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비상장주식 저가양도에 붙는 세금 네 겹
대주주 세율·부당행위계산부인·증여세·특정법인 증여의제

대표가 가진 비상장 지분을 자녀·임직원·관계회사에 넘길 때 세금은 계약서의 가격이 아니라 세법이 정한 시가를 기준으로 다시 계산됩니다. 파는 쪽의 양도소득세와 부당행위계산부인, 받는 쪽의 증여세, 법인이 끼면 법인세와 특정법인 증여의제까지 네 겹이 각각 다른 문턱으로 열리고, 한 겹의 결론이 다른 겹으로 이어지지 않습니다. 대주주 판정, 시가 산정, 겹마다의 계산과 신고기한, 남겨 둘 기록까지 정리했습니다.

대상보유 지분을 가족·임직원·다른 법인에 넘기려는 비상장 중소기업 대표와 주주, 그 거래의 세금을 계산·신고해야 하는 재무·회계 담당자기준2026.1.1. 시행 소득세법(법률 제21221호)·법인세법(법률 제21217호)·지방세법(법률 제21308호), 2026.7.1. 시행 소득세법 시행령(대통령령 제36343호), 2025.10.1. 시행 상속세 및 증여세법(법률 제21065호), 2026.9.18. 시행 상속세 및 증여세법 시행령(대통령령 제36587호), 2026.2.27. 시행 법인세법 시행령(대통령령 제36130호)·국세기본법 시행령(대통령령 제36125호), 2022.7.1. 시행 증권거래세법(법률 제18724호)·2026.1.2. 시행 시행령(대통령령 제35947호), 2026.9.18. 시행 조세특례제한법(법률 제21467호)게시일2026-09-26근거10건 · 목록 보기

지분을 넘기는 값이 시가와 다르면 세금이 한 겹에서 끝나지 않습니다

파는 쪽은 양도소득세와 증권거래세를 내고, 값이 시가보다 낮으면 시가로 양도소득을 다시 계산당하며, 받는 쪽은 그 차액에 증여세를 냅니다. 받는 쪽이 법인이면 법인세와 그 법인 주주의 증여세까지 더 붙습니다. 어느 겹이 열리는지는 상대가 특수관계인인지와 차액의 크기로 정해집니다.소득세법 §101 상증세법 §35 가이드북 104~105쪽

이 판단이 바꾸는 것

비상장주식 저가양도가 우리 회사의 무엇을 바꾸는가

주주 사이의 지분 이동은 계약서 한 장으로 끝나지만, 세금은 계약서의 가격이 아니라 세법이 정한 시가로 다시 계산됩니다. 가격을 정하기 전에 시가를 먼저 구하고, 차액이 어느 문턱을 넘는지를 세목별로 따로 봅니다.

파는 쪽

세율보다 양도가액이 먼저 바뀔 수 있습니다

대표가 지분 대부분을 가진 비상장 중소기업이라면 대주주 세율 20%(과세표준 3억원 초과분 25%)를 적용받는 것은 거의 정해져 있습니다. 문제는 특수관계인에게 시가보다 낮게 팔면 실제로 받은 대가가 아니라 시가를 양도가액으로 보아 양도차익을 다시 계산한다는 점입니다.소득세법 §101①·§104①11호

받지 않은 돈에 세금이 붙는 구조이므로 대가를 낮춰 줘도 파는 쪽의 세금은 줄지 않습니다.

받는 쪽

싸게 산 차액이 증여재산이 됩니다

특수관계인 사이에서 시가와 대가의 차액이 시가의 30%와 3억원 중 적은 금액 이상이면, 차액에서 그 기준금액을 뺀 금액이 받는 쪽의 증여재산가액입니다. 특수관계가 없는 사이라도 거래 관행상 정당한 사유가 없으면 같은 규정이 적용됩니다.상증세법 §35①·② 상증세법 시행령 §26②

받는 쪽이 법인이면 증여세 대신 법인세 익금이 되고, 그 법인의 지배주주에게 증여세가 따로 계산될 수 있습니다.법인세법 §15②1호

우리 회사에 해당하나요?

해당
대표나 그 가족이 보유한 비상장 중소기업 지분을 자녀·배우자·형제, 임직원, 대표가 지배하는 다른 법인에 유상으로 넘기려는 경우
해당
투자자나 공동창업자가 나가면서 남은 주주가 그 지분을 사들이는 경우. 특수관계가 없어도 가격이 시가와 크게 다르면 증여세 규정이 열립니다
확인 필요
최근 거래 사례가 없어 시가를 정하지 못한 회사. 보충적 평가액을 먼저 계산해야 문턱 판단이 가능합니다상증세법 시행령 §54
해당 없음
증권시장에서 거래되는 상장주식의 장내 매매. 상장주식은 대주주 기준과 시가 산정 방식이 다르고, 장내 거래분은 저가·고가 양도 증여세 규정의 대상에서 빠집니다상증세법 시행령 §26①2호

네 겹의 구조

세금은 거래 상대와 차액의 크기에 따라 한 겹씩 열립니다

네 겹은 서로 다른 법에 있고, 내는 사람과 문턱이 다릅니다. 한 겹의 결론이 다른 겹으로 이어지지 않습니다.

1겹 · 파는 쪽양도소득세 · 증권거래세
가격이 시가와 같아도 늘 붙는 층입니다. 대주주 여부와 중소기업 여부로 세율이 갈리고, 지방소득세와 증권거래세가 따라옵니다.소득세법 §94①3호
2겹 · 파는 쪽양도소득의 부당행위계산부인
특수관계인에게 시가보다 낮게 팔았고 차액이 3억원 이상이거나 시가의 5% 이상이면, 시가를 양도가액으로 보아 1겹을 다시 계산합니다.소득세법 시행령 §167③
3겹 · 받는 쪽저가 양수에 따른 이익의 증여
차액이 시가의 30%와 3억원 중 적은 금액 이상이면 받는 쪽이 증여세를 냅니다. 2겹과 문턱이 달라 2겹만 열리고 3겹은 닫히는 구간이 있습니다.상증세법 §35
4겹 · 법인과 그 주주법인세 익금 · 특정법인 증여의제
받는 쪽이 법인이면 차액이 법인의 익금이 되고, 그 법인의 지배주주와 친족이 30% 이상을 보유한 특정법인이면 주주에게 증여세가 의제됩니다.법인세법 §15②1호 상증세법 §45의5

거래 상대에 따라 열리는 세금의 겹

세목 ↓ · 상대 →	특수관계 개인가족·임직원	특수관계 법인대표가 지배하는 회사	특수관계 없는 제3자
양도소득세·증권거래세 (파는 쪽)	과세	과세	과세
부당행위계산부인 (파는 쪽)	저가면 시가로3억원 또는 5%	저가면 시가로법인세법 시가에 맞으면 제외	없음
증여세 (받는 쪽)	과세30%·3억원 중 적은 금액	법인세로 대체익금산입	조건부정당한 사유 없을 때만
특정법인 증여의제 (법인 주주)	없음	겹쳐 과세이익 1억원 이상	없음

없음
조건부
제한적
과세
겹쳐 과세

단계는 규정이 적용되는 범위이며 세액의 크기가 아닙니다.소득세법 §101 상증세법 §35·§45의5 법인세법 §52

'특수관계인'의 범위가 법마다 다릅니다

양도소득세의 부당행위계산부인은 국세기본법 시행령의 특수관계인(4촌 이내 혈족, 3촌 이내 인척, 배우자, 임원·사용인, 30% 이상 출자한 법인 등)을 씁니다. 증여세는 상속세 및 증여세법 시행령이 따로 정한 범위를 쓰는데, 친족에 직계비속의 배우자의 2촌 이내 혈족이 더해지고 사용인이 포함됩니다. 대주주 판정에서 지분을 합산하는 '기타주주'는 또 다른 범위입니다. 한 거래에서 세 범위를 각각 확인합니다.국세기본법 시행령 §1의2 상증세법 시행령 §2의2

1겹 · 양도소득세

대주주 양도소득세율은 두 가지 기준일과 두 가지 대주주 정의로 정해집니다

비상장법인 주식은 대주주가 아니어도 양도소득세 과세 대상입니다. 대주주 여부는 세율을 가르고, 중소기업 여부는 세율과 보유기간 규정을 가릅니다. 둘 다 양도일이 아니라 직전 사업연도 종료일을 기준으로 봅니다.

구분	세율을 정하는 대주주	과세 제외를 정하는 대주주
쓰이는 곳	비상장주식 양도소득세율 20%·25%(대주주) 또는 10%·20%(대주주 아닌 자)	대주주 아닌 자가 K-OTC(금융투자협회 장외시장)에서 중소·중견기업 주식을 팔 때 과세 대상에서 제외
지분율 기준	주주 1인과 기타주주 합계 4% 이상	주주 1인과 기타주주 합계 4% 이상
시가총액 기준	10억원 이상 (K-OTC에서 거래되는 벤처기업 주식은 40억원)	50억원 이상
기준일	양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일. 그 뒤 취득으로 4% 이상이 되면 취득일 이후 대주주	직전 사업연도 종료일. 그 뒤 취득으로 기준에 닿으면 취득일 이후 대주주
시가총액 계산	직전 사업연도 재무제표로 순손익가치 3 : 순자산가치 2 가중평균한 기준시가

두 정의는 2024년 12월 31일 개정으로 나뉘었습니다. 지분율 4%는 같지만 시가총액 문턱이 10억원과 50억원으로 다르므로, 지분 3%짜리 주주가 시가총액 20억원어치를 갖고 있으면 세율에서는 대주주이고 K-OTC 과세 제외 판정에서는 대주주가 아닙니다. 상장주식의 대주주 기준(1%·2%·4% 또는 50억원)과 섞어 쓰지 않습니다.소득세법 시행령 §157①~③·§167의8

기타주주로 합산하는 범위는 주주 1인이 속한 그룹이 최대주주이면 4촌 이내 혈족·3촌 이내 인척·배우자와 지배 법인까지, 최대주주가 아니면 직계존비속·배우자와 지배 법인까지입니다.소득세법 시행령 §157③

비상장주식 양도소득세율은 대주주 여부와 중소기업 여부로 갈립니다

양도소득 과세표준에 적용하는 세율. 개인지방소득세(세율의 10분의 1)는 별도

대주주 · 중소기업 · 과세표준 3억원 이하

20%

대주주 · 중소기업 · 3억원 초과분

25%

대주주 · 중소기업 외 · 1년 미만 보유

30%

대주주 아닌 자 · 중소기업

10%

대주주 아닌 자 · 중소기업 외

20%

중소기업 외 법인의 대주주가 1년 이상 보유한 주식은 중소기업 대주주와 같은 20%·25%입니다. 3억원 초과분 25%는 과세표준이 3억원을 넘는 부분에만 적용되며, 산출세액은 6,000만원 + (3억원 초과액 × 25%)로 계산합니다.소득세법 §104①11호 지방세법 §103의3①11호

중소기업 여부는 중소기업기본법 제2조 기준으로 보되, 판정 시점은 소득세법이 따로 정한 직전 사업연도 종료일입니다(그해 신설 법인은 양도일). 중소기업기본법에서 유예 중인 회사라도 소득세법 판정은 이 기준일로 따로 합니다.소득세법 시행령 §157의2

양도차익은 양도가액에서 취득가액과 양도비를 뺀 금액이고, 같은 해 주식 양도소득 전체에서 250만원을 한 번 공제한 금액이 과세표준입니다. 취득가액은 실제 낸 돈이 원칙이라 설립 때 출자한 금액, 유상증자 납입액, 다른 주주에게서 산 값을 주식 수별로 남겨 두어야 합니다.소득세법 §97·§103①2호

세목	누가	과세표준·세율	신고·납부 기한
양도소득세 예정신고	파는 개인	양도차익 − 기본공제 250만원 × 10~30%	양도일이 속하는 반기의 말일부터 2개월 (상반기 양도는 8월 31일, 하반기 양도는 다음 해 2월 말일)
양도소득세 확정신고	파는 개인	같은 해 양도소득 합산	다음 해 5월 1일~31일. 예정신고를 했으면 생략할 수 있으나, 누진세율 자산을 2회 이상 예정신고한 경우 등은 해야 함
개인지방소득세	파는 개인	양도소득세 과세표준 × 세율의 10분의 1 (2%·2.5%·3%·1%)	양도소득세 신고 시 함께
증권거래세	파는 사람 (증권회사를 거치지 않은 직접 양도)	양도가액 × 0.35%. 저가 양도로 인정되면 시가액	양도일이 속하는 반기의 말일부터 2개월

증권거래세는 양도차익이 없어도 냅니다. 증권회사를 거치지 않고 당사자끼리 넘기는 비상장주식은 파는 사람이 직접 신고하며, 부당행위계산부인이나 저가 양수 증여 규정으로 시가보다 낮게 팔았다고 인정되면 과세표준도 시가액으로 올라갑니다. 양도소득세 예정신고와 기한이 같지만 서식이 다른 별도의 증권거래세 신고입니다.증권거래세법 §3·§7①2호·§8①·§10①2호

벤처기업 주식에는 두 가지 특례가 남아 있습니다

대주주가 아닌 자가 K-OTC에서 벤처기업 주식을 팔면 양도소득에 넣지 않습니다. 벤처기업(벤처기업에서 벗어난 뒤 7년 이내 기업 포함)의 주주가 2026년 12월 31일까지 지분을 특수관계인 외의 자에게 팔고 대금의 50% 이상을 벤처투자조합·벤처기업 등에 재투자하면 그 금액만큼 과세를 이연받을 수 있으며, 재투자 주식을 3년 이상 보유하고 예정신고 기간 안에 신청해야 합니다.조특법 §14①7호·§46의8

시가는 무엇인가

세 법이 말하는 '시가'는 같은 뿌리에서 나오지만 기간과 예외가 다릅니다

네 겹 모두 시가와 대가의 차액으로 문턱을 판단합니다. 소득세법과 법인세법은 상속세 및 증여세법의 평가 규정을 빌려 쓰되 기간을 바꾸므로, 같은 거래에서 시가가 셋 다 같다고 단정하지 않습니다.

구분	양도소득세 부당행위	증여세	법인세 부당행위
1순위	상증세법 §60~§66을 준용한 시가 (매매·수용·경매가액. 주식은 감정가액을 시가로 쓰지 않음)	평가기준일(증여일) 현재의 시가 (매매·수용·경매가액. 주식은 감정가액 제외)	해당 법인이 불특정 다수와 계속 거래한 가격, 또는 특수관계 없는 제3자 간 일반 거래가격
매매사례를 인정하는 기간	양도일 전후 각 3개월	증여일 전 6개월 ~ 후 3개월	시가가 불분명하면 상증세법 §63 준용, 이때 '직전 6개월'로 봄
제외되는 매매사례	특수관계인 거래 등으로 객관적으로 부당한 가액. 거래된 주식의 액면 합계가 발행주식 액면총액의 1%와 3억원 중 적은 금액에 못 미치는 소액 거래		같은 취지로 제3자 간 일반 거래가격이 아니면 제외
시가가 없을 때	보충적 평가: 1주당 순손익가치 3 : 순자산가치 2 가중평균, 순자산가치의 80%가 하한. 부동산 과다보유법인은 2 : 3		감정가액은 주식에 쓰지 않고 바로 상증세법 보충적 평가 준용
최대주주 할증 20%	중소기업·매출 5천억원 미만 중견기업·3년 연속 결손 법인 등은 할증하지 않음. 비상장 중소기업 지분은 할증 없이 평가
평가심의위원회	보충적 평가액의 70~130% 범위에서 유사상장법인 비교·현금흐름할인 등으로 평가한 가액을 신청하면 심의를 거쳐 그 가액을 쓸 수 있음		-

양도일 5개월 전에 제3자와 거래한 가격은 증여세 시가로는 인정되지만 양도소득세 부당행위 판단에서는 3개월 밖이라 쓰지 않습니다. 이때 양도소득세 쪽은 보충적 평가액으로 문턱을 판단해야 하며, 두 시가가 다르면 겹마다 차액도 달라집니다.소득세법 시행령 §167⑤ 상증세법 시행령 §49①

보충적 평가는 최근 3년 순손익액의 가중평균과 평가기준일 순자산가액으로 계산하고, 사업 개시 후 3년 미만 법인 등은 순자산가치만으로 평가합니다. 계산 방법은 비상장주식 보충적 평가방법 7가지 핵심을 함께 봅니다.상증세법 시행령 §54①·④

대주주 판정의 '시가총액'과 문턱 판단의 '시가'는 다른 숫자입니다

대주주 판정에 쓰는 시가총액은 직전 사업연도 종료일 기준으로 소득세법 시행령의 기준시가 산식(순손익가치 3 : 순자산가치 2, 직전 사업연도 재무제표)으로 계산합니다. 부당행위와 증여세 문턱에 쓰는 시가는 양도일·증여일 현재의 매매사례가액이 우선이고 없을 때 상증세법 보충적 평가를 씁니다. 산식이 비슷해 보여도 기준일과 우선순위가 달라 값이 다를 수 있습니다.소득세법 시행령 §165④·§167의8②

할증이 없다고 확인했으면 그 근거를 남깁니다

최대주주 할증 20%가 붙지 않는 이유가 중소기업이어서라면 평가기준일 현재 중소기업기본법 제2조 요건을 갖췄다는 자료를 평가서와 함께 둡니다. 중견기업은 직전 3개 사업연도 평균 매출 5천억원 미만인지 확인합니다.상증세법 §63③ 상증세법 시행령 §53⑥~⑧

2겹 · 파는 쪽

부당행위계산부인은 파는 쪽의 양도가액을 시가로 바꿉니다

특수관계인에게 시가보다 낮게 팔면 세무서장은 실제 대가와 관계없이 시가를 양도가액으로 보아 양도소득을 계산할 수 있습니다. 문턱은 차액 3억원 이상 또는 시가의 5% 이상이며, 둘 중 하나만 넘으면 열립니다.

1
상대가 국세기본법 시행령의 특수관계인인가
4촌 이내 혈족, 3촌 이내 인척, 배우자, 임원과 사용인, 본인의 재산으로 생계를 유지하는 사람, 본인이 30% 이상 출자했거나 사실상 지배하는 법인이 여기에 듭니다.국세기본법 시행령 §1의2
- 예다음 질문으로
- 아니오부당행위계산부인은 적용되지 않음. 다만 증여세 §35②는 따로 봄
2
시가와 대가의 차액이 3억원 이상이거나 시가의 5% 이상인가
시가 10억원이면 5%는 5,000만원이므로 대가가 9억 5,000만원 이하이면 문턱을 넘습니다. 시가 100억원이면 5%가 5억원이지만 3억원 기준이 먼저 걸려 97억원 이하부터 넘습니다.소득세법 시행령 §167③
- 예다음 질문으로
- 아니오실제 대가로 양도소득 계산
3
상대가 법인이고 그 대가가 법인세법상 시가에 해당하는가
개인이 법인에 팔았는데 그 대가가 법인세법 시행령 제89조의 시가에 해당하여 법인 쪽에 부당행위계산부인이 적용되지 않으면, 개인 쪽에도 소득세법 제101조를 적용하지 않습니다. 거짓이나 부정한 방법이 있으면 예외입니다.소득세법 시행령 §167⑥
- 예실제 대가로 계산
- 아니오다음으로
✓
시가를 양도가액으로 보아 양도소득세·증권거래세를 다시 계산
받지 않은 차액에도 대주주 세율이 붙고, 증권거래세 과세표준도 시가액이 됩니다. 이 단계에서 받는 쪽의 증여세는 아직 판단하지 않았습니다. 3겹의 문턱은 따로 봅니다.소득세법 §101① 증권거래세법 §7①2호

특수관계인에게서 시가보다 높게 산 경우에는 나중에 그 주식을 팔 때 취득가액을 시가로 낮춰 계산합니다.소득세법 시행령 §167③1호

증여한 뒤 10년 안에 팔면 증여자가 판 것으로 볼 수 있습니다

대표가 특수관계인에게 주식을 증여하고 받은 사람이 10년 이내에 타인에게 팔았을 때, 받은 사람의 증여세와 양도소득세 합계가 대표가 직접 팔았을 때의 양도소득세보다 적으면 대표가 직접 양도한 것으로 보고 당초 증여세는 부과하지 않습니다. 양도소득이 실제로 받은 사람에게 귀속되었다면 예외입니다.소득세법 §101②·③

3겹 · 받는 쪽

저가 양수 증여세는 차액에서 기준금액을 뺀 만큼만 과세합니다

받는 쪽은 차액 전부가 아니라 차액에서 기준금액을 뺀 금액에 증여세를 냅니다. 특수관계인 사이면 기준금액이 시가의 30%와 3억원 중 적은 금액이고, 특수관계가 없으면 차액이 시가의 30% 이상일 때만 적용하되 3억원을 뺍니다.

구분	특수관계인 간	특수관계 없는 자 간
적용 요건	차액이 기준금액(시가의 30%와 3억원 중 적은 금액) 이상	거래 관행상 정당한 사유 없이, 차액이 시가의 30% 이상
증여재산가액	차액 − 기준금액	차액 − 3억원
증여일	대금을 청산한 날. 청산일이 불분명하면 명의개서일 등
증여자	저가로 판 사람(저가 양수) 또는 고가로 산 사람(고가 양도)
제외되는 거래	거래소에서 거래된 상장주식(시간외시장 제외), 전환사채 등. 대가가 법인세법상 시가에 해당해 법인세법 §52①과 소득세법 §101①이 적용되지 않는 거래
신고 기한	증여일이 속하는 달의 말일부터 3개월

기준금액이 '적은 금액'이라는 점을 놓치면 계산이 틀립니다. 시가 20억원 주식을 15억원에 넘겼다면 차액 5억원에서 30%인 6억원이 아니라 3억원을 뺀 2억원이 증여재산가액입니다. 시가 5억원 주식을 3억원에 넘겼다면 30%인 1억 5,000만원을 뺀 5,000만원입니다.상증세법 시행령 §26②

증여재산가액이 나오면 같은 증여자로부터 10년 안에 받은 다른 증여재산과 합산하고, 증여재산공제(배우자 6억원, 직계존속 5,000만원, 직계비속 5,000만원, 그 밖의 4촌 이내 혈족·3촌 이내 인척 1,000만원, 10년 누적 한도)를 뺀 뒤 10%에서 50%까지의 누진세율을 적용합니다. 자녀가 부모에게서 지분을 싸게 사면서 이미 5년 전에 현금 5,000만원을 증여받았다면 공제는 남아 있지 않습니다.상증세법 §47②·§53·§56

2겹은 열리고 3겹은 닫히는 구간이 있습니다

시가 10억원 주식을 자녀에게 8억원에 팔면 차액 2억원은 시가의 5%인 5,000만원을 넘어 파는 쪽 부당행위계산부인이 적용되지만, 3억원과 30%(3억원) 중 적은 금액인 3억원에 못 미쳐 자녀의 증여세는 없습니다. 반대로 양수자 증여세만 있고 부당행위가 없는 구간은 특수관계인 사이에서는 생기지 않습니다. 두 문턱을 각각 계산해 표로 남깁니다.소득세법 시행령 §167③ 상증세법 시행령 §26②

특수관계가 없는 상대와의 거래는 '정당한 사유'가 먼저입니다

공동창업자나 외부 투자자와 협상해 정한 가격은 시가와 30% 이상 차이가 나더라도 거래 관행상 정당한 사유가 있으면 증여세 규정이 적용되지 않습니다. 협상 경위, 경영권 유무, 유동성 부족 같은 가격 결정 근거를 계약서와 별도 문서로 남깁니다.상증세법 §35②

부동산·금전 거래까지 포함한 저가·고가 양도 증여세의 일반 규칙은 가족 간 저가·고가 매매 증여세 4가지 핵심에 있습니다.

4겹 · 법인이 끼면

받는 쪽이 법인이면 법인세와 특정법인 증여의제가 이어집니다

대표가 지분을 자녀가 지배하는 법인에 넘기거나 회사가 관계회사 지분을 특수관계인에게 넘기면 겹이 바뀝니다. 법인에는 증여세가 없지만 그 자리를 법인세 익금과 주주 증여의제가 채웁니다.

거래	법인에 생기는 것	법인 주주에게 생기는 것
특수관계 개인이 법인에 주식을 저가 양도	시가와 매입가액의 차액을 익금으로 보아 법인세 과세. 이 규정은 유가증권을 특수관계 개인에게서 사는 경우에만 있음	지배주주와 친족이 30% 이상 보유한 특정법인이고 판 사람이 지배주주의 특수관계인이면, 법인이 얻은 이익에서 법인세 상당액을 뺀 금액 × 주주 지분율이 증여의제이익. 1억원 이상일 때만 과세
법인이 특수관계인에게 주식을 저가 양도	차액이 3억원 이상 또는 시가의 5% 이상이면 부당행위계산부인으로 차액을 익금산입하고 상대에게 소득처분	양수한 개인은 3겹 증여세 판단, 양수한 법인은 위 칸과 같은 판단
법인이 특수관계인에게서 주식을 고가 양수	차액이 3억원 이상 또는 시가의 5% 이상이면 부당행위계산부인. 취득가액도 시가로 낮아짐	고가로 판 개인은 차액에 증여세(고가 양도), 특정법인 판정도 별도

특정법인 증여의제의 '현저히 낮은 대가'는 3겹과 같은 시가의 30% 또는 3억원 기준을 쓰지만, 시가는 법인세법 시행령 제89조로 정하고 증여의제이익은 법인세 부담을 뺀 뒤 계산합니다. 지배주주가 직접 증여받았을 때의 증여세에서 법인세 상당액을 뺀 금액이 상한입니다. 신고 기한은 특정법인의 법인세 신고기한이 속하는 달의 말일부터 3개월입니다.상증세법 §45의5②·§68① 상증세법 시행령 §34의5④~⑧

법인의 부당행위계산부인과 개인의 부당행위계산부인은 문턱은 같아도 시가가 다를 수 있습니다

두 규정 모두 3억원 또는 5% 기준을 쓰지만, 개인 쪽은 상증세법 시가를 양도일 전후 3개월로 준용하고 법인 쪽은 제3자 거래가격을 먼저 찾습니다. 같은 거래에서 개인과 법인의 시가가 다르면 한쪽만 문턱을 넘을 수 있고, 소득세법 시행령 제167조 제6항이 이 어긋남을 법인 쪽 시가에 맞춰 정리합니다.법인세법 시행령 §88③·§89①·② 소득세법 시행령 §167⑥

가상 사례

대표가 자녀에게 지분 20%를 넘기는 A기업의 계산

아래 회사와 숫자는 모두 가상입니다. 같은 거래에서 네 겹이 어떻게 각각 계산되는지, 그리고 대가만 보고 계산하면 어디서 틀리는지를 보여 주기 위한 사례입니다.

사례 A

A기업 — 대표가 보유한 20,000주(지분 20%)를 30세 자녀에게 6억원에 양도

비상장 중소기업 · 발행주식 100,000주 · 보충적 평가액 1주당 50,000원(시가 10억원) · 매매사례 없음 · 대표의 취득가액 9,750만원 · 자녀는 10년 내 다른 증여 없음 (가상)

네 겹 중 세 겹양도세 · 부당행위 · 증여세

① 대주주직전 사업연도 말 대표 지분 70%는 4%를 넘어 대주주 세율 20%·25%가 적용됩니다.소득세법 시행령 §167의8①2호대주주
② 시가매매사례가 없어 보충적 평가액 1주당 50,000원이 시가이고, 중소기업이라 할증은 없습니다. 20,000주의 시가 10억원과 대가 6억원의 차액은 4억원입니다.상증세법 §63①·③시가 10억원
③ 부당행위자녀는 특수관계인이고 차액 4억원은 3억원 이상이므로 양도가액을 10억원으로 봅니다. 양도차익 9억 250만원에서 기본공제 250만원을 뺀 과세표준 9억원에 6,000만원 + 6억원 × 25% = 2억 1,000만원의 양도소득세, 2,100만원의 지방소득세가 나옵니다.소득세법 §101·§104①11호시가로 재계산
④ 증권거래세저가 양도로 인정되므로 과세표준은 대가 6억원이 아닌 시가 10억원이고, 세액은 350만원입니다. 양도일이 속하는 반기 말일부터 2개월 안에 대표가 직접 신고합니다.증권거래세법 §7①2호·§8①350만원
⑤ 증여세기준금액은 시가의 30%인 3억원과 3억원 중 적은 금액인 3억원입니다. 차액 4억원에서 3억원을 뺀 1억원이 증여재산가액이고, 직계존속 공제 5,000만원을 뺀 과세표준 5,000만원에 10%를 적용해 산출세액 500만원입니다.상증세법 §35①·§53·§56증여세 500만원
⑥ 4겹받는 쪽이 개인이므로 법인세와 특정법인 증여의제는 없습니다.해당 없음

대가 6억원으로 계산했을 때와 시가 10억원으로 계산했을 때의 대표 세금

가상 수치 · 단위 만원 · 양도소득세는 기본공제 250만원 반영

대가 6억원 기준 (틀린 계산)
시가 10억원 기준 (부당행위계산부인)

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구분	대가 6억원 기준 (틀린 계산)	시가 10억원 기준 (부당행위계산부인)	변화
양도소득세	11,000만원	21,000만원	+10,000만원
개인지방소득세	1,100만원	2,100만원	+1,000만원
증권거래세	210만원	350만원	+140만원
합계	12,310만원	23,450만원	+11,140만원

대가 기준 계산은 과세표준 5억원(6억원 − 9,750만원 − 250만원)에 6,000만원 + 2억원 × 25%를 적용한 값입니다. 차액 4억원에 25%가 그대로 붙어 양도소득세만 1억원이 늘고, 대표는 받지 않은 4억원에 대한 세금을 냅니다.소득세법 §104①11호 증권거래세법 §8①

자녀의 증여세 과세표준은 차액 4억원이 아니라 5,000만원입니다

가상 수치 · 단위 억원

시가
10.0억원
대가 차감
−6.0억원
기준금액 차감시가의 30%와 3억원 중 적은 금액
−3.0억원
증여재산공제직계존속 5,000만원
−0.5억원
증여세 과세표준
0.5억원

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단계	금액	누계
시가	10.0억원	10.0억원
대가 차감	−6.0억원	4.0억원
기준금액 차감	−3.0억원	1.0억원
증여재산공제	−0.5억원	0.5억원
증여세 과세표준	0.5억원	0.5억원

과세표준 5,000만원에 세율 10%를 적용한 산출세액은 500만원입니다. 10년 안에 같은 부모에게서 받은 다른 증여가 있으면 합산되어 공제가 줄고 세율 구간이 올라갈 수 있습니다.상증세법 §35·§53 상증세법 시행령 §26②

메모대가를 6억원으로 낮춘 결과 자녀의 증여세는 500만원이지만 대표의 세금은 1억 1,140만원 늘었습니다. 대가를 시가 10억원으로 맞추면 부당행위와 증여세가 모두 닫히고 자녀의 자금 조달만 남습니다.

만약 대가가 8억원이었다면?

차액 2억원은 시가의 5%인 5,000만원을 넘어 부당행위계산부인은 그대로 적용되어 대표의 양도가액은 10억원입니다. 그러나 2억원은 기준금액 3억원에 못 미치므로 자녀의 증여세는 없습니다. 2겹만 열리고 3겹은 닫히는 구간입니다.소득세법 시행령 §167③ 상증세법 시행령 §26②

만약 자녀가 100% 보유한 B기업이 6억원에 샀다면?

B기업은 특수관계 개인에게서 유가증권을 시가보다 낮게 산 것이므로 차액 4억원이 익금이 되어 법인세를 냅니다. B기업은 자녀가 30% 이상을 보유한 특정법인이고 대표는 자녀의 특수관계인이므로, 4억원에서 법인세 상당액을 뺀 금액에 자녀 지분율 100%를 곱한 금액이 증여의제이익이 되고 1억원 이상이라 과세됩니다. 대표 쪽 부당행위계산부인은 그대로입니다.법인세법 §15②1호 상증세법 §45의5①·②

실무 정리

바로 내리면 안 되는 결론과 남겨 둘 기록

한 겹의 결론을 다른 겹에 옮겨 적는 것이 이 거래에서 가장 자주 생기는 착오입니다. 확인한 사실, 거기서 나오기 쉬운 성급한 결론, 추가로 봐야 할 것을 나눠 적습니다.

확인한 사실	성급한 결론	추가로 확인할 것
차액이 시가의 5%를 넘어 부당행위계산부인 대상	받는 쪽도 증여세를 낸다	증여세 문턱은 시가의 30%와 3억원 중 적은 금액. 5%와 30% 사이 구간은 파는 쪽만 과세
지분 3%라 대주주가 아님	세율은 10%	기타주주(가족·지배 법인) 지분 합산 여부, 직전 사업연도 말 시가총액 10억원 이상 여부, 연중 취득으로 4%를 넘었는지
중소기업기본법상 중소기업 확인서가 있음	양도소득세에서도 당연히 중소기업	소득세법은 직전 사업연도 종료일 현재로 따로 판정. 관계기업 합산과 졸업 여부를 그 기준일로 다시 확인
5개월 전 외부 투자자 거래가격이 있음	그 가격이 모든 세목의 시가	양도소득세 부당행위는 양도일 전후 3개월만 인정. 증여세는 증여일 전 6개월까지. 소액 거래(액면 1%·3억원 미만)인지
상대가 특수관계인이 아님	가격은 자유롭게 정해도 세금 문제 없음	차액이 시가의 30% 이상이면 거래 관행상 정당한 사유를 소명해야 함. 소명 못 하면 차액 − 3억원이 증여재산
받는 쪽이 법인이라 증여세가 없음	세 부담이 개인에게 넘길 때보다 줄어든다	법인의 익금산입과 법인세, 지배주주 30% 이상이면 특정법인 증여의제. 신고 기한도 법인세 신고기한 기준

검토 항목	남겨 둘 기록
대주주 판정	직전 사업연도 종료일의 주주명부, 기타주주 범위 판단(최대주주 그룹 여부), 시가총액 계산에 쓴 기준시가 산식과 재무제표
중소기업 판정	직전 사업연도 종료일 기준 매출·자산·독립성 자료. 할증 배제 근거로도 함께 쓰임
시가 산정	세목별 평가기간 안의 매매사례 목록과 제외 사유, 보충적 평가 계산서(순손익가치·순자산가치·80% 하한 적용 여부), 평가심의위원회 신청 여부
문턱 판단	시가·대가·차액을 한 줄로 두고 5%·3억원(부당행위), 30%·3억원 중 적은 금액(증여세), 30%·3억원과 1억원(특정법인)을 각각 판정한 표
취득가액	파는 쪽의 주식 수별 취득 경위와 금액(출자·증자·매입). 받는 쪽은 이번 대가와 증여재산가액을 합한 금액을 다음 양도 때 취득가액 자료로 보관
신고 일정	양도일(대금청산일)과 반기 말일, 양도소득세·증권거래세 예정신고 기한, 증여세 신고 기한, 확정신고 필요 여부

시가를 아직 계산하지 못했으면 문턱 판단을 '해당 없음'으로 적지 않고 미확정으로 남깁니다. 대가만으로 세액을 추정하면 파는 쪽 세금이 실제보다 작게 나와 대금 협상이 잘못된 전제 위에서 진행됩니다.

자주 묻는 질문

주주 간 지분 이전의 세금에 관한 질문

시가대로 팔면 네 겹 중 무엇이 남나요?

양도소득세와 증권거래세, 지방소득세만 남습니다. 부당행위계산부인과 저가 양수 증여세, 특정법인 증여의제는 모두 시가와 대가의 차액이 문턱을 넘을 때 열리므로 대가가 시가와 같으면 적용되지 않습니다. 다만 '시가'가 무엇인지는 세목별 평가기간과 매매사례 인정 요건을 따라 정해야 하고, 그 근거를 남겨야 나중에 다른 시가가 제시될 때 대응할 수 있습니다.소득세법 시행령 §167⑤

임직원에게 지분을 시가보다 싸게 넘기면 가족과 같은 취급인가요?

임원과 사용인은 국세기본법 시행령과 상속세 및 증여세법 시행령 모두에서 특수관계인이므로, 파는 대표에게는 부당행위계산부인이, 받는 임직원에게는 저가 양수 증여세가 가족과 같은 문턱으로 적용됩니다. 임직원 보상 목적이라면 주식매수선택권이나 우리사주 같은 별도 제도를 검토하는 편이 세법상 정리가 분명합니다.국세기본법 시행령 §1의2② 상증세법 시행령 §2의2①2호

대주주 기준이 50억원이라고 들었는데 비상장주식은 10억원인가요?

세율을 정하는 비상장법인 대주주는 지분 4% 이상 또는 직전 사업연도 말 시가총액 10억원 이상입니다. 50억원은 상장법인 대주주 기준이고, 비상장주식에서는 대주주가 아닌 자가 K-OTC를 통해 중소·중견기업 주식을 팔 때 과세 대상에서 제외되는지를 판정하는 별도의 대주주 기준에만 쓰입니다. 두 기준은 2024년 12월 31일 개정으로 조문이 나뉘었습니다.소득세법 시행령 §157③·§167의8①2호

저가로 넘긴 뒤 계약을 되돌리면 증여세를 피할 수 있나요?

증여재산을 증여세 신고기한 안에 합의로 반환하면 처음부터 증여가 없었던 것으로 보는 규정은 있습니다. 그러나 이 규정은 세무서장이 과세표준과 세액을 결정한 뒤에는 쓸 수 없고, 저가 양수에서 되돌린다는 것은 매매계약 자체를 해제하는 일이라 양도소득세·증권거래세 쪽 처리까지 함께 봐야 합니다. 되돌리는 방법을 계산에 넣는 것보다 대가를 시가에 맞춰 정하는 편이 확실합니다.상증세법 §4④

근거 자료

참고문헌

금액·기한·요건·기관 명칭은 현행 법령과 정부 안내로 확인했습니다. 본문의 번호 칩을 누르면 해당 자료로 이동합니다.

해설서
삼일회계법인 중소벤처기업 M&A지원센터·한국벤처캐피탈협회·중소벤처기업부 「M&A 가이드북」 Q29·Q31·Q32Q29 주식 양도소득세(과세대상·대주주·세율·부당행위계산부인) · Q31 개인주주 간 거래의 증여세(저가 양수·고가 양도 등) · Q32 특정법인 증여의제 (102~105·114·120~121쪽, 2022년 10월)
PDF 해설 책자
법률
소득세법 제94조·제97조·제101조·제103조·제104조·제105조·제110조§94①3호 주식등 양도소득의 범위 · §97 취득가액 · §101 양도소득의 부당행위계산(①재계산, ②증여 후 10년 내 양도 의제) · §103①2호 기본공제 250만원 · §104①11호 세율(대주주 20%·25%·30%, 그 외 10%·20%) · §105①2호 예정신고(반기 말일부터 2개월) · §110 확정신고 — 법률 제21221호, 2026.1.1. 시행
원문 보기
시행령
소득세법 시행령 제157조·제157조의2·제165조·제167조·제167조의8§157①~③ 상장·비상장 대주주와 기타주주 범위(K-OTC 제외 판정용 비상장 대주주 4% 또는 50억원) · §157의2 중소기업 판정(직전 사업연도 종료일) · §165④ 비상장주식 기준시가 · §167③ 부당행위 요건(3억원 또는 5%), ⑤ 시가는 상증세법 준용·양도일 전후 3개월, ⑥ 개인·법인 거래 예외 · §167의8 세율 적용 대주주(4% 또는 10억원, K-OTC 벤처기업 40억원) — 대통령령 제36343호, 2026.7.1. 시행
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법률
상속세 및 증여세법 제4조·제35조·제45조의5·제47조·제53조·제56조·제60조·제63조·제68조§4 증여세 과세대상과 신고기한 내 반환 · §35 저가 양수·고가 양도에 따른 이익의 증여(①특수관계인, ②비특수관계, ③법인세법 시가 예외) · §45의5 특정법인과의 거래를 통한 이익의 증여 의제(30%, 법인세 상당액 한도) · §47② 10년 합산 · §53 증여재산공제 · §56·§26 세율 · §60 시가 · §63 유가증권 평가와 최대주주 할증(중소기업 제외) · §68 신고기한 — 법률 제21065호, 2025.10.1. 시행
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시행령
상속세 및 증여세법 시행령 제2조의2·제26조·제34조의5·제49조·제53조·제54조§2의2 특수관계인 · §26 기준금액(시가 30%와 3억원 중 적은 금액), 상장주식 제외, 증여일은 대금청산일 · §34의5 특정법인 이익 계산(법인세 상당액 차감, 1억원 이상, 30%·3억원, 법인세법 시행령 §89 시가) · §49 평가기간(증여 전 6개월~후 3개월)과 매매사례 제외 · §53⑤~⑧ 할증 배제 · §54 비상장주식 보충적 평가(3 : 2, 80% 하한, 평가심의위원회 70~130%) — 대통령령 제36587호, 2026.9.18. 시행
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법률·시행령
법인세법 제15조·제52조 · 시행령 제88조·제89조법 §15②1호 특수관계 개인으로부터 유가증권 저가매입 시 차액 익금 · §52 부당행위계산의 부인과 시가 · 영 §88①1호·3호 고가매입·저가양도, ③ 3억원 또는 5% · §89① 제3자 거래가격, ② 시가 불분명 시 상증세법 준용(주식은 감정가액 제외) — 법률 제21217호(2026.1.1.)·대통령령 제36130호(2026.2.27.)
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법률·시행령
증권거래세법 제3조·제7조·제8조·제10조 · 시행령 제5조§3 3호 직접 양도는 양도자가 납세의무자 · §7①2호 과세표준은 양도가액, 저가 양도로 인정되면 시가액 · §8① 세율 0.35% · §10①2호 반기 말일부터 2개월 신고 · 영 §5 시장별 탄력세율(비상장 해당 없음) — 법률 제18724호(2022.7.1.)·대통령령 제35947호(2026.1.2.)
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법률
지방세법 제103조의3①11호 주식 양도소득에 대한 개인지방소득세 세율(대주주 1천분의 20·25·30, 그 외 1천분의 10·20) — 법률 제21308호, 2026.1.1. 시행
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법률
조세특례제한법 제14조·제46조의8§14①7호 대주주 아닌 자의 K-OTC 벤처기업 주식 양도소득 불포함(⑧ 2028.12.31. 취득분까지) · §46의8 벤처기업 주식 매각대금 50% 이상 재투자 시 과세이연(2026.12.31.까지 양도분, 3년 보유) — 법률 제21467호, 2026.9.18. 시행
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시행령
국세기본법 시행령 제1조의2① 친족관계(4촌 이내 혈족·3촌 이내 인척·배우자 등) · ② 경제적 연관관계(임원·사용인 등) · ③④ 경영지배관계(30% 이상 출자 등) — 대통령령 제36125호, 2026.2.27. 시행
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이 글은 2026-09-26 기준 법령과 공개 자료를 바탕으로 정리한 일반 정보입니다. 회사별 사실관계에 따라 결론이 달라질 수 있으니 실제 적용 전에는 전문가와 확인하시기 바랍니다.

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