비영리법인 취득세·재산세 감면 7가지 핵심 — 직접사용·추징 (2026)
비영리법인이 학교 건물·복지시설·교회·병원 부동산을 취득하면 취득세, 그 부동산을 보유하는 동안에는 재산세가 매년 부과됩니다. 다만 고유목적사업에 직접 사용하면 「지방세특례제한법」에 따라 취득세·재산세가 면제 또는 경감됩니다. 핵심은 “직접 사용”과 “추징”입니다. 감면받고도 정당한 사유 없이 1년(또는 3년) 내 미사용하거나 2년 내 매각·전용하면 감면세액이 추징됩니다. 이 글은 「지방세법」·「지방세특례제한법」 조문과 행정안전부·위택스 안내를 근거로 비영리법인 취득세·재산세 7가지 핵심을 2026년 기준으로 표 중심 정리합니다. (같은 시리즈: 1편 4가지 구분 · 2편 설립·출연 · 3편 운영·회계 · 4편 법인세 · 5편 부가가치세 · 6편 원천징수)
참조한 정부기관 출처
이 글은 지방세특례제한법 제2조·제22조·제41조·제50조·제178조 조문, 지방세법 제6조·제7조·제11조·제13조·제107조·제114조, 같은 법 시행령 제22조, 법인세법 제4조 제3항(수익사업), 행정안전부 지방세 안내·위택스(Wetax) 신고납부 안내, 찾기 쉬운 생활법령정보, 정부기관 안내문 등 정부기관 자료를 근거로 작성했습니다. 본문 각 항목에 해당 조문·기관 링크를 직접 연결했습니다.
1. 비영리사업자 취득세율 인하 — 상속 외 무상취득 2.8%
감면(면제·경감)과 별개로, 비영리사업자에게는 낮은 취득세율이 적용됩니다. 지방세법상 상속 외의 무상취득(증여·기부 등)에 대해 일반 사업자는 3.5%, 비영리사업자는 2.8%가 적용됩니다(지법 시행령 제22조). 단, 여기서 비영리사업자는 「법인세법」·「소득세법」과 달리 지령 §22에 열거된 5종 단체만 해당합니다.
| 지령 §22 비영리사업자(5종) | 예시 |
|---|---|
| ① 종교·제사 목적 단체 | 교회·사찰·향교 |
| ② 초·중등·고등교육법상 학교, 평생교육단체 | 대학·학교법인 |
| ③ 사회복지사업법상 사회복지법인 | 복지관·요양시설 |
| ④ 지특법 §22①의 사회복지법인 등 | 아동·노인 복지 |
| ⑤ 정당법상 설립된 정당 | 정당 |
2. 핵심 요건 — “고유목적사업 직접 사용”
취득세 감면의 핵심 조건은 취득한 부동산을 고유목적사업에 직접 사용하는 것입니다. 목적사업이 지원 업종이라는 사실만으로 감면되지 않으며, 해당 부동산이 그 사업에 실제로 직접 쓰여야 합니다(지특법 제2조①8호). 2014년 이후 “직접 사용”은 부동산의 소유자가 목적·용도에 맞게 사용하는 것으로 명문화됐고, 임대는 직접 사용에서 제외됩니다(정관상 임대사업이 있어도 임대 중이면 수익사업으로 보아 감면 배제).
| 직접 사용 판단기준 | 내용·사례 |
|---|---|
| ① 1구내(경계구역) 소재 여부 | 경내 사택·기숙사는 직접 사용 인정 가능, 17km 떨어진 직원숙소는 부정(행자부 심사2000-181) |
| ② 사용자가 필수·중추적인지 | 담임목사 사택 면제, 부목사 사택은 과세(대법원 97누14644) |
| ③ 소유자=사용자 원칙 | 제3자(위탁업체) 무상 사용은 직접 사용 아님(지방세특례제도과-2228) |
| ④ 불특정 다수 영리 이용 | 신협 운영 예식장은 수익사업, 직접 사용 부정(행자부 13407-1214) |
3. 비영리법인별 취득세 감면율
지특법은 비영리법인 유형별로 취득세 감면율을 개별 규정합니다. 대표적인 감면율을 정리하면 다음과 같습니다.
| 비영리법인 | 감면 요건 | 감면율 |
|---|---|---|
| 어린이집·유치원, 지역아동센터 | 직접 사용 | 면제 |
| 무료 노인복지시설 | 직접 사용 | 면제 |
| 유료 노인복지시설 | 직접 사용 | 50% 경감 |
| 사회복지법인·학교·종교단체·정당 | 해당 사업 직접 사용 | 면제 |
| 의료법인 | 의료업 직접 사용(특별시 등 2% 경감) | 면제 |
| 재단법인 의료기관 | 의료업 직접 사용 | 30%(감염병전문병원 40%) |
| 장학법인(장학금 지급 임대 부동산) | 장학사업 | 80% 경감 |
| 박물관·미술관·도서관·과학관 | 직접 사용 | 면제 |
| 사회적기업·체육진흥·민영교도소 | 고유업무 직접 사용 | 50% 경감 |
4. 추징 — 유예기간·사용기간·수익사업
감면을 받고도 직접 사용하지 않으면 감면세액이 추징됩니다. 개별 규정에 추징조항이 없으면 지특법 제178조의 일반 추징사유가 적용됩니다.
| 추징사유 | 일반(§178) | 개별 규정(학교·복지·종교 등) |
|---|---|---|
| 유예기간 내 미사용 | 취득일부터 1년 | 취득일부터 3년 |
| 직접 사용 후 매각·전용 | 사용기간 2년 미만 | 사용기간 2년 미만 |
| 수익사업 사용 | — | 5년 이내 수익사업 사용 시 |
5. 재산세 — 과세기준일과 직접 사용 면제
재산세는 매년 6월 1일(과세기준일) 현재 사실상 소유자에게 부과되는 보유세입니다(지법 제107조·제114조). 비영리법인이 고유목적사업에 직접 사용하는 부동산은 재산세가 면제(도시지역분 포함·제외는 항목별로 다름)됩니다. 취득세와 다른 핵심 한 가지는, 재산세 감면에서는 “직접 사용”에 해당 건축물을 건축 중인 경우도 포함한다는 점입니다(취득세는 실제 사용 개시 시점부터만 인정).
| 구분 | 취득세 | 재산세 |
|---|---|---|
| 세목 성격 | 취득 시 1회 | 보유 중 매년(6.1. 기준) |
| “건축 중” | 직접 사용 아님(준비단계=정당한 사유) | 직접 사용에 포함 |
| 납부 시기 | 취득일부터 60일 내 신고·납부 | 건물 7월·토지 9월(주택은 7·9월 분납) |
| 감면 근거 | 지특법 §41·§50 등 | 지특법 §41·§50 등 |
6. 종합부동산세와 토지 분리과세
비영리법인이 보유한 토지도 용도에 따라 종합합산·별도합산·분리과세로 나뉩니다. 고유목적사업에 직접 사용하는 토지는 재산세가 면제(또는 분리과세)되어 종합부동산세 과세대상에서 빠지지만, 수익사업용·임대용 토지는 합산과세되어 종부세 부담이 생길 수 있습니다. 향교·종교단체에는 별도 과세특례가 있습니다(조특법 제104조의13).
| 토지 용도 | 재산세 구분 | 종부세 |
|---|---|---|
| 고유목적사업 직접 사용 | 면제(또는 분리과세) | 제외 |
| 영업용 건물 부속토지(기준 이내) | 별도합산 | 80억 초과분 과세 |
| 나대지·수익사업용·임대용 | 종합합산 | 5억 초과분 과세 |
7. 2026년 핵심 — 분리과세 축소·신청주의
첫째, 비영리사업자 1995년 이전 보유 토지의 분리과세 적용비율이 2025년 20%를 거쳐 2026년부터 그 밖의 비영리사업자는 전면 폐지(학교 등은 2028년)됩니다. 임대·수익사업용 토지의 종부세 부담이 늘 수 있습니다. 둘째, 지방세 감면은 신청주의여서 취득세 감면은 신고·납부 시 감면신청서를, 재산세는 과세기준일 전 비과세·감면 신청을 해야 누락이 없습니다. 셋째, 감면 부동산은 취득 후 유예기간·사용기간 관리대장을 두고 매각·전용 시점을 추적해 추징을 예방하는 것이 안전합니다.
8. 적용 사례로 이해하기
| 사례 | 판단 |
|---|---|
| ① 사회복지법인이 복지관 건물을 취득해 직접 운영 | 취득세·재산세 면제(직접 사용) |
| ② 학교법인이 교사 신축용 토지 취득 후 건축 중 | 취득세는 사용 전(정당한 사유), 재산세는 건축 중도 직접 사용 → 면제 |
| ③ 종교단체가 면제받은 부동산을 1년 만에 매각 | 사용기간 2년 미만 → 감면 취득세 추징 |
| ④ 의료법인이 병원 부속 간호사 기숙사 취득 | 목적사업 직접 사용 부동산 → 면제(대법원 92누7351) |
| ⑤ 복지법인이 취득 부동산을 제3자에게 임대 | 임대=수익사업 → 직접 사용 아님 → 감면 배제·추징 |
비영리법인 지방세 감면 5단계 체크리스트
- 감면대상 확인 — 우리 법인 유형(학교·복지·종교·의료 등)과 지특법 감면 조문·감면율을 확인한다
- 직접 사용 요건 — 취득 부동산을 고유목적사업에 직접 사용(임대·제3자 사용 제외)할 것을 점검한다
- 감면 신청 — 취득세는 신고·납부 시 감면신청서, 재산세는 과세기준일(6.1.) 전 감면 신청을 한다
- 유예기간 관리 — 취득일부터 1년(개별 3년) 내 직접 사용을 개시한다(정당한 사유 입증자료 보관)
- 사용기간 관리 — 최소 2년 이상 직접 사용을 유지하고, 매각·전용·수익사업 사용 시 추징을 검토한다
자주 묻는 질문(FAQ)
Q1. 비영리법인이면 취득세·재산세가 무조건 면제되나요?
아닙니다. 비영리법인이라는 사실만으로 감면되지 않고, 취득한 부동산을 고유목적사업에 직접 사용해야 합니다. 또 감면율은 유형별로 다릅니다(어린이집·복지·학교·종교는 면제, 유료 노인복지시설·사회적기업은 50% 등). 임대·수익사업에 사용하면 감면 대상이 아닙니다(지방세특례제한법 제2조·제50조 등).
Q2. 감면받은 부동산을 팔면 세금을 다시 내야 하나요?
직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하면 감면세액이 추징됩니다(지특법 제178조). 반대로 2년 이상 공익사업에 직접 사용했다면 그 후 매각해도 추징되지 않는다는 것이 판례입니다(대법원 2012두26678).
Q3. 취득세와 재산세의 ‘직접 사용’은 같은가요?
기본 개념은 같지만, 재산세는 감면대상 건축물을 ‘건축 중’인 경우도 직접 사용으로 포함합니다. 취득세는 실제로 목적사업에 사용을 개시한 시점부터만 직접 사용으로 보고, 건축 중은 ‘정당한 사유’로만 인정됩니다(대법원 98두6012).
Q4. 2026년에 달라지는 비영리법인 지방세가 있나요?
네. 1995.12.31. 이전 취득 토지의 분리과세 특례가 단계적으로 축소되어, 학교 등은 2028년·그 밖의 비영리사업자는 2026년 이후 용도별 과세구분(종합합산·별도합산)이 전면 적용됩니다. 수익사업용·임대용 토지의 재산세·종합부동산세 부담이 늘 수 있어 사전 점검이 필요합니다.
※ 본 글은 2026년 6월 기준 일반 정보이며, 구체적 적용은 관할 시·군·구청과 전문가에게 확인하시기 바랍니다. 조문은 국가법령정보센터, 생활 안내는 찾기 쉬운 생활법령정보, 취득세·재산세 신고·납부는 위택스에서 확인할 수 있습니다.