FAKT Insight · Finance
벤처기업 확인서 하나로 열리는 세제 혜택
회사·임직원·투자자가 각각 받는 것
벤처기업 확인서는 그 자체로 세금을 줄이지 않고, 회사·임직원·투자자가 각각 다른 조문으로 신청할 때 세금이 달라집니다. 회사는 창업 후 3년 안에 확인받으면 소득세·법인세 50%를 5개 과세연도 동안 감면받고 확인일부터 4년 안의 사업용 부동산 취득세 75%를 경감받습니다. 임직원은 주식매수선택권 행사이익 연 2억원(회사별 누적 5억원)까지 비과세, 개인 투자자는 3천만원까지 100% 소득공제, 법인 투자자는 출자액의 5% 세액공제입니다. 네 제도의 요건과 기준일, 서로 겹칠 수 없는 경우, 최저한세로 감면이 깎이는 계산까지 2026년 9월 현행 기준으로 정리했습니다.
벤처기업 확인서는 그 자체로 세금을 줄여 주지 않습니다. 확인서를 근거로 회사·임직원·투자자가 각각 다른 조문에 따라 감면·비과세·공제를 신청할 때 비로소 세금이 달라집니다. 회사는 창업 후 3년 안에 확인받으면 소득세·법인세의 50%를 5개 과세연도 동안 감면받고 확인일부터 4년 안에 사는 사업용 부동산의 취득세 75%를 경감받습니다.조특법 §6②지특법 §58의3② 임직원은 주식매수선택권 행사이익 가운데 연 2억원까지 소득세를 내지 않고, 개인 투자자는 투자금 3천만원까지 전액을 종합소득에서 공제받으며, 법인 투자자는 출자액의 5%를 법인세에서 뺍니다.조특법 §16의2①조특법 §16①조특법 §13의2① 네 제도의 요건과 숫자, 기준일, 서로 겹칠 수 없는 경우를 2026년 9월 현행 법령으로 정리합니다.
핵심 네 가지
- 50% · 5개 과세연도창업벤처중소기업 세액감면
창업 후 3년 이내에 2027년 12월 31일까지 확인받은 중소기업은 확인 후 처음 소득이 난 과세연도부터 5개 과세연도 동안 소득세·법인세의 50%를 감면받습니다(연 5억원 한도).조특법 §6②·⑬
- 취득세 75% · 4년창업벤처중소기업 취득세
2026년 12월 31일까지 창업하고 3년 안에 확인받은 벤처기업은 최초 확인일부터 4년(청년창업벤처기업 5년) 안에 취득하는 사업용 부동산의 취득세 75%를 경감받고, 재산세는 확인일부터 3년 면제·2년 50%입니다.지특법 §58의3②
- 연 2억원 · 누적 5억원벤처기업 스톡옵션 비과세
2027년 12월 31일 이전에 부여받은 주식매수선택권의 행사이익은 연 2억원까지 비과세되고, 회사별 누적 한도는 5억원입니다. 나머지 이익은 5년 분할 납부나 양도소득세 전환을 고를 수 있습니다.조특법 §16의2~§16의4
- 100% · 70% · 30%벤처투자 소득공제
개인이 벤처기업에 직접 투자하면 3천만원까지 100%, 3천만원 초과 5천만원까지 70%, 5천만원 초과분 30%를 종합소득금액에서 공제합니다(종합소득금액의 50% 한도). 법인이 신주로 출자하면 취득가액의 5%를 법인세에서 공제합니다.조특법 §16①조특법 §13의2①
우리 회사 이야기인가
벤처기업 세제 혜택이 우리 회사의 무엇을 바꾸는가
벤처기업 확인은 세 종류의 납세자에게 각각 다른 문을 엽니다. 회사가 내는 법인세·취득세, 임직원이 내는 근로소득세, 투자자가 내는 소득세·법인세가 그것입니다. 그래서 확인을 받기 전에 "누구의 세금을 줄이려는 것인가"를 먼저 정해야 어느 시점에 어느 유형으로 확인받을지가 정해집니다.
회사 쪽 두 제도는 모두 창업 후 3년 이내 확인이 요건입니다. 3년이 지난 뒤에 확인받으면 감면과 취득세 경감은 열리지 않고, 임직원의 스톡옵션 특례와 투자자의 공제만 남습니다.조특법 §6②지특법 §58의3② 임직원과 투자자의 특례는 창업 시점과 무관하게 확인서가 유효한 동안의 부여·투자 건에 붙습니다. 확인서의 유효기간은 확인일부터 3년이므로 만료 전 재확인 일정까지 함께 잡아야 합니다(벤처기업 확인 절차 5단계).
네 제도 모두 자동 적용이 아닙니다. 회사는 과세표준신고와 함께 세액감면신청서를, 부동산은 취득세 신고 때 감면신청서를, 임직원의 비과세는 원천징수의무자가 명세서를, 투자자는 출자·투자확인서를 붙인 소득공제신청서를 냅니다.조특령 §5·§14·§14의2
우리 회사에 해당하나요?
해당
설립등기 후 3년이 지나지 않았고, 조세특례제한법 제6조 제3항의 업종(제조업·정보통신업·전문과학기술서비스업 등 18개)을 하는 중소기업 — 2027년 12월 31일까지 확인받으면 세액감면 대상
해당
벤처기업 확인서가 유효한 주식회사로서 임직원에게 주식매수선택권을 부여하려는 회사, 또는 개인·법인 투자자에게서 신주 인수 방식으로 투자를 받으려는 회사
확인 필요
연구개발유형으로 확인받은 회사 — 창업벤처중소기업 세액감면과 취득세 경감은 연구개발유형을 제외하므로, 대신 연구개발비가 수입금액의 5% 이상인지로 다시 판정
해당 없음
창업한 지 3년이 넘어서 확인받은 회사(회사 몫의 감면·경감 없음), 이미 창업중소기업 세액감면을 적용받는 회사(창업벤처 감면과 중복 불가), 벤처투자회사·창업기획자 등 투자를 업으로 하는 법인(5% 세액공제 제외)
한눈에
누가 무엇을 받는지, 기준일과 기한은 언제인지
네 제도는 받는 사람과 기준일이 다릅니다. 표의 "기준일" 열이 각 제도에서 실제로 세는 날짜이고, "기한" 열은 그 날짜가 이 날을 넘기면 제도가 닫힌다는 뜻입니다.
| 받는 사람 | 제도 | 핵심 숫자 | 기준일 | 기한 |
|---|---|---|---|---|
| 회사 | 창업벤처중소기업 세액감면조특법 §6② | 소득세·법인세 50%, 5개 과세연도, 연 5억원 한도 | 창업 후 3년 이내 확인 · 확인 후 최초 소득 과세연도 | 2027.12.31.까지 확인 |
| 회사 | 창업벤처중소기업 취득세·재산세 경감지특법 §58의3② | 취득세 75% 경감, 재산세 3년 면제 + 2년 50% | 최초 확인일부터 4년(청년 5년) 안의 취득 | 2026.12.31.까지 창업 |
| 임직원 | 주식매수선택권 행사이익 비과세·납부특례·과세특례조특법 §16의2~§16의4 | 연 2억원 비과세(회사별 누적 5억원), 5년 분할 납부, 양도소득세 전환(행사가액 5억원 이하) | 부여일(주주총회 결의) · 행사일 | 2027.12.31.까지 부여 |
| 개인 투자자 | 벤처투자 소득공제조특법 §16① | 직접투자 100%·70%·30%, 조합 출자 10%, 종합소득금액의 50% 한도 | 투자일(공제 연도는 2년 안에서 선택) | 2028.12.31.까지 투자 |
| 개인 투자자 | 벤처기업 주식 양도소득 비과세조특법 §14①4호 | 양도차익 전액 | 출자일부터 3년 경과 후 양도 | 2028.12.31.까지 취득 |
| 법인 투자자 | 벤처기업 출자 세액공제조특법 §13의2① | 취득가액의 5% | 설립 시 납입 또는 설립 후 7년 이내 유상증자 납입일 | 2028.12.31.까지 취득 |
기한의 뜻
세 날짜가 서로 다릅니다
지방세는 창업일, 국세 감면은 확인일, 스톡옵션은 부여일, 투자 공제는 투자일이 각각 기한 안에 있어야 합니다. 2026년에 창업해 2027년에 확인받으면 둘 다 열리지만, 2027년에 창업하면 지방세 경감은 현행 조문으로는 닫힙니다.지특법 §58의3②
유효기간과의 관계
만료되면 그해부터 감면이 끊깁니다
세액감면 기간 중 확인이 취소되면 취소일이 속한 과세연도부터, 유효기간이 만료되면 만료일이 속한 과세연도부터 감면하지 않습니다. 다만 그 과세연도 종료일 현재 재확인을 받았으면 감면이 이어집니다.조특법 §6②1·2호
유형에 따른 차이
연구개발유형만 조문이 다릅니다
세액감면과 취득세 경감의 대상은 벤처기업 요건을 갖춘 중소기업이되 연구개발유형(법 제2조의2 제1항 제2호 나목)은 제외하고, 대신 연구개발비가 수입금액의 5% 이상인 중소기업을 넣습니다. 확인일이 속한 과세연도부터 5%를 계속 유지해야 합니다.조특령 §5④·⑤지특령 §29의2④
회사가 받는 것 1
창업벤처중소기업 세액감면: 창업 3년 안에 확인받아야 열립니다
이 감면은 창업중소기업 세액감면(제6조 제1항)의 형제 조문입니다. 지역과 대표자 나이로 감면율이 정해지는 제1항과 달리 제2항은 지역을 묻지 않고 50%를 주므로, 과밀억제권역에서 창업한 일반 창업기업처럼 제1항이 0인 회사가 벤처 확인으로 50%를 얻습니다.
요건은 넷입니다. 벤처기업 요건을 갖춘 중소기업일 것(연구개발유형은 제외되고 대신 연구개발비가 수입금액의 5% 이상인 중소기업이 들어옴), 창업 후 3년 이내에 확인받을 것, 확인일이 2027년 12월 31일 이전일 것, 제6조 제3항의 18개 업종을 경영할 것입니다.조특법 §6②·③조특령 §5④ 업종은 창업중소기업 감면과 같은 목록이므로 창업중소기업 세액감면 6대 핵심의 업종표를 그대로 씁니다.
감면기간은 "확인받은 날 이후 최초로 소득이 발생한 과세연도"와 그 다음 과세연도 개시일부터 4년 이내에 끝나는 과세연도까지, 합쳐서 5개 과세연도입니다. 확인 전에 이미 소득이 있었더라도 확인일 이후의 과세연도부터 다시 셉니다. 확인일부터 5년이 되는 날이 속한 과세연도까지 소득이 없으면 그 과세연도가 첫 감면연도가 됩니다.조특법 §6② 창업일은 지방세 시행령이 법인 설립등기일·개인 사업자등록일로 정하고, 국세 조문에는 정의가 없으므로 같은 날로 세되 등기일과 사업개시일이 다르면 이른 날로 잡는 것이 안전합니다.지특령 §29의2①
2026년 창업·2027년 확인 회사의 감면기간과 취득세 경감기간
가상 일정 · 12월 결산 법인 · 2028년에 첫 소득 발생
- 확인 전 또는 소득 없음
- 소득세·법인세 50% 감면
- 취득세 75% 경감 대상 취득 가능
세액감면 · 조특법 제6조 제2항
- 2026감면 전
- 2027감면 전
- 2028감면 1년
- 2029감면 2년
- 2030감면 3년
- 2031감면 4년
- 2032감면 5년
감면기간 5개 과세연도
취득세 경감 · 지특법 제58조의3 제2항
- 2026창업
- 2027취득 1년차
- 2028취득 2년차
- 2029취득 3년차
- 2030취득 4년차
- 2031종료
- 2032종료
확인일부터 4년 (청년창업벤처기업은 5년)
표로 보기
| 구분 | 기간 | 내용 |
|---|---|---|
| 세액감면 | 2026 ~ 2027 | 확인 전 또는 소득 없음 |
| 세액감면 | 2028 ~ 2032 | 소득세·법인세 50% 감면 |
| 취득세 경감 | 2026 ~ 2026 | 확인 전 또는 소득 없음 |
| 취득세 경감 | 2027 ~ 2030 | 취득세 75% 경감 대상 취득 가능 |
| 취득세 경감 | 2031 ~ 2032 | 확인 전 또는 소득 없음 |
감면율은 50%로 고정이지만 실제 감면세액은 세 가지 장치로 깎입니다. 첫째, 한 과세연도의 감면세액 합계는 5억원을 넘지 못합니다. 둘째, 감면 후 세액이 과세표준의 7%(중소기업 최저한세)보다 적으면 그 미달분만큼 감면이 배제됩니다. 창업벤처중소기업 감면은 최저한세 적용 대상이고, 100% 감면과 고용증가 추가감면 부분만 예외입니다. 셋째, 감면세액에 붙는 농어촌특별세는 제6조 감면에 한해 비과세이므로 여기서는 붙지 않습니다.조특법 §6⑬조특법 §132①4호농특세법 §4 3호 늘려 주는 장치는 하나입니다. 업종별 최소고용인원(광업·제조업·건설업·물류산업 10명, 그 밖 5명) 이상을 고용하면서 상시근로자가 직전 과세연도보다 늘어난 해에는 증가율만큼 추가 감면하되 50%가 한도입니다.조특법 §6⑦조특령 §5⑭
가상의 A기업으로 계산해 봅니다. 서울(과밀억제권역)에서 2026년 3월 설립된 소프트웨어 개발 법인, 대표 40세, 2026년 11월 혁신성장유형 확인, 2028사업연도 과세표준 3억원입니다. (가상 수치) 대표가 청년이 아니고 과밀억제권역 창업이므로 제1항 창업중소기업 감면율은 0이지만, 제2항 창업벤처중소기업 감면은 열립니다.조특법 §6①1호나목
여기서 멈추면 틀립니다. 감면 후 세액 2,000만원이 최저한세액 2,100만원(3억원 × 7%)에 100만원 미달하므로, 감면은 1,900만원까지만 인정되고 납부세액은 2,100만원이 됩니다.법인세법 §55①조특법 §132①
- 산출세액 과세표준 3억원 · 2026년 이후 세율4,000만원
- 감면세액 1차 4,000만원 × 50%2,000만원
- 최저한세액 3억원 × 7%2,100만원
- 최저한세 미달분 감면 배제 2,100만원 − 2,000만원100만원
- 실제 감면세액 납부세액 2,100만원 · 농특세 없음1,900만원
제1항과 제2항은 하나만 고릅니다
제1항 창업중소기업 감면을 적용받는 회사는 제2항을 받을 수 없습니다. 수도권 밖 청년창업기업처럼 제1항이 100%인 회사에는 벤처 확인이 세액감면에 보태지 않고, 취득세 경감·스톡옵션·투자자 공제 쪽에서만 효과가 있습니다.조특법 §6② 단서
회사가 받는 것 2
창업벤처중소기업 취득세 75%와 재산세: 국세 감면과 다른 여섯 곳
지방세 경감은 이름이 같아도 별개의 법에 별개의 요건으로 적혀 있습니다. 국세 감면을 받는다고 취득세 경감이 따라오지 않습니다.
| 항목 | 소득세·법인세 감면 (조특법 §6②) | 취득세·재산세 경감 (지특법 §58의3②) |
|---|---|---|
| 기한을 재는 날 | 확인일이 2027.12.31. 이전 | 창업일이 2026.12.31. 이전 |
| 혜택 기간의 기산 | 확인 후 최초 소득 과세연도부터 5개 과세연도 | 최초 확인일부터 4년(청년창업벤처기업 5년) 안의 취득 · 재산세는 확인일부터 3년 면제, 다음 2년 50% |
| 업종 | 18개 업종(음식점업·통신판매업·사회복지 서비스업·이용 및 미용업 포함) | 12개 업종(음식점업·통신판매업·사회복지 서비스업 등은 없음, 전문과학기술서비스업은 연구개발업·광고업·전문 디자인업 등 5개만) |
| 중복 배제 | 제6조 제1항 창업중소기업 감면과 택일 | 창업중소기업(제1항)으로 지방세를 감면받았으면 창업벤처 감면 적용 안 함 |
| 사후관리 | 확인 취소·유효기간 만료 시 그 과세연도부터 감면 중단, 중소기업 이탈 시 그 과세연도부터 중단 | 취득 후 3년 안에 직접 사용하지 않거나 다른 용도로 쓰거나 팔면 취득세 추징, 최초 사용 후 2년 안에 용도 변경·매각도 추징 |
| 신청 | 과세표준신고와 함께 세액감면신청서 제출 | 감면신청서를 지방자치단체에 제출, 취득세는 취득일부터 60일 안의 신고와 함께 |
지방세 경감 대상은 2026년 12월 31일까지 창업한 벤처기업 중 창업일부터 3년 이내에 확인받은 기업이고, 대상 범위는 국세와 같이 연구개발유형을 빼고 연구개발비 5% 기업을 넣는 구조입니다.지특법 §58의3②·④·⑤·⑦지특령 §29의2④ 청년창업벤처기업은 대표자가 창업 당시 15세 이상 34세 이하(병역기간 6년 한도 차감)이고 법인이면 지배주주로서 최대주주인 회사입니다.지특령 §29의2②·⑤ 경감받은 취득세에는 농어촌특별세가 붙지 않습니다.농특세법 §4 4의2호
가장 자주 어긋나는 것은 업종입니다. 음식점을 열고 벤처 확인을 받은 회사는 국세 50% 감면은 받아도 취득세 경감 업종에 음식점업이 없어 경감을 받지 못합니다. 전시·컨벤션·행사대행업은 지방세 목록에만 있으므로 표준산업분류 세분류로 다시 확인해야 합니다.지특법 §58의3④ 지방세 경감의 추징 사유와 정당한 사유 판단은 창업중소기업 지방세 감면 7가지 핵심에서 이어집니다.
임직원이 받는 것
벤처기업 스톡옵션 비과세 3단계: 연 2억 비과세, 5년 분할, 양도소득세 전환
주식매수선택권(스톡옵션) 행사이익은 원래 근로소득으로 과세됩니다. 벤처기업 임직원에게는 세 단계의 특례가 있고, 어느 단계를 쓸지는 행사 전에 신청으로 정합니다.
특례가 붙는 옵션은 벤처기업육성에 관한 특별법 제16조의3에 따라 부여한 것과 코넥스상장기업의 상법 옵션으로 한정됩니다. 벤처법 옵션은 정관과 주주총회 특별결의로 임직원·인수한 기업(발행주식 30% 초과 보유)의 임직원·외부 전문가에게 발행주식총수의 50%까지 부여합니다. 행사가격은 부여일 시가 이상이 원칙이고, 임직원에게 신주 방식으로 줄 때는 1인당 차액 합계 20억원 이하에서 시가보다 낮게 정할 수 있습니다.벤처법 §16의3·벤처령 §11의3⑤ 시가는 상속세 및 증여세법 평가 규정을 준용하되 평가기준일 전 6개월만 봅니다.벤처령 §11의3② 부여받은 뒤 퇴직 후에 행사해도 특례는 유지됩니다.조특법 §16의2①
| 단계 | 내용 | 한도·요건 | 신청 |
|---|---|---|---|
| ① 비과세 특례 조특법 §16의2 | 행사 당시 시가와 실제 매수가액의 차액 가운데 연 2억원까지 소득세를 과세하지 않음 | 2027.12.31. 이전 부여분 · 벤처기업별 비과세 누적 총액 5억원 | 원천징수의무자가 비과세특례적용명세서를 행사 연도 다음 해 2월 말까지 제출 |
| ② 납부특례 조특법 §16의3 | 비과세를 넘는 행사이익의 소득세를 행사 연도에 5분의 1만 내고 나머지를 다음 4개 연도에 4분의 1씩 납부 | 차액을 현금으로 받는 방식은 제외 · 원천징수 없이 종합소득 확정신고로 납부 | 행사일 다음 달 5일까지 특례적용신청서를 회사에 제출(못 냈으면 확정신고 때 세무서에 제출) |
| ③ 과세특례 조특법 §16의4 | 행사 시점에 근로소득으로 과세하지 않고, 주식을 팔 때 양도소득세로 과세(비과세분 제외) | 주총 결의일부터 2년 이상 재직 후 행사 · 양도 불가 옵션 · 행사일 역산 2년간 전체 행사가액 5억원 이하 · 전용계좌 | 행사일 전날까지 특례적용신청서와 전용계좌개설확인서를 회사에 제출 |
세 단계는 겹쳐 씁니다. 비과세 2억원을 먼저 떼고, 남는 이익에 대해 납부특례(5년 분할)와 과세특례(양도세 전환) 가운데 하나를 행사 전에 고릅니다.조특령 §14의3②·§14의4② 과세특례를 고르면 회사 쪽에 대가가 있습니다. 행사이익에 해당하는 비용을 회사가 손금에 넣지 못하므로, 임직원의 소득세가 줄어드는 대신 회사의 법인세가 늘 수 있습니다.조특법 §16의4④ 두 세금을 합쳐 어느 쪽이 유리한지 봐야 합니다.
가상 B기업 직원의 행사이익 2억4천만원이 나뉘는 모습
30,000주 × (행사 당시 시가 10,000원 − 행사가격 2,000원) · 가상 수치
가상의 B기업 직원 사례입니다. 2025년 주주총회에서 30,000주를 행사가격 2,000원에 부여받아 2027년에 행사했고, 행사 당시 시가는 10,000원입니다. (가상 수치) 행사이익은 8,000원 × 30,000주 = 2억4천만원이고, 2억원은 비과세, 4천만원이 근로소득에 더해집니다. 이 4천만원 때문에 늘어나는 결정세액이 1,000만원이라고 하면, 납부특례를 신청한 경우 2027년 귀속 확정신고 때 200만원을 내고 2028년부터 2031년까지 매년 200만원씩 냅니다.조특법 §16의3① 회사는 이 2억원을 누적 한도 5억원에서 차감해 관리합니다. 다른 직원들이 이미 3억원을 비과세로 처리했다면 이 직원의 비과세는 남은 2억원까지이고, 4억원을 썼다면 1억원으로 줄어듭니다.조특법 §16의2① 단서
과세특례를 골랐다면 1년 안에 팔지 않습니다
행사로 취득한 주식을 증여하거나 행사일부터 1년이 지나기 전에 처분하면 그 주식의 행사이익 전부가 처분일이 속한 과세연도의 근로소득으로 과세됩니다. 파산·회생·합병 등 부득이한 사유만 예외입니다.조특법 §16의4⑤조특령 §14의4⑧
대주주와 그 가족은 과세특례 대상이 아닙니다
주총 결의일 현재 발행주식 10% 초과 보유자, 옵션을 모두 행사하면 10%를 넘게 되는 자, 지배주주와 그 친족·경영지배관계자는 과세특례에서 빠집니다. 비과세·납부특례에는 이 배제가 없지만 벤처법상 부여가 막히는 대상(상법 시행령의 최대주주 등)은 따로 봅니다.조특령 §14의4①벤처령 §11의3③
연구활동비 월 20만원과 우리사주 1,500만원
인정받은 기업부설연구소·연구개발전담부서에서 연구활동에 직접 종사하는 연구전담요원의 연구활동비는 월 20만원까지 비과세이고, 벤처기업 우리사주조합원의 조합 출자금은 연 1,500만원까지 근로소득금액에서 공제됩니다(일반 기업 400만원).소령 §12 12호다목조특법 §88의4①
투자자가 받는 것
벤처투자 소득공제와 법인 출자 세액공제 5%: 신주에만 붙습니다
투자자 특례는 회사에 돈이 들어오는 신주 인수에만 붙고, 구주 매입에는 붙지 않습니다. 개인과 법인의 조문이 다르고, 개인은 직접 투자인지 조합 경유인지에 따라 공제율이 다릅니다.
개인 투자자의 소득공제율은 투자 방식과 금액 구간으로 정해집니다
| 방식 ↓ · 투자금액 구간 → | 3천만원 이하분 | 3천만원 초과 5천만원 이하분 | 5천만원 초과분 |
|---|---|---|---|
| 벤처기업에 직접 투자 · 개인투자조합 경유 · 크라우드펀딩 | 100%◀ 가상 투자자 | 70% | 30% |
| 벤처투자조합·신기술사업투자조합·전문투자조합·벤처기업투자신탁·창업벤처 사모집합투자기구 | 10% | 10% | 10% |
- 10%
- 30%
- 70%
- 100%
개인의 소득공제는 2028년 12월 31일까지의 출자·투자에 적용되고, 공제 연도는 투자일 과세연도부터 2년이 되는 날이 속한 과세연도까지 가운데 한 해를 고릅니다.조특법 §16① 투자 당시 벤처기업이 아니었어도 2년이 되는 날이 속한 과세연도까지 벤처기업이 되면 공제를 적용합니다.조특법 §16③조특령 §14③ 공제를 받은 뒤 투자일부터 3년이 지나기 전에 지분을 이전하거나 회수하면 공제받은 소득금액에 해당하는 세액을 추징하며, 사망·해외이주·조합 해산 같은 사유만 예외입니다.조특법 §16②조특령 §14⑩ 벤처기업투자신탁은 1인당 연 2천만원까지만 공제 대상 투자액으로 봅니다.조특령 §14②
가상의 개인 투자자 사례입니다. 종합소득금액이 8천만원인 개인이 B기업의 유상증자에 5천만원을 넣었습니다. (가상 수치) 3천만원 × 100% + 2천만원 × 70% = 4,400만원이 공제 대상이지만, 종합소득금액의 50%인 4,000만원이 한도이므로 공제액은 4,000만원입니다. 직접 투자분이라 2,500만원 종합한도는 적용되지 않습니다. 이 투자자가 3년 뒤 주식을 팔면, 창업 후 5년 이내인 벤처기업(출자일까지 확인받은 회사)에 특수관계 없이 출자한 것이므로 양도차익에 양도소득세가 과세되지 않습니다. 창업 5년 이내에 처음 출자한 뒤 3년 안에 추가 출자한 금액은 합계 10억원 이하이면 같은 취급을 받습니다.조특법 §14①4호조특령 §13① 확인 전에 출자한 주식은 이 비과세 대상이 아니므로, 투자와 확인의 순서가 소득공제와 양도세에서 다르게 작동합니다.
법인 투자자는 세액공제입니다. 투자를 업으로 하는 법인을 제외한 내국법인이 2028년 12월 31일까지 벤처기업의 설립 시 납입 또는 설립 후 7년 이내 유상증자 납입으로 주식을 취득하면 취득가액의 5%를 법인세에서 공제합니다. 1억원을 출자하면 500만원입니다. 특수관계인의 주식을 취득하는 경우는 제외되고, 취득 후 5년 안에 피출자법인의 지배주주가 되면 공제세액에 이자상당가산액을 더해 납부합니다.조특법 §13의2①·④·⑤조특령 §12의2①·⑤ 이 공제는 최저한세 대상이고, 같은 과세연도에 창업중소기업·창업벤처중소기업 세액감면을 받는 법인은 이 공제와 감면 가운데 하나만 고를 수 있습니다.조특법 §127④·§132①3호
판단 순서
질문 5개로 어느 제도가 열리는지 확인하기
누구의 세금인지, 시점 요건, 배제 규정, 신청 서류의 순서입니다.
- 1
확인서가 유효한 중소기업인가요?
중소기업기본법상 중소기업이면서 벤처기업확인서의 유효기간 안에 있어야 합니다. 유형이 연구개발유형이면 회사 몫의 감면·경감은 연구개발비 5% 요건으로 다시 봅니다.조특령 §5④
- 예다음 질문으로
- 아니오확인 또는 재확인부터
- 2
줄이려는 세금이 누구의 것인가요?
회사의 법인세·취득세라면 3번으로, 임직원이라면 옵션 부여일과 행사 방식(현금 차액 지급은 납부특례 제외)을, 투자자라면 신주 인수인지와 특수관계 여부를 봅니다.조특법 §16의3① 단서
- 회사다음 질문으로
- 임직원·투자자4번으로
- 3
창업 후 3년 안에 확인받았고 기한 안인가요?
확인일이 창업일부터 3년 이내이고 2027년 12월 31일 이전이면 세액감면, 창업일이 2026년 12월 31일 이전이면 취득세 경감이 열립니다.조특법 §6②지특법 §58의3②
- 예다음 질문으로
- 아니오임직원·투자자 특례만 검토
- 4
같이 받을 수 없는 제도를 이미 쓰고 있나요?
창업중소기업 감면(제1항)을 받으면 창업벤처 감면은 배제되고, 창업중소기업으로 지방세를 감면받았으면 창업벤처 지방세 경감도 배제됩니다. 법인 출자 세액공제는 제6조 감면과 같은 과세연도에 택일이며, 최저한세로 감면이 깎이는지도 여기서 계산합니다.조특법 §127④·§132①
- 예유리한 쪽 하나를 선택
- 아니오다음 질문으로
- 5
신청 서류와 시한을 지켰나요?
세액감면신청서(과세표준신고 시), 지방세 감면신청서(취득세 신고 시), 비과세특례적용명세서(다음 해 2월 말), 납부특례 신청서(행사 다음 달 5일), 과세특례 신청서(행사 전날), 소득공제신청서(연말정산·확정신고)입니다.조특령 §5·§14⑥·§14의2②·§14의3②·§14의4②
- 예적용
- 아니오시한 안이면 제출, 지났으면 확정신고·경정청구로 보완
- ✓
결과
회사·임직원·투자자별로 열리는 제도가 정해집니다. 세 납세자가 각각 다른 서류를 내므로 회사가 확인서 사본과 확인일·만료일을 알려 주는 것이 출발점입니다.
놓치기 쉬운 것
확인한 사실에서 바로 내리면 안 되는 결론
한 제도에서 확인한 사실을 다른 제도에 그대로 옮기는 데서 착오가 생깁니다.
| 확인한 사실 | 성급한 결론 | 추가로 확인할 것 |
|---|---|---|
| 창업 후 2년 10개월에 벤처 확인을 받았다 | 국세 감면과 취득세 경감이 모두 열린다 | 국세는 확인일 2027.12.31. 이전, 지방세는 창업일 2026.12.31. 이전이 각각 필요합니다. 창업일이 2027년이면 국세 감면만 열립니다지특법 §58의3② |
| 확인 전 과세연도에도 소득이 있었다 | 감면기간은 사업 첫 소득연도부터 이미 흐르고 있다 | 제2항의 감면기간은 확인일 이후 최초 소득 과세연도부터 새로 셉니다. 확인 전 연도는 감면도 없고 기간 소진도 없습니다조특법 §6② |
| 임직원 한 명의 행사이익이 1억5천만원이다 | 연 2억원 이내이므로 전액 비과세다 | 회사별 누적 5억원 한도에서 남은 금액을 먼저 확인합니다. 앞선 행사로 한도가 소진됐으면 비과세는 남은 금액까지입니다조특법 §16의2① 단서 |
| 개인투자자가 5천만원을 직접 투자했다 | 4,400만원이 그해 소득에서 빠진다 | 종합소득금액의 50%가 한도이고, 3년 안에 지분을 넘기면 추징됩니다. 조합을 통한 출자였다면 공제율은 10%이고 2,500만원 종합한도도 적용됩니다조특법 §16①·②조특법 §132의2① |
| 벤처기업인 우리 회사가 다른 벤처기업 신주에 출자했다 | 출자액의 5%가 법인세에서 빠진다 | 같은 과세연도에 창업벤처중소기업 감면을 받고 있으면 둘 중 하나만 고릅니다. 특수관계인 주식이거나 구주 매입이면 처음부터 공제 대상이 아닙니다조특법 §127④조특법 §13의2④ |
자료가 없을 때의 처리도 정해 둡니다. 회사별 누적 비과세액 자료가 없으면 남은 한도를 5억원으로 가정하지 말고 과거 행사분의 비과세특례적용명세서 제출 내역을 먼저 복원합니다. 출자일과 확인일 순서를 알 수 없으면 양도소득 비과세는 미확정으로 두고 소득공제만 먼저 신청합니다.조특령 §13①·§14의2②
기록해 둘 것
다음 연도에 다시 쓰기 위한 항목
네 제도 모두 여러 해에 걸쳐 작동하므로 제도별로 나눠 적습니다.
| 검토 항목 | 기록할 내용 |
|---|---|
| 확인서 | 창업일(설립등기일), 최초 확인일, 유형, 유효기간 만료일, 재확인 요청 예정일, 재확인 시 확인일 산정 결과 |
| 세액감면 | 확인 후 최초 소득 과세연도, 감면 5개 과세연도의 시작·끝, 연도별 감면세액과 최저한세 배제액, 직전 연도 상시근로자 수, 제1항·제2항 중 선택 근거 |
| 취득세·재산세 | 부동산별 취득일, 확인일부터 4년(5년)의 경과일, 직접 사용 개시일, 3년·2년 추징 감시 종료일, 감면신청서 접수번호 |
| 스톡옵션 | 부여 주주총회 결의일, 수량·행사가격·부여일 시가, 임직원별 행사일과 행사이익, 회사 누적 비과세액 잔액, 특례 신청서 제출일, 전용계좌 입고일 |
| 투자자 | 투자자별 출자일과 납입 방식(설립·유상증자), 특수관계 여부, 출자·투자확인서 발급일, 3년 경과일(추징 종료·양도세 비과세 개시), 법인 투자자의 지분율 변동 |
확인일과 만료일은 세 납세자 모두에게 필요한 날짜이므로 벤처확인종합관리시스템의 확인서 이력에서 출력해 두고, 세무서 제출 서류는 국세청 서식으로 갖춥니다.벤처확인종합관리시스템국세청
자주 묻는 질문
벤처기업 세제 혜택에 관한 질문
창업한 지 3년이 넘어서 벤처 확인을 받으면 세제 혜택이 전혀 없나요?
스톡옵션 행사이익 비과세 2억원은 임직원 한 사람 기준인가요, 회사 기준인가요?
둘 다입니다. 연 2억원은 임직원 한 사람이 한 해에 비과세로 처리할 수 있는 한도이고, 별도로 한 벤처기업이 임직원 전체에 대해 비과세로 처리할 수 있는 누적 총액이 5억원입니다. 회사가 누적액을 관리하지 않으면 뒤에 행사하는 임직원의 비과세가 예상보다 줄어듭니다.조특법 §16의2①
대표가 개인적으로 우리 회사에 증자하면 소득공제를 받을 수 있나요?
소득공제 조문 자체는 특수관계를 묻지 않고 "벤처기업등에 투자하는 경우"로 적혀 있어 신주 인수라면 공제 대상이 될 수 있습니다. 다만 3년이 지나기 전에 지분을 이전·회수하면 추징되고, 양도소득세 비과세는 특수관계가 없는 벤처기업에 대한 출자로 한정되므로 대표의 출자분에는 붙지 않습니다. 법인 투자자의 5% 세액공제도 특수관계인 주식 취득분은 제외됩니다.조특법 §16①·②조특령 §13①2호조특법 §13의2① 단서
연구개발유형으로 확인받았는데 창업벤처중소기업 세액감면을 못 받는 건가요?
연구개발유형이라는 이유만으로 배제되는 것은 아닙니다. 시행령은 연구개발유형 벤처기업을 대상에서 빼는 대신, 연구·인력개발비(별표 6)가 해당 과세연도 수입금액의 5% 이상인 중소기업을 대상으로 넣고, 확인일이 속한 과세연도부터 그 비율을 계속 유지하는 경우에 한해 적용합니다. 즉 연구개발유형 회사는 확인서 대신 매년의 연구개발비 비율로 요건을 증명하게 되고, 어느 해에 5% 아래로 내려가면 그 해부터 감면이 끊깁니다. 벤처기업확인요령 별표 2와 조특령 별표 6의 연구개발비 범위가 다르므로 두 집계를 따로 둡니다.조특령 §5④2호·⑤가이드북 44쪽
근거 자료
이 글이 확인한 자료
금액·기한·요건·기관 명칭은 현행 법령과 정부 안내로 확인했습니다. 본문의 번호 칩을 누르면 해당 자료로 이동합니다.
안내서
벤처기업확인기관(벤처기업협회) 「2026 벤처기업확인제도 가이드북」Part 1 우대지원제도 요약표와 Part 5 세제 항목(창업벤처 소득세·법인세 감면, 출자 시 법인세 공제, 연구활동비 비과세, 개인 소득공제, 주식매수선택권 행사이익 비과세, 취득세·재산세 경감, 우리사주 과세특례) — 10~13쪽, 44~55쪽, 2026년판PDF 안내 책자
법률
조세특례제한법 제6조제2항 창업 후 3년 이내에 2027.12.31.까지 확인받은 창업벤처중소기업은 확인 후 최초 소득 과세연도부터 5개 과세연도 동안 50% 감면, 제1항 적용 시 제외, 확인 취소·유효기간 만료 시 그 과세연도부터 배제 · 제3항 18개 업종 · 제7항 고용증가 추가감면 · 제11항 중소기업 이탈 · 제13항 연 5억원 한도 — 법률 제21467호, 2026.9.18. 시행법률
조세특례제한법 제16조제1항 2028.12.31.까지의 출자·투자 소득공제(조합·신탁 10%, 직접투자·개인투자조합·크라우드펀딩은 3천만원 이하 100%·5천만원 이하 70%·초과분 30%, 종합소득금액 50% 한도, 공제 연도 2년 내 선택, 타인 지분 양수 제외) · 제2항 3년 내 이전·회수 시 추징 · 제3항 투자 후 2년 내 벤처기업이 된 경우 적용 — 법률 제21467호법률
조세특례제한법 제16조의2 · 제16조의3 · 제16조의4제16조의2 2027.12.31. 이전 부여분 행사이익 연 2억원 비과세, 벤처기업별 누적 5억원, 대상은 벤처법 §16의3 옵션과 코넥스 상법 옵션 · 제16조의3 초과분 소득세 5분의 1 납부 후 4년 분할, 현금 차액 지급 제외 · 제16조의4 적격 옵션(행사가액 2년 합계 5억원 이하) 행사 시 비과세·양도 시 양도소득세, 회사 손금불산입, 1년 내 처분 시 근로소득 과세, 전용계좌 — 법률 제21467호법률
조세특례제한법 제13조의2 · 제14조제13조의2 투자 전문 법인을 제외한 내국법인이 2028.12.31.까지 설립 시 납입 또는 설립 후 7년 내 유상증자로 취득한 벤처기업 주식 취득가액의 5% 법인세 공제, 특수관계인 주식 제외, 5년 내 지배주주 시 이자상당가산액 납부 · 제14조 제1항 제4호 벤처기업 출자 주식(대통령령 요건)의 양도소득 비과세 — 법률 제21467호법률
조세특례제한법 제127조 · 제132조 · 제132조의2 · 제88조의4제127조 제4항 제6조 감면과 제13조의2 공제는 같은 과세연도에 택일 · 제132조 제1항 중소기업 최저한세 7%, 제6조 감면 대상(100% 감면·제7항 추가감면 제외), 제13조의2 공제 대상 · 제132조의2 소득공제 종합한도 2,500만원(직접투자·개인투자조합·크라우드펀딩 제외) · 제88조의4 벤처기업 우리사주조합 출자 공제 1,500만원 — 법률 제21467호시행령
조세특례제한법 시행령 제5조 · 제12조의2 · 제13조 · 제14조 · 제14조의2 · 제14조의3 · 제14조의4제5조 제4항·제5항 창업벤처중소기업 범위(연구개발유형 제외, 별표 6 연구개발비 5% 기업 포함·확인일 과세연도부터 유지), 제14항 최소고용인원 10명·5명 · 제12조의2 공제 제외 법인·특수관계인·이자상당가산액 · 제13조 제1항 양도세 비과세 주식(창업 5년 내 벤처, 특수관계 없음, 추가 출자 10억원, 3년 경과) · 제14조 신탁 연 2천만원, 신청서, 추징 제외 사유 · 제14조의2 인수 기업 30%, 명세서 2월 말 · 제14조의3 신청서 다음 달 5일 · 제14조의4 제외 임직원, 2년 재직, 전용계좌 — 대통령령 제36587호, 2026.9.18. 시행법률
지방세특례제한법 제58조의3제2항 2026.12.31.까지 창업하고 창업일부터 3년 내 확인받은 창업벤처중소기업이 최초 확인일부터 4년(청년 5년) 내 취득하는 부동산 취득세 75% 경감, 재산세 확인일부터 3년 면제·2년 50% · 제4항 12개 업종 · 제5항 창업중소기업 감면과 중복 배제 · 제7항 3년 내 미사용·매각, 최초 사용 후 2년 내 용도변경 시 추징 · 제9항 감면신청 — 법률 제21738호, 2026.6.2. 시행시행령
지방세특례제한법 시행령 제29조의2제1항 창업일은 설립등기일·사업자등록일 · 제2항·제5항 청년창업(벤처)기업은 대표자 15~34세(병역 6년 차감), 법인은 최대주주 · 제4항 창업벤처중소기업 범위(연구개발유형 제외·연구개발비 5% 기업 포함) — 대통령령 제36587호, 2026.9.18. 시행법률·시행령
벤처기업육성에 관한 특별법 제16조의3 · 제16조의4 · 같은 법 시행령 제11조의3법 제16조의3 정관·주총 특별결의로 임직원 등에 부여, 발행주식총수 50% 한도, 행사가격 시가 이상(임직원 신주 방식은 요건 충족 시 시가 미만 가능) · 시행령 제11조의3 시가는 상증법 준용(평가기준일 전 6개월), 제외 대상자, 시가 미만 부여는 1인당 차액 합계 20억원 이하 — 법률 제21447호·대통령령 제36480호, 2026.7.1. 시행시행령
소득세법 시행령 제12조 제12호 다목인정받은 중소기업·벤처기업 기업부설연구소·연구개발전담부서에서 연구활동에 직접 종사하는 자의 연구보조비·연구활동비 월 20만원 비과세 — 대통령령 제36343호, 2026.7.1. 시행법률
농어촌특별세법 제4조제3호 조특법 제6조·제7조 감면과 제4의2호 지특법 제58조의3 취득세 감면은 농어촌특별세 비과세 — 법률 제21611호, 2026.5.12. 시행법률
법인세법 제55조과세표준 2억원 이하 10%, 2억원 초과 200억원 이하 20% — 법률 제21217호, 2026.1.1. 시행(가상 사례 계산에 사용)정부 안내
중소벤처기업부·벤처기업확인기관 벤처확인종합관리시스템(smes.go.kr/venturein)벤처기업확인서 이력 조회·출력, 확인일·유효기간 확인, 재확인 신청정부 안내
국세청 국세상담센터·홈택스세액감면·세액공제·소득공제 신청서와 주식매수선택권 특례 명세서·신청서 서식, 국세상담센터 126
이 글은 2026-09-26 기준 법령과 공개 자료를 바탕으로 정리한 일반 정보입니다. 회사별 사실관계에 따라 결론이 달라질 수 있으니 실제 적용 전에는 전문가와 확인하시기 바랍니다.
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