비영리법인 부가가치세 신고 5단계 — 세금계산서 발급·합계표 25일·대리납부 3% 가산세 (2026)

비영리법인의 부가가치세는 “낼 세금이 있느냐”보다 “무엇을 발급하고, 무엇을 제출하느냐”에서 사고가 납니다. 고유번호증만 있는 법인이 세금계산서를 발급했다가 정정하거나, 납세의무가 없다고 믿고 합계표를 빼먹거나, 해외 소프트웨어 사용료를 지급하면서 대리납부를 놓치는 사례가 대표적입니다.

이 글은 「부가가치세법」·「법인세법」·「국세기본법」의 2026년 현행 조문을 직접 확인해 비영리법인 부가가치세 신고 5단계를 발급 → 기한 → 제출 → 대리납부 → 폐업 순서로 정리했습니다.

참조한 정부기관 출처

이 글은 부가가치세법 제32조·제34조·제36조·제48조·제49조·제52조·제54조·제60조 조문(법률 제21065호, 2026.1.2. 시행), 같은 법 시행령 제66조·제69조·제71조·제73조·제95조(대통령령 제36133호, 2026.2.27.), 법인세법 제121조·제75조의8 및 같은 법 시행령 제164조, 국세기본법 제47조의5(법률 제21860호, 2026.8.11. 시행)와 같은 법 시행령 제27조의4, 국세청 부가가치세 신고 안내, 찾기 쉬운 생활법령정보, 법제처 국가법령정보 등 정부기관 자료를 근거로 작성했습니다.

1단계. 우리 법인은 무엇을 발급할 수 있나

발급 문서는 등록번호의 종류가 결정합니다. 고유번호증은 ‘납세자 식별번호’일 뿐 사업자등록번호가 아니므로, 고유목적사업분에는 세금계산서도 계산서도 발급할 수 없습니다.

구분	보유 번호	발급 문서	근거
과세 수익사업	사업자등록번호	세금계산서(법인은 전자)	부법 §32①·②
면세 수익사업	사업자등록번호	계산서 — 법인은 전자계산서가 원칙	법법 §121① 후단
고유목적사업	고유번호증	증빙용 영수증만 가능	부법 §32①
위탁판매·공동매입	고유번호도 가능	예외적으로 세금계산서 발급·수취	부령 §69①·②

위탁판매는 수탁자가 위탁자 명의로 발급하고 수탁자 등록번호를 덧붙여 적으며, 공동전기료처럼 공동매입한 범위에서는 고유번호를 받은 법인도 세금계산서를 발급할 수 있습니다.

2단계. 업종에 따라 발급 가능 여부가 갈린다

수익사업을 하더라도 업종에 따라 세금계산서 대신 영수증을 발급해야 합니다(부법 §36①·③, 부령 §73①·§71①).

유형	대표 업종	상대방이 요구하면
영수증 원칙	소매업, 음식점·다과점업, 숙박업, 우정사업 소포 방문접수, 인증서 발급업	발급 가능
발급의무 면제	미용·욕탕 및 유사 서비스업, 여객운송업(전세버스 제외), 입장권 발행 사업, 과세 의료·동물진료·운전학원	발급 불가
발급의무	도·소매 중 도매업, 제조업, 부동산임대업, 화물운송업, 사업자 상대 사업서비스업	반드시 발급

비영리법인에서 가장 흔한 회관 임대·주차장 운영은 발급의무 유형입니다. 반대로 강당 입장권을 발행하는 공연은 발급 자체가 면제됩니다.

3단계. 발급·전송기한과 가산세

원칙은 공급시기 발급이지만, 월합계 방식 등 세 가지 경우에는 공급일이 속하는 달의 다음 달 10일까지 발급할 수 있습니다. 2026년 현행 조문은 그 날이 토요일·공휴일이면 바로 다음 영업일로 순연된다는 점과, 합산 기간이 ‘달의 1일부터 말일까지’라는 점을 본문에 못 박았습니다(부법 §34③).

항목	기한	어겼을 때
세금계산서 발급	공급시기(월합계는 다음 달 10일)	지연 1%·미발급 2%(종이 발급 1%)
전자세금계산서 전송	발급일의 다음 날	지연전송 0.3%·미전송 0.5%
전자계산서 전송	발급일의 다음 날(법령 §164④)	지연 0.3%·미전송 0.5%
계산서합계표 제출	매년 2월 10일	공급가액 0.5%

4단계. 납세의무가 없어도 남는 제출의무

부가가치세를 낼 일이 없는 법인도 제출의무는 남습니다. 세금계산서를 발급받은 국가·지방자치단체·비영리법인 등은 매입처별 세금계산서합계표를 과세기간 종료 후 25일 이내(7월 25일, 다음 해 1월 25일)에 제출해야 합니다(부법 §54⑤). 다만 전자(세금)계산서 발급명세를 기한 내 전송했다면 합계표 제출은 면제됩니다(부법 §54②, 법법 §121⑤2호).

5단계. 대리납부와 폐업 — 놓치면 가장 비싼 두 가지

국내사업장이 없는 외국법인·비거주자에게 과세용역을 공급받아 면세(고유목적)사업에 쓰고 대가를 지급하면, 지급액의 10%를 징수해 대신 납부해야 합니다(부법 §52①). 요건은 ①공급자 ②국내 공급 ③과세용역 ④과세사업에 제공하지 않을 것 네 가지가 모두 충족되어야 합니다. 납부는 대리납부신고서와 함께 예정·확정 신고납부기한(각 25일)을 준용합니다(부법 §52②).

폐업하면 과세기간은 폐업일까지로 끊기고, 확정신고는 폐업일이 속한 달의 다음 달 25일까지입니다(부법 §49①). 이때 매입세액을 공제받은 잔존재화는 자기공급으로 과세되며, 감가상각자산은 아래 산식으로 계산합니다(부령 §66②).

잔존재화	공급가액	경과 과세기간 상한
상품·제품·원재료	시가(부법 §29③3호)	—
건물·구축물	취득가액 × (1 − 5% × 경과 과세기간 수)	20기
그 밖의 감가상각자산	취득가액 × (1 − 25% × 경과 과세기간 수)	4기

잔존재화에는 세금계산서 발급의무가 면제되고(부령 §71①3호), 폐업일 전에 매매계약을 체결했다면 잔존재화가 아니라 일반 공급으로 실지거래가액에 따라 과세됩니다.

2026년 달라진 4가지

항목	2025년 실무 안내	2026년 현행
월합계 발급기한	다음 달 10일	토·공휴일이면 다음 영업일로 순연 명문화(§34③)
법인의 계산서	일정 규모 이상 전자 의무	법인이 발급하는 계산서는 전자계산서가 원칙(법법 §121①)
대리납부 기한	다음 달 10일로 안내되던 사례	예정·확정 신고납부기한 준용(§52②)
대리납부 가산세	3% + 1일 0.022%	지정납부기한 후 월 0.67%·독촉비용 신설, 기간 5년 상한, 고지서별 세액 150만원 미만은 제외(국기법 §47조의5, 국기령 §27조의4)

사례로 확인하기

사례 1 — 해외 학회관리 시스템 사용료. 고유번호증만 있는 사단법인 ‘ㄱ협회’가 국내사업장이 없는 외국 소프트웨어사에 연회비 관리 시스템 사용료 2억원을 지급했습니다. 과세용역을 국내에서 공급받아 고유목적사업에 썼으므로 네 요건이 모두 충족되어 대리납부세액 2,000만원이 발생합니다. 확정신고기한까지 내지 않으면 3%인 60만원에 하루 0.022%가 붙고, 고지 이후에는 월 0.67%가 추가됩니다.

사례 2 — 임대 수익사업 폐업. 재단법인 ‘ㄴ재단’이 2026년 4월 10일 임대 수익사업을 폐업했습니다. 매입세액을 공제받은 건물의 취득가액이 5억원이고 경과 과세기간이 6기라면 공급가액은 5억 × (1 − 5% × 6) = 3억 5,000만원, 세액은 3,500만원입니다. 확정신고는 5월 25일까지이며 이 잔존재화에는 세금계산서를 발급하지 않습니다.

사례 3 — 월합계 세금계산서와 순연 규정. 사단법인 ‘ㄷ협회’는 회관 임대료를 거래처별 월합계로 발급합니다. 2026년 6월 1일부터 30일까지의 임대료를 6월 30일자로 작성했다면 발급기한은 7월 10일이고, 그 날이 토요일이나 공휴일이면 바로 다음 영업일까지 발급하면 됩니다. 이 기한을 넘겨 확정신고기한 안에 발급하면 공급가액의 1%, 확정신고기한까지도 발급하지 않으면 2%가 가산세로 붙습니다. 발급을 제때 했더라도 전송은 발급일의 다음 날까지 별도로 끝내야 하며, 이를 놓치면 지연전송 0.3%가 추가됩니다. 발급 캘린더와 전송 캘린더를 나눠 관리해야 하는 이유입니다.

사례 4 — 합계표를 제출하지 않아도 되는 경우. 면세 수익사업만 하는 재단법인 ‘ㄹ재단’이 2026년 중 발급한 계산서를 모두 전자계산서로 발급하고 발급명세를 발급일 다음 날까지 국세청에 전송했다면, 2027년 2월 10일에 매출·매입처별 계산서합계표를 따로 제출하지 않아도 됩니다(법법 §121⑤ 2호). 반대로 종이계산서가 한 건이라도 섞여 있으면 그 부분은 합계표에 담아 기한 내 제출해야 하고, 빠뜨리면 공급가액의 0.5%가 가산세로 부과됩니다. 전자 전송을 기한 내에 마쳤는지가 제출의무 면제의 유일한 갈림길입니다.

비영리법인 부가가치세 5단계 체크리스트

1. 등록번호 확인 — 고유번호증인지 사업자등록번호인지부터 확인합니다.
2. 발급 문서 결정 — 과세는 세금계산서, 면세는 전자계산서, 고유목적사업은 영수증입니다.
3. 기한 캘린더 분리 — 발급은 다음 달 10일, 전송은 발급일 다음 날로 따로 관리합니다.
4. 제출의무 점검 — 매입처별 세금계산서합계표 25일, 계산서합계표 2월 10일을 확인합니다.
5. 국외지급·폐업 점검 — 대리납부 4요건과 잔존재화 과세 여부를 마지막에 검토합니다.

자주 묻는 질문(FAQ)

고유번호증만 있는데 거래처가 세금계산서를 요구합니다. 발급할 수 있나요?

고유목적사업분은 발급할 수 없고 증빙용 영수증만 가능합니다. 다만 위탁판매나 공동전기료 같은 공동매입에 해당하면 그 범위에서는 예외적으로 세금계산서를 발급할 수 있습니다(부령 제69조).

부가가치세 낼 것이 없는데도 제출할 서류가 있나요?

있습니다. 세금계산서를 발급받은 비영리법인은 매입처별 세금계산서합계표를 과세기간 종료 후 25일 이내에 제출해야 하며, 계산서합계표는 매년 2월 10일까지 제출합니다.

해외 소프트웨어 사용료를 지급하면 무조건 대리납부해야 하나요?

아닙니다. 공급자가 국내사업장 없는 외국법인이고, 국내에서 공급된 과세용역이며, 그 용역을 과세사업에 제공하지 않는 경우에만 대리납부 의무가 생깁니다. 네 요건 중 하나라도 빠지면 의무가 없습니다.

폐업할 때 남은 비품에도 부가가치세가 붙나요?

매입세액을 공제받은 재화만 과세됩니다. 감가상각자산은 취득가액에 건물은 1에서 5%씩, 그 밖의 자산은 25%씩 경과 과세기간 수만큼 차감한 금액을 공급가액으로 봅니다.