비영리법인 자산양도 과세특례 7가지 핵심 — 법인세 vs 양도소득세 선택 (2026)
수익사업이 없어 평소 법인세를 거의 내지 않던 비영리법인이 건물·토지·주식을 팔면 갑자기 큰 세금 문제가 생깁니다. 이때 비영리내국법인은 그 양도차익을 ① 법인세 과세표준으로 신고·납부하는 방법과 ② 「소득세법」을 준용해 계산한 양도소득세 상당액을 법인세로 납부하는 방법 중 하나를 선택할 수 있습니다. 이것이 자산양도과세특례(법인세법 제62조의2)입니다. 이 글은 법령 조문과 국세청 안내를 근거로 비영리법인 자산양도과세특례 7가지 핵심을 2026년 기준으로 표 중심으로 정리합니다. (같은 시리즈: 1편 4가지 구분 · 2편 설립·출연 · 3편 운영·회계 · 4편 법인세 수익사업 · 5편 부가가치세 · 6편 원천징수 · 7편 취득세·재산세)
참조한 정부기관 출처
이 글은 법인세법 제4조·제29조·제55조의2·제60조·제62조의2 조문, 같은 법 시행령 제99조의2, 소득세법 제94조·제95조·제103조·제104조·제105조~제108조·제110조 조문, 국세청 「비영리법인 세무안내」·질의회신, 찾기 쉬운 생활법령정보, 정부기관 안내문 등 정부기관 자료를 근거로 작성했습니다. 본문 각 항목에 해당 조문·기관 링크를 직접 연결했습니다.
1. 자산양도과세특례란 — 두 가지 신고방법 중 선택
사업소득이 없는 비영리내국법인이 부동산·주식 등을 양도하면, 그 처분손익을 법인세로 신고할 수도 있고 양도소득세 방식으로 신고할 수도 있습니다(법법 제62조의2). 둘 중 세금이 더 적은 쪽을 골라 신고하면 됩니다. 핵심은 “둘 다 결국 법인세로 납부하지만, 세액을 계산하는 방식이 다르다”는 점입니다.
| 구분 | ① 법인세 과세표준 신고 | ② 양도소득세 방식 신고 |
|---|---|---|
| 대상 소득 | 처분손익 + 다른 모든 소득 합산 | 처분손익만 별도 계산 |
| 계산 근거 | 법인세법(각 사업연도 소득) | 소득세법 준용(양도소득) |
| 장기보유특별공제 | 없음 | 적용(보유기간별) |
| 고유목적사업준비금 | 설정 가능(양도차익 손금) | 적용 불가 |
| 최종 납부 세목 | 법인세 | 법인세(양도세 상당액) |
2. 어떤 자산에 적용되나 — 대상 자산
양도소득세 방식으로 신고할 수 있는 자산은 소득세법 제94조에서 정한 양도소득 대상 자산과 같습니다. 주식·부동산·부동산에 관한 권리 등이 폭넓게 포함됩니다.
| 대상 자산 | 예시 |
|---|---|
| 주식 등 | 소법 §94①3호 주식·출자지분 등 |
| 토지·건물 | 건물에 부속된 시설물·구축물 포함 |
| 부동산에 관한 권리 | 부동산 취득 권리, 지상권, 전세권, 등기된 임차권 |
| 기타자산 | 영업권, 이용권, 회원권 등(소법 §94①4호) |
3. 양도소득세 방식 계산구조 — 산식과 세율
양도소득세 방식을 선택하면 개인의 양도소득세와 똑같은 산식으로 세액을 계산합니다. 장기보유특별공제와 양도소득기본공제(연 250만원)를 빼주는 것이 법인세 방식과의 큰 차이입니다.
양도소득과세표준 = 양도가액 − 취득가액 − 기타필요경비 − 장기보유특별공제 − 양도소득기본공제
납부세액 = 양도소득과세표준 × 양도소득세율
| 과세표준(2026년 기준) | 세율 | 누진공제 |
|---|---|---|
| 1,400만원 이하 | 6% | — |
| 1,400만원 ~ 5,000만원 | 15% | 126만원 |
| 5,000만원 ~ 8,800만원 | 24% | 576만원 |
| 8,800만원 ~ 1.5억원 | 35% | 1,544만원 |
| 1.5억원 ~ 3억원 | 38% | 1,994만원 |
| 3억원 ~ 5억원 / 5억원 ~ 10억원 / 10억원 초과 | 40% / 42% / 45% | 2,594만 / 3,594만 / 6,594만원 |
4. 신고기한 — 예정신고와 확정신고
양도소득세 방식을 선택하면 신고기한도 소득세법을 따릅니다. 양도일이 속한 달(주식은 양도일이 속한 분기)의 말일부터 2개월 이내에 양도소득과세표준 예정신고서를 작성해 신고·자진납부합니다(소법 제105조~제108조).
| 방식 | 신고기한 |
|---|---|
| 법인세 과세표준 신고 | 사업연도 종료일이 속한 달의 말일부터 3개월 이내 |
| 양도소득 예정신고(부동산) | 양도일이 속한 달의 말일부터 2개월 이내 |
| 양도소득 예정신고(주식) | 양도일이 속한 분기의 말일부터 2개월 이내 |
5. 비과세 양도소득 — 3년 직접사용 고정자산
가장 중요한 절세 포인트입니다. 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령·정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산의 처분으로 생기는 양도소득은 과세대상이 아닙니다(비과세). 예배당·강의동·복지시설 부지처럼 본래 목적사업에 오래 쓰던 부동산을 팔 때 적용됩니다.
| 요건 | 내용 |
|---|---|
| 보유·사용기간 | 처분일 현재 3년 이상 계속 사용 |
| 사용 목적 | 법령·정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용 |
| 효과 | 그 처분 양도소득 비과세 |
| 주의 | 임대 등 수익사업에 쓰던 자산은 비과세 제외 |
6. 토지 등 양도소득 과세특례(§55의2) 추가납부
주택·별장·비사업용 토지 등을 양도하면 위 신고와는 별도로 법인세를 추가 납부합니다(법법 제55조의2 「토지 등 양도소득에 대한 과세특례」). 투기성 자산에 대한 추가 과세이므로 비영리법인도 예외가 아닙니다.
| 양도 자산 | 추가 법인세율 | 미등기 |
|---|---|---|
| 주택(부수토지 포함)·별장 | 20% | 40% |
| 비사업용 토지 | 10% | 40% |
| 조합원입주권·분양권 | 20% | — |
7. 2026년 핵심 — 어느 방식이 유리한가
실무의 핵심은 비교선택입니다. 고유목적사업준비금을 설정하는 비영리법인은 법인세 방식에서 양도차익의 최대 50%까지 손금산입이 가능합니다(법법 제29조). 반면 양도소득세 방식은 장기보유특별공제를 받을 수 있어, 오래 보유한 부동산은 양도세 산출세액이 법인세보다 낮을 수 있습니다.
| 판단 요소 | 법인세 방식 유리 | 양도소득세 방식 유리 |
|---|---|---|
| 고유목적사업준비금 | 설정 가능 → 50% 손금 | — |
| 보유기간 | 단기 보유 | 장기 보유(장특공 큼) |
| 다른 결손금 | 결손금과 통산 가능 | 통산 불가 |
| 법인세율(2026) | 2억 이하 9% · 2억~200억 19% · 200억~3,000억 21% · 3,000억 초과 24% | |
8. 적용 사례로 이해하기
| 사례 | 판단 |
|---|---|
| ① 종교단체가 30년 보유·예배에 직접 쓰던 토지를 양도 | 3년 이상 직접사용 고정자산 → 양도소득 비과세 |
| ② 사업소득 없는 재단이 보유 상가(임대용)를 15년 만에 양도 | 장기보유특별공제 큼 → 양도소득세 방식 비교 검토 |
| ③ 준비금 설정 법인이 토지 양도차익 일부를 목적사업에 사용 예정 | 50% 손금 가능 → 법인세 방식 유리 가능 |
| ④ 비영리법인이 임원에게 8년 제공한 사택을 양도 | 제공기간 10년 미만 → §55의2 추가납부 |
| ⑤ 비사업용 토지를 미등기 상태로 양도 | §55의2 미등기 40% 추가 + 기본 신고 |
비영리법인 자산양도 신고 5단계 체크리스트
- 비과세 여부 확인 — 3년 이상 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산이면 양도소득 비과세인지 먼저 점검
- 두 방식 세액 계산 — 법인세 방식(준비금 50% 손금)과 양도소득세 방식(장기보유특별공제) 세액을 모두 산출
- 유리한 방식 선택 — 사업연도 단위로 일괄 같은 방식 적용(일부만 특례 적용 불가)
- §55의2 추가납부 점검 — 주택·별장 20%, 비사업용 토지 10%, 미등기 40% 추가 여부 확인
- 기한 내 신고 — 양도소득 예정신고(말일+2월) 또는 법인세 신고(사업연도+3월), 예정신고세액은 공제
자주 묻는 질문(FAQ)
Q1. 비영리법인이 부동산을 팔면 반드시 양도소득세로 신고하나요?
아닙니다. 사업소득이 없는 비영리내국법인은 법인세 과세표준 신고와 소득세법을 준용한 양도소득세 방식 신고 중 선택할 수 있습니다(법인세법 제62조의2). 두 방식 모두 결국 법인세로 납부하지만, 장기보유특별공제·고유목적사업준비금 적용 여부가 달라 세액 차이가 납니다.
Q2. 고유목적사업에 쓰던 건물을 팔아도 세금을 내야 하나요?
처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령·정관상 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산의 처분 양도소득은 과세대상이 아닙니다(비과세). 다만 임대 등 수익사업에 쓰던 자산이나 사용기간이 3년 미만이면 과세됩니다.
Q3. 어느 방식이 세금이 더 적은가요?
일률적이지 않습니다. 고유목적사업준비금을 설정해 양도차익의 50%까지 손금산입할 수 있으면 법인세 방식이, 수십 년 보유한 부동산이라 장기보유특별공제가 크면 양도소득세 방식이 유리한 경우가 많습니다. 두 방식을 모두 계산해 비교 선택해야 합니다.
Q4. 주택이나 비사업용 토지를 팔면 세금이 더 붙나요?
네. 위 신고와 별도로 「토지 등 양도소득에 대한 과세특례」(법인세법 제55조의2)에 따라 주택·별장은 20%(미등기 40%), 비사업용 토지는 10%(미등기 40%), 조합원입주권·분양권은 20%의 법인세를 추가 납부합니다. 임원에게 10년 미만 제공한 사택도 추가납부 대상입니다.
※ 본 글은 2026년 6월 기준 일반 정보이며, 구체적 적용은 관할 세무서·전문가와 확인하시기 바랍니다. 조문은 국가법령정보센터, 생활 안내는 찾기 쉬운 생활법령정보, 신고·납부는 국세청 홈택스에서 확인할 수 있습니다.