비영리법인 기부금단체 지정 5단계 — 특례 50%·일반 10%·지정 3년·80% 지출의무 (2026)
비영리법인이 기부금을 받아도 기부자가 세제 혜택을 받으려면 그 법인이 ‘기부금단체’로 지정돼 있어야 합니다. 지정 절차, 지정기간, 지정 후 8대 의무, 취소 사유는 모두 다른 조문에 흩어져 있어 실무에서 놓치기 쉽습니다. 2026년 시행 법령을 기준으로 특례기부금단체와 일반기부금단체의 차이, 손금산입 한도, 기부금품 모집등록, 기부장려금까지 표 중심으로 정리했습니다.
이 글이 참조한 출처
「법인세법」 제24조 조문, 「법인세법 시행령」 제38조·제39조, 「법인세법 시행규칙」, 「조세특례제한법」 제75조, 「기부금품의 모집·사용 및 기부문화 활성화에 관한 법률」 및 같은 법 시행령, 「국세기본법」 제85조의5, 재정경제부·국세청·행정안전부 안내, 법제처 국가법령정보센터, 찾기 쉬운 생활법령정보 등 정부기관 1차 자료를 근거로 작성했습니다.
1. 특례기부금단체와 일반기부금단체, 무엇이 다른가
「법인세법」상 기부금은 사업과 직접 관계없이 무상으로 지출하는 금액입니다(법법 §24①). 원칙적으로 손금이 아니지만, 특례기부금과 일반기부금만 한도 내에서 손금에 산입됩니다.
| 구분 | 특례기부금단체 | 일반기부금단체 |
|---|---|---|
| 근거 | 법법 §24②1호, 법령 §38 | 법법 §24③1호, 법령 §39 |
| 범위 | 사립학교·기능대학·산학협력단·4대 과학기술원·국립대학법인·한국장학재단 등 10개 기관(시설비·교육비·장학금·연구비 목적)과 국립대학병원 등 병원 14곳 | 사회복지법인, 어린이집, 유치원·학교, 의료법인, 종교법인, 지정 공익법인등 |
| 지정 필요 | 한국학교·전문모금기관만 지정 | 「민법」 §32 법인·사회적협동조합·공공기관 등은 지정 필요 |
| 지정기간 | 고시일 속한 연도 1.1.부터 6년 | 3년(2년 내 재지정 시 6년) |
| 사용목적 제한 | 시설비·교육비·장학금·연구비로 한정 | 정관상 고유목적사업비 |
사용목적을 학교에 일임하면 특례기부금이 아니라 일반기부금이 됩니다. 목적을 명시하는 것이 실무의 핵심입니다.
2. 손금산입 한도 — 50%와 10%, 이월은 10년
| 항목 | 특례기부금 | 일반기부금 |
|---|---|---|
| 한도율 | (기준소득금액 − 이월결손금) × 50% | (기준소득금액 − 이월결손금 − 특례 손금산입액) × 10% |
| 사회적기업 특례 | — | 30% |
| 한도초과액 | 10년 이월 손금산입(법법 §24⑤) | |
| 산입 순서 | 이월분을 당해 지출분보다 먼저, 먼저 발생한 이월분부터(법법 §24⑥) | |
| 그 외 기부금 | 전액 손금불산입(법법 §24④) | |
법인으로 보는 단체가 수익사업 소득을 고유목적사업비로 지출하면 그 금액도 일반기부금으로 봅니다(법령 §39②). 다만 고유목적사업준비금을 설정한 법인은 준비금 사용으로 처리합니다.
3. 기부금단체 지정 5단계
- 요건 충족 점검 — 정관의 공익성, 잔여재산 귀속 조항, 홈페이지 개설·공익위반 제보 연결, 선거운동 사실 부존재, 지정취소 후 3년 경과(법령 §39①1호바목).
- 국세청장 추천 신청 — 해당 분기 마지막 달의 전전달 10일까지 국세청장에게 추천신청서를 제출합니다.
- 국세청 검토 및 추천 — 국세청장이 요건을 검토해 ‘공익법인등 추천서’를 재정경제부장관에게 제출합니다.
- 재정경제부장관 지정·고시 — 매 분기별로 지정하며, 고시일이 속한 연도 1월 1일부터 효력이 생깁니다.
- 의무이행 보고 — 사업연도 종료일부터 4개월 이내에 의무이행 여부 점검결과 보고서를 국세청장에게 제출합니다.
한국학교·전문모금기관은 경로가 다릅니다. 주무관청이 매 분기 종료일 1개월 전까지 추천하고 재정경제부장관이 분기 말일까지 지정하며, 보고도 국세청이 아니라 주무관청에 합니다.
4. 지정 후 지켜야 할 8대 의무
| 의무 | 내용 | 기한·기준 |
|---|---|---|
| 지정요건 유지 | 정관 공익성·잔여재산·홈페이지 요건 계속 충족 | 지정기간 내내 |
| 공익목적 수행 | 수입을 회원 아닌 불특정 다수의 공익에 사용 | 상시 |
| 모금액 공개 | 법인 홈페이지 + 국세청 홈페이지 공개 | 사업연도 종료 후 4개월 |
| 선거운동 금지 | 법인·대표자 명의 선거운동 사실 없을 것 | 상시 |
| 고유목적 지출 | 수익사업 지출 제외 지출액의 80% 이상 | 매 사업연도 |
| 지출 실적 | 최근 2년 고유목적사업 지출내역 존재 | 사업연도 종료일 기준 |
| 전용계좌 | 상증법 §50의2 전용계좌 개설·사용 | 상시 |
| 공시·회계감사 | 결산서류 공시, 감사인 회계감사 | 종료 후 4개월 |
5. 지정취소 5가지 사유와 명단 공개
국세청장은 다음에 해당하면 재정경제부장관에게 지정취소를 요청해야 합니다(법령 §39⑧).
| 사유 | 기준 |
|---|---|
| 상속세·증여세 추징 | 사업연도별 1천만원 이상(법칙 위임) |
| 공익목적 위반 | 목적 외 사업, 설립허가 조건 위반, 의무 위반 |
| 명단 공개 | 불성실기부금수령단체로 공개된 경우 |
| 기부금품법 위반 | 징역·벌금형 확정 |
| 해산 | 공익법인등이 해산한 경우 |
취소 통지를 받으면 1개월 이내에 국세청장에게 의견을 제출할 수 있습니다. 지정기간 종료 후 사유가 발견되면 3년간 추천 배제입니다. 한편 국기법 §85의5에 따른 불성실기부금수령단체 명단 공개는 최근 2년 추징세액 1천만원 이상, 3년간 발급명세 미보관, 거짓영수증 5회 이상 또는 5천만원 이상, 의무 미이행 2회 이상 확인이 기준입니다.
6. 기부금품 모집등록 — 1천만원과 10억원
1천만원 이상을 모집하려면 모집·사용계획서를 작성해 등록해야 합니다. 모집금액이 10억원을 초과하면 행정안전부장관, 그 외에는 주된 사무소 소재지 시·도지사가 등록청입니다.
| 모집금액 | 모집비용 충당비율 한도 |
|---|---|
| 10억원 이하 | 15% 이하 |
| 10억원 초과 100억원 이하 | 13% 이하 |
| 100억원 초과 200억원 이하 | 12% 이하 |
| 200억원 초과 | 10% 이하 |
사용을 끝낸 날부터 30일 이내에 회계감사를 의뢰하고 60일 이내에 사용명세 보고서를 제출해야 하며, 모집금액 1억원 이하이면 감사보고서 대신 지출증명서류를 첨부합니다. 미등록 모집, 기부 강요, 충당비율 초과는 3년 이하 징역 또는 3천만원 이하 벌금입니다. 등록 없이 모집한 기부금품은 세법상 기부금으로도 인정되지 않습니다.
7. 기부장려금 — 세액공제를 단체가 받는 제도
기부자가 기부금 세액공제 대신 그 상당액을 단체가 받도록 신청하는 제도입니다(조특법 §75). 단체는 신청명세를 제출하고, 관할 세무서장은 제출기한이 지난 후 4개월 이내에 결정해 지급합니다. 세액공제 한도를 적용하지 않고 계산하므로 한도 초과분까지 활용할 수 있습니다.
주의할 점은 초과지급금의 회수입니다. 신청명세를 사실과 다르게 작성해 경정으로 장려금이 줄면 초과지급금에 3%를 더한 금액과 이자상당액을 함께 징수합니다. 지정이 취소되면 그 연도부터 5년간 재지정이 배제됩니다.
8. 2026년 기준 달라진 점
| 쟁점 | 2025년 가이드 서술 | 2026년 시행 조문 |
|---|---|---|
| 지정·고시 주체 | 기획재정부장관 | 재정경제부장관(정부조직 개편) |
| 특례기부금 학교 | 사립학교 등 5개 | 외국교육기관·국제학교, 4대 과학기술원, 한국에너지공대, 국립대학법인, 한국장학재단 포함 10개 |
| 특례기부금 병원 | 3개 유형 | 국립암센터·지방의료원·적십자병원 등 14개 |
| 특례 지정 시점 | “지정일” 속한 연도 | “고시를 한 날” 속한 연도 1.1.부터 6년 |
| 취소 기준금액 | 시행령에 1천만원 명시 | 시행령은 “재정경제부령”으로 위임, 규칙에서 1천만원 |
| 모집 정보 게시 | 규정 없음 | 기부금품법 §4⑥ 신설 — 등록번호·모집목적·세제혜택 여부·충당비율 등 7가지 게시 |
9. 사례로 보는 판단
사례 1 — 목적 표시 하나로 갈린 기부금 성격. 제조업 A법인이 사립대학에 3억원을 기부하면서 “연구비”로 용도를 명시했습니다. 특례기부금이므로 한도는 기준소득금액의 50%입니다. 반면 계열사 B가 같은 대학에 용도 제한 없이 3억원을 낸 경우에는 정관상 고유목적사업비로 보아 일반기부금(한도 10%)이 됩니다. 같은 금액, 같은 학교라도 기부금품 사용목적 표시가 한도를 다섯 배 가릅니다.
사례 2 — 80% 지출 요건을 놓친 재단. 지정 3년차 C재단이 사업 축소로 고유목적사업 지출이 총 지출액의 62%에 그쳤습니다. 법령 §39⑤5호 위반이므로 국세청장의 지정취소 요청 대상이며, 취소되면 그 뒤 3년간 재지정을 받을 수 없습니다. 다만 통지를 받은 날부터 1개월 안에 의견을 제출할 수 있으므로 회계 구분과 지출 근거를 정리해 소명하는 것이 실무 대응입니다.
사례 3 — 모집비용을 초과한 캠페인. D단체가 8억원을 모집하고 관리비로 1억 4천만원(17.5%)을 썼습니다. 한도는 15%인 1억 2천만원이므로 초과분은 기부금품법 §16①6호 위반으로 형사처벌 대상이 됩니다. 모집 단계에서 예정액 명세를 등록하고 실제 집행을 함께 관리해야 합니다.
자주 묻는 질문(FAQ)
기부금단체로 지정되면 몇 년 동안 유효한가요?
재정경제부장관이 지정·고시한 공익법인등은 지정일이 속하는 연도 1월 1일부터 3년간이며, 지정기간이 끝난 후 2년 이내에 재지정되면 재지정일이 속하는 사업연도 1월 1일부터 6년간입니다. 한국학교와 전문모금기관은 고시일이 속하는 연도 1월 1일부터 6년입니다.
특례기부금과 일반기부금의 손금산입 한도는 어떻게 다른가요?
특례기부금은 기준소득금액에서 이월결손금을 뺀 금액의 50%, 일반기부금은 거기서 특례 손금산입액까지 뺀 금액의 10%입니다. 사회적기업은 일반기부금 한도가 30%이며, 한도 초과액은 10년간 이월할 수 있습니다.
기부금품을 모으려면 반드시 등록해야 하나요?
1천만원 이상을 모집하려면 모집·사용계획서를 등록해야 합니다. 10억원을 초과하면 행정안전부장관에게, 그 외에는 주된 사무소 소재지 시·도지사에게 등록하며, 등록 없이 모집하면 3년 이하 징역 또는 3천만원 이하 벌금 대상이고 세법상 기부금으로도 인정되지 않습니다.
지정이 취소되면 언제 다시 지정받을 수 있나요?
지정이 취소된 날부터 3년이 지나야 다시 지정받을 수 있습니다. 지정기간이 끝난 뒤 취소 사유가 확인된 경우에도 종료 후 3년간 국세청장의 추천이 배제됩니다. 기부장려금단체는 취소된 날이 속하는 과세연도부터 5년간 재지정되지 않습니다.
기부금영수증 발급 의무와 전자기부금영수증 제도는 비영리법인 법인세 수익사업 과세범위 편에서, 출연재산 사후관리는 공익법인 출연재산 사후관리 6대 의무 편에서, 서류 제출 의무는 공익법인 납세협력의무 6대 보고 편에서 각각 다뤘습니다. 이 글은 ‘기부금단체로 지정받고 유지하는 절차’에 초점을 맞췄습니다.