[부가세 100선] 5편: 과세표준 7대 실무쟁점 — 일괄양도 안분·BOT·국고보조금·부담부증여 (2026)

[부가세 100선] 5편: 과세표준 7대 실무쟁점 — 일괄양도 안분·BOT·국고보조금·부담부증여 (2026)

2026년 기준 부가가치세 과세표준(제5장)의 7대 실무쟁점을 「부가가치세법」 제29조·시행령 제64조·제29조②, 「부가가치세법 기본통칙」, 국세청·기획재정부 예규, 대법원 2018두39027 판결로 정리합니다. 토지·건물 일괄양도 안분, BOT 공급가액, 국고보조금, 공익단체 부담부증여, 임차인 대신 부담한 취득세 중과분, 마일리지·청구할인 에누리, 폐업 잔존재화까지 표 중심으로 살펴봅니다.

📚 주요 출처 (정부기관 중심)

1. 한눈에 보는 과세표준 7대 쟁점 매트릭스

# 쟁점 핵심 근거 적용 결과
① 토지·건물 일괄양도 안분 부령 §64① 감정 → 기준시가 → 장부가액 → 안분율 30% 룰
② BOT 시설이용용역 부령 §29②4호·§61②7호 (대가+설치가액)×(과세개월/총개월)
③ 국고보조금 부법 §29⑤4호 재화·용역 공급 대가면 과세, 단순 출연금이면 비과세
④ 공익단체 부담부증여 부법 §26①20호·부령 §47 채무인수액=공급가액, 무상분만 면세
⑤ 임차인 부담 취득세·재산세 중과분 부가46015-742 임대용역 공급가액에 포함 → 세금계산서 발급
⑥ 마일리지·신용카드 청구할인 부법 §29⑤·⑥ 자기적립·청구할인은 에누리(차감), 제3자분은 보전 여부로 판단
⑦ 폐업 시 잔존재화 부법 §10①·⑥ 매입세액 공제분만 과세, 토지·승용차 제외

2. 토지·건물 일괄양도 안분계산 4단계 (부령 §64①)

실지거래가액이 불분명하거나 30% 이상 차이날 때 적용하는 4단계 우선순위입니다. 감정가액은 공급시기가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일 ~ 공급시기 과세기간 종료일(부령 §64①1호, 약 1년)의 「감정평가 및 감정평가에 관한 법률」 상 감정평가법인 가액만 인정됩니다.

구분 적용 순서 유의사항
1순위 감정가액이 모두 있는 경우 감정가액 비율 안분(기준시가 우선 배제)
2순위 기준시가가 모두 있는 경우 공급계약일 현재 기준시가 비율 안분
3순위 기준시가가 일부 없거나 모두 없는 경우 1차 장부가액(없으면 취득가액) → 2차 기준시가 안분
4순위 일괄고시 오피스텔·상업용 국세청 고시 §2(고시 제2021-43호) 기준가액 산정 후 안분

실전 시뮬레이션 — ㈜한공이 토지·건물을 100억원에 일괄매도(감정가액 토지 60억·건물 40억, 직전 과세기간 내 평가)한 경우 건물 공급가액=100억×40/100=40억원, 부가가치세=4억원이 됩니다. 계약서에 토지 90억·건물 10억으로 임의 구분해도 30% 이상 괴리되면 부령 §64①에 따라 재안분되므로 매수인 요구를 무비판 수용하면 안 됩니다.

3. BOT 방식 시설이용용역 공급가액 산식 (사례 64)

BOT(Build-Operate-Transfer) 방식으로 시설을 설치·이전하고 사용 대가를 받는 경우 공급가액은 다음 산식으로 계산하며, 예정신고기간·과세기간 종료일을 공급시기로 봅니다(부령 §29②4호·§61②7호).

공급가액 = (용역제공기간 지급받는 대가 + 시설 설치가액) × (해당 과세대상 개월수 / 용역제공기간 총 개월수)

한국도시공사가 ㈜한공으로부터 20년간 임대료 2.4억원·설치가액 30억원 주차장을 받는 경우, 2025년 1기 예정·확정신고 공급가액은 각각 (2.4억+30억)×3/240=4,050만원으로 4,050만원×2회=8,100만원의 세금계산서가 발급됩니다.

법인세법 익금에서는 과세당국(기획재정부 법인세제과-316, 2014.5.15.)이 설치가액 기준으로 1.62억원을 보고, 대법원 2018두39027(2022.1.27.)은 이전시점 시가 10억원 기준으로 6,200만원으로 보아 견해가 엇갈립니다. 시설 설치가액이 이전 시 시가보다 큰 통상 사례에서는 과세당국 신고분이 과대되므로 확정 판결 이후 경정청구 검토가 필요합니다.

4. 국고보조금·부담부증여·임차인 부담 취득세 중과분

쟁점 판단 기준 결과
국고보조금 (사례 58) 재화·용역 공급의 대가인가? (부법 §29⑤4호) 「민군기술협력사업」 공동연구 출연금처럼 결과물 공동소유면 공급 대가 아님 → 비과세. 단, 직접 납품 대가면 과세
공익단체 부담부증여 (사례 50) 채무인수액 100억원/감정가액 평균 240억원 → 무상분만 면세 토지분(채무 100억×토지 90/240=37.5억)은 면세 토지라 무관, 건물분(100억×150/240=62.5억)이 과세 공급가액. 부법 §26①20호의 면세는 무상공급분 한정
임차인 부담 취득세·재산세 중과분 (사례 61) 임대용역 대가의 일부인가? 유흥주점 중과 취득세 800만원·재산세 50만원 전액 임대료에 포함, 받은 날 세금계산서 발급(부가46015-742, 2000.4.3.)

5. 마일리지·청구할인 에누리·폐업 잔존재화

(1) 자기적립 마일리지·신용카드 청구할인(사례 47·48) — 부법 §29⑤·⑥에 따라 자기적립 마일리지로 결제한 금액과 카드사가 사후 청구할인한 금액은 모두 공급가액에서 차감되는 에누리입니다. 다만 제3자(통신사·자회사) 마일리지 사용분은 보전받으면 보전금액만큼 공급가액에 포함되고, 보전받지 않으면 자기생산·취득 재화 증여로 의제(부법 §10④)되어 시가 과세될 수 있어 구분이 필수입니다.

(2) 폐업 시 잔존재화 공급가액(사례 63) — 폐업일 현재 남아있는 재화 중 매입세액 공제분만 과세대상이며(부법 §10①·⑥), 토지·8인승 초과 승용차 등 매입세액 불공제 자산은 제외합니다. 공급가액은 시가가 원칙이나 감가상각자산은 (취득가액×(1-감가율×경과 과세기간 수))로 계산하며, 폐업 후 매각된 공장건물·토지는 폐업 시점 시가가 기준이지 매매가액이 아닙니다.

6. 보완 5대 실전 사례 (사례 46·49·55·62·65)

사례 쟁점 2026 적용 결과
46. 외국통화 결제(국내사업자간) 국내사업자 간 외화 결제의 공급가액 환산 공급시기 도래 전 환가하면 그 환가액, 공급시기 이후 보유분은 공급시기의 「외국환거래법」 상 기준환율·재정환율(부령 §59). 일요일·공휴일은 직전 영업일 고시환율(서삼46015-11986).
49. 분양대가 선납할인 중간지급조건부 선납할인액의 공급가액 차감 계약서에 선납할인 약정을 명시하고 사전약정대로 차감한 경우 할인액은 에누리로 공급가액에서 차감(부령 §61, 부집 29-… ). 약정 없이 임의 할인하면 차감 불가.
55. 일괄고시 기준시가 오피스텔 토지·건물 일괄고시 기준시가 적용 국세청 고시(제2021-43호 §2) 기준가액으로 1차 안분 후 일괄고시 가액으로 2차 보정. 토지 기준시가는 「부동산 가격공시법」 개별공시지가, 건물 기준시가는 국세청 산정·고시 가액(고시 제2023-26호).
62. 전대(轉貸) 공급가액 전대인의 임대보증금·임대료 처리 전대인이 지급받은 전대료 총액이 공급가액이며, 임대인에게 지급하는 원임대료를 차감하지 않음. 보증금에 대한 간주임대료(부령 §65)도 별도 가산.
65. 보세공장 국내공급 보세구역 내→보세구역 외 국내사업자 공급 공급가액=총 매매가액 9,000만원에서 수입신고 시 관세과세가격(외국에서의 수입가액 + 관세 등)을 차감한 금액. 차감액은 매수인이 세관장으로부터 수입세금계산서로 별도 수취(부법 §29⑥, 부집 29-… ).

위 5개 사례는 ① 외화결제 환산환율 timing, ② 사전약정 선납할인 에누리, ③ 일괄고시 오피스텔 기준가액 산정, ④ 전대인의 공급가액 총액주의, ⑤ 보세공장 이중과세 방지(매수인 수입세금계산서로 차감)라는 5가지 차별 포인트가 있어 사례 50~64와 함께 「과세표준 4대 안분 원칙」을 완성합니다. 특히 보세공장 사례는 매수인이 세관장 수입세금계산서로 매입세액공제 받는 부분과 매도인 공급가액이 중복되지 않도록 「부가가치세 집행기준」 29-…를 반드시 확인해야 합니다.

7. 2026년 개정·실무 동향 — 일괄양도 30% 룰과 BOT 판례 확장

2026년 기준 가장 큰 변화는 두 가지입니다. 첫째, 토지·건물 일괄양도 30% 차이 룰의 적용 강화입니다. 부령 §64①(2) 단서에 따라 계약서 구분가액과 안분가액 차이가 30% 이상이면 무조건 안분가액을 우선하며, 「공공주택특별법」·「민간임대주택법」 등 다른 법령에 따른 구분가액만 예외로 인정됩니다. 양도자가 절세 목적으로 토지가액을 과대 책정하는 거래는 2025년 이후 국세청 정기 사후검증 항목으로 편입되어 적발 시 가산세 부담이 커집니다.

둘째, BOT 방식의 법인세 익금 인식은 대법원 2018두39027(2022.1.27.) 판결로 「이전시점 시가」 기준이 확정됐지만, 과세당국은 여전히 「설치가액」 기준 견해(기재부 법인세제과-316)를 유지하고 있어 부가가치세는 부령 §29②4호 산식(설치가액 기준)으로 신고하되 법인세는 대법원 견해로 차이를 조정·경정청구하는 이원적 대응이 합리적입니다. 특히 SPC·민자사업 시행자는 법인세 신고 후 5년 경정청구기간(국기법 §45의2) 내에 환급 신청을 검토해야 합니다.

📌 절세·리스크 관리 체크리스트 5단계

  1. 일괄양도 계약서: 토지·건물 가액 구분과 부령 §64①의 안분율 차이가 30% 미만인지 사전검증, 직전 과세기간 내 감정평가서 확보
  2. BOT 계약: 시설 설치가액·임대료 별도 명세, 준공일 전·후 토지사용료 구분(기재부 부가가치세과-650, 2017.12.11.)
  3. 국고보조금: 정부·공공기관 협약서에 결과물 소유·납품 의무 조항 점검 → 단순 출연금이면 면세 처리
  4. 임대차 특약: 임차인 부담 취득세·재산세 중과분은 「부가가치세 별도」 명시 → 받은 날 세금계산서 발급
  5. 마일리지 회계: 자기·제3자·자회사 마일리지 사용 내역을 결제수단별로 구분 관리, 보전 약정서 보관

❓ 자주 묻는 질문 (FAQ)

Q1. 토지·건물 매매계약서에 토지 90억·건물 10억으로 임의 구분했으면 그대로 인정되나요?

아니요. 부령 §64①(2)에 따라 계약서 구분가액과 부령 §64①(1)·(2) 안분가액의 차이가 30% 이상이면 안분가액을 적용합니다. 다른 법령(예: 「공공주택특별법」)에 따른 구분가액만 우선 인정됩니다.

Q2. BOT 시설 설치가액이 30억인데 매년 임대료만 신고하면 안 되나요?

안 됩니다. 부령 §29②4호는 설치가액을 용역제공기간에 안분해 매 과세기간 공급가액에 포함하도록 규정합니다. 임대료만 신고하면 과소신고 가산세(국기법 §47의3) 대상입니다.

Q3. 공익단체에 부동산을 부담부증여하면 부가가치세는 전혀 안 내나요?

채무인수액(부담부분)은 유상공급으로 과세대상입니다. 부법 §26①20호의 면세는 무상공급분에 한정되며, 건물 분담 채무액(예: 62.5억)만큼 공급가액으로 보아 부가세를 신고해야 합니다.

Q4. 폐업 직전 매매계약을 체결한 공장건물·토지는 폐업 잔존재화로 신고해야 하나요?

네. 폐업일 현재 소유권이 이전되지 않았다면 폐업 시 잔존재화입니다. 단 토지·매입세액 불공제 자산은 제외하며, 공장건물은 폐업일 시가(매매가액이 시가의 근거가 될 수 있음)로 평가합니다(부법 §10①·⑥, 부령 §66).