공익법인 출연재산 사후관리 6대 의무 — 3년·80%·90% 사용기준과 200% 가산세 (2026)

공익법인등이 재산을 출연받으면 상속세·증여세를 내지 않습니다. 그러나 이 비과세는 영구 면제가 아니라 조건부 유예입니다. 기한 내에 공익목적에 쓰지 않으면 증여세가 즉시 부과되고, 기준에 조금 모자라면 가산세 10%가 붙습니다. 2024년부터는 의무지출 위반에 200% 가산세까지 생겼습니다. 이 글은 「상속세 및 증여세법」 조문과 국세청 안내로 공익법인 출연재산 사후관리 6대 의무를 2026년 기준 정리합니다.

(같은 시리즈: 1편 4가지 구분 · 2편 설립·출연 · 4편 법인세 수익사업 · 7편 취득세·재산세 · 9편 해산·청산)

참조한 정부기관 출처

이 글은 상속세 및 증여세법 제16조·제48조·제78조 조문, 같은 법 시행령 제38조·제39조·제80조(대통령령 제36131호, 2026.2.27.), 법인세법 시행령 제56조(대통령령 제36130호, 2026.2.27.), 국세청 공익법인 의무이행 안내·홈택스 결산서류 공시, 재정경제부 세제 안내, 생활법령정보, 보건복지부 사회복지법인 감독 안내 등 정부기관 자료를 근거로 했습니다.

국세청 — 공익법인 출연재산 사후관리·의무이행 안내 (출처: 국세청)

한눈에 보는 사후관리 6대 의무

상증법 제48조 제2항은 위반 유형을 증여세 즉시 부과(1·2·3·4·6·8호)와 가산세 부과(5·7호)로 나눕니다.

구분	의무 내용	기한·기준	위반 시 제재
① 직접 사용	출연재산을 직접 공익목적사업에 사용	출연일부터 3년 + 이후 계속	증여세(미사용액)
② 운용소득	수익용 운용으로 생긴 소득 사용	사업연도 종료일부터 1년 내 80%	목적 외=증여세 / 미달=가산세 10%
③ 매각대금	출연재산 매각대금 사용	1년 30% · 2년 60% · 3년 90%	30·60% 미달=가산세 10% / 90%=증여세
④ 의무지출	수익용 재산가액의 일정 비율 지출	매년 1%(주식 10% 초과 보유 시 3%)	가산세 10% 또는 200%
⑤ 주식 보유	동일 내국법인 주식 출연·취득 한도	10%(5%·20%), 계열주식 30%(50%)	초과분 증여세 / 시가 5% 가산세
⑥ 운영 규율	자기내부거래·이사취임·광고 제한	이사 1/5 한도 등	증여세 또는 경비 전액 가산세

1. 3년 내 직접 공익목적 사용 — 가장 기본

출연받은 날부터 3년 이내에 직접 공익목적사업 등에 전부 사용하고 그 이후에도 계속 사용해야 합니다(상증법 §48②1호). ‘직접 사용’에는 공익목적 충당을 위한 수익용·수익사업용 운용과 주무관청 허가를 받은 다른 공익법인 출연도 포함됩니다.

판단	내용
인정	공익목적 재산 취득비·사업비 지출, 수익용 재산 취득, 공익사업 차입금 상환(재재산-322)
불인정	과다인건비(총급여 8천만원 초과분), 목적시설 외 관리비, 단순 예금 적립
유예 예외	① 주무부장관이 인정한 법령·행정상 부득이한 사유 ② 인·허가 소송 → 사유 종료일부터 1년 내 사용
과세시기	3년이 되는 날의 다음 날이 증여세 평가기준일(대법원 2015두50696)

국가법령정보센터 — 상증법 제48조 사후관리 조문 확인 (출처: 법제처)

2. 운용소득 80% 사용 — 산식이 핵심

출연재산을 수익용·수익사업용으로 굴렸다면 그 운용소득의 80% 이상을 소득 발생 사업연도 종료일부터 1년 이내에 직접 공익목적에 써야 합니다(상증령 §38⑤⑥). 목적 외로 쓰면 증여세, 80%에 미달하면 미달액의 10% 가산세입니다(상증법 §78⑨1호).

구분	계산
사용기준금액	(ⓐ − ⓑ + ⓒ) × 80%
ⓐ 수익사업 소득	수익사업 소득금액 + 고유목적사업준비금·사업비 손금산입액 (무관 소득·매각금액·의제배당 주식분 제외)
ⓑ 차감	해당 소득에 대한 법인세·농어촌특별세·주민세 및 이월결손금
ⓒ 가산	직전 사업연도 미달사용액 − 그에 대한 가산세
5년 평균 선택	실적·기준금액을 직전 4개 연도 포함 5년 평균으로 계산 가능

현금배당·주식배당은 전액 운용소득이며(재재산46014-40), 자본잉여금 감액배당은 사용기준금액에서 빠집니다(조세정책과-2535). 고유목적사업준비금과 함께 관리하면 편합니다.

3. 매각대금 30·60·90% 단계 사용

출연재산을 팔면 매각일이 속하는 사업연도 종료일을 기준으로 3년에 걸쳐 단계적으로 써야 합니다(상증령 §38④⑦). 단계마다 제재 수단이 다릅니다.

경과	사용기준	미달 시 제재
1년 이내	매각대금의 30%	미달액의 10% 가산세
2년 이내	매각대금의 60%	미달액의 10% 가산세
3년 이내	매각대금의 90%	미달액에 증여세 추징

매각대금에서 매각에 따른 국세·지방세는 빼며, 운용기간 6개월 미만의 일시 취득재산은 사용실적에서 제외됩니다(상증칙 §11의2).

4. 의무지출 1%·3% — 2024년부터 200% 가산세

총자산 5억원 이상이거나 수입금액과 출연재산가액 합계가 3억원 이상인 공익법인(종교법인 제외)은 매년 수익용 재산가액의 1% 이상을 직접 공익목적에 지출해야 합니다(상증법 §48②7호). 의결권 미행사 자선장학 공익법인이 주식을 10% 초과 보유하면 기준이 3%입니다.

구분	기준금액	가산세율
주식 5% 이하 보유 공익법인	출연재산가액 × 1%	미달액 × 10%
주식 5% 초과 보유 공익법인	출연재산가액 × 1%(10% 초과 보유 시 3%)	미달액 × 200%

‘출연재산가액’은 수익용 재산의 총자산가액 − (부채 + 당기순이익)이며, 3년 이상 5년 미만 보유 상장주식은 직전 3개 연도, 5년 이상은 직전 5개 연도 평균액을 씁니다(상증령 §38⑱).

재정경제부 — 공익법인 과세가액 불산입·사후관리 세제 (출처: 재정경제부)

5. 주식 보유한도 — 5%·10%·20%와 계열주식 30%

공익법인이 계열사 지배수단으로 쓰이는 것을 막기 위해 동일 내국법인 의결권 주식의 출연·취득 비율을 제한합니다(상증법 §16②2호).

공익법인 유형	한도
일반 공익법인등	10%
의결권 미행사 + 자선·장학·사회복지 목적	20%
상호출자제한기업집단과 특수관계	5%
§48⑪ 5% 초과보유 요건 미충족	5%
계열기업 주식가액 / 총재산가액	30%(회계감사·전용계좌·결산공시 이행 시 50%)

한도 초과분은 증여세, 계열기업 기준 초과는 매 사업연도말 초과 주식 시가의 5% 가산세입니다(상증법 §48⑨, §78⑦). 다른 공익법인에 분산 출연한 주식까지 합산해 판정합니다.

6. 자기내부거래·이사취임·광고 제한

의무	내용	제재
자기내부거래 금지(§48③)	출연자·친족이 정당한 대가 없이 출연재산 사용·수익	무상=출연재산가액, 저가=차액에 증여세
이사취임 제한(§48⑧)	출연자·특수관계인이 이사 수 1/5 초과 취임(의료법인 제외)	직·간접경비 전액 가산세
광고·홍보 금지(§48⑩)	특수관계 내국법인 이익을 위해 무상 광고·홍보	광고매체 이용비·행사비 전액 가산세
특정계층 혜택 금지(§48②8호)	출생지·직업·학연 등으로 일부에게만 혜택	제공 재산가액에 증여세

여기서 출연자는 ‘총출연재산가액의 1%와 2천만원 중 적은 금액’을 초과 출연한 자입니다(상증령 §38⑩). 의사·교직원·사회복지사 등 전문인력 경비는 가산세에서 빠집니다. 해산 시 잔여재산을 국가·지자체·유사 공익법인에 귀속시키지 않아도 증여세가 부과됩니다(9편 참조).

7. 2026년 달라진 점 3가지

첫째, 상증법 시행령이 대통령령 제36131호(2026.2.27.)로 개정돼 제38조 제2·3·5항이 정비됐고, 운용소득 차감항목 표기가 ‘주민세’로 바뀌었습니다. 둘째, 법인세법 시행령 제56조 제11항이 인건비 한도(1인 8천만원) 적용 대상을 직전 5개 사업연도 합계 기준으로 넓혔습니다. 초과 인건비는 공익목적 사용액에서 빠집니다. 셋째, 의무지출 위반 제재가 미달액 200% 가산세로 전환됐습니다(2024.1.1. 이후).

8. 사례로 계산해 보기

A장학재단이 출연받은 상가를 임대운용하다 2025년 40억원에 매각(관련 세금 2억원)했다고 가정합니다.

항목	계산	결과
매각대금	40억 − 세금 2억	38억원
1년(2026년말)	38억 × 30% = 11.4억, 실제 8억	미달 3.4억 → 가산세 3,400만원
2년(2027년말)	38억 × 60% = 22.8억	미달 시 10% 가산세
3년(2028년말)	38억 × 90% = 34.2억	미달액에 증여세
운용소득	5억 × 80% = 4억	3억만 지출 시 가산세 1,000만원

같은 재단이 주식 7%를 보유한 채 의무지출 기준금액 2억원에 5,000만원 미달하면 가산세는 5,000만원 × 200% = 1억원입니다. 미달액보다 가산세가 큰 구조이므로 결산 전 점검이 필수입니다.

보건복지부 — 사회복지법인 등 공익법인 지도·감독 (출처: 보건복지부)

공익법인 사후관리 점검 5단계

1. 출연 대장 정리 — 출연일·출연자·재산 종류·평가액을 기록하고 3년 사용기한을 표시한다
2. 운용소득 계산 — 수익사업 소득에서 법인세 등을 뺀 운용소득의 80% 사용기준금액을 산정한다
3. 매각대금 추적 — 매각 사업연도 종료일 기준 1년 30%·2년 60%·3년 90% 사용률을 점검한다
4. 의무지출 확인 — 직전 사업연도말 수익용 재산가액의 1%(주식 10% 초과 시 3%) 지출 여부를 결산 전에 확인한다
5. 보고·공시 이행 — 사용계획 및 진도 보고서를 관할 세무서에 제출하고 결산서류를 홈택스에 공시한다

자주 묻는 질문(FAQ)

Q1. 출연받은 재산을 3년 안에 못 쓰면 무조건 증여세인가요?

원칙은 그렇습니다. 다만 법령·행정상 부득이한 사유를 주무부장관이 인정했거나 인·허가 관련 소송으로 사용이 곤란한 경우는 예외입니다. 사용계획 및 진도 보고서 제출 시 관할 세무서장에게 보고하고, 사유가 없어진 날부터 1년 이내에 사용하면 증여세를 부과하지 않습니다(상증법 제48조 제2항 제1호 단서).

Q2. 운용소득 80%와 매각대금 90%는 무엇이 다른가요?

운용소득은 매년 생기는 소득이어서 발생 사업연도 종료일부터 1년 이내에 80% 이상을 써야 하고, 미달하면 미달액의 10% 가산세입니다. 매각대금은 원본이 현금화된 것이라 3년에 걸쳐 30%·60%·90%로 나누어 쓰되, 3년 내 90%에 미달하면 가산세가 아니라 증여세가 추징됩니다.

Q3. 의무지출 가산세 200%는 어떤 경우에 적용되나요?

내국법인 주식을 5% 초과 보유해 상증법 제48조 제2항 제7호 가목에 해당하는 공익법인이 기준금액에 미달해 지출한 경우입니다. 그 밖의 공익법인은 미달액의 10% 가산세입니다. 종전의 ‘증여세와 10% 가산세’ 방식이 200% 가산세로 전환돼 2024.1.1. 이후 적용됩니다.

Q4. 공익법인이 계열사 주식을 얼마까지 가질 수 있나요?

출연·취득 한도는 동일 내국법인 의결권 주식의 10%이며, 의결권 미행사 자선·장학·사회복지 목적 공익법인은 20%, 상호출자제한기업집단과 특수관계인 공익법인은 5%입니다. 별도로 특수관계 내국법인 주식가액이 총재산가액의 30%(회계감사·전용계좌·결산공시 이행 시 50%)를 넘으면 초과분 시가의 5%가 매년 가산세입니다.

Q5. 출연자가 공익법인 이사가 되면 문제가 되나요?

출연자나 그 특수관계인이 현재 이사 수(5명 미만이면 5명)의 5분의 1을 초과해 이사 또는 임직원이 되면, 그 사람과 관련해 지출된 직접·간접경비 전액이 매년 가산세로 부과됩니다(의료법인 제외). 다만 사망·사임 등 부득이한 사유로 초과된 경우 2개월 이내에 보충·개임하면 부과하지 않습니다.

※ 본 글은 2026년 8월 기준 일반 정보이며, 구체적 적용은 관할 세무서와 전문가에게 확인하시기 바랍니다. 조문은 국가법령정보센터, 의무이행은 국세청에서 확인할 수 있습니다.