비영리법인 구분경리 5원칙 — 공통손금 안분·자본원입·전입 시가 (법인세법 113조, 2026)
비영리법인이 수익사업을 시작하는 순간 회계장부는 두 개가 됩니다. 「법인세법」 제113조 제1항은 수익사업에 속하는 자산·부채·손익과 그 밖의 사업(고유목적사업)에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하도록 정하고 있기 때문입니다. 문제는 실무에서 늘 걸리는 세 가지 — 공통으로 쓰는 건물과 인건비를 어느 쪽에 넣을지, 고유목적사업 재산을 수익사업에 넣을 때 얼마로 잡을지, 수익사업 이익을 목적사업비로 쓸 때 무엇부터 상계할지입니다. 이 글은 「법인세법 시행규칙」 제76조를 축으로 비영리법인 구분경리의 5가지 원칙을 2026년 현행 조문 기준으로 정리합니다. (같은 시리즈: 법인세 수익사업 과세범위 · 운영·회계·결산)
참조한 정부기관 출처
이 글은 「법인세법」 제113조·제4조·제29조·제112조 조문, 같은 법 시행령 제3조·제56조, 같은 법 시행규칙 제76조, 「조세특례제한법」 제74조·제143조, 국세청 법인세 기본통칙 113-156…1·113-156…3 및 「비영리법인 신고 안내」, 국세법령정보시스템 유권해석, 기획재정부(현 재정경제부) 법인세제과 해석, 대법원 판례, 정부기관 안내문 등 정부기관 자료를 근거로 작성했습니다. 본문 각 항목에 해당 조문·기관 링크를 직접 연결했습니다.
1. 구분경리는 ‘두 개의 회계’를 만드는 일
비영리법인은 법인세법 제4조 제3항이 열거한 수익사업 소득에만 법인세를 냅니다. 과세되는 부분과 과세되지 않는 부분을 섞어 놓으면 소득금액 자체를 계산할 수 없으므로, 법인세법 제113조 제1항이 구분경리를 강제합니다. 핵심 원칙은 수익사업과 고유목적사업 간의 거래를 내부거래가 아니라 제3자 간 거래처럼 인식하는 것입니다(서울행정법원 2014구합66045).
장부 기장의무(법인세법 제112조) 역시 시행규칙 제76조 제1항부터 제4항의 방식에 따르도록 연결되어 있습니다(법칙 §76⑤).
2. 원칙 ① — 재무상태표: 공통이면 수익사업
| 구분 | 처리 | 근거 |
|---|---|---|
| 수익사업·기타사업 공통 자산·부채 | 전부 수익사업에 속하는 것으로 봄 | 법칙 §76① |
| 고유목적사업용 자산의 관람료·입장료 등 부수수익 | 부수수익이 있어도 고유목적사업 직접 사용 자산 | 법령 §3② |
| 수익사업의 자본금 | 수익사업 자산 합계 − 부채(충당금 포함) 합계 | 법칙 §76② |
손익과 달리 재무상태표 항목은 안분하지 않습니다. 공통이면 통째로 수익사업으로 넘기는 것이 규칙이므로, 겸용 건물·차량은 처음부터 수익사업 자산으로 잡고 감가상각비만 손익 단계에서 안분하는 구조가 됩니다. 반대로 박물관 입장료처럼 자산의 유지·관리를 위한 실비보전 성격의 부수수익은 그 자산을 수익사업용으로 끌어내리지 않습니다.
3. 원칙 ② — 손익: 공통손금 안분 3기준과 ‘숨은 단서’
손익은 발생원천이 분명한 개별손익금과 불분명한 공통손익금으로 나눕니다. 개별손익금은 원천별로 각각 독립된 계정과목에 귀속시키고, 공통손익금만 아래 기준으로 안분계산합니다.
| 대상 | 안분기준 | 근거 |
|---|---|---|
| 공통익금 | 수익사업·기타사업의 수입금액 또는 매출액 비례 | 법칙 §76⑥1호 |
| 공통손금 — 업종이 같은 경우 | 수입금액 또는 매출액 비례 | 법칙 §76⑥2호 |
| 공통손금 — 업종이 다른 경우 | 개별손금액 비례 | 법칙 §76⑥3호 |
| 위 기준을 쓸 수 없거나 불합리한 경우 | 국세청장이 정하는 작업시간·사용시간·사용면적 등 기준 | 법칙 §76⑥ 단서 |
실무에서 자주 놓치는 것이 마지막 줄입니다. 시중 안내서 상당수가 1~3호만 소개하지만, 개별손금이 아예 없는 신설 수익사업이나 원칙을 적용하는 것이 불합리한 경우에는 면적·시간 기준 안분이 조문상 정면으로 허용됩니다. 또 안분 대상이 되는 공통익금은 과세표준이 되는 것에 한하고, 공통손금은 그 익금에 대응하는 것에 한합니다(법칙 §76⑦). 기준이 되는 수입금액에서 영업외수익·특별이익은 제외합니다.
4. 원칙 ③ — 인건비는 ‘근로 제공 내용’으로 가른다
겸영법인의 급여·복리후생비·퇴직금 및 퇴직급여충당금 전입액은 금액이 아니라 근로를 주로 어디에 제공했는지로 구분합니다(법인세 기본통칙 113-156…1). 주로 수익사업에 종사했으면 수익사업 비용, 주로 고유목적사업에 종사했으면 비영리사업 비용입니다. 한편 고유목적사업에 종사하는 임원의 퇴직급여에는 시행령 제44조의 임원 퇴직급여 손금불산입이 적용되지 않습니다(법인세과-701, 2010.7.26.). 애초에 과세대상 소득 계산 밖에 있기 때문입니다.
5. 원칙 ④ — 자본원입과 반환: 방향에 따라 인식 시점이 다르다
두 회계 사이에서 자산이 오갈 때가 가장 까다롭습니다. 방향에 따라 거래를 인식하는 시점 자체가 다릅니다.
| 이동 방향 | 인식 요건 | 세무처리 | 근거 |
|---|---|---|---|
| 고유목적사업 → 수익사업 | 단순 전입만으로도 인식 | 자본의 원입(원시출자), 가액은 시가 | 법칙 §76③ |
| 수익사업 → 고유목적사업 | 실제 목적사업비 지출이 있어야 인식 | 소득금액(잉여금 포함) 초과분은 자본원입액의 반환 | 법칙 §76④ |
| 학교법인 등(조특법 §74①1호) | 전입 회계처리만으로 지출로 인정 | 지출 요건 완화 특례 | 법칙 §76④ 후단 |
비대칭을 둔 이유는 과세대상인 수익사업 자산이 비과세 영역으로 빠져나가는 것을 보수적으로 잡기 위해서입니다. 수익사업 자산을 목적사업에 지출할 때는 아래 순서대로 상계합니다(기본통칙 113-156…3②).
| 순서 | 상계 대상 |
|---|---|
| 1 | 고유목적사업준비금 중 손금산입된 금액 |
| 2 | 고유목적사업준비금 중 손금부인된 금액 |
| 3 | 법인세 과세 후 수익사업소득금액(잉여금 포함) |
| 4 | 자본의 원입액 → 이 단계부터 ‘반환’ |
6. 원칙 ⑤ — 2026년 확인 포인트: 전입 시가가 곧 취득가액
수익사업 자산을 시가로 평가해 고유목적사업회계로 전입하면 자산평가이익이 생깁니다. 이 이익을 언제 익금으로 볼지에 대해 과세관청은 전입일이 속하는 사업연도(기획재정부 법인세제과-364, 2012.5.16.), 대법원은 실제 처분 시(대법원 2016.8.18. 선고 2016두31173)라고 판단해 견해가 갈렸습니다. 판례에 따르면 전입 단계에서는 평가이익을 익금불산입(△유보)하고 처분 사업연도에 유보를 추인하게 됩니다.
다만 취득가액 논란은 이미 조문으로 정리되었습니다. 현행 법인세법 시행령 제3조 제2항은 제1호·제2호 모두에서 “수익사업에 속하는 자산을 고유목적사업에 전입한 후 처분하는 경우 전입 당시의 시가로 평가한 가액을 그 자산의 취득가액으로 한다“고 명시합니다.
| 보유·사용 기간 | 비과세되는 처분수입 | 비고 |
|---|---|---|
| 처분일 현재 3년 이상 계속 직접 사용 | 처분으로 생기는 수입 전액 | 법령 §3②1호 |
| 10년 이상 직접 사용 | 처분수입 × (직접 사용 일수 ÷ 보유 일수) | 처분일 현재 사용하지 않아도 적용 |
| 두 호에 모두 해당 | 둘 중 큰 수입 | 법령 §3② 본문 |
7. 조특법 §143 구분경리와 무엇이 다른가
| 비교축 | 법인세법 §113① 구분경리 | 조특법 §143 구분경리 |
|---|---|---|
| 목적 | 과세소득(수익사업) 확정 | 감면소득 계산 |
| 대상 | 수익사업 ↔ 고유목적사업 | 감면사업 ↔ 기타사업 |
| 공통자산 | 전부 수익사업 귀속(법칙 §76①) | 안분 대상 |
| 자본거래 | 자본원입·반환 개념 있음 | 해당 없음 |
두 제도는 이름만 같을 뿐 축이 다릅니다. 감면사업을 겸영하는 비영리법인이라면 조특법 제143조 구분경리를 추가로 수행해야 합니다(관련 글: 조특법 제143조 구분경리 완전정리).
8. 사례로 확인하기
| 사례 | 처리 |
|---|---|
| ① 재단이 사무실·카페(수익사업)로 겸용하는 건물 보유 | 건물은 전부 수익사업 자산, 감가상각비·관리비만 공통손금으로 안분 |
| ② 협회가 기본재산인 토지(시가 10억)를 임대사업에 전입 | 전입만으로 자본원입 10억 인식(장부가 아닌 시가) |
| ③ 복지법인이 수익사업 이익 3억을 시설비로 지출, 준비금 잔액 2억 | 준비금 2억 → 과세후 소득 1억 순서로 상계, 초과분만 원입액 반환 |
| ④ 학술재단이 수익사업 차량을 목적사업회계로 전입만 함 | 조특법 §74①1호 법인이 아니면 지출로 인정되지 않음 |
| ⑤ 미술관이 고유목적사업용 건물(12년 사용)을 처분 | 3년 기준(전액)과 10년 기준(일수 안분) 중 큰 금액이 비과세 |
비영리법인 구분경리 5단계 체크리스트
- 계정 분리 — 수익사업 개시일 기준으로 자산·부채·손익 계정을 두 회계로 나누고, 공통 자산·부채는 수익사업으로 귀속시킵니다.
- 자본금 확정 — 수익사업 자산 합계에서 충당금을 포함한 부채 합계를 빼 수익사업 자본금을 계산합니다.
- 손익 안분 — 개별손익금을 원천별로 귀속시킨 뒤, 공통손익금만 수입금액·개별손금액(또는 면적·시간) 기준으로 안분합니다.
- 전출입 기록 — 고유목적사업 → 수익사업은 시가로 자본원입, 수익사업 → 고유목적사업은 실제 지출 시 준비금·잉여금·원입액 순으로 상계합니다.
- 신고서류 첨부 — 구분회계로 작성한 수익사업 재무제표와 고유목적사업준비금 조정명세서를 법인세 신고 시 제출합니다.
자주 묻는 질문(FAQ)
Q1. 수익사업과 고유목적사업이 함께 쓰는 건물은 어떻게 나누나요?
나누지 않습니다. 공통되는 자산과 부채는 「법인세법 시행규칙」 제76조 제1항에 따라 전부 수익사업에 속하는 것으로 봅니다. 안분은 재무상태표가 아니라 손익 단계에서 감가상각비·관리비 같은 공통손금에 대해 이루어집니다.
Q2. 공통손금 안분기준을 수입금액이 아닌 면적으로 잡아도 되나요?
가능합니다. 시행규칙 제76조 제6항 단서는 개별손금이 없거나 원칙 기준을 적용하는 것이 불합리한 경우 국세청장이 정하는 작업시간·사용시간·사용면적 등의 기준으로 안분하도록 허용합니다.
Q3. 고유목적사업 재산을 수익사업에 넣으면 얼마로 잡나요?
시가입니다(법칙 §76③ 후단). 장부가액이 아니며, 시가가 불분명하면 시행령 제89조 제2항의 평가방법을 준용합니다. 이후 그 자산을 고유목적사업으로 되돌린 뒤 처분할 때는 전입 당시 시가가 취득가액이 됩니다(법령 §3②).
Q4. 구분경리를 하지 않으면 어떤 불이익이 있나요?
수익사업 소득금액을 확정할 수 없어 고유목적사업준비금 손금산입 자체가 부인될 수 있고, 과세관청이 통합 재무제표를 기준으로 소득을 추계·경정할 위험이 커집니다. 장부 기장의무(법 제112조)도 시행규칙 제76조 방식에 따르도록 연결되어 있습니다.