공익법인 납세협력의무 6대 보고 — 4개월 기한·가산세 0.07%·자산총액 0.5% (2026)

공익법인은 출연재산에 증여세를 물지 않는 대신, 그 재산을 제대로 쓰고 있다는 사실을 스스로 증명해 제출해야 합니다. 「상속세 및 증여세법」 제48조 제5항과 제50조부터 제51조까지의 납세협력의무 6종입니다. 사용 기준을 어겼을 때 붙는 증여세와 달리, 이쪽은 서류를 안 냈다는 사실만으로 가산세가 붙습니다. 6가지를 대상 · 기한 · 가산세 세 축으로 갈라 2026년 기준으로 정리합니다. 사용 기준 자체(3년·80%·90%·주식 5%)는 출연재산 사후관리 6대 의무 편에서 다뤘습니다.

참조한 정부기관 출처

이 글은 「상속세 및 증여세법」 제48조·제50조·제50조의2·제50조의3·제50조의4·제51조·제78조 조문, 같은 법 시행령 제41조·제43조·제43조의2·제43조의3·제43조의4·제43조의5·제43조의6·제44조·제80조 조문, 「정부조직법」 개정 법률(제21065호) 부칙, 재정경제부 공익법인 회계기준, 국세청 공익법인 종합안내 및 질의회신(공익중소법인지원팀-281 등), 찾기 쉬운 생활법령정보, 정부기관 안내문 등 정부기관 자료를 근거로 작성했습니다. 조문은 국가법령정보센터 원문을 직접 대조했고, 본문 각 항목에 해당 조문·기관 링크를 연결했습니다.

국가법령정보센터 — 상증세법 제48조 제5항·제50조·제78조 조문 원문 (출처: 국가법령정보센터)

1. 6대 보고의무 한눈에 보기 — 기한은 모두 4개월

성격은 제각각이지만 제출 기한이 사업연도 종료일부터 4개월로 통일돼 있어, 12월 결산 법인이라면 매년 4월 30일 하루에 다섯 건이 몰립니다. 전용계좌만 기한 기준이 다릅니다.

보고의무	대상 기준	기한	미이행 가산세
① 출연재산 보고서 (상증법 §48⑤)	출연재산이 있는 공익법인	종료일부터 4개월	미제출·불분명분 상당 상속·증여세액의 1%
② 외부전문가 세무확인 (§50①②)	총자산 5억원↑ 또는 수입+출연 3억원↑	4개월	(수입금액+출연재산)×0.07% 단 최소 100만원
③ 외부 회계감사 (§50③④)	총자산 100억원↑ 또는 수입+출연 50억원↑ 또는 출연 20억원↑	4개월	(수입금액+출연재산)×0.07%
④ 전용계좌 개설·사용 (§50의2)	공익목적 수입·지출이 있는 법인 (종교단체 제외)	해당된 날부터 3개월 변경·추가 1개월	미사용액의 0.5% 미개설은 수입금액 일할 0.5%
⑤ 결산서류 등 공시 (§50의3)	모든 공익법인(종교단체 제외)	4개월	시정요구 불이행 시 자산총액의 0.5%
⑥ 장부 작성·비치 (§51)	모든 공익법인	10년 보존	(수입금액+출연재산)×0.07%

주식을 5% 초과 보유하는 법인은 주식보유 의무이행 신고(§48⑬)가 하나 더 붙고, 미신고 시 자산총액의 0.5%가 부과됩니다(§78⑭).

2. 출연재산 보고서 — 서식 8종을 한 묶음으로

증여세 과세가액에 산입하지 않은 재산을 출연받았다면 주무관청에 내는 재무상태표·손익계산서와 사용 명세 서류를 관할 세무서장에게 제출합니다(상증령 §41①). 항목은 ①출연받은 재산의 명세 ②사용계획 및 진도현황 ③매각재산 및 사용명세 ④운용소득 사용명세이며, 실무상 별지 제23호부터 제26호의3까지 8종 서식입니다.

가산세 계산 방식도 다릅니다. 수입금액이 아니라 미제출·불분명 부분에 대응하는 상속세액 또는 증여세액의 1%가 기준입니다(§78③, 상증령 §80⑤). 다만 종교사업 헌금은 부동산·주식이 아닌 한 보고 대상이 아니고(법령해석과-3478), 지점으로 사업자등록을 했어도 본점이 일괄 이행합니다(공익중소법인지원팀-281).

국세청 — 홈택스 ‘공익법인 종합안내’에서 보고서 제출과 결산서류 공시를 처리 (출처: 국세청)

3. 외부전문가 세무확인 — 5억·3억 문턱과 100만원 하한

공익법인은 변호사·공인회계사·세무사 2명 이상을 선임해 세무확인을 받습니다(§50①). 총자산가액 5억원 미만이면 면제되지만, 그 경우에도 수입금액과 그 해 출연받은 재산가액의 합계가 3억원 이상이면 다시 대상입니다(상증령 §43②1호). 불특정다수 모금 법인과 감사원 회계검사 대상 법인도 제외됩니다.

구분	세무확인	회계감사
판정 시점	해당 사업연도 종료일	직전 사업연도 종료일
총자산가액	5억원 이상	100억원 이상
수입금액+출연재산	3억원 이상	50억원 이상
출연재산가액 단독	기준 없음	20억원 이상
가산세 하한	100만원	없음

선임 제한도 촘촘합니다. 출연자·설립자·임직원(퇴직 후 5년 이내 포함), 그 친족·사용인, 소송대리·세무대리·고문 거래가 있는 사람, 그런 관계에 있는 법인 소속자까지 배제됩니다(상증령 §43①). 반면 세무대리를 맡은 회계사가 속한 회계법인의 다른 회계사는 배제되지 않습니다(재산세제과-865). 판정할 때 국고보조금은 총자산에 포함되지만 ‘출연받은 재산가액’에서는 지자체 출연금·국고보조금이 빠집니다(서면-2022-상속증여-0019).

4. 회계감사 — 4년 자율감사 뒤 2년 지정감사

회계감사 대상은 직전 사업연도 기준 3요건 중 하나만 걸려도 확정됩니다(상증령 §43③). 종교·학교·유치원 사업 법인은 빠지지만 주식 5% 초과 보유로 의무이행 신고 대상이면 다시 포함되고, 2017년 이후로는 회계감사를 받아도 세무확인이 면제되지 않습니다. 총자산 1,000억원 이상이면 주기적 지정감사가 더해져, 자율 선임 감사인에게 4개 사업연도를 받은 뒤 2개 사업연도는 재정경제부장관 지정 감사인에게 받습니다(§50④).

단계	시점	근거
기초자료 제출	개시 후 9개월째 달 초일부터 2주	상증령 §43의2②
지정 예정 통지	지정기준일 4주 전까지	§43의2⑤
의견 제출	통지일부터 2주	§43의2⑥
지정 통지(지정기준일)	직전 과세연도 개시일부터 11개월 15일	§43의2④
감사계약 체결	지정기준일부터 2주	§43의2⑦

지정감사인이 아닌 감사인에게 받으면 회계감사를 안 받은 것으로 보아 0.07% 가산세가 붙습니다(§78⑤3호). 다만 지정기준일 이전 4년 이내 감리에서 위반이 발견되지 않은 법인과 공공기관인 법인은 제외됩니다.

재정경제부 — 2026년 1월 2일부터 감사인 지정·감리·회계기준 소관 (출처: 재정경제부)

5. 전용계좌 — 기한 기준이 다른 유일한 의무

전용계좌는 사업연도가 아니라 ‘공익법인이 된 날’을 기준으로 3개월 이내에 개설·신고하고, 변경·추가는 사유 발생일부터 1개월입니다(§50의2③④). 고시로 공익법인이 된 경우에는 고시일이 기산일입니다(상증령 §43의4⑪).

상황	전용계좌 사용	근거
송금·계좌이체·수표·어음·카드 결제	필수	상증령 §43의4④
현금으로 받은 기부금·회비	5일 이내 입금하면 면제(현금수입 명세 보관)	§43의4⑤
기부금·장학금·연구비 지출	100만원 초과분만 필수	법 §50의2①4호
건당 1만원 이하 수입·지출	전용계좌 외 거래명세서도 면제	§43의4⑧2호

미개설 가산세는 공익목적 수입금액 × (미신고 일수 ÷ 사업연도 일수) × 0.5%와 사용대상 거래금액의 0.5% 중 큰 금액이고(§78⑩2호), 이 수입금액에는 현물 출연재산가액도 포함됩니다(서면-2017-상속증여-1688).

6. 공시·회계기준·장부 — 공시는 ‘시정요구 불이행’ 단계에서 과세

공시는 종교단체를 뺀 모든 공익법인의 의무로, 국세청 홈페이지에 표준서식(별지 제31호)으로 직접 올립니다. 총자산 5억원 미만이면서 수입+출연이 3억원 미만이면 간편서식을 쓸 수 있지만, 주식보유 의무이행 신고 대상이면 막힙니다(상증령 §43의5②).

공시 가산세는 구조가 다릅니다. 누락했다고 곧바로 과세되지 않고, 국세청장이 1개월 이내 기간을 정해 공시·시정을 요구했는데도 이행하지 않은 경우에 자산총액의 0.5%가 부과됩니다(§50의3②, §78⑪). 회계감사·공시에는 공익법인 회계기준을 따르되 의료법인·학교법인·서울대·인천대 국립대학법인은 제외됩니다(상증령 §43의6②). 장부는 이중으로 대차평균하게 기록해 증빙과 함께 10년간 보존합니다(상증령 §44).

7. 2026년 달라진 점 3가지

쟁점	2025년까지	2026년 기준
감사인 지정·감리·회계기준 소관	기획재정부장관	재정경제부장관(2026.1.2. 시행)
감리 실행 주체	기획재정부 직접	한국공인회계사회 위탁, 감사보수 일부를 감리 수수료로 수령
회계기준 협의 기구	회계기준심의위원회	공익법인회계기준협의회

첫째, 상증세법 제50조 제4항·제5항·제6항의 ‘기획재정부장관’이 ‘재정경제부장관’으로 바뀌었습니다(법률 제21065호 부칙 제7조, 2026.1.2. 시행). 시행령도 대통령령 제35947호로 같은 날 정비돼 상증령 제41조·제43조·제43조의2·제43조의3의 ‘기획재정부령’이 모두 ‘재정경제부령’이 됐습니다. 2025년판 가이드북들이 아직 옛 부처명으로 적고 있는 부분입니다.

둘째, 감리 제도가 실질화됐습니다. 재정경제부장관은 계량적 분석·무작위 표본으로 감리 대상을 뽑아 감사보고서를 감리할 수 있고(상증령 §43의3①), 이 업무를 「공인회계사법」 제41조의 한국공인회계사회에 위탁합니다(§43의3⑤). 위반이 인정되면 법인과 감사인 명단이 주무관청·국세청장·금융위원회에 통보됩니다(§43의3③④). 셋째, 회계기준 협의 기구가 심의위원회에서 협의회로 정리됐습니다(상증령 §43의6③).

금융위원회 — 감리 결과 위반 시 감사인 징계 조치 (출처: 금융위원회)

8. 사례로 확인하는 판정

사례	판정
① 총자산 4억원, 수입 2억원 + 지자체 출연금 2억원	지자체 출연금 제외 → 합계 2억원 세무확인 면제
② 직전연도 총자산 90억원, 수입 10억원, 출연 25억원	출연재산 20억원 단독 요건 해당 → 회계감사 대상
③ 3년 이상 쓰던 병원 건물을 판 의료법인의 처분이익	‘수입금액’에 포함돼 회계감사 판정에 반영(서면-2022-상속증여-3467)
④ 후원자에게 현금 300만원을 받아 6일 뒤 전용계좌에 입금	5일 초과 → 미사용액의 0.5% 가산세
⑤ 공시를 누락했으나 국세청 시정요구를 기한 내 이행	가산세 없음 — 요구 불이행이 과세 요건

9. 공익법인 보고의무 이행 5단계

1. 대상 판정 — 사업연도 종료일 현재 총자산가액과 수입금액·출연재산가액으로 세무확인(5억·3억)과 회계감사(직전 100억·50억·20억) 해당 여부를 가른다.
2. 회계처리 — 회계감사·공시 대상이면 공익법인 회계기준으로 결산하고, 출연재산 운용 내역을 장부에 이중 기록한다.
3. 외부 검증 — 세무확인은 선임 제한을 피해 전문가 2명 이상을, 회계감사는 감사인을(1,000억원 이상이면 지정감사인을) 선임한다.
4. 4개월 내 제출 — 출연재산 보고서, 세무확인서, 감사보고서, 주식보유 의무이행 신고서를 관할 세무서장·지방국세청장에게 제출한다.
5. 공시와 보존 — 같은 기한에 홈택스에 결산서류를 공시하고, 시정요구는 1개월 내 이행하며, 장부와 증빙은 10년간 보존한다.

자주 묻는 질문(FAQ)

Q1. 공익법인의 보고서 제출 기한은 언제인가요?

출연재산 보고서, 세무확인서, 감사보고서, 결산서류 공시, 주식보유 의무이행 신고는 모두 사업연도 종료일부터 4개월 이내로, 12월 결산 법인이면 4월 30일입니다. 전용계좌만 기준이 달라 공익법인에 해당하게 된 날부터 3개월 이내에 개설·신고하고, 변경·추가는 사유 발생일부터 1개월 이내에 신고합니다.

Q2. 외부전문가 세무확인 가산세는 얼마인가요?

수입금액과 그 사업연도에 출연받은 재산가액을 합친 금액에 1만분의 7(0.07%)을 곱하되, 세무확인 미이행으로 계산한 금액이 100만원 미만이면 100만원으로 합니다(상증세법 제78조 제5항). 이 하한은 세무확인(제1호)에만 적용되고 장부 비치·회계감사 미이행에는 적용되지 않습니다.

Q3. 결산서류를 공시하지 않으면 곧바로 가산세가 나오나요?

아닙니다. 국세청장 등이 1개월 이내의 기간을 정해 공시하거나 오류를 시정하라고 문서로 요구했는데도 이행하지 않은 경우에 비로소 자산총액의 1천분의 5가 부과되고 주무부장관에게 통보됩니다(상증세법 제50조의3 제2항, 제78조 제11항).

Q4. 2026년에 공익법인 회계감사 제도에서 달라진 점은 무엇인가요?

감사인 지정·감리·회계기준의 소관이 정부조직 개편으로 2026년 1월 2일부터 기획재정부장관에서 재정경제부장관으로 바뀌었습니다(법률 제21065호 부칙 제7조). 또 감사보고서 감리 업무는 한국공인회계사회에 위탁되고, 회계기준 협의 기구는 공익법인회계기준협의회가 됐습니다.

※ 본 글은 2026년 9월 기준 일반 정보이며, 구체적 적용은 관할 세무서·주무관청과 확인하시기 바랍니다. 조문은 국가법령정보센터, 제출·공시는 국세청 홈택스에서 확인할 수 있습니다. 해산 이후의 세무는 비영리법인 해산·청산 세무 편을 참고하세요.