조합원입주권·분양권 양도세 3가지 핵심 — 주택 수·세율·비과세 특례 (2026)
「소득세법」 제88조·제89조·제104조 및 「소득세법 시행령」 제156조의2·제156조의3 조문, 「도시 및 주거환경정비법」, 국세청 국세법령정보시스템(NTS) 예규·해석, 국세청 양도소득세 안내, 찾기 쉬운 생활법령정보(법제처), 기획재정부 세법 안내문 등을 종합해 2026년 기준으로 정리했습니다.
재개발·재건축이 진행되면 내 주택은 조합원입주권이라는 권리로 바뀌고, 청약에 당첨되면 분양권이라는 권리를 갖게 됩니다. 문제는 이 두 권리가 다른 주택의 양도세를 계산할 때 ‘주택 수’에 포함된다는 점입니다. 아파트 한 채와 입주권 하나만 있어도 자칫 1세대 1주택 비과세가 깨질 수 있습니다. 반대로 「소득세법」의 특례를 정확히 활용하면 두 채를 보유하고도 비과세가 가능합니다. 핵심 3가지 — 주택 수 산정·양도세율·비과세 특례 — 를 표로 정리했습니다.
1. 조합원입주권 vs 분양권 — 주택 수 포함 시점이 다르다
둘 다 ‘주택을 취득할 수 있는 권리’지만 발생 원인과 주택 수에 포함되기 시작한 시점이 다릅니다. 이 차이가 비과세·중과 판정을 좌우합니다.
| 구분 | 조합원입주권 | 분양권 |
|---|---|---|
| 발생 원인 | 재개발·재건축 관리처분계획인가로 기존 주택이 권리로 전환 | 청약 당첨 등 주택 공급계약으로 취득한 신규 취득 권리 |
| 주택 수 포함 | 2006.1.1. 이후 취득분부터 포함 | 2021.1.1. 이후 취득분부터 포함 |
| 취득세 | 전환 시점엔 없음(준공 시 원시취득) | 준공·잔금 시 주택으로 취득 |
즉 2021년 이후 산 분양권은 아직 집이 지어지지 않았어도 다른 주택을 팔 때 주택 수에 잡힙니다. 근거 조문은 「소득세법」 제88조의 정의 규정입니다.
2. 보유기간별 양도소득세율 (2026년)
입주권·분양권을 권리 상태로 양도할 때의 세율은 일반 주택보다 무겁습니다. 보유기간이 짧을수록 세율이 급격히 올라갑니다(「소득세법」 제104조).
| 보유기간 | 주택·조합원입주권 | 분양권 |
|---|---|---|
| 1년 미만 | 70% | 70% |
| 1년 이상 2년 미만 | 60% | 60% (1년 이상 단일) |
| 2년 이상 | 기본세율 6~45% |
분양권은 보유기간이 아무리 길어도 2년 이상 기본세율 구간이 없어 최소 60%가 적용됩니다(2021.6.1. 이후 양도분, 조정대상지역 여부 무관). 조합원입주권은 2년 이상 보유하면 기본세율이 적용돼 부담이 크게 줄어듭니다.
3. 조합원입주권도 1세대 1주택 비과세가 된다
많은 분이 놓치는 부분입니다. 입주권이라도 관리처분계획인가일 현재 원래 주택이 1세대 1주택 비과세 요건(2년 보유 등)을 갖췄다면, 그 입주권을 양도할 때 비과세가 가능합니다(「소득세법」 제89조 제1항 제4호). 요건은 양도일 현재 아래 둘 중 하나입니다.
- ① 다른 주택이나 분양권이 전혀 없는 경우(입주권 1개만 보유), 또는
- ② 1주택을 보유하되 그 주택을 취득한 날부터 3년 이내에 입주권을 양도하는 경우
4. 1주택 + 1입주권·분양권 — 종전주택 비과세 특례
집 한 채가 있는 상태에서 입주권이나 분양권을 새로 취득해 일시적으로 ‘1주택+1권리’가 된 경우에도, 요건을 채우면 종전주택을 비과세로 팔 수 있습니다(시행령 제156조의2·제156조의3).
| 유형 | 비과세 요건(종전주택 양도) |
|---|---|
| 일시적 (3년 내 양도) | 종전주택 취득 1년 후 입주권·분양권 취득 + 취득일부터 3년 이내 종전주택 양도 |
| 실거주 (3년 경과) | 완공 후 3년 이내 세대전원 이사·1년 이상 거주 + 완공 전 또는 완공 후 3년 이내 종전주택 양도 |
분양권 특례(제156조의3)는 2021년 1월 1일 이후 취득한 분양권에만 적용됩니다. 그 이전 취득 분양권은 주택 수에 포함되지 않으므로 특례 자체가 필요 없습니다.
5. 대체주택 비과세 특례 — 사업기간 중 이사한 집
내가 살던 집이 재건축에 들어가면 공사 기간 동안 다른 집에서 살아야 합니다. 이때 취득한 대체주택을 팔 때도 비과세가 가능합니다(시행령 제156조의2 제5항). 대체주택은 보유·거주 2년 요건이 없고 1년 거주만으로 충족된다는 점이 큰 혜택입니다.
| 단계 | 대체주택 특례 요건 |
|---|---|
| 취득 | 재건축 주택의 사업시행계획인가일 이후 대체주택 취득 |
| 거주 | 대체주택에서 1년 이상 거주 |
| 이주 | 완공 후 3년 이내 세대전원 이사 + 1년 이상 계속 거주 |
| 양도 | 완공 전 또는 완공 후 3년 이내 대체주택 양도 |
6. 적용 사례로 보기
| 사례 | 상황 | 결과 |
|---|---|---|
| ① | 2년 보유 주택이 관리처분인가로 입주권 전환, 다른 주택 없이 입주권만 보유하다 양도 | 1세대 1주택 비과세(제89조①4호) |
| ② | 아파트 1채 보유 중 2021년 이후 분양권 취득, 1년 뒤 취득·3년 내 아파트 양도 | 종전주택 비과세(제156조의3②) |
| ③ | 분양권을 취득 8개월 만에 프리미엄 붙여 양도 | 1년 미만 → 세율 70% 중과 |
| ④ | 재건축 사업시행인가 후 대체주택 취득·1년 거주, 완공 후 2년 내 이사·양도 | 대체주택 비과세(제156조의2⑤) |
① 분양권 주택 수 포함은 2021.1.1. 이후 취득분이 기준이며, 2026년에도 그대로 유지됩니다.
② 분양권 양도세율은 1년 미만 70%·1년 이상 60% 단일세율로, 장기 보유해도 기본세율 구간이 없습니다.
③ 종전주택 양도 기한(일시적 특례)은 입주권·분양권 취득일부터 3년입니다.
④ 특례 적용을 받으려면 양도소득세 신고 시 1세대 1주택 특례적용신고서를 함께 제출해야 합니다.
7. 양도 전 실무 체크리스트
| 확인 항목 | 체크 포인트 |
|---|---|
| 권리 취득일 | 분양권이 2021.1.1. 전·후 취득인지(주택 수 포함 여부 결정) |
| 보유기간 | 권리 상태 양도라면 1년·2년 경계를 넘겼는가 |
| 인가일 | 입주권 비과세는 관리처분인가일 현재 요건 충족 여부 |
| 3년 기한 | 종전주택을 3년 이내에 양도하는가 |
| 신고서 | 특례적용신고서를 신고기한 내 제출했는가 |
권리 취득 시점과 인가일 하나로 결론이 완전히 달라지므로, 양도 계약 전에 소득세법 시행령 제156조의2 원문과 찾기 쉬운 생활법령정보, 국세청 예규를 반드시 대조하시기 바랍니다.
8. 숫자로 보는 세율 차이 — 실전 계산 사례
같은 양도차익이라도 보유기간과 권리 종류에 따라 세금이 크게 달라집니다. 프리미엄(양도차익) 2억 원이 발생한 권리를 양도한다고 가정하고, 세율만 단순 적용해 비교하면 다음과 같습니다.
| 구분 | 적용 세율 | 대략적 양도세* |
|---|---|---|
| 분양권(1년 미만 양도) | 70% | 약 1억 4천만 원 |
| 분양권(1년 이상 양도) | 60% | 약 1억 2천만 원 |
| 조합원입주권(2년 이상 양도) | 기본세율 38%** | 약 6천만 원대 |
| 입주권 1세대 1주택 비과세 | 비과세 | 0 원 |
* 기본공제·지방소득세를 제외한 개략치입니다. ** 과세표준 2억 원 구간의 기본세율(6~45% 누진). 실제 세액은 장기보유특별공제·필요경비에 따라 달라집니다.
같은 2억 원의 차익인데도 1년 미만 분양권 양도(70%)와 입주권 비과세 사이에는 1억 원 이상의 세금 차이가 발생합니다. 특히 조합원입주권은 2년 이상 보유하면 기본세율이 적용돼 60% 단일세율인 분양권보다 부담이 훨씬 낮아지므로, 권리 양도 시점을 신중하게 잡는 것이 핵심 절세 전략입니다.
실무에서 자주 나오는 추가 사례도 정리했습니다. ① 상속으로 받은 입주권은 피상속인의 관리처분인가 전 보유·거주기간을 통산해 비과세 요건을 따집니다. ② 1주택자가 재개발 지역에 대체주택을 취득했으나 1년을 채우지 못하고 양도하면 대체주택 특례가 배제됩니다. ③ 2020년 12월에 취득한 분양권은 2021년 이전 취득분이므로 다른 주택의 비과세 판정 시 주택 수에서 제외됩니다. 세 사례 모두 취득·인가 시점과 거주기간이 결론을 가른다는 공통점이 있습니다.
자주 묻는 질문 (FAQ)
Q1. 분양권도 주택 수에 포함되나요?
2021년 1월 1일 이후 취득한 분양권부터 다른 주택의 1세대 1주택 비과세·중과 판정 시 주택 수에 포함됩니다. 그 이전 취득 분양권은 포함되지 않습니다.
Q2. 조합원입주권을 팔 때도 비과세가 가능한가요?
관리처분계획인가일 현재 원래 주택이 1세대 1주택 비과세 요건을 갖췄고, 양도일 현재 다른 주택이 없거나 1주택을 취득 후 3년 이내 입주권을 양도하면 비과세가 가능합니다.
Q3. 분양권은 오래 보유하면 세율이 낮아지나요?
아닙니다. 분양권은 1년 미만 70%, 1년 이상 60% 단일세율로, 주택·입주권과 달리 2년 이상 기본세율 구간이 없습니다(2021.6.1. 이후 양도분).
Q4. 대체주택 특례는 거주 요건이 어떻게 되나요?
대체주택은 보유·거주 2년 요건이 없고 1년 이상 거주하면 됩니다. 다만 재건축 완공 후 3년 이내 세대전원이 이사해 1년 이상 계속 거주하고, 완공 후 3년 이내 대체주택을 양도해야 합니다.
※ 본 글은 2026년 시행 조문을 기준으로 한 일반 정보이며, 권리 취득 시점·인가일·보유기간에 따라 결론이 달라질 수 있습니다. 실제 양도 전 국세청 또는 세무전문가의 확인을 받으시기 바랍니다.