비영리법인 재산세 감면 계산 5대 규칙 — 과세표준 경감·6월 1일 기준·2016년 중과 유예 (2026)
📌 참조 출처(정부기관 중심)
「지방세특례제한법」 제177조·제177조의2·제178조·제179조·제180조 조문, 같은 법 시행령 제123조, 같은 법 부칙(법률 제12955호) 제13조, 「지방세법」 제111조·제114조 조문(국가법령정보센터), 행정안전부 지방세 감면 운영 안내, 위택스 감면신청·납부 안내, 한국지방세연구원 지방세 감면 자료, 조세심판원 결정례 등 정부기관 자료를 기준으로 정리했습니다.
비영리법인의 지방세 실무는 대부분 취득세를 기준으로 설명됩니다. 그런데 같은 「지방세특례제한법」 안에서도 재산세 감면은 계산 방식·판정 시점·추징 구조가 취득세와 전혀 다르게 작동합니다. 감면 조문의 요건을 다 통과하고도 그다음에 오는 보칙의 계산 규칙 5가지를 놓쳐 세액이 달라지는 일이 잦습니다. 2026년 현행 법령을 기준으로 정리합니다.
1. 취득세 감면과 재산세 감면, 5가지가 다르다
| 구분 | 취득세 감면 | 재산세 감면 |
|---|---|---|
| 판정 시점 | 취득 당시(1회 확정) | 과세기준일(매년 6월 1일)마다 재판정 |
| 계산 방식 | 산출세액에 감면율 적용 | 토지는 과세표준액에 경감비율 적용(제179조) |
| ‘건축 중’의 취급 | 직접 사용 아님(정당한 사유로만 참작) | 직접 사용으로 봄(시행령 제123조) |
| 일반 추징규정 | 제178조 적용(1년·2년 룰) | 제178조 적용 없음 — 개별 조문에만 따름 |
| 최소납부제 소액 기준 | 200만원 이하 | 50만원 이하(세 부담 상한 적용 전 산출액) |
2. 규칙 ① 토지 재산세는 ‘세액’이 아니라 ‘과세표준’을 깎는다
「지방세특례제한법」 제179조(토지에 대한 재산세의 경감율 적용)는 이렇게 규정합니다. “이 법 또는 다른 법령에서 토지에 대한 재산세의 경감 규정을 둔 경우에는 경감대상 토지의 과세표준액에 해당 경감비율을 곱한 금액을 경감한다.”
즉 ‘재산세 50% 경감’은 산출세액의 절반을 빼는 것이 아니라 과세표준의 절반을 먼저 덜어낸 뒤 세율을 적용하는 것입니다. 토지 재산세는 누진세율(「지방세법」 제111조)이므로 결과가 달라집니다.
| 토지 구분 | 과세표준 구간별 세율 |
|---|---|
| 종합합산 | 5,000만원 이하 0.2% / 5,000만원 초과~1억원 10만원+0.3% / 1억원 초과 25만원+0.5% |
| 별도합산 | 2억원 이하 0.2% / 2억원 초과~10억원 40만원+0.3% / 10억원 초과 280만원+0.4% |
| 분리과세 | 전·답·과수원·목장·임야 0.07% / 골프장·고급오락장용 4% / 그 밖 0.2% |
종합합산 대상 토지의 과세표준이 3억원이고 감면 조문이 재산세 50% 경감을 규정한 경우를 계산해 보면 다음과 같습니다.
| 방식 | 계산 과정 | 납부세액 |
|---|---|---|
| 제179조(과세표준 경감) | 3억 − (3억×50%) = 1.5억 → 25만원 + (5,000만원×0.5%) | 50만원 |
| 세액 감면(비교용 가정) | 산출세액 125만원 × 50% | 62만 5,000원 |
| 차이 | 누진 구간이 한 칸 내려가면서 발생 | 12만 5,000원 유리 |
주의할 점은 제179조가 ‘토지’에만 적용된다는 것입니다. 건축물 재산세는 단일세율(그 밖의 건축물 0.25%)이라 어느 방식이든 결과가 같지만, 주택 재산세는 누진세율인데도 제179조의 대상이 아니어서 세액 기준으로 감면합니다.
3. 규칙 ② 건축 중이면 ‘직접 사용’ — 2020년부터 주택까지
취득세에서 착공은 직접 사용이 아니라 유예기간을 넘긴 ‘정당한 사유’로만 참작됩니다. 반면 재산세에는 의제 규정이 따로 있습니다. 시행령 제123조(직접 사용의 범위)는 토지에 대한 재산세 감면규정을 적용할 때 “해당 감면대상 업무에 사용할 건축물 및 주택을 건축 중인 경우“를 직접 사용에 포함합니다.
이 조문은 2014년 3월 14일 시행령 제45조에서 제123조로 이동했고, 2020년 12월 31일 개정으로 “및 주택”이 추가됐습니다. 실무서 상당수가 여전히 ‘건축물’만 적고 있으므로, 사회복지법인 생활시설이나 기숙사처럼 주택으로 분류될 건물이라면 개정 문언을 근거로 삼아야 합니다.
다만 의제의 범위는 좁습니다. 조세심판원은 과세기준일 현재 실제로 착공하지 못했다면 그 지연에 정당한 사유가 있어도 감면 대상이 아니라고 봤습니다(조심 2020지0182). 취득세의 유예기간 논리와 달리, 재산세는 6월 1일 시점의 현황만 봅니다.
4. 규칙 ③ 6월 1일마다 다시 판정한다
재산세 과세기준일은 매년 6월 1일입니다(「지방세법」 제114조). 감면 여부도 이 날짜마다 새로 판단하므로, 한 해 감면을 받았다고 다음 해가 자동으로 이어지지 않고 반대로 올해 요건을 못 갖췄어도 내년에 갖추면 다시 감면됩니다.
5. 규칙 ④ 재산세에는 일반 추징규정이 없다
제178조 제1항은 “부동산에 대한 감면을 적용할 때 … 감면된 취득세를 추징한다“고 규정합니다. 문언 그대로 취득세 전용이므로, 재산세와 등록면허세는 개별 감면조문에 추징 단서가 있을 때만 추징됩니다. 제178조가 실제로 걸리는 범위는 다음 네 칸으로 정리됩니다.
| 구분 | 개별 추징규정 있음 | 개별 추징규정 없음 |
|---|---|---|
| ‘직접 사용’ 규정 있음 | 개별 규정에 따름(예: 제22조) | 제178조 적용(예: 제11조 제2항, 제37조) |
| ‘직접 사용’ 규정 없음 | 개별 규정에 따름 | 적용 대상 아님(예: 제13조 제2항, 제44조) |
부동산이 아닌 감면(제10조 농어업인 융자 관련, 제22조의3 휴면예금관리재단 등)도 제178조 밖입니다. 추징 사유·정당한 사유·이자상당액 계산은 취득세 감면 추징 편에서 다뤘습니다.
6. 규칙 ⑤ 면제가 과세로 바뀔 때 중과세율은 늦게 온다
2015년 지방세 감면 정비로 여러 조문의 면제가 축소·폐지됐습니다. 이때 부칙(법률 제12955호) 제13조는 종전에 면제였다가 과세로 전환된 조문에 대해 「지방세법」 제13조·제28조의 중과세율은 2016년 1월 1일부터 적용하도록 유예했습니다. 제37조(공공의료기관)만 2017년 1월 1일로 한 해 더 늦췄습니다.
| 구분 | 해당 조문 | 중과세율 적용 |
|---|---|---|
| 일반 | 제22조 제6항, 제34조, 제38조, 제41조 제7항, 제42조 제3항, 제46조, 제57조의2, 제57조의3, 제58조, 제58조의3, 제59조, 제60조, 제71조 | 2016.1.1. |
| 단서 | 제37조(공공의료기관) | 2017.1.1. |
비영리법인과 직결되는 것은 사회복지법인의 의료기관(제22조 제6항)·의료법인(제38조)·의과대학 부속병원(제41조 제7항)입니다.
7. 2026년 달라진 점
| 항목 | 종전 서술 | 2026년 현행 |
|---|---|---|
| 감면 제외대상(제177조) | 별장 포함 5종 | 제1호(별장) 삭제 → 골프장·고급주택·고급오락장·고급선박 4종 |
| 건축 중 의제(시행령 제123조) | “건축물”만 | “건축물 및 주택”(2020.12.31. 개정) |
| 토지 경감(제179조) | “곱하여 경감” | “과세표준액에 경감비율을 곱한 금액을 경감” |
| 최소납부제 배제(제177조의2 제1항 제2호) | 구 열거 | 제36조의3 제1항 제1호·제36조의5·제85조의2 제1항 제4호·제5호 등 반영(2025.12.31. 공포한 날 시행) |
| 추징 근거 조문 | 제180조로 표기한 자료 다수 | 추징은 제178조, 제180조는 중복 특례의 배제 |
마지막 줄에 주의해야 합니다. “감면된 취득세의 추징(제180조)”이라고 제목을 단 실무서가 있는데, 분법 이전 구 조문번호가 남은 표기 오류입니다. 판단 기준은 지방세 감면의 3대 제한 장치 편을 참고하세요.
8. 사례로 확인하기
사례 1 — 사회복지법인의 종합합산 토지. 사회복지법인 A가 보유한 복지시설 부지의 2026년 재산세 과세표준이 4억원이고 감면 조문이 재산세 50% 경감을 규정합니다. 제179조에 따라 과세표준 2억원으로 계산하면 25만원 + (1억원×0.5%) = 75만원입니다. 산출세액(175만원)의 절반인 87만 5,000원과 비교하면 12만 5,000원이 덜 나옵니다.
사례 2 — 6월 1일에 터파기만 한 학교법인. 학교법인 B가 교육용 토지를 취득해 6월 1일 현재 기초공사 중이라면, 시행령 제123조에 따라 그해 토지 재산세를 감면받습니다. 반대로 인허가 지연으로 착공하지 못했다면 정당한 사유가 있어도 그해 감면은 없고 이듬해 다시 판정합니다.
사례 3 — 1년 만에 매각한 의료법인. 의료법인 C가 취득세와 재산세를 함께 감면받고 13개월 만에 매각하면, 취득세는 제178조 제1항 제2호로 추징되지만 재산세는 개별 조문(제38조)의 추징 단서 범위에서만 추징됩니다.
9. 재산세 감면 적용 5단계
- 과세기준일 현황 확정 — 매년 6월 1일 현재 토지·건축물·주택의 실제 사용 현황을 확정합니다. 건축 중이라면 착공 사실을 증빙으로 남깁니다.
- 감면 조문과 경감비율 확인 — 적용 가능한 감면 조문을 찾아 재산세 감면율과 감면기한을 확인하고, 둘 이상이 경합하면 감면세액이 큰 것을 선택합니다.
- 토지는 과세표준 기준으로 계산 — 토지는 제179조에 따라 과세표준액에 경감비율을 곱한 금액을 차감한 뒤 「지방세법」 제111조의 누진세율을 적용합니다. 건축물·주택은 세액 기준으로 계산합니다.
- 최소납부제 검토 — 면제 규정이라면 산출세액의 85%만 감면되는지 확인하고, 세 부담 상한 적용 전 산출액이 50만원 이하이면 전액 면제됩니다.
- 신청과 확인자료 제출 — 과세기준일이 속하는 달의 말일까지 위택스 또는 관할 시·군·구청에 감면신청서를 제출하고, 다음 해 1월 31일까지 감면세액 확인자료를 제출합니다.
자주 묻는 질문(FAQ)
Q1. 재산세를 50% 경감받으면 산출세액의 절반만 내면 되나요?
토지는 아닙니다. 「지방세특례제한법」 제179조는 경감대상 토지의 과세표준액에 경감비율을 곱한 금액을 경감하도록 규정하므로, 과세표준을 먼저 절반으로 줄인 뒤 누진세율을 적용합니다. 누진 구간이 내려가는 만큼 산출세액의 절반보다 세액이 더 줄어듭니다. 다만 건축물과 주택은 세액 기준으로 감면합니다.
Q2. 과세기준일에 건물을 짓는 중이면 토지 재산세를 감면받나요?
네. 시행령 제123조는 감면대상 업무에 사용할 건축물 및 주택을 건축 중인 경우를 직접 사용의 범위에 포함합니다. 2020년 12월 31일 개정으로 ‘주택’이 추가됐습니다. 다만 6월 1일 현재 실제로 착공하지 않았다면 지연에 정당한 사유가 있어도 그해 감면은 인정되지 않습니다(조심 2020지0182).
Q3. 감면받은 재산세도 제178조로 추징되나요?
아닙니다. 제178조 제1항은 감면된 ‘취득세’를 추징한다고 규정하므로 재산세와 등록면허세에는 적용되지 않습니다. 재산세 추징은 개별 감면조문에 추징 단서가 있는 경우에만 가능하며, 그 밖에는 매년 과세기준일에 감면 요건을 다시 판단하는 방식으로 조정됩니다.
Q4. 2026년에 감면 제외대상은 몇 가지인가요?
네 가지입니다. 제177조 제1호(별장)가 삭제되어 골프장, 고급주택, 고급오락장, 고급선박만 남았습니다. 별장 중과 폐지에 따른 정비로, 별장을 포함해 다섯 가지로 안내하는 자료는 개정 전 기준입니다.
※ 이 글은 「지방세특례제한법」(법률 제21738호)·같은 법 시행령(대통령령 제36423호)·「지방세법」(법률 제21308호) 조문과 행정안전부·위택스·한국지방세연구원 등 정부기관 공개자료를 기준으로 2026년 시점에서 정리한 일반 정보입니다. 개별 사안은 관할 지방자치단체 세무부서 또는 세무전문가와 상담하시기 바랍니다.