업이 아닌 법인의 주식을 대주주가 1년 미만 보유하고 팔면 30%가 적용됩니다. 대주주가 아닌 자의 양도는 중소기업 주식 10%, 그 밖의 주식 20%입니다. 세율표만 보고 우리 회사가 어느 칸인지 정하지 말고 대주주 판정을 먼저 합니다.소득세법 §104①11호
자주 틀리는 계산 — 대주주에게 소액주주 세율을 적용
가상 사례로 봅니다. A기업 대표가 지분 100%를 취득가액 10억원, 양도가액 30억원에 팝니다. 양도차익 20억원을 두고 "중소기업 주식은 10%"라고 계산하면 산출세액이 2억원으로 나옵니다. 그러나 지분 100%는 대주주이므로 20%·25% 누진세율이 맞습니다. (가상 수치, 양도소득 기본공제 250만원과 필요경비는 생략)
과세표준 3억원까지 3억원 × 20%6,000만원
3억원 초과분 17억원 × 25%4억2,500만원
양도소득 산출세액4억8,500만원
지방소득세 산출세액의 10%4,850만원
증권거래세 양도가액 30억원 × 0.35%1,050만원
매도자 세부담 합계5억4,400만원
잘못 계산한 2억원과 비교하면 산출세액만 2억8,500만원 차이가 납니다. 매각 대금으로 무엇을 할지 계획을 세울 때 이 차이는 작지 않습니다. 증권거래세는 매매 상대방이 아니라 양도자가 내는 세금이므로 매수자가 대신 부담하기로 했다면 계약에 따로 적어야 합니다.증권거래세법 §3·§8
증권거래세율은 시장별로 다르고 최근 몇 년 사이 내렸습니다
비상장주식은 기본세율이 그대로 적용됩니다.
2022년
2025년 이후
변동 없음
표로 보기
구분
2022년
2025년 이후
변화
비상장주식
0.43%
0.35%
−0.08%
코스닥시장
0.23%
0.15%
−0.08%
코넥스시장
0.10%
0.10%
변동 없음
유가증권시장
0.08%
0.00%
−0.08%
유가증권시장 주권에는 증권거래세 대신 농어촌특별세가 붙습니다. 비상장주식의 장외 양도는 양도자가 반기 단위로 직접 신고·납부합니다.증권거래세법 §8 · 시행령 §5
사는 쪽 — 비상장법인 지분을 50% 넘게 사면 간주취득세
주식을 사면서 본인과 특수관계인 지분을 합쳐 50%를 초과하는 과점주주가 되면, 그 회사가 가진 부동산·차량·기계장비·회원권 등을 지분비율만큼 취득한 것으로 보아 취득세를 냅니다. 유가증권시장과 코스닥시장 상장법인은 제외되므로 사실상 비상장법인 인수에 붙는 세금입니다.지방세법 §7⑤지방세기본법 시행령 §24①
과세표준은 회사 장부상 부동산등 총가액을 총주식수로 나눈 가액에 취득한 주식수를 곱한 금액이고, 세율은 중과기준세율 2%입니다. A기업이 장부가액 40억원짜리 공장을 갖고 있고 B기업이 지분 100%를 사면 40억원 × 2% = 8,000만원의 취득세가 나옵니다. 60%만 사면 40억원 × 60% × 2% = 4,800만원이고, 45%만 사면 과점주주가 아니므로 간주취득세가 없습니다. 지방교육세·농어촌특별세는 별도입니다. (가상 수치)지방세법 §10의6④·§15②
'과점주주'도 법마다 다릅니다
지방세의 과점주주는 특수관계인 합산 50% 초과 주주로 간주취득세와 제2차 납세의무의 기준입니다. 소득세법에서는 부동산등이 자산총액의 50% 이상인 법인의 과점주주가 지분 50% 이상을 넘기면 주식이 아니라 '기타자산'으로 과세되어 세율표가 달라집니다. 부동산이 많은 회사를 팔 때는 이 판정을 먼저 합니다.소득세법 §94①4호다목
영업양수도에서 사업장별로 모든 권리와 의무를 포괄적으로 넘기면 부가가치세 과세 대상인 재화의 공급으로 보지 않습니다. 미수금·미지급금과 사업과 직접 관련 없는 토지·건물을 빼고 넘겨도 포괄양도로 봅니다. 요건과 신고 절차는 사업 포괄양도와 부가가치세에서 다뤘습니다.부가세법 시행령 §23
가격조정 메커니즘
계약서의 가격과 실제 대금이 다른 이유
가격 협상의 기준이 된 재무제표는 실사기준일 것이고, 대금은 그보다 한 달에서 여섯 달 뒤인 거래종결일에 오갑니다. 그 사이에 차입금이 늘거나 재고가 줄면 누군가 손해를 봅니다. 이 차이를 어떻게 처리할지 정한 것이 가격조정 방식입니다.가이드북 27쪽
구분
클로징 정산 (Completion Accounts)
락드박스 (Locked Box)
언아웃 (Earn-out)
가격이 확정되는 시점
거래종결일 재무제표로 예비정산 후 확정정산
실사기준일(락드박스일)에 확정
거래종결 후 정해진 기간의 성과로 추가 대금 확정
조정하는 항목
순차입금, 운전자본(정상수준 대비 차이)
조정 없음. 대신 비허용 유출(leakage)을 돌려받음
매출·EBITDA·영업이익 또는 인허가·고객 수 같은 비재무 지표
기간 위험을 지는 쪽
매도자(종결일까지 회사 상태에 따라 대금이 변함)
매수자(락드박스일 이후 실적 변동이 매수자 몫)
양쪽이 나눔
대체로 선호하는 쪽
매수자
매도자
가격 이견이 클 때 양쪽 타협안
기록·확인할 것
정산 기준 회계정책, 운전자본 정상수준 산정 근거, 확정정산 기한과 분쟁 절차
허용 유출 목록(급여·정상 거래), 비허용 유출의 반환 방법, 기간 이자 여부
성과 지표의 정의와 회계기준, 측정 기간, 매수자의 경영 개입 범위
클로징 정산 — 기준일과 종결일의 차이를 대금에서 가감
가상 사례로 봅니다. 2025년 12월 31일 재무제표를 기준으로 A기업 지분 100%의 가치를 100억원으로 합의하고 2026년 3월 31일 주식매매계약을 체결한 뒤 4월 30일 거래를 종결합니다. 종결일 재무제표에서 순차입금이 6억원 늘었고, 운전자본이 합의한 정상수준보다 3억원 부족했습니다. 확정정산 과정에서 미지급 비용 1억원이 추가로 확인되었습니다.
클로징 정산에서 대금이 확정되는 흐름
가상 수치 · 단위 억원
합의 지분가치 (2025.12.31. 기준)
100억원
순차입금 증가 차감
−6억원
운전자본 부족분 차감정상수준 15억원 대비 12억원
−3억원
확정정산 추가 조정미지급 비용 확인
−1억원
최종 대금
90억원
표로 보기
단계
금액
누계
합의 지분가치 (2025.12.31. 기준)
100억원
100억원
순차입금 증가 차감
−6억원
94억원
운전자본 부족분 차감
−3억원
91억원
확정정산 추가 조정
−1억원
90억원
최종 대금
90억원
90억원
예비정산 때 91억원을 지급하고 확정정산에서 1억원을 돌려받는 구조입니다. 운전자본 정상수준을 얼마로 잡느냐가 가장 큰 협상 항목입니다.가이드북 27~28쪽
운전자본 정상수준(peg)은 보통 과거 12개월 월평균으로 잡습니다. 계절성이 큰 사업은 특정 달의 숫자를 기준으로 삼으면 한쪽이 크게 유리해지므로 어떤 달을 평균에 넣을지도 계약에 적습니다. 정상수준 산정에 쓸 월별 자료가 없다면 클로징 정산 방식을 고르기 전에 자료부터 만들어야 하고, 만들 수 없다면 락드박스 방식이 현실적입니다.
락드박스 — 가격은 고정, 유출만 돌려받기
같은 사례에서 락드박스 방식을 쓰면 대금은 2025년 12월 31일 기준 100억원으로 고정됩니다. 락드박스일부터 거래종결일까지 회사의 이익과 손실은 경제적으로 매수자 몫이 되고, 그 대신 매도자가 그 기간에 회사에서 돈을 빼 가는 행위를 막습니다.가이드북 28쪽
여기서 자주 틀리는 판단이 있습니다. 매도자가 2026년 3월에 배당 2억원을 받았는데 "가격이 고정이니 100억원 그대로"라고 보는 것입니다. 배당은 비허용 유출이므로 매수자에게 2억원을 반환하거나 대금에서 차감해 실질 대금은 98억원이 됩니다. 반면 대표의 통상 급여(월 1,000만원 × 4개월 = 4,000만원)는 허용 유출로 미리 목록에 넣어 두면 차감하지 않습니다. 목록에 없는 지출은 분쟁이 되므로 목록을 구체적으로 적습니다. (가상 수치)
매도자는 대금을 받지 못한 넉 달 동안 회사 현금흐름을 통제받으므로, 그 대가로 대금에 이자를 붙이기도 합니다. 100억원에 연 5%를 넉 달 적용하면 1억6,667만원입니다. 이자를 붙일지, 붙인다면 어느 날부터 계산할지는 협상 사항이지 정해진 규칙이 아닙니다.가이드북 29쪽
언아웃 — 성과가 나오면 추가 대금
언아웃이 있으면 대금이 고정분과 조건부로 나뉩니다
가상 수치 · 2027년 EBITDA 20억원 이상이면 추가 지급
90
0
최대 대금 100억원 (단위: 억원)
거래종결 시 지급 90억원90%
조건부 추가 대금 10억원10%
조건부 대금은 지표를 어떤 회계기준으로 재는지에 따라 결과가 달라집니다. 인수 후 매수자가 회계정책을 바꾸면 EBITDA가 달라질 수 있으므로 측정 기준을 계약에 고정합니다.가이드북 29쪽
언아웃은 매수자와 매도자의 가격 이견을 좁히는 장치입니다. 다만 거래종결 뒤에도 매도자가 회사 실적을 지켜봐야 하고, 매수자는 지표를 맞추기 위해 경영에 개입할 여지가 생깁니다. 성과 측정 방식과 매수자의 경영 자유도를 둘러싼 분쟁이 잦으므로 매도자가 잔여지분을 갖거나 일정 기간 경영에 참여하는 조건과 함께 설계하는 경우가 많습니다.가이드북 29쪽
실사 결과와 가격조정은 다른 층입니다
실사에서 찾은 우발채무나 이익의 질 조정은 합의 가격 자체를 정하는 재료이고, 가격조정 메커니즘은 그 합의 가격을 종결일 상태에 맞추는 장치입니다. 실사에서 이미 반영한 항목을 클로징 정산에서 또 차감하면 이중 조정이 됩니다. 실사가 가격에 반영되는 방식은 재무실사의 목적과 범위에서 다뤘습니다.
사업부만 넘기는 경우
사업부 하나를 팔 때 판단하는 순서
회사에 사업부가 둘인데 하나만 팔아야 한다면 영업양수도로 갈 수도 있고, 먼저 분할해서 지분양수도로 갈 수도 있습니다. 어느 쪽이 맞는지는 대금이 누구에게 가야 하는지에서 출발합니다.
1
대금이 주주에게 가야 합니까, 회사에 남아야 합니까?
주주 개인이 받아야 하면 인적분할 뒤 지분매각을, 회사에 남겨 남은 사업의 운영자금으로 써야 하면 물적분할 뒤 신설법인 지분매각이나 영업양수도를 검토합니다.가이드북 24~25쪽
주주인적분할 검토
회사물적분할 또는 영업양수도
2
분할이 적격분할 요건을 갖출 수 있습니까?
분할등기일 현재 5년 이상 사업을 계속한 법인이 독립된 사업부문을 자산·부채와 함께 포괄 승계시키고, 분할대가 전액이 주식이며, 사업과 근로자 80% 이상을 사업연도 말까지 유지해야 합니다. 부동산임대업이 주업인 사업부문은 적격분할이 되지 않습니다.법인세법 §46②·③
예과세이연 가능. 3단계로
아니오분할 시점에 양도차익 과세. 영업양수도와 세부담 비교
3
어느 쪽 법인의 지분을 팝니까?
적격분할 뒤 분할신설법인의 주식을 사후관리 기간 안에 처분하면 과세이연 혜택이 취소됩니다. 반면 분할법인(존속법인)의 주식 매각은 사후관리 사유가 아닙니다. 그래서 팔려는 사업부를 존속법인에 남기고 남길 사업부를 신설법인으로 떼어내는 설계가 흔합니다.법인세법 §46의3③
존속법인 매각사후관리 위반 아님
신설법인 매각사후관리 기간 확인 필수
✓
구조 확정 후 가격조정 방식과 문서를 정합니다
분할 절차에는 상법상 분할계획서 승인과 채권자 보호 절차가 따로 붙으므로 일정에 몇 달을 더 잡습니다. 분할과 매각을 한 해에 몰아넣지 말고 사업연도 말 요건 유지까지 계산에 넣습니다.
적격분할이라고 세금이 없어지는 것은 아닙니다
적격분할은 분할 시점의 양도차익 과세를 뒤로 미루는 제도입니다. 사후관리 기간(3년 이내에서 시행령이 정하는 기간)에 사업을 폐지하거나 주식을 처분하거나 근로자 수가 80% 미만으로 떨어지면 미뤄 둔 세금을 그 사업연도에 한꺼번에 냅니다. 분할 세제의 요건과 사후관리는 법인세 분할 세제에서 자세히 다뤘습니다.법인세법 §46의3③
물적분할은 분할법인이 신설법인의 주식을 받는 구조입니다. 적격 요건을 갖추면 양도차익 상당액을 손금에 넣어 과세를 미루지만, 분할법인이 그 주식을 처분하면 처분 비율만큼 익금에 산입합니다. 즉 물적분할 뒤 신설법인 지분을 바로 팔면 미뤄 둔 세금이 그때 나옵니다. 대금이 회사에 남는다는 장점과 이 세금을 함께 놓고 비교해야 합니다.법인세법 §47②
문서와 신고
거래 순서대로 만들어지는 문서와 확인할 것
M&A는 비밀유지계약에서 시작해 주식매매계약으로 끝납니다. 문서마다 구속력이 다르고, 중간 문서에 적은 조건이 본계약을 묶는 경우가 있으므로 어느 문서에 무엇을 적을지 미리 정합니다.가이드북 30~31쪽
문서
확인·기록할 내용
비밀유지계약 (NDA)
비밀정보의 범위, 목적 외 사용 금지, 임직원 접촉 금지 기간, 반환·폐기 의무. 티저 단계에서는 회사 실명을 빼고 NDA 체결 뒤 실명 자료를 줍니다
티저·투자안내서 (IM)
재무 수치의 기준 시점과 감사 여부. 여기 적은 숫자가 나중에 진술과 보장의 기준이 되므로 검증되지 않은 전망치는 전망치라고 표시합니다
인수의향서 (LOI)
인수가격 또는 가격 범위, 거래구조, 실사 범위와 기간, 대금 지급 수단, 임직원 처우. 구속력이 없는 부분과 있는 부분을 조항별로 구분합니다
양해각서 (MOU)
독점협상권의 기간, 이행보증금의 금액과 몰취 요건, 비밀유지. LOI와 겹치면 생략하기도 합니다. 독점협상권·이행보증금 조항은 구속력이 있는 형태로 체결되는 경우가 많습니다
지분 일부만 넘길 때. 이사 선임권, 주요 의사결정의 동의권, 잔여지분의 매도·매수청구권과 가격 산정 방식, 경업금지
이행보증금은 매수자 귀책으로 기한 안에 본계약을 체결하지 못하면 돌려받지 못하는 돈입니다. 매도자 입장에서는 매수자의 진정성을 확인하는 장치이지만, 실사 결과가 나쁘면 매수자가 계약을 접을 수 있는 사유를 어디까지 인정할지에 따라 실효성이 달라집니다.가이드북 31쪽
기업결합신고는 규모가 큰 상대와 거래할 때 확인합니다
직전 사업연도 자산총액이나 매출액이 3,000억원 이상인 회사가 300억원 이상인 회사의 주식 20% 이상을 취득하거나 영업을 양수하면 공정거래위원회에 신고해야 합니다. 작은 회사가 큰 회사를 결합하는 반대 방향도 신고 대상입니다. 원칙은 기업결합일부터 30일 이내 사후신고이고, 어느 한쪽이 자산·매출 2조원 이상인 대규모회사이면 계약일 이후 종결 전에 사전신고합니다. 신고하지 않으면 회사에 1억원 이하의 과태료가 부과됩니다.공정거래법 §11·§130시행령 §15·§18·§20
벤처투자회사나 벤처투자조합이 창업기업·벤처기업 주식을 취득하는 경우는 신고 대상에서 빠집니다. 상대회사 규모에 못 미치는 작은 회사를 인수하더라도 거래금액이 6,000억원 이상이고 국내에서 상당한 활동을 하는 회사라면 별도 신고 대상입니다. 서식과 접수 방법은 공정거래위원회 안내를 따릅니다.공정거래법 §11②·③공정위 안내
가상 사례
사업부 둘 중 하나를 파는 A기업이 구조를 정하는 과정
아래 회사와 숫자는 모두 가상입니다. 같은 회사라도 대금의 귀속과 매수자의 요구에 따라 결론이 달라진다는 점을 보여 주기 위한 사례입니다.
사례 A
A기업 — 제조 사업부와 유통 사업부 중 유통 사업부를 B기업에 매각
비상장 · 설립 12년 · 대표 지분 100% · 유통 사업부 가치 100억원 합의 · 매수자 B기업은 자산총액 500억원 법인 (가상)
인적분할 후 존속법인 지분양수도클로징 정산 + 언아웃
① 대금 귀속대표가 개인적으로 대금을 받아 은퇴 자금으로 쓰려 합니다. 영업양수도나 물적분할은 대금이 회사에 남으므로 맞지 않습니다.주주 귀속
② 분할 설계유통 사업부를 존속법인에 남기고 제조 사업부를 신설법인으로 인적분할합니다. 존속법인 주식을 파는 것은 적격분할 사후관리 사유가 아닙니다.법인세법 §46의3③적격 요건 검토
③ 매도자 세금대표는 지분 100%의 대주주이므로 양도차익에 20%·25%, 양도가액에 증권거래세 0.35%를 냅니다. 취득가액은 분할 전 주식의 취득가액을 순자산 비율로 안분해 계산해야 하므로 세무 검토가 필요합니다.소득세법 §104①11호대주주 세율
④ 매수자 세금B기업은 지분 100%를 취득해 과점주주가 되므로 존속법인이 보유한 물류창고(장부가액 30억원)에 대해 30억원 × 2% = 6,000만원의 간주취득세를 냅니다. 가격 협상에서 이 부담을 누가 지는지 명시합니다.지방세법 §7⑤간주취득세 6,000만원
⑤ 기업결합신고B기업 자산총액 500억원은 신고회사 기준 3,000억원에 미치지 못하고 A기업도 3,000억원 미만이므로 신고 의무가 없습니다.시행령 §18①·②대상 아님
⑥ 가격조정유통 사업부는 재고와 매출채권 변동이 커 B기업이 클로징 정산을 요구했습니다. A기업은 지난 12개월 월별 운전자본 자료가 있어 정상수준을 산정할 수 있으므로 받아들이되, 2027년 EBITDA 20억원 달성 시 10억원을 추가로 받는 언아웃을 붙여 가격 이견을 좁혔습니다.정산 + 언아웃
메모분할등기 후 사업연도 말까지 신설법인의 사업과 근로자 80%를 유지해야 적격분할이 유지되므로, 분할과 매각 종결을 같은 해에 두더라도 신설법인 쪽 요건 유지 일정은 따로 관리합니다.
만약 대표가 대금을 회사에 남겨 제조 사업부 설비 투자에 쓰려 했다면?
영업양수도가 첫 후보가 됩니다. 이 경우 주주총회 특별결의는 대표 단독 주주라 문제가 없지만, 유통 거래처 계약의 상대방 동의와 임차 창고의 임대인 동의를 하나씩 받아야 합니다. 부가가치세는 사업장별 포괄양도 요건을 맞추면 과세되지 않고, 양도차익은 A기업의 법인세 과세소득에 들어갑니다.부가세법 시행령 §23
실무 정리
바로 내리면 안 되는 결론과 남겨 둘 기록
거래구조 검토에서 자주 생기는 성급한 결론을 확인한 사실과 추가로 확인할 것으로 나눠 정리했습니다. 결론은 한 칸으로 적지 말고 세목별·절차별로 나눠 적어야 다음 단계 자문에서 다시 쓸 수 있습니다.
확인한 사실
성급한 결론
추가로 확인할 것
부가가치세법상 포괄양도 요건을 갖춤
상법상 주주총회 결의도 필요 없다
영업의 전부 또는 중요한 일부인지는 상법 기준으로 따로 판단. 국세기본법의 사업양수인 해당 여부도 별개
적격분할 요건을 갖춰 분할함
분할한 어느 법인의 지분을 팔아도 된다
분할신설법인 주식 처분은 사후관리 사유. 존속법인 주식만 자유롭고, 물적분할이면 분할법인의 신설법인 주식 처분 시 익금산입
지분 45%만 취득함
간주취득세는 없다
특수관계인이 이미 보유한 지분과 합산해 50% 초과인지 확인. 이후 추가 취득으로 비율이 오르면 증가분에 과세
락드박스로 가격을 고정함
거래종결 때 정산할 것이 없다
비허용 유출이 있었는지 종결 전에 확인. 허용 유출 목록에 없는 지출은 반환 대상
실사에서 우발채무를 찾아 가격을 깎음
클로징 정산에서도 같은 항목을 차감한다
이중 조정 여부. 실사 반영 항목과 정산 항목을 목록으로 구분
양쪽 모두 자산·매출 3,000억원 미만
기업결합신고는 무조건 없다
계열회사 합산 규모, 거래금액 6,000억원 기준, 상대방이 대규모회사 계열인지
검토 항목
남겨 둘 기록
거래구조 결정 근거
대금 귀속처, 우발채무 범위, 결의 요건, 세금 비교표(구조별 매도자·매수자 세부담을 각각 금액으로)
실사기준일과 거래종결일
두 날짜와 그 사이 기간의 주요 거래(배당·차입·대여·특수관계자 거래) 목록
가격조정 산식
순차입금·운전자본의 정의(어느 계정을 넣고 빼는지), 정상수준 산정에 쓴 월별 자료, 정산 기한
자료가 비어 있는 항목은 0이나 '해당 없음'으로 채우지 말고 미확정으로 남깁니다. 특히 자회사나 특수관계인의 지분 자료가 없으면 과점주주 판정과 기업결합신고 판단을 확정할 수 없습니다.
자주 묻는 질문
거래구조와 가격조정에 관한 질문
매수자가 우발채무를 걱정하면 반드시 영업양수도로 가야 하나요?
그렇지 않습니다. 지분양수도를 유지하면서 대금 일부를 에스크로 계좌에 넣고 일정 기간 뒤 해제하거나, 진술과 보장 위반에 대한 손해배상 한도와 기간을 정하는 방법으로 위험을 나눌 수 있습니다. 영업양수도는 우발채무를 피하는 대신 계약 이전과 인허가 재취득이라는 다른 비용이 듭니다.가이드북 23쪽
락드박스 방식에서 매도자가 받는 이자는 꼭 붙여야 하나요?
정해진 규칙은 없습니다. 락드박스일부터 종결일까지 매도자는 대금을 못 받은 채 회사 현금 사용을 제한받으므로, 그 기회비용으로 이자를 붙이는 경우가 있을 뿐입니다. 붙인다면 이율과 기산일을 계약에 적고, 그 기간의 이익이 매수자 몫이라는 점과 균형이 맞는지 봅니다.가이드북 29쪽
개인 주주가 비상장 중소기업 주식을 팔 때 세율은 항상 10%인가요?
아닙니다. 10%는 대주주가 아닌 자가 중소기업 주식을 팔 때의 세율입니다. 본인과 특수관계인 지분을 합쳐 4% 이상이거나 시가총액 50억원 이상이면 대주주로 20%(과세표준 3억원 초과분 25%)가 적용됩니다. 판정 기준일은 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일입니다.소득세법 시행령 §157③
기업결합신고 기준에 못 미치는 중소기업끼리의 거래라면 공정거래법은 볼 것이 없나요?
신고 의무는 없더라도 계열회사 지분을 합산했을 때 기준을 넘는지, 상대방이 대규모회사의 계열회사인지는 확인합니다. 기업결합일부터 30일이라는 기한이 짧으므로 종결 전에 판단을 끝내 둡니다.공정거래법 §11⑥
근거 자료
참고문헌
금액·기한·요건·기관 명칭은 현행 법령과 정부 안내로 확인했습니다. 본문의 번호 칩을 누르면 해당 자료로 이동합니다.
해설서
삼일회계법인 중소벤처기업 M&A지원센터·한국벤처캐피탈협회·중소벤처기업부 「M&A 가이드북」Q5 거래 구조 및 사례, Q6 가격조정 메커니즘, Q7 절차 시 작성되는 주요 문서들, Q9 M&A 필수 신고 절차 — 23~37쪽, 2022년 10월
PDF 해설 책자
법률
상법 제41조·제42조·제374조·제374조의2·제374조의3제41조 영업양도인의 경업금지(10년, 약정 시 20년 한도) · 제42조 상호를 속용하는 양수인의 책임 · 제374조 영업 전부 또는 중요한 일부의 양도·양수는 특별결의 · 제374조의2 반대주주의 주식매수청구권(결의일부터 20일, 회사는 2개월 내 매수) · 제374조의3 간이영업양도 — 법률 제21044호, 2026.9.10. 시행
부가가치세법 제10조제9항제2호 · 시행령 제23조사업장별로 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계시키는 사업양도는 재화의 공급으로 보지 않음. 미수금·미지급금·사업과 직접 관련 없는 토지·건물을 제외해도 포괄양도로 봄 — 법률 제21065호(2026.1.2. 시행) · 대통령령 제36133호(2026.2.27. 시행)
국세기본법 제41조 · 시행령 제22조사업양수인의 제2차 납세의무는 양수한 재산의 가액 한도. 대상은 사업장별 권리·의무를 포괄 승계한 자 중 양도인의 특수관계인 또는 조세회피 목적 양수인 — 법률 제21860호(2026.8.11. 시행) · 대통령령 제36125호(2026.2.27. 시행)
독점규제 및 공정거래에 관한 법률 제11조·제130조 · 시행령 제15조·제18조·제19조·제20조기업결합신고대상회사 자산총액 또는 매출액 3,000억원 이상, 상대회사 300억원 이상, 대규모회사 2조원 이상은 사전신고, 주식 20%(상장 15%) 이상 취득·합병·영업양수, 기업결합일부터 30일 이내 신고, 소규모피취득회사 거래금액 6,000억원 기준, 벤처투자회사·벤처투자조합의 창업·벤처기업 주식 취득 제외, 미신고 과태료 회사 1억원 이하 — 법률 제21644호(2026.5.12. 시행) · 대통령령 제36220호(2026.3.24. 시행)