비영리법인 주민세·지역자원시설세 4대 쟁점 — 종업원분 0.5%·면세점 1.8억·연면적 330㎡ (2026)
비영리법인도 주민세는 냅니다. 취득세·재산세는 지방세특례제한법으로 폭넓게 감면되지만, 사업소를 두고 직원에게 급여를 지급하는 순간 주민세 사업소분과 종업원분이 따라붙습니다. 건물을 소유하고 있다면 소방분 지역자원시설세도 재산세와 함께 고지됩니다. 이 글은 「2025 비영리법인 세무 가이드」(한국공인회계사회)의 주민세·지역자원시설세 편을 2026년 현행 법령으로 다시 확인해 정리한 것입니다.
참고한 정부기관 출처
- 「지방세법」 제74조~제84조의7(주민세), 제141조~제147조(지역자원시설세) 조문 — 법률 제21308호(2025.12.31. 공포, 2026.1.1. 시행)
- 「지방세법 시행령」 제78조~제85조의3 — 대통령령 제36445호(2026.7.1. 시행)
- 법제처 국가법령정보센터 법령 원문·개정연혁
- 행정안전부 위택스 지방세 신고·납부 안내
- 찾기쉬운 생활법령정보 지방세 안내
1. 주민세는 세 갈래로 나뉩니다
2021년 개정으로 옛 균등분·재산분이 사업소분으로 통합되면서 주민세는 개인분·사업소분·종업원분 3분 구조가 되었습니다. 비영리법인이 관여하는 것은 뒤의 두 가지입니다.
| 구분 | 과세표준 | 납세의무자 | 과세기준일·납기 | 징수방법 |
|---|---|---|---|---|
| 개인분 | 정액(조례, 1만원 이내) | 주소를 둔 개인 | 7월 1일 / 8.16~8.31 | 보통징수 |
| 사업소분 | 사업소 + 연면적 | 사업소를 둔 법인·일정 규모 개인 | 7월 1일 / 8.1~8.31 | 신고납부 |
| 종업원분 | 그 달의 급여총액 | 급여를 지급하는 사업주 | 매월 / 다음 달 10일 | 신고납부 |
여기서 사업소란 인적·물적 설비를 갖추고 1개월 이상 계속 사업이 이루어지는 장소입니다(지방세법 제74조 제4호). 과세기준일 현재 1개월이 안 되어도 전체 지속기간이 1개월 이상이면 과세대상이며, 백화점 매장을 빌려 쓰는 경우처럼 소유하지 않은 시설도 물적설비가 됩니다.
2. 사업소분 — 기본세율 5만원부터 시작합니다
| 자본금액 또는 출자금액 | 세액(기본세율) |
|---|---|
| 50억원 초과 법인 | 200,000원 |
| 30억원 초과 50억원 이하 법인 | 100,000원 |
| 30억원 이하 법인 / 그 밖의 법인 | 50,000원 |
| 개인 사업소 | 50,000원 |
| 연면적분(합산) | 1㎡당 250원(오염물질 배출 사업소 500원) |
비영리법인이 놓치기 쉬운 지점이 여기입니다. 출연금은 자본금·출자금이 아닙니다. 법인의 목적사업 재원을 확보하기 위한 원본일 뿐이므로 자본금이 없는 ‘그 밖의 법인’으로 분류되어 최저 구간인 5만원이 적용됩니다(지방세정팀-3375, 2006.7.31.). 수백억원의 기본재산을 보유한 재단이라도 마찬가지입니다.
연면적분에는 면세 구간이 있습니다. 사업소 연면적이 330㎡ 이하면 연면적분을 부과하지 않습니다(지방세법 제82조 단서). 이때 330㎡는 전체 면적이 아니라 과세대상에서 제외되는 건축물을 뺀 뒤의 면적입니다. 제외되는 건축물은 직장어린이집·기숙사·사택·구내식당·의료실·도서실·박물관·미술관·대피시설·체육관·연수관·휴게실과, 실제 가동하는 폐기물처리·수질오염방지·소음진동방지시설 등입니다(시행령 제78조 제1항). 지방자치단체장은 조례로 표준세율의 50% 범위에서 가감할 수 있습니다.
3. 종업원분 — 0.5%와 월 1억 8천만원의 벽
종업원분은 2014년부터 지방소득세에서 주민세로 옮겨온 세목으로, 급여총액의 0.5%(1천분의 5)를 매월 신고납부합니다. 다만 면세점이 있어 대부분의 소규모 비영리법인은 실제로 납부하지 않습니다.
| 항목 | 2026년 현행 기준 |
|---|---|
| 표준세율 | 급여총액의 0.5%(조례로 ±50% 가감 가능) |
| 면세점 | 최근 12개월 급여총액 월평균 360만원 × 50 = 1억 8,000만원 이하 |
| 과거 면세점 | 2020~2024년 1억 5,000만원 / 2016~2019년 1억 3,500만원 |
| 납세지 | 급여를 지급한 날 현재의 사업소 소재지 |
| 신고·납부 | 매월분을 다음 달 10일까지 사업소별로 |
과세표준인 ‘급여총액’은 소득세법상 근로소득에 해당하는 급여 총액이지만, 시행령 제78조의2가 다섯 가지를 빼줍니다. 조세특례제한법상 비과세는 제외되지 않는다는 점에 유의해야 합니다.
| 과세표준에서 제외되는 급여 | 근거·한도 |
|---|---|
| 소득세법 제12조 제3호 비과세 급여 | 시행령 제78조의2 제1호 |
| 출산전후휴가 기간 중 받는 급여 | 제1호의2 |
| 육아휴직 기간 중 받는 급여 | 제2호 |
| 6개월 이상 육아휴직 후 복귀 1년간의 급여 | 제3호 |
| 출산·육아 대체인력의 대체기간 급여 | 제4호 |
| 비수도권·인구감소지역 중소기업의 3년 이상 근속수당 | 제5호 / 월급여 10%·최대 36만원 한도 |
4. 비영리법인은 중소기업 고용지원을 못 받습니다
지방세법 제84조의5는 중소기업이 종업원을 추가 고용해 50명을 넘긴 경우 (신고한 달 종업원 수 − 직전 연도 월평균 종업원 수) × 월 적용급여액을 과세표준에서 빼줍니다. 사업소를 신설하면서 50명을 초과해 고용했거나, 1년간 계속 50명 이하이던 사업소가 추가 고용으로 50명을 넘긴 경우에는 1년 동안 50명분을 통째로 공제합니다.
문제는 대상입니다. 중소기업기본법상 ‘기업’은 영리활동을 전제하므로 비영리법인은 원칙적으로 중소기업에 해당하지 않고, 따라서 이 공제를 적용받지 못한다는 것이 중소벤처기업부 해석의 취지입니다. 종업원 수 산정은 월 통상인원(상시고용 인원 + 수시고용 인원의 월연인원 ÷ 당월 일수)을 기준으로 합니다(시행령 제85조의3).
5. 소방분 지역자원시설세 — 재산세를 내면 함께 나옵니다
지역자원시설세는 특정자원분·특정시설분·소방분으로 나뉘고, 비영리법인이 마주하는 것은 대부분 소방분입니다. 과세대상은 소방시설로 이익을 받는 자의 건축물과 선박(관할 지자체에 소방선이 없으면 선박 제외)이며, 납세의무자는 그 건축물·선박의 재산세 납세의무자입니다(지방세법 제143조 제3호). 재산세와 함께 보통징수로 부과되므로 별도 신고는 없습니다.
| 과세표준(시가표준액) | 표준세율 |
|---|---|
| 600만원 이하 | 0.04% |
| 600만원 초과 1,300만원 이하 | 2,400원 + 초과분 0.05% |
| 1,300만원 초과 2,600만원 이하 | 5,900원 + 초과분 0.06% |
| 2,600만원 초과 3,900만원 이하 | 13,700원 + 초과분 0.08% |
| 3,900만원 초과 6,400만원 이하 | 24,100원 + 초과분 0.10% |
| 6,400만원 초과 | 49,100원 + 초과분 0.12% |
| 저유장·주유소·유흥장·극장·4~10층 건축물 등 화재위험 건축물 200% / 대형마트·복합상영관·백화점·호텔·11층 이상 대형 화재위험 건축물 300% | |
핵심 절세 포인트는 제145조 제2항입니다. 재산세가 비과세되는 건축물·선박은 소방분도 부과하지 않습니다. 또한 지방세특례제한법 제22조 제4항에 따라 사회복지법인 등에 생산된 특정자원을 무료로 제공하는 부분은 특정자원분이 면제됩니다.
6. 2026년 기준으로 다시 확인해야 할 5가지
| # | 쟁점 | 2026년 현행 확인 결과 |
|---|---|---|
| 1 | 종업원분 납세지 | 실무서에 흔히 ‘매월 말일 현재 사업소’로 적혀 있으나, 현행 제76조 제3항은 ‘급여를 지급한 날 현재’(월 2회 이상이면 마지막 지급일) |
| 2 | 사업소분 제2차 납세의무 | 건축물 소유자와 사업주가 다르면 소유자에게 제2차 납세의무. 사업주 재산으로 징수 부족한 경우에 한정되며, 소유자가 비과세대상자여도 지울 수 있음(시행령 제80조) |
| 3 | 1년 이상 휴업 사업소 | 과세기준일 현재 1년 이상 계속 휴업 중이면 사업소분 납세의무자에서 제외(제75조 제2항) |
| 4 | 대체인력·근속수당 제외 | 육아휴직 대체인력 급여와 비수도권·인구감소지역 중소기업 근속수당(최대 36만원)이 과세표준에서 제외 |
| 5 | 유치원·어린이집 경영 개인 | 직전 연도 부가가치세 과세표준 8천만원 이상이어도 유치원·어린이집 경영자는 사업소분 제외(시행령 제79조 제2항) |
7. 종업원분 신고·납부 5단계
- 사업소 확정 — 인적·물적 설비를 갖추고 1개월 이상 계속되는 장소인지 확인하고, 사업소별로 분리합니다.
- 급여총액 집계 — 그 달의 정기급여와 상여·특별수당을 합산한 뒤, 시행령 제78조의2의 6개 제외항목을 차감합니다.
- 면세점 판정 — 납세의무 성립일이 속하는 달부터 최근 12개월 급여총액의 월평균이 1억 8,000만원 이하인지 계산합니다. 영업일이 15일 미만인 달은 분자·분모에서 모두 제외합니다.
- 세액 산출 — 과세표준 × 0.5%. 해당 지자체 조례에 ±50% 탄력세율이 있는지 확인합니다.
- 신고·납부 — 급여를 지급한 날 현재의 사업소 소재지 지자체에 다음 달 10일까지 위택스 등으로 신고·납부합니다.
사례로 보는 계산
사례 1. 기본재산 200억원인 장학재단이 서울에 연면적 400㎡ 사무실 하나를 운영합니다. 출연금은 자본금이 아니므로 기본세율은 ‘그 밖의 법인’ 5만원, 연면적분은 400㎡ × 250원 = 10만원으로 사업소분 합계 15만원입니다. 만약 이 중 90㎡가 구내식당·휴게실이라면 과세면적은 310㎡가 되어 330㎡ 이하 → 연면적분 0원, 기본세율 5만원만 냅니다.
사례 2. 직원 40명인 사회복지법인의 월 급여총액이 1억 7,000만원입니다. 최근 12개월 월평균이 1억 8,000만원 이하이므로 종업원분은 부과되지 않습니다. 다음 해 급여 인상으로 월평균이 1억 9,000만원이 되면, 그때부터 1억 9,000만원 × 0.5% = 95만원을 매월 신고납부해야 합니다. 이 법인은 비영리법인이므로 50명 초과 시에도 중소기업 고용지원 공제는 적용되지 않습니다.
자주 묻는 질문
비영리법인의 출연금도 주민세 사업소분 자본금에 포함되나요?
포함되지 않습니다. 출연금은 고유목적사업 수행 재원을 확보하기 위한 원본이어서 자본금이나 출자금과 동일시할 수 없으므로, 자본금이 없는 ‘그 밖의 법인’ 세율인 5만원이 적용됩니다(지방세정팀-3375, 2006.7.31.).
사업소 연면적이 330㎡ 이하면 주민세를 전혀 안 내나요?
아닙니다. 330㎡ 이하일 때 부과되지 않는 것은 연면적분뿐이고, 기본세율분(법인 최소 5만원)은 그대로 부과됩니다. 사업소분 세액은 기본세율분과 연면적분을 합산한 금액이기 때문입니다(지방세법 제82조).
육아휴직자 대체인력에게 준 급여도 종업원분 과세표준에 넣어야 하나요?
넣지 않습니다. 출산전후휴가나 육아휴직을 한 종업원의 업무를 대신하기 위해 기간을 정해 채용된 종업원이 그 대체기간 동안 받는 급여는 과세표준에서 제외됩니다(지방세법 시행령 제78조의2 제4호).
소방분 지역자원시설세는 따로 신고해야 하나요?
아닙니다. 소방분은 관할 지방자치단체장이 세액을 산정해 보통징수로 부과하므로 재산세 고지서와 함께 나옵니다. 재산세가 비과세되는 건축물·선박은 소방분도 부과되지 않습니다(지방세법 제145조 제2항).
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