비영리법인 재산세 계산 6단계 — 납세의무자 10유형·공정시장가액비율 70%·2026년 세율특례 종료

비영리법인의 재산세는 감면 조문보다 「지방세법」 본문을 먼저 읽어야 합니다. 감면이 안 되는 수익사업용·임대용·나대지는 일반 규정대로 계산되고, 그 계산은 누가 → 무엇에 → 얼마에 → 몇 % → 상한 → 언제의 6단계로 이어집니다. 이 글은 그 6단계를 2026년 시행 법령으로 다시 맞췄습니다.

참고한 출처 — 정부기관 자료 중심

• 「지방세법」 조문 — 제105조·제107조(납세의무자)·제109조·제110조(과세표준)·제111조(세율)·제111조의2·제112조·제114조~제122조 (법률 제21308호, 2026.1.1. 시행)
• 「지방세법 시행령」 — 제22조·제101조·제102조·제109조·제109조의2·제110조의2 (대통령령 제36445호, 2026.7.1. 시행)
• 법제처 국가법령정보센터 조문·부칙 원문 및 법령해석
• 행정안전부 지방세 운영 안내, 지방재정365 부과·징수 공개자료
• 국토교통부 부동산공시가격 알리미 — 개별공시지가·개별주택가격
• 법제처 생활법령정보 재산세 안내, 행정안전부 유권해석 및 행정심판 결정례

1. 재산세 계산 6단계 한눈에

단계	결정할 것	근거 조문
1단계	납세의무자	§107·§120
2단계	과세대상 구분	§105·§106, 지령 §101·§102
3단계	과세표준	§110, 지령 §109·§109의2
4단계	세율	§111·§111의2·§112
5단계	세부담 상한	§122, 지령 §118
6단계	납기·분납	§114~§119

2. 1단계 — 6월 1일 현재 ‘사실상 소유자’가 냅니다

원칙은 과세기준일 현재 재산을 사실상 소유한 자입니다(§107①). 공부상 등재 여부와 무관하게 배타적으로 사용·수익·처분할 수 있는 상태면 사실상 소유자로 봅니다. 다만 실무에서는 예외 규정이 훨씬 자주 문제됩니다.

상황	납세의무자	근거
공유재산	지분권자(표시 없으면 균등)	§107①1호
주택 건물·부속토지 소유자가 다름	시가표준액 비율로 안분한 각 소유자	§107①2호
소유권 변동 미신고로 실소유자 불명	공부상 소유자	§107②1호
상속등기 미이행·미신고	주된 상속자(행정안전부령)	§107②2호
종중재산을 개인 명의로 두고 미신고	공부상 소유자	§107②3호
국가·지자체와 연부매매 + 무상 사용권	매수계약자	§107②4호
수탁자 명의 신탁재산	위탁자	§107②5호
환지방식 체비지·보류지	사업시행자	§107②6호
파산선고~파산종결 사이 파산재단 재산	공부상 소유자	§107②8호
소유권 귀속 불분명	그 사용자	§107③

여기서 신고가 곧 방어입니다. 공부상 소유자·주된 상속자·종중재산 명의자·신탁 수탁자, 사실상 현황이 다른 재산의 소유자는 과세기준일부터 15일 이내에 신고해야 합니다(§120①). 빠뜨리면 실제 소유자가 아닌 공부상 명의자에게 고지서가 갑니다. 위탁자가 체납하고 다른 재산으로도 징수가 부족하면 수탁자가 신탁재산으로 납부할 물적납세의무를 집니다(§119조의2).

3. 2단계 — 고유목적 외 토지는 용도별로 갈립니다

과세대상은 토지·건축물·주택·항공기·선박이고, 토지는 다시 세 갈래로 나뉩니다(§106①).

토지 구분	대표 대상	세율 성격
분리과세	전·답·과수원·목장용지·임야 / 공장용지 / 회원제 골프장·고급오락장용	단일 0.07%·0.2%·4%
별도합산	영업용 건축물 부속토지(적용배율 3~7배 이내), 차고·물류시설용	누진 0.2~0.4%
종합합산	나대지, 기준면적 초과분, 위에서 빠진 모든 토지	누진 0.2~0.5%

갈림길은 「지방세법 시행령」 제22조의 비영리사업자(종교·제사 단체 / 학교·외국교육기관·평생교육단체 / 사회복지법인 / 지특법 §22① 사회복지법인등 / 정당) 해당 여부입니다. 이 가운데 학교·외국교육기관·평생교육단체가 교육사업에 직접 사용하는 토지는 분리과세(0.2%)로 남지만 수익사업용은 제외됩니다(지령 §102⑧1호). 여기에 2026년의 큰 변화가 겹칩니다. 1995.12.31. 이전 보유 토지를 분리과세로 봐 주던 경과특례가 2025년 과세연도까지만 적용되도록 규정돼(지령 부칙 제30728호 제3조), 2026년분부터 용도별 구분으로 전면 전환됩니다. 감면 계산 규칙은 비영리법인 재산세 감면 계산 5대 규칙에서, 종합부동산세 연결은 비영리법인 종합부동산세 6대 쟁점에서 이어집니다.

4. 3단계 — 과세표준은 시가표준액의 60~70%

시가표준액은 토지는 개별공시지가, 주택은 개별주택가격, 건축물은 신축가격 기준액에 구조·용도·위치·경과연수를 반영한 가액입니다. 여기에 공정시장가액비율을 곱합니다(§110①, 지령 §109).

대상	2026년 비율	법정 범위
토지·건축물	70%	50~90%
주택(일반)	60%	40~80%
1세대 1주택 3억원 이하	43%	30~70%
1세대 1주택 3억~6억원	44%
1세대 1주택 6억원 초과	45%

1세대 1주택 특례비율은 “2026년도에 납세의무가 성립하는 재산세”로 한정돼 매년 다시 정해집니다(지령 §109①2호 단서). 주택은 산정된 과세표준이 과세표준상한액을 넘으면 상한액을 과세표준으로 봅니다(§110③).

과세표준상한액 = 직전 연도 해당 주택의 과세표준 상당액 + (과세기준일 시가표준액으로 산정한 과세표준 × 5%)

5. 4단계 — 토지는 누진, 건축물은 단일

과세대상	표준세율(§111①)
종합합산 토지	5,000만원 이하 0.2% / 5,000만원~1억원 10만원+0.3% / 1억원 초과 25만원+0.5%
별도합산 토지	2억원 이하 0.2% / 2억~10억원 40만원+0.3% / 10억원 초과 280만원+0.4%
분리과세 토지	전·답·과수원·목장용지·임야 0.07% / 골프장·고급오락장 4% / 그 밖 0.2%
건축물	그 밖의 건축물 0.25% / 주거지역 등 공장용 0.5% / 골프장·고급오락장 4%
주택	6천만원 이하 0.1% / ~1.5억원 6만원+0.15% / ~3억원 19.5만원+0.25% / 3억원 초과 57만원+0.4%
선박·항공기	고급선박 5% / 그 밖의 선박 0.3% / 항공기 0.3%

여기에 세 가지 조정이 붙습니다. ① 과밀억제권역(산업단지·공업지역 제외)에서 공장을 신설·증설하면 최초 과세기준일부터 5년간 1.25%(0.25%의 500%)가 적용됩니다(§111②). ② 지방자치단체장은 조례로 표준세율을 ±50% 범위에서 가감할 수 있고, 해당 연도에만 적용됩니다(§111③). ③ 도시지역 중 고시지역은 과세표준의 0.14%(조례로 0.23% 이내)를 더한 도시지역분이 합산 고지됩니다(§112①②).

그리고 1세대 1주택 세율 특례(시가표준액 9억원 이하, 0.05~0.35%)에는 조문만 봐서는 안 보이는 시한이 있습니다. 법률 제17769호 부칙 제2조가 제111조의2·제112조·제113조 개정규정을 시행일부터 6년이 되는 날까지 성립한 납세의무에 한정해 적용한다고 정했기 때문입니다. 납세의무는 6월 1일 성립하므로 2026년분이 마지막입니다. 사용자 소유 사택 일부와 기숙사는 1세대 1주택 판정에서 제외됩니다(지령 §110의2①1·2호).

6. 5단계 — 세부담 상한에서 주택이 빠졌습니다

대상	2026년 기준	근거
토지·건축물	직전 연도 세액 상당액의 150% 한도	§122 본문
주택(원칙)	적용 제외 — 대신 과세표준상한제	§122 단서
2024.1.1. 전 과세된 주택	2028.12.31.까지 종전 규정(3억 이하 105% / 6억 이하 110% / 초과 130%, 법인 150%)	부칙(법률 제19230호) §15

세부담 상한은 재산세분과 도시지역분을 각각 구분해 산출한 뒤 각각 적용합니다. 신축·증축으로 직전 연도 과세표준이 없으면 직전 연도에 존재했던 것으로 보아 종전 법령으로 세액 상당액을 계산합니다(지령 §118).

7. 6단계 — 6월 1일 기준, 7월과 9월에 납부

항목	내용	근거
과세기준일	매년 6월 1일(보유기간 무관)	§114
토지 납기	9월 16일~9월 30일	§115①1호
건축물·선박·항공기	7월 16일~7월 31일	§115①2·4·5호
주택 납기	1/2은 7월, 1/2은 9월(연 세액 20만원 이하는 7월 일시 부과 가능)	§115①3호
고지	보통징수, 납기개시 5일 전까지 고지서 발급	§116
분할납부	납부세액 250만원 초과 시 납기 후 3개월 내 분납	§118
소액 징수면제	고지서 1장당 2천원 미만이면 징수하지 않음	§119

8. 비영리법인이 자주 놓치는 5가지

쟁점	실무 결론
타인 명의 부동산 무상 사용	취득세와 달리 사용자 기준으로 판단해, 무상으로 예배당·주차장으로 직접 쓰면 면제될 수 있습니다(세정13407-436).
유료 사용	대가를 받으면 임대용으로 과세됩니다. 국가·지자체의 1년 이상 공용 재산도 유료면 과세(§109②1호).
건축 중인 토지	‘건축 중’은 직접 사용이지만 착공은 터파기·굴착 착수부터입니다(대법원 95누7857).
용도변경·리모델링	준비행위여서 직접 사용이 아니고 증축 부분의 부속토지만 감면됩니다(지방세운영과-3765).
사택·기숙사	교회 경내 부목사 사택은 직접 사용, 경외 사택과 학교 구외 기숙사는 원칙 과세입니다(행심2007-460).

휴업도 함정입니다. 대수선으로 1년 9개월 넘게 휴업 중인 병원 부속토지는 의료업 직접 사용으로 볼 수 없습니다(행심2003-139). 반대로 철거명령을 받은 건축물은 비과세됩니다(§109③5호).

9. 2026년 달라진 6가지

항목	2026년 기준	근거
1세대 1주택 세율 특례	2026.12.28.까지 성립분 한정 → 2026년분이 마지막	부칙(법률 제17769호) §2
1세대 1주택 공정시장가액비율	43·44·45%를 2026년도 성립분으로 규정	지령 §109①2호 단서
비영리사업자 분리과세 경과특례	2025년으로 종료 → 용도별 구분 전면 적용	지령 부칙(제30728호) §3
도시지역분 과세제외	미집행 공공시설용·개발제한구역 토지 규정 개정	§112③④, 부칙(법률 제21308호) §15
신탁재산 납세의무	위탁자·수탁자 물적납세의무 규정 개정	§107②5호·§119조의2①, 부칙 §13
주택 세부담 상한	폐지 유지, 종전 주택은 2028년까지 경과 적용	§122 단서, 부칙 §15

10. 적용 사례

사례 1 — 사회복지법인의 나대지. 사회복지법인 A는 2025년 3월 증축 부지를 매입했으나 2026년 6월 1일까지 착공하지 못했습니다. 시가표준액은 4억원입니다. 착공 전이라 직접 사용으로 볼 수 없고 나대지여서 종합합산 대상이 됩니다. 과세표준은 4억원 × 70% = 2억 8,000만원, 세액은 25만원 + (1억 8,000만원 × 0.5%) = 115만원입니다. 여기에 도시지역분 0.14%(약 39만원)와 지방교육세가 더해집니다. 6월 1일 전에 터파기에 들어갔다면 결과가 달랐을 사안입니다.

사례 2 — 학교법인의 임대용 토지. 학교법인 B는 1990년 취득한 토지 일부를 상가 부지로 임대해 왔고, 2025년까지는 경과특례로 일정 면적이 분리과세(0.2%)됐습니다. 2026년분부터는 특례가 끝나 임대 부분이 별도합산 또는 종합합산으로 넘어갑니다. 교육사업 직접 사용분은 지령 §102⑧1호로 분리과세가 유지되므로 필지별·용도별 면적 구분이 실무의 핵심입니다. 취득 단계의 중과는 비영리법인 취득세 중과세 5가지 기준에서 확인하세요.

자주 묻는 질문(FAQ)

6월 1일에 부동산을 팔았다면 재산세는 누가 냅니까?

재산세는 과세기준일인 6월 1일 현재 사실상 소유자에게 부과되므로, 6월 1일에 잔금을 받고 소유권이 넘어갔다면 그날의 소유자인 매수인이 그 해 재산세를 부담합니다. 보유기간의 길이는 고려하지 않습니다.

비영리법인이 소유한 나대지도 재산세가 나옵니까?

나옵니다. 고유목적사업에 직접 사용하지 않는 나대지는 종합합산과세대상으로 0.2~0.5% 누진세율이 적용되고, 도시지역분까지 더해집니다. 착공에 들어가 ‘건축 중’이 되면 직접 사용으로 볼 여지가 생깁니다.

재산세가 350만원인데 나눠 낼 수 있습니까?

납부세액이 250만원을 초과하면 납기가 지난 날부터 3개월 이내에 일부를 분할납부할 수 있습니다(§118). 주택은 세액이 7월과 9월로 절반씩 나뉘어 고지되므로 구분해 판단합니다.

2026년에 달라지는 재산세 규정 중 비영리법인이 꼭 볼 것은?

두 가지입니다. 1995.12.31. 이전 취득 토지의 분리과세 경과특례가 2025년으로 끝나 2026년분부터 용도별 구분이 전면 적용되고, 1세대 1주택 세율 특례는 부칙상 2026.12.28.까지 성립분에만 적용돼 2026년분이 마지막입니다.

이 글은 2026년 9월 시행 법령 기준의 일반 정보입니다. 개별 재산의 과세 구분과 감면 여부는 관할 지방자치단체의 확인을 받으시기 바랍니다.