비영리법인 종합부동산세 6대 쟁점 — 공익법인 9억 공제·기숙사 합산배제·2026년 분리과세 종료

비영리법인은 재산세가 면제되면 종합부동산세도 당연히 없다고 생각하기 쉽습니다. 그러나 종부세는 국세이고, 재산세 감면을 ‘준용’할 뿐 자동으로 면제해 주지 않습니다. 특히 2026년부터는 사회복지법인·정당 등이 보유한 토지의 분리과세 경과규정이 끝나 과세대상 구분이 통째로 바뀝니다. 이 글은 비영리법인이 실제로 걸리는 지점만 6가지로 추려 2026년 기준으로 정리했습니다. 취득세·재산세 총론은 비영리법인 취득세·재산세 감면 7가지 핵심 글에서 다뤘습니다.

1. 종부세에 걸리는 재산은 딱 두 가지

종부세는 재산세 과세대상 다섯 가지(토지·건축물·주택·선박·항공기) 중 주택과 토지만 과세합니다. 일반 건축물과 분리과세 토지는 가액이 아무리 커도 대상이 아닙니다. 비영리법인이 보유한 사무동·강당·병원 건물이 수백억 원이어도 종부세는 나오지 않는다는 뜻입니다.

재산세 과세대상	종부세 과세 여부	과세기준금액
주택(부속토지 포함)	○	9억 원(1세대 1주택자 12억 원)
종합합산 토지(나대지·잡종지 등)	○	5억 원
별도합산 토지(영업용 건물 부속토지)	○	80억 원
분리과세 토지(교육사업용·농지·공장용지 등)	×	—
일반 건축물·선박·항공기	×	—

과세기준일은 매년 6월 1일, 납부기간은 12월 1일~15일입니다. 시·군·구가 먼저 재산세를 매기고, 관할 세무서가 기준금액 초과분에 종부세를 부과하는 2단 구조입니다.

2. 공익법인등은 단일 최고세율이 아니라 누진세율

가장 오해가 많은 대목입니다. 법인이 주택을 보유하면 2주택 이하 2.7%, 3주택 이상 5.0%의 단일 최고세율이 적용되고 기초공제도 0원입니다. 그러나 「종합부동산세법」 제9조 제2항은 공익법인등을 여기서 빼내 3단으로 나눕니다.

구분	적용 세율	기초공제	세부담 상한
①공익법인등이 직접 공익목적사업에 사용하는 주택만 보유(+공공주택사업자 등)	2주택 이하 누진세율(0.5~2.7%)	9억 원	150% 적용
②공익법인등이지만 ①에 해당하지 않는 경우	주택 수에 따른 누진세율(0.5~5.0%)	9억 원	150% 적용
③그 밖의 법인	2.7% 또는 5.0% 단일세율	0원	적용 배제

여기서 ‘공익법인등’은 「상속세 및 증여세법」 제16조의 공익법인등입니다. 핵심은 기초공제 9억 원 배제와 세부담 상한 배제는 오직 ③에만 적용된다는 점입니다. 2025년판 실무 가이드북 중에는 “법인으로서 제9조 제2항 각 호의 세율이 적용되면 세부담 상한을 적용하지 않는다”고 뭉뚱그린 서술이 있는데, 현행 조문은 제9조 제2항 제3호만 지목하고 있으므로 공익법인등은 상한 150%를 그대로 적용받습니다.

3. 합산배제 — 기숙사·어린이집·노인복지주택은 아예 빠진다

비영리법인이 보유하는 주택 유형 상당수는 시행령 제4조의 ‘합산배제 사원용주택등’에 해당해 과세표준 합산에서 제외됩니다.

합산배제 대상	근거·요건
기숙사	「건축법 시행령」 별표1 제2호 라목의 기숙사
어린이집용 주택	고유번호 부여 후 5년 이상 계속 운영(의무운영기간)
노인복지주택	「노인복지법」 제32조에 따라 설치한 자가 소유
향교·향교재단 소유 주택의 부속토지	건물과 부속토지 소유자가 다른 경우
등록문화유산	「근현대문화유산의 보존 및 활용에 관한 법률」
종업원 제공 사택	국민주택규모 이하 또는 공시가격 6억 원 이하

다만 신고가 요건입니다. 매년 9월 16일부터 9월 30일까지 관할 세무서장에게 주택 보유현황을 신고해야 하며, 이 기간을 놓치면 합산배제를 받지 못합니다. 최초 신고 다음 해부터는 변동이 없으면 생략할 수 있습니다.

4. 재산세 감면은 ‘공시가격’을 깎는 방식으로 이어진다

제6조는 지방세법·지방세특례제한법·조세특례제한법에 따른 재산세 비과세·면제·경감 규정을 종부세에도 준용한다고 정합니다. 준용 방식이 중요합니다. 세액을 깎는 게 아니라 공시가격에서 감면비율만큼 차감합니다. 비과세·면제는 감면비율을 100%로 보므로 공시가격이 0이 되어 결과적으로 종부세도 없습니다. 재산세를 50%만 경감받았다면 공시가격의 50%가 그대로 종부세 과세표준에 들어갑니다. 시·군 감면조례도 준용되지만, 종부세 부과 취지에 맞지 않는다고 인정되는 경우에는 준용이 배제될 수 있습니다.

5. 토지 분리과세, 2026년이 분기점

과거 일정 비영리사업자가 1995년 이전부터 보유한 토지는 폭넓게 분리과세되어 종부세를 피했습니다. 이 특례는 단계적으로 축소되었고, 「지방세법 시행령」 부칙이 트랙을 둘로 나눕니다.

구분	근거	2026년 상황
학교·외국교육기관·평생교육단체(시행령 제22조 제2호)	시행령 제102조 제8항 제1호	교육사업 직접사용 토지는 분리과세 유지(수익사업용 제외)
사회복지법인, 지특법 제22조 사회복지법인등, 정당(제22조 제3~5호)	부칙(2020.6.2.) 제3조 — 경과 비율 “2025년까지”	2026년부터 경과규정 종료, 용도별 구분 전면 적용

즉 2026년 과세기준일부터 사회복지법인·정당 등이 보유한 토지 중 고유목적사업에 직접 쓰지 않는 나대지·임대용 토지는 종합합산(5억 원 초과분)으로 넘어가 종부세가 새로 발생할 수 있습니다. 반대로 학교법인의 교육사업용 토지는 여전히 분리과세로 남습니다.

6. 신탁부동산 — 위탁자가 내고, 수탁자가 물적으로 책임진다

수탁자 명의로 등기된 신탁주택·신탁토지의 종부세 납세의무자는 위탁자입니다(제7조 제2항·제12조 제2항). 위탁자가 체납하고 다른 재산으로도 징수가 부족하면, 수탁자가 그 신탁재산으로 납부할 물적납세의무를 집니다. 2026년 시행 조문에서 주의할 두 가지가 있습니다. 첫째 용어가 ‘체납처분비’에서 ‘강제징수비’로 바뀌었습니다. 둘째 책임 재산의 범위가 신탁부동산 자체를 넘어 그 관리·처분·운용·개발로 수탁자가 얻은 재산까지 포함하는 것으로 명시되었습니다. 신탁을 활용해 수익용 기본재산을 운용하는 법인이라면 수탁자와의 계약서에서 이 부분을 확인해야 합니다.

7. 향교·종교단체 과세특례(조특법 §104의13)

개별 향교나 개별 종교단체가 실제 소유하지만 향교재단이나 상급 종교단체 명의로 등기해 둔 부동산이 많습니다. 이때 조세포탈 목적이 아니라면 실제 소유자인 개별단체를 납세의무자로 보아 종부세를 신고할 수 있습니다. 명의자 앞으로 전국 부동산이 합산되어 누진세율을 맞는 것을 막아 주는 장치입니다. 신고하면 향교재단 등은 그 부동산을 소유하지 않은 것으로 보아 신고하되, 공시가격을 한도로 연대납세의무를 집니다. 과세특례신고서와 정관 변경허가서, 이사회 회의록 등 사실상 소유자 입증서류를 9월 16일~30일에 제출해야 합니다.

8. 2026년에 달라진 5가지

항목	2026년 기준
공정시장가액비율	주택 60%, 토지 100%(구 자료의 85%·90%는 2019~2021년 값)
비영리사업자 토지 분리과세	사회복지법인·정당 등 경과규정 2025년으로 종료
신탁 물적납세의무	‘강제징수비’ 용어 정비 + 운용·개발로 얻은 재산까지 확대
공익법인등 세율	제9조 제2항 1·2호로 분리 — 9억 공제·세부담 상한 유지
합산배제 등록문화유산	‘국가등록문화재’에서 「근현대문화유산법」 등록문화유산으로 정비

9. 사례로 확인하기

사례 1. 사회복지법인의 유휴 나대지. A법인이 장래 시설 신축용으로 보유한 공시가격 12억 원 나대지가 있습니다. 2025년까지는 분리과세 경과비율이 적용돼 종부세가 없었지만, 2026년부터 종합합산으로 전환되어 5억 원 초과분에 1%대 세율이 붙습니다. 착공을 앞당기거나 고유목적사업 직접사용을 입증하는 것이 실익이 큽니다.

사례 2. 학교법인의 기숙사. B학교법인이 공시가격 40억 원 기숙사를 보유합니다. 기숙사는 시행령 제4조 합산배제 대상이므로 9월 16~30일 보유현황을 신고하면 과세표준에서 빠집니다. 신고를 빠뜨리면 40억 원이 그대로 합산됩니다.

사례 3. 종교단체의 명의신탁 부동산. C교단 명의로 등기된 개별교회 사택이 전국 30건입니다. 특례를 신고하지 않으면 C교단 1인에게 전부 합산되지만, 개별단체별 신고로 전환하면 각 교회 단위로 기준금액을 판정하게 됩니다. 이때 C교단은 해당 부동산을 소유하지 않은 것으로 보아 신고하되 공시가격 한도의 연대납세의무는 그대로 남습니다.

사례 4. 의료법인의 임대용 부속토지. D의료법인이 병원 건물 부속토지와 별도로 상가에 임대한 토지를 보유합니다. 병원 건물 부속토지는 기준면적 이내라면 별도합산으로 80억 원까지 여유가 있지만, 임대용 토지는 고유목적사업 직접사용으로 보기 어려워 재산세 감면에서 빠지고 종부세 과세표준에도 공시가격 전액이 반영됩니다. 재산세 단계에서 감면 여부가 갈리면 종부세까지 연쇄로 따라온다는 점이 핵심입니다.

사례 5. 공익법인의 사택 보유. E공익법인이 직원 사택 3채(각 공시가격 4억 원)를 보유합니다. 국민주택규모 이하이면 합산배제 대상이지만, 신고를 누락하면 12억 원이 합산됩니다. 이 경우에도 E법인은 공익법인등이므로 단일세율 5.0%가 아니라 누진세율과 기초공제 9억 원을 적용받아, 과세표준은 3억 원에 공정시장가액비율 60%를 곱한 금액이 됩니다.

비영리법인 종부세 5단계 점검

1. 과세대상 선별 — 보유 재산 중 주택과 종합합산·별도합산 토지만 추립니다.
2. 재산세 감면 확인 — 감면비율만큼 공시가격을 차감합니다(면제는 100%).
3. 합산배제 판정 — 기숙사·어린이집·노인복지주택·사택 해당 여부를 확인합니다.
4. 9월 16~30일 신고 — 보유현황 신고와 향교·종교단체 과세특례 신고를 마칩니다.
5. 12월 1~15일 납부 — 250만 원 초과 시 6개월 이내 분납을 신청합니다.

자주 묻는 질문(FAQ)

재산세가 면제되면 종합부동산세도 무조건 없나요?

결과적으로는 그렇습니다. 「종합부동산세법」 제6조는 재산세 비과세·면제의 감면비율을 100%로 보아 공시가격 전액을 차감하도록 정하고 있어 과세표준이 0이 됩니다. 다만 재산세를 50%만 경감받은 경우에는 나머지 50%가 종부세 과세표준에 그대로 반영됩니다.

공익법인도 주택에 2.7% 단일세율을 적용받나요?

아닙니다. 「상속세 및 증여세법」 제16조의 공익법인등은 제9조 제2항 제1호·제2호에 따라 개인과 같은 누진세율을 적용받고 기초공제 9억 원과 세부담 상한 150%도 그대로 적용됩니다. 2.7%·5.0% 단일세율과 공제 0원은 제3호의 일반 법인에만 적용됩니다.

기숙사 합산배제는 신고하지 않아도 자동 적용되나요?

자동 적용되지 않습니다. 매년 9월 16일부터 9월 30일까지 관할 세무서장에게 주택 보유현황을 신고해야 합니다. 최초 신고를 한 다음 해부터는 신고사항에 변동이 없으면 제출을 생략할 수 있습니다.

2026년부터 비영리법인 토지 과세가 어떻게 달라지나요?

「지방세법 시행령」 부칙(2020.6.2.) 제3조의 분리과세 경과비율이 2025년까지만 적용되므로, 사회복지법인·정당 등이 보유한 토지는 2026년 과세기준일부터 용도에 따라 종합합산 또는 별도합산으로 구분됩니다. 학교 등이 교육사업에 직접 사용하는 토지는 시행령 제102조 제8항 제1호에 따라 분리과세가 유지됩니다.