[부가가치세 쟁점 100선] 2편: 부가가치세 과세거래 5대 쟁점 — 출자지분·청약철회·면세전용·잔존재화·사업양도 (2026)

1. 임대사업 출자지분 부담부증여는 재화의 공급이 아니다 (사례 8)

「부가가치세법」 §9①은 재화의 공급을 계약상·법률상의 모든 원인에 의한 인도·양도로 정의한다. 그러나 공동사업은 출자자와 별개의 납세의무자이므로, 출자자가 자기 출자지분을 양도·상속·증여하거나 공동사업이 출자지분을 현금 반환하는 행위는 「부가가치세법 기본통칙」 9-18…2 1호에 따라 재화의 공급에서 제외된다(사전-2021-법령해석부가-0783, 2021.6.10.).

한편 부동산을 부부+자녀 4인 공동사업으로 정정 등록한 뒤에도 자가 사용분(예: 본인 운영 의원) 임대료에 대해서는 공동사업자 명의로 세금계산서를 발급해야 한다(사전-2015-법령해석부가-0132). 부담부증여는 양도소득세·증여세 과세 영역이 별도로 작동하므로, 자녀의 공동사업 출자분에 대응하는 채무 승계분은 양도소득세 신고 대상이라는 점도 함께 점검한다.

2. 온라인 쇼핑몰 청약철회 조건 — 공급시기는 구매확정일 (사례 11)

「부가가치세법」 §15①1호는 재화의 공급시기를 원칙적으로 인도일로 본다. 다만 부법 §15②·부령 §28②은 반환·동의·기한부 등 조건부 판매의 경우 조건이 성취되거나 기한이 지나 판매가 확정되는 때를 공급시기로 본다.

오픈마켓(11번가·쿠팡·네이버 스마트스토어 등)에서 2025.12.20. 결제·12.25. 배송·2026.1.2. 자동확정된 거래는 부가가치세 공급시기가 2026.1.2.이므로 2026년 1기 귀속분으로 신고한다. 반면 같은 거래의 법인세 손익귀속시기는 2025.12.25.이라 부가-법인 간 분리 인식이 발생한다(전자상거래법 §17 청약철회 7일 규정).

3. 오피스텔 사업용→주거용 임대전환 — 면세전용 추징 산식 (사례 14)

매입세액을 환급받은 오피스텔을 임차인이 실제로 주거용으로 사용하면 부법 §10①의 면세전용에 해당해 당초 공제받은 매입세액이 추징된다. 면세 여부는 공부상 용도가 아니라 임차인의 객관적 사용 현황으로 판단한다(대법원 91누12707, 대법원 2013두1225, 2013.6.13.).

2023.6.1. 4억 원에 매입(매입세액 4,000만 원 환급)한 오피스텔을 사무실(과세) 2년 임대 후 직원 가족에게 주거용 2년 임대로 전환하면, 2025년 1기에 면세전용이 발생한다. 경과 과세기간 4기 적용 시 공급가액은 4억 × (1 − 5% × 4) = 3억 2,000만 원, 부가가치세는 3,200만 원이 추징된다. 다만 일시적 임대(분양 광고 지속·1년 미만 단기계약·재고자산 회계처리)는 면세전용으로 보지 않는다(부가 46410-2126, 1997.9.12.).

4. 폐업시 잔존재화 — 매매계약 시점이 결과를 결정한다 (사례 16)

부령 §28⑨은 폐업 전에 공급한 재화의 공급시기가 폐업일 이후 도래하는 경우 폐업일을 공급시기로 본다. 매매계약(원인행위) 시점이 폐업일 전인지 후인지에 따라 부가가치세 부담이 크게 달라진다(대법원 2005두10453, 2006.1.13.).

임대용 부동산을 잔존재화로 인정받으려면 임차인을 모두 내보내고 공실 상태에서 폐업한 뒤 매매계약을 체결해야 한다. 잔존재화로 납부한 부가가치세는 양도소득의 필요경비로 차감된다(소령 §163①1호). 매매계약은 신고서 하단 “수입금액 제외(31)란”에 “폐업시 잔존재화 3억 원”으로 기재한다.

5. 사업양도(포괄승계) — 양수자가 다른 업종 운영하면 비과세 X (사례 18)

부법 §10⑨와 부령 §23은 사업장별로 모든 권리·의무를 포괄적으로 승계받는 사업양도를 재화의 공급에서 제외한다. 다만 양수자가 양도자의 사업을 일단 승계받은 뒤 업종 추가·변경하는 것은 허용되지만, 승계 시점부터 다른 업종을 직접 운영하면 사업양도가 성립하지 않는다.

실무에서 사업양도 해당 여부가 불분명하면 부법 §52에 따른 양수자 대리납부 제도를 활용할 수 있다. 양도자가 세금계산서를 발급하고 양수자가 부가가치세를 대리납부하면 재화의 공급으로 처리되어 사후 다툼을 피할 수 있다. 단, 양수자가 대리납부하지 않거나 양도자가 대신 납부하면 적용되지 않는다.

2026 실무 적용 사례 5건

2026 핵심 가산세·체크리스트

2026년 부가가치세 신고 전 다음 5가지를 점검한다. ① 공동사업 출자지분 변동 거래에 세금계산서를 발급하지 않았는가, ② 오픈마켓 자동확정 매출의 공급시기가 약관상 구매확정일로 잡혀 있는가, ③ 매입세액 환급 부동산을 면세사업·주거용으로 전환할 때 면세전용 산식(취득가액 × 1−5%×경과 과세기간 수)을 적용했는가, ④ 폐업 절차에서 매매계약 시점이 폐업일과 정확히 정렬되어 있는가, ⑤ 사업양도 거래에서 양수자가 즉시 다른 업종을 운영하지 않는지 확인했는가. 이 5가지는 국세청·기획재정부·대법원 1차 자료가 일관되게 강조하는 점검 항목이다.

FAQ

Q1. 부부가 자녀에게 임대 부동산 출자지분을 부담부증여하면 부가가치세가 과세되나요?

A. 자녀가 동일 공동사업에 그대로 참여하는 한 출자지분의 양도·증여는 재화의 공급으로 보지 않으므로 부가가치세가 과세되지 않습니다(사전-2021-법령해석부가-0783). 세금계산서를 발급하면 사실과 다른 세금계산서가 됩니다. 다만 사업자등록 정정신고는 반드시 해야 합니다.

Q2. 오픈마켓에서 12월 25일에 배송하고 1월 2일에 자동확정된 매출은 어느 기에 신고하나요?

A. 약관상 구매확정 조건이 있으므로 부가가치세 공급시기는 구매확정일(다음 해 1월 2일)입니다(부령 §28②). 따라서 다음 해 제1기 부가가치세 신고분에 포함합니다. 다만 법인세 손익귀속시기는 인도일(12월 25일)이라 부가-법인 분리 인식이 발생합니다.

Q3. 사무실로 임대하던 오피스텔을 직원에게 주거용으로 임대하면 매입세액이 추징되나요?

A. 임차인이 실제로 주거용으로 사용하면 면세전용에 해당해 매입세액이 추징됩니다(부법 §10①, 대법원 2013두1225). 추징액은 취득가액 × (1 − 5% × 경과 과세기간 수)의 10%이며 면세사용 개시 과세기간에 신고합니다.

Q4. 폐업 직전에 매매계약을 체결하는 것과 폐업 후 매매계약을 체결하는 것 중 어느 쪽이 유리한가요?

A. 일반적으로 폐업 후 매매계약이 유리합니다. 잔존재화 의제공급가액은 취득가액에 5%×경과 과세기간 수만큼 감액되어 양도가액보다 낮아질 수 있기 때문입니다. 단, 임차인을 모두 내보낸 공실 상태에서 폐업해야 하며 매매계약 시점이 폐업일 후임을 객관적으로 입증할 수 있어야 합니다.

Q5. 임대건물을 매수한 사람이 임대업이 아닌 음식점을 직접 운영하면 사업양도로 비과세되나요?

A. 양수 시점부터 다른 업종을 직접 운영하면 사업양도로 보지 않으므로 양도가액 전체가 부가가치세 과세 대상입니다(법규부가 2010-326). 양수자가 일단 임대업으로 사업을 받은 뒤 사후에 업종을 변경하면 사업양도가 인정됩니다.