토지·건물 일괄공급 부가가치세 과세표준 안분 대표 이미지

[부가세 100선] 12편: 토지·건물 일괄공급 과세표준 6대 쟁점 — 재건축조합 분양·3자산 2차 안분·철거 특약 (2026)

토지와 건물을 한 덩어리로 넘기는 거래는 계약서에 적힌 금액이 그대로 인정되지 않는 경우가 많습니다. 2026년 기준 부가가치세 과세표준(제5장)의 6대 안분·보조금 쟁점을 「부가가치세법」 제29조 제9항, 같은 법 시행령 제64조, 「조세특례제한법」 제104조의7, 국세청 고시 제2021-43호로 정리했습니다. 재건축조합 분양분의 3분할 판정, 감정가액·기준시가가 일부만 있는 3자산 일괄양도의 2차 안분, 건축 중 선분양, 철거 특약의 30% 예외, 국고보조금 2유형까지 표 중심으로 살펴봅니다. 총론 성격의 5편(과세표준 7대 실무쟁점)과 겹치지 않는 각론만 담았습니다.

📚 주요 출처 (정부기관 중심)

1. 한눈에 보는 과세표준 6대 쟁점

# 쟁점 핵심 근거 2026년 적용 결과
① 재건축조합 분양분 조특법 §104의7③ 조합원분 비과세 / 일반분양 국민주택 이하 면세·초과 과세
② 3자산 일괄양도(감정·기준시가 일부) 부령 §64①2호 단서 1차 장부가액 → 2차 기준시가 2단계 안분
③ 건축 중 아파트 선분양 국세청 고시 2021-43호 §3 건축허가조건 기준가액 안분, 준공 시 정산
④ 철거 목적 매매특약 부령 §64②2호 30% 이상 차이나도 실지거래가액 인정
⑤ 보조금을 재원으로 받은 공사대금 부법 §29⑤4호 대가이므로 과세표준 포함
⑥ 손실보전 목적 공공보조금 부법 §29⑤4호·부령 §81① 공급가액 제외, 다만 면세공급가액 판정 주의

2. 재건축조합 분양분의 3분할 판정 (사례 51)

정비사업조합이 관리처분계획에 따라 조합원에게 공급하는 토지·건축물은 종전 토지를 대신하는 것이므로 재화의 공급으로 보지 않습니다(조특법 §104의7③). 즉 면세가 아니라 비과세입니다. 반면 일반분양분은 조특법 §106①4호에 따라 국민주택 규모 이하만 면세이고, 초과분과 상가는 과세됩니다. 부속토지는 언제나 면세입니다.

구분 국민주택 이하 국민주택 초과 상가
조합원분양 건물 비과세 (조특법 §104의7③, 부법 §9·§10 적용 배제)
일반분양 건물 면세 과세 과세
부속토지(공통) 면세
발코니 확장 관리처분계획 포함 시 비과세 / 별도 계약이면 과세

예컨대 조합원분양 160억원·일반분양 240억원인 조합이라면, 조합원분 160억원은 신고서에 아예 잡히지 않고 일반분양 중 국민주택 초과 70억원과 상가 60억원의 건물분만 과세표준이 됩니다(부가 46015-141, 2001.1.17.). 발코니 확장비를 조합원과 별도 계약으로 받으면 그 부분만 과세로 뒤집히므로 계약서 편철이 중요합니다.

국가법령정보센터 부가가치세법 시행령 제64조 조회
「부가가치세법 시행령」 제64조 원문은 국가법령정보센터(법제처)에서 확인할 수 있습니다.

3. 감정가액·기준시가가 일부만 있을 때의 2단계 안분 (사례 54)

부령 §64①은 ①기준시가가 모두 있으면 기준시가(감정가액이 있으면 감정가액 우선) ②어느 하나라도 기준시가가 없고 감정가액이 있으면 감정가액, 감정가액도 없으면 장부가액으로 1차 안분한 뒤 기준시가가 있는 자산만 다시 2차 안분 ③둘 다 곤란하면 국세청장이 정하는 방법 순으로 규정합니다. 여기서 장부가액은 세무상 장부가액입니다(부가 46015-929, 1994.5.7.).

구분 장부가액 1차 안분(장부가액) 2차 안분(기준시가) 과세 여부
토지 50억 75억 80억 면세
건물 30억 45억 40억 과세
구축물 20억 30억 -(기준시가 없음) 과세
합계 100억 150억 150억 과세표준 70억

매매대금 150억원에 부가가치세가 포함돼 있다면 분모를 토지 + 건물×1.1 + 구축물×1.1로 잡아야 합니다. 최종 안분금액에 100/110을 곱해 과세표준을 산출하는 절차를 빠뜨리면 과세표준이 10% 과대계상됩니다.

4. 건축 중 선분양과 철거 특약 (사례 56·57)

구분 건축 중 선분양 철거 목적 일괄취득
근거 국세청 고시 제2021-43호 §3 부법 §29⑨2호 단서·부령 §64②2호
기준가액 공급계약일 현재 건축허가조건대로 완성된 것으로 보아 산정 기준가액 산정 불요
산식(VAT 포함) 대금 × 건물기준가액 ÷ (토지기준가액 + 건물기준가액×1.1) 실지거래가액 × 100/110
사후 절차 허가조건 변경·상이 시 완성일(불분명하면 준공검사일) 정산 건축허가 신청·해체심의 등 사실판단

국민주택규모 초과 아파트를 5억원(부가가치세 포함)에 중간지급조건부로 분양하면서 토지 기준시가 1.2억·건물 기준시가 1.8억인 경우, 계약금 1억원에 대응하는 건물 공급가액은 1억 × 1.8억 ÷ (1.2억 + 1.98억) = 56,603,773원입니다. 반면 매수인이 특약에 따라 건물을 철거하고 토지만 쓰기로 한 거래는 계약서 구분가액이 안분액과 30% 이상 차이나도 그대로 인정되지만, 잔금일 이전 매도인 명의 건축허가 신청, 건축물 해체심의 접수, 매수인 사업자등록 등 정황으로 사실판단합니다(사전-2022-법규부가-0299).

국세청 고시 제2021-43호 안내
토지·건물 일괄공급 기준가액 산정은 국세청 고시 제2021-43호를 따릅니다.

5. 국고보조금 — 재원이냐 대가냐 (사례 59·60)

부법 §29⑤4호는 재화·용역의 공급과 직접 관련되지 않는 국고보조금·공공보조금만 공급가액에서 제외합니다. 판정 기준은 돈의 출처가 아니라 대가성입니다.

사례 거래 구조 결론
수해복구 공사대금 지자체 → 추진위원회(보조사업자) → 시공사에 공사대금 지급 시공사에게는 용역 대가 → 과세표준 포함
민자도로 무료통행 보상 지자체 요청으로 명절 통행료 면제, 손실을 전액 보전 용역 공급과 무관 → 공급가액 제외(서면-2020-부가-4227)
민군기술협력 출연금 결과물을 주관·참여기관이 공동 소유 공급 없음 → 과세대상 아님

실무에서 가장 자주 틀리는 지점은 겸영사업자의 안분입니다. 손실보전 공공보조금은 부령 §81①의 면세공급가액에도 해당하지 않아 공통매입세액 안분 분자에서 빼야 하지만, 면세사업과 관련해 받았으나 과세표준에 포함되지 않는 보조금은 면세공급가액에 넣어야 합니다. 방향이 반대이므로 보조금 성격별로 대장을 나눠 관리해야 합니다. 안분 실무는 7편(공통매입세액 안분·정산)에서 다뤘습니다.

6. 2026년 개정 포인트 — 부가세·양도세 정합성

종전에는 같은 계약서를 두고 부가가치세는 구분가액을 인정하는데 양도소득세는 인정하지 않아 이중 계산이 필요했습니다. 이 불일치가 소득세법 시행령 제166조 제8항 신설(2025.2.28.)로 해소됐습니다.

구분 종전 2025.1.1. 이후 양도분
다른 법령에 따른 구분 양도세는 안분액 강제 부가세와 동일하게 구분 실지거래가액 인정(소법 §100③ 단서, 소령 §166⑧)
철거 후 토지만 사용 양도세는 안분액 강제

다만 예외에 해당하지 않으면 여전히 30% 룰이 작동합니다. 감정가액으로 안분하면 건물 40억인데 계약서에 10억으로 적었다가 적발되면, 부가가치세 3억원에 세금계산서 부실기재 가산세 3천만원(공급가액의 1%, 서면-2022-법규부가-2230), 과소신고가산세 3천만원, 납부지연가산세 2,409만원까지 약 3.84억원이 추징될 수 있습니다.

재정경제부 세법해석 안내
부가가치세법·소득세법의 소관부처는 2026년 기준 재정경제부입니다.

7. 실전 보완 사례 3건

사례 상황 처리
조합 상가 일반분양 일반분양 상가 60억원(부속토지 포함) 토지분 면세, 건물분만 과세. 조합원 상가분은 비과세로 신고서에서 제외
구축물 포함 공장 매각 구축물에 기준시가·감정가액 모두 없음 구축물은 1차 장부가액 안분액 30억원으로 확정, 토지·건물만 2차 재안분
준공 후 허가조건 변경 선분양 후 설계 변경으로 연면적 증가 완성일 기준가액 재산정 후 기 발급 세금계산서를 수정발급해 정산

구축물처럼 기준시가가 없는 자산은 2차 안분 대상에서 빠지므로 1차 결과가 그대로 확정된다는 점, 그리고 정산 의무가 붙는 것은 선분양뿐이라는 점이 세 사례를 가르는 분기점입니다.

찾기 쉬운 생활법령정보 부가가치세 안내
일반 납세자용 요약은 찾기 쉬운 생활법령정보에서 제공합니다.

📌 절세·리스크 관리 체크리스트 6단계

  1. 감정평가서 기간 확인 — 공급시기가 속한 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기 과세기간 종료일까지의 감정가액만 인정
  2. 30% 괴리 사전검증 — 계약 체결 전 부령 §64① 순서대로 안분액을 시뮬레이션
  3. 예외 요건 문서화 — 철거 특약이면 건축허가 신청서·해체심의 접수증·매수인 사업자등록증 편철
  4. 부가가치세 포함 여부 명시 — 포함이면 분모에 건물·구축물 기준가액의 1.1배 반영
  5. 조합 분양대장 3분할 — 조합원분(비과세)·일반분양 면세·일반분양 과세 및 발코니 확장 별도 계약분 구분
  6. 보조금 대장 분리 — 대가성 보조금(과세)·손실보전금(제외)·면세사업 관련분(면세공급가액 산입)을 구분 기재

❓ 자주 묻는 질문 (FAQ)

Q1. 재건축조합이 조합원에게 공급하는 아파트는 면세인가요, 비과세인가요?

비과세입니다. 조특법 제104조의7 제3항은 관리처분계획에 따라 종전 토지를 대신해 공급하는 토지·건축물을 「부가가치세법」 제9조·제10조의 재화의 공급으로 보지 않는다고 규정합니다. 면세가 아니므로 계산서 발급 의무나 면세공급가액 산입 문제도 생기지 않습니다.

Q2. 토지·건물·구축물 중 구축물만 기준시가가 없으면 어떻게 안분하나요?

감정가액이 모두 있지 않으므로 부령 제64조 제1항 제2호 단서에 따라 먼저 세무상 장부가액(없으면 취득가액)으로 1차 안분하고, 기준시가가 있는 토지와 건물의 1차 안분액 합계만 다시 기준시가로 2차 안분합니다. 구축물은 1차 안분액이 최종 공급가액입니다.

Q3. 매수인이 건물을 헐고 토지만 쓰기로 했으면 건물가액을 얼마로 적어도 되나요?

부령 제64조 제2항 제2호에 해당하면 안분액과 30% 이상 차이가 나도 실지거래가액이 인정됩니다. 다만 이는 사실판단 사항이라 잔금일 이전 매도인 명의 건축허가 신청, 건축물 해체심의 접수, 매수인 사업자등록 등 정황을 갖춰야 합니다(사전-2022-법규부가-0299).

Q4. 국고보조금을 재원으로 공사대금을 받으면 부가가치세를 안 내도 되나요?

아닙니다. 과세 여부는 대가의 재원이 아니라 재화·용역의 공급이 있었는지로 판단합니다. 보조사업자로부터 공사대금을 받은 시공사는 용역을 공급한 것이므로 전액 과세표준에 포함해 세금계산서를 발급해야 합니다.

Q5. 선분양한 아파트의 건축허가조건이 바뀌면 이미 신고한 과세표준은 어떻게 하나요?

건물이 완성된 날(불분명하면 준공검사일)에 국세청 고시 제2023-26호의 건물 기준시가 산정 기본계산식으로 기준가액을 재산정해 정산해야 합니다. 국세청 고시 제2021-43호 제3조 제1항 제1호 단서가 근거이며, 정산 결과에 따라 수정세금계산서를 발급합니다.