비영리법인 법인지방소득세 6대 쟁점 — 2026년 세율 1%·안분율 2분·신고 4개월
참고한 정부기관 출처
이 글은 「지방세법」 제89조·제103조의19~24·제103조의32·제103조의65(법률 제21308호, 2026년 1월 1일 시행), 「지방세법 시행령」 제87조·제88조(대통령령 제36445호, 2026년 7월 1일 시행), 「지방세법 시행규칙」 별표 4, 「법인세법」 제55조(법률 제21217호, 2026년 1월 1일 시행), 행정안전부 지방재정365 안내, 재정경제부 세제개편 안내문, 국세청 법인세 신고 안내, 법제처 법령해석(14-0217)과 조세심판원 결정(조심 2016지1186)을 직접 확인해 정리했습니다.
비영리법인이 수익사업으로 법인세를 낸다면, 그 법인세와 별개로 법인지방소득세를 한 번 더 신고해야 합니다. 국세청이 아니라 시·군·구청에 냅니다. 그런데 2026년 1월 1일 이후 개시하는 사업연도부터 표준세율이 한 단계씩 올랐습니다. 실무에서 가장 많이 틀리는 여섯 가지를 조문 단위로 짚습니다.
1. 2014년부터 ‘부가세’가 아니라 ‘독립세’입니다
2013년까지 지방소득세는 국세의 결정세액에 10%를 붙이는 부가세(附加稅)였습니다. 지자체 자주재원 확충을 위해 2014년 1월 1일 「지방세법」이 개정되면서 독립세로 바뀌었고, 이제는 국세 과세표준에 독립세율을 곱해 산출세액을 구합니다.
| 구분 | 2013년 이전(부가세 방식) | 2014년 이후(독립세 방식) |
|---|---|---|
| 계산 기초 | 국세 결정세액 | 국세 과세표준 |
| 산식 | 결정세액 × 10% | 과세표준 × 독립세율 − 공제·감면 |
| 공제·감면 근거 | 국세 감면이 자동 반영 | 「지방세특례제한법」에서 따로 규정 |
| 징수 개시 | — | 수시과세(양도·퇴직·특별징수) 2014년, 기간과세(법인·종합소득) 2015년 |
이 차이가 실무에 흔적을 남깁니다. 국세에서 세액공제·감면을 아무리 받아도 과세표준은 그대로이므로 법인지방소득세는 줄지 않습니다. 「지방세특례제한법」에 법인지방소득세 감면 규정이 사실상 없기 때문입니다(당기순이익 과세 조합법인 특례 정도만 있습니다).
2. 2026년 표준세율이 올랐습니다 — 핵심 변경
「지방세법」 제103조의20 제1항이 개정되어, 2026년 1월 1일 이후 개시하는 사업연도부터 아래 오른쪽 세율이 적용됩니다(법률 제21308호 부칙 제11조).
| 과세표준 | 2025년 12월 31일 이전 개시 사업연도 | 2026년 1월 1일 이후 개시 사업연도 |
|---|---|---|
| 2억원 이하 | 0.9% | 1.0% |
| 2억원 초과 200억원 이하 | 180만원 + 초과분 1.9% | 200만원 + 초과분 2.0% |
| 200억원 초과 3,000억원 이하 | 3억7,800만원 + 초과분 2.1% | 3억9,800만원 + 초과분 2.2% |
| 3,000억원 초과 | 62억5,800만원 + 초과분 2.4% | 65억5,800만원 + 초과분 2.5% |
표준세율은 언제나 「법인세법」 제55조 법인세율의 정확히 10분의 1입니다. 2026년 법인세율이 10%·20%·22%·25%로 환원되면서 지방분도 함께 오른 구조입니다. 부동산임대업이 주된 사업인 성실신고확인대상 소규모 법인(지배주주 지분 50% 초과 + 부동산임대·이자·배당이 매출의 50% 이상 + 상시근로자 5인 미만)의 별도 세율표도 2.0%·2.2%·2.5%로 올랐습니다.
주의할 점은 ‘개시’ 기준이라는 것입니다. 12월 말 결산 법인이 2027년 4월에 신고하는 2026 사업연도분부터 새 세율이고, 2026년 4월에 내는 2025 사업연도분은 여전히 0.9%입니다. 지방자치단체장은 조례로 표준세율의 50% 범위에서 가감할 수 있습니다(탄력세율, 제103조의20 제2항).
3. 안분율 — 종업원 수와 연면적을 각각 구해 2로 나눕니다
사업장이 둘 이상의 지방자치단체에 있으면 세액을 쪼개 각 시·군·구에 따로 신고납부합니다(제89조 제2항, 시행령 제88조).
안분율 = (관할 구역 종업원 수 ÷ 법인 총 종업원 수 + 관할 구역 건축물 연면적 ÷ 법인 총 건축물 연면적) ÷ 2
종업원 수와 연면적 모두 사업연도 종료일 현재가 기준입니다. 세 가지를 기억하면 됩니다.
- 비영리법인은 비수익사업장도 넣습니다. 안분 기준이 ‘직접 사용하는 사업장’의 연면적과 종업원 수이므로 수익 발생 여부와 무관하게 모든 사업장을 포함합니다.
- 특별시·광역시 안의 여러 구는 일괄 납부합니다. 본점 또는 주사무소를 관할하는 구청장에게 한 번에 냅니다. 본점이 그 시 안에 없으면 종업원 수가 가장 많은 사업장이 주된 사업장입니다(시행규칙 제39조).
- 사업장은 인적·물적 설비 기준입니다. 같은 건물이라도 층을 달리해 독립 운영되면 별개 사업장입니다(세정1268-10475). ‘직접 사용’은 실제 사용현황 기준입니다(대법원 2001두878).
4. 종업원 수·연면적, 이렇게 세고 이렇게 뺍니다
「지방세법 시행규칙」 별표 4가 사례별로 정해 두었습니다. 헷갈리는 항목만 모았습니다.
| 구분 | 포함 | 불포함 |
|---|---|---|
| 종업원 수 | 대표자, 비과세 급여만 받는 사람, 국내 교육 중인 사람, 현역복무 등으로 실제 근무는 안 하나 급여를 주는 사람, 월·연 정액 급여를 받는 수임 처리자, 사업연도 종료일 현재 일용직 | 국외 파견·국외 교육 중인 사람, 사업소득 성과금만 받는 방문판매원, 급여를 받지 않는 비상근이사 |
| 종업원 귀속 | 1년 초과 파견 근무자는 계약업체의 종업원, 물적설비 없이 인적설비만 있는 사업장의 종업원은 본점·주사업장에 포함 | — |
| 건축물 연면적 | 쓰다가 사업연도 종료일에 일시적으로 비어 있는 면적, 기숙사 등 직원 후생복지시설, 지하 시설물 | 사용을 개시하지 않은 공실, 건설법인의 미분양 주택·상가, 사실상 사업장이 없이 주소지·거소지로만 등록한 곳 |
| 특수 면적 | 수조·저유조·저장창고·송유관·송전철탑 등은 수평투영면적, 공동도급 현장사무소는 도급 지분별 안분 | — |
5. 신고와 납부 — 4개월, 첨부서류 3종이 관건
| 항목 | 내용 | 근거 |
|---|---|---|
| 신고기한 | 사업연도 종료일이 속하는 달의 말일부터 4개월(성실신고확인서 제출 법인은 5개월) | 제103조의23 ① |
| 필수 첨부 | ①재무제표 ②세무조정계산서 ③안분명세서 — 미첨부 시 신고로 보지 않음 | 제103조의23 ②·⑦ |
| 비영리 예외 | 수익사업을 하지 않는 비영리내국법인은 미첨부해도 신고로 인정 | 제103조의23 ⑦ 단서 |
| 결손·무소득 | 소득금액이 없거나 결손금이 있어도 신고의무 있음 | 제103조의23 ⑤ |
| 분할납부 | 납부세액 100만원 초과 시 1개월(중소기업 2개월) 이내 분납 | 제103조의23 ④ |
| 중간예납 | 제도 없음 — 기납부세액으로 차감하지 말 것 | — |
납세지나 안분세액을 틀렸다면 지자체가 부과고지하기 전까지 수정신고·경정청구·기한 후 신고를 할 수 있고, 추가납부세액에 가산세를 부과하지 않습니다(제103조의24 ②③). 다만 한 지자체에 몰아서 일괄 신고한 법인은 이 면제를 받지 못하고, 무신고가산세는 무신고납부세액의 10%입니다(같은 조 ⑥).
6. 비영리법인만의 두 가지 특례(제103조의32)
첫째, 이자소득 신고 제외 선택권. 특별징수된 이자·할인액은 과세표준 신고를 하지 않을 수 있고, 그러면 각 사업연도 소득금액에도 넣지 않습니다. 일부만 골라 제외해도 되지만, 한번 빼면 수정신고·경정으로 다시 넣을 수 없습니다(시행령 제100조의22). 비영업대금 이익은 대상이 아닙니다.
둘째, 자산양도소득 예정신고. 「법인세법」 제62조의2 제2항에 따라 자산양도소득 과세방식을 택하면 법인지방소득세도 양도소득 과세표준 예정신고와 자진납부를 해야 합니다. 예정신고를 하면 확정신고를 한 것으로 보고, 낸 세액은 납부할 세액에서 공제합니다.
7. 2026년 기준으로 다시 확인할 4가지
| 쟁점 | 확인 결과 |
|---|---|
| 표준세율 | 2026년 개시 사업연도부터 1.0%·2.0%·2.2%·2.5%로 인상(부칙 제11조) |
| 성실신고 법인 기한 | 신고기한이 4개월 → 5개월로 연장, 2026년 개시 사업연도분부터(부칙 제12조) |
| 외국납부세액 | 제103조의19 ②~⑤에 따라 외국법인세액을 과세표준에서 차감하고 초과분은 15년 이월 — 2025년 가이드북에 없는 내용 |
| 재해손실 특례 | 조문 번호는 제103조의65(2025년 가이드북의 ‘제103조의66’은 오기). 자산 상실 비율만큼 세액 차감 |
사례로 보는 안분 계산
서울 본원과 경기 안성 수련원을 둔 사단법인 A가 있습니다. 2026년 1월 1일 개시 사업연도의 법인세 과세표준 3억원, 종료일 현재 종업원은 서울 30명·안성 10명(총 40명), 직접 사용 연면적은 서울 1,200㎡·안성 800㎡(총 2,000㎡)입니다. 수련원은 비수익 목적사업에만 쓰지만 안분에 포함합니다.
- 산출세액 = 200만원 + (3억원 − 2억원) × 2.0% = 400만원
- 서울 안분율 = (30÷40 + 1,200÷2,000) ÷ 2 = (0.75 + 0.6) ÷ 2 = 0.675 → 270만원
- 안성 안분율 = (10÷40 + 800÷2,000) ÷ 2 = (0.25 + 0.4) ÷ 2 = 0.325 → 130만원
서울시 관할 구청에 270만원, 안성시에 130만원을 각각 신고납부합니다. 2025년 개시 사업연도였다면 산출세액이 180만원 + 1억원 × 1.9% = 370만원이므로, 세율 인상분이 30만원입니다. 지자체별 세율 조례는 행정안전부 지방재정365에서 확인할 수 있습니다.
법인지방소득세 신고 5단계
- 법인세 과세표준을 확정합니다. 국세 세액공제·감면은 반영하지 않고 과세표준 그 자체를 가져옵니다.
- 사업연도 개시일로 세율표를 고릅니다. 2026년 1월 1일 이후 개시면 1.0%부터, 그 전이면 0.9%부터입니다.
- 사업연도 종료일 현재 종업원 수와 연면적을 집계합니다. 비수익사업장, 대표자, 일용직을 빠뜨리지 않습니다.
- 안분율을 계산해 지자체별 세액을 나눕니다. 같은 특별시·광역시 안의 여러 구는 본점 관할 구청장에게 일괄합니다.
- 종료일 말일부터 4개월 안에 신고납부합니다. 재무제표·세무조정계산서·안분명세서 3종을 반드시 첨부합니다.
자주 묻는 질문
법인세를 한 푼도 안 냈는데 법인지방소득세가 나올 수 있나요?
있습니다. 법인지방소득세는 국세 결정세액이 아니라 과세표준에 독립세율을 곱해 계산하고, 「지방세특례제한법」에 법인지방소득세 감면 규정이 사실상 없기 때문입니다. 국세에서 세액공제·감면으로 법인세가 0원이 되어도 과세표준이 남아 있으면 지방분은 그대로 발생합니다. 다만 법인세가 비과세되는 소득은 과세표준 자체에 들어가지 않으므로 지방소득세도 과세하지 않습니다.
수익사업을 하지 않는 수련원도 안분 대상에 넣어야 하나요?
넣어야 합니다. 법인세 과세소득은 수익사업에서만 발생하지만, 안분 기준은 사업연도 종료일 현재 법인이 직접 사용하는 사업장의 건축물 연면적과 종업원 수입니다. 수익 발생 여부는 조문에 나오지 않으므로 비수익사업장을 포함한 모든 사업장을 기준으로 안분합니다. 영리법인도 비사업용 토지 과세특례분을 전체 사업장 기준으로 안분한다는 점에서 같은 논리입니다.
본점 한 곳에만 몰아서 신고하면 어떻게 되나요?
가산세 면제를 받지 못합니다. 원래 납세지·안분세액 오류는 부과고지 전에 바로잡으면 무신고·과소신고·납부지연 가산세를 부과하지 않지만, 사업장별로 신고하지 않고 하나의 지자체에 일괄 신고한 법인은 이 특례가 배제됩니다(제103조의24 제6항). 이때 무신고가산세는 무신고납부세액의 10%이고, 환급세액이 생겨도 지방세환급가산금은 지급되지 않습니다.
급여를 본사에서 일괄 지급하면 특별징수분도 본사에 내나요?
아닙니다. 근로소득·퇴직소득에 대한 특별징수 지방소득세의 납세지는 근로자가 실제 근무하는 근무지를 관할하는 시·군입니다(제89조 제3항 제1호). 본사에서 계좌송금으로 일괄 처리해도 근무지별로 나눠 납부해야 합니다. 파견의 경우 파견지가 근무지이며, 출장 같은 임시 근무지는 제외하되 파견 기간이 1개월 이상이면 파견지가 근무지가 됩니다.